Alex Clark, PH.D., Forschungswissenschaftler, Kollaborative Medikamentenentdeckung

Alex Clark, Ph.D. Wissenschaftlicher Mitarbeiter Kollaborative Arzneimittelentdeckung & CDD Vault

Alex Clark entwickelt seit Anfang der 2000er Jahre Softwareprodukte für die Chemoinformatik und die computergestützte Wirkstoffforschung, nachdem er ein Jahrzehnt damit verbracht hatte, das Leben eines Wissenschaftlers auf die harte Tour zu lernen: das Ausführen von Reaktionen am Labortisch.

Seit er hauptberuflich in die Informatik gewechselt ist, hat er in den meisten Bereichen moderner Chemie-Software gearbeitet, sei es in 2D oder 3D, in großem Maßstab (Chemieinformatik) oder in kleinem Maßstab (Quantenchemie), an großen Molekülen (Proteine) oder kleinen Molekülen (Arzneimittel). Er hat ein anhaltendes Interesse an der Schnittstelle zwischen Wissenschaftlern und Software, die unsere Branche immer wieder vor neue Herausforderungen stellt, und hat viel an Visualisierungstechniken, elektronischen Labornotizbüchern und der Neugestaltung traditioneller Software für neue Plattformen wie Mobile, Cloud und Web gearbeitet.

Er veröffentlicht regelmäßig in der wissenschaftlichen Literatur und unterhält eine Vielzahl von Kooperationen, seit er 2010 Unternehmer wurde. Wenn er nicht gerade an Projekten für CDD arbeitet, unterhält er sein eigenes Unternehmen Molecular Materials Informatics und experimentiert unermüdlich mit allen möglichen Ideen, Methoden und Produkten für zukunftsorientierte Chemie-Software. Alex schloss 1999 seine Promotion an der Universität von Auckland, Neuseeland, ab und siedelte anschließend nach Nordamerika um.

Bildung und Ausbildung

Universität von Auckland
B.Sc: Chemie, Computerwissenschaften
M.Sc.: Anorganische/Organometallische Chemie (Betreuer: L. James Wright & Warren Roper)
Ph.D. : Metallorganische Chemie (Betreuer: L. James Wright & Warren Roper)

Universität von Kalifornien, Riverside
Postdoc-Stipendiat: Fulleren-Chemie (Betreuer: Christopher Reed)

IntelliChem Inc., Oregon, USA (jetzt Biovia)
Computational Scientist

Chemische Berechnungsgruppe Inc., Montréal, Kanada
Wissenschaftlicher Mitarbeiter

Molekulare Werkstoffinformatik, Inc..
Gründerin

Zitate

Zitate 2015 1259
h-Index 27 20
i10-Index 40 32

Veröffentlichungen

VERÖFFENTLICHUNGSTITEL ZITIERT VON VERLAGSJAHR
Verwendung von maschinellem Lernen zur Analyse von Beschreibungen chemischer Gemische

A.M. Clark, P. Gedeck, P.P. Cheung, B.A. Bunin, ACS Omega, 6, 22400-22409

2021
Erfassung der Zusammensetzung von Gemischen: ein offenes, maschinenlesbares Format zur Darstellung von Stoffgemischen

A.M. Clark, L.R. McEwen, P. Gedeck, B.A. Bunin, Zeitschrift für Cheminformatik, 11:33

8 2019
Vergleiche von HIV-Zell- und Reverse-Transkriptase-Datensätzen durch maschinelles Lernen

K.M. Zorn, T. Lane, D.P. Russo, A.M. Clark, V. Makarov, S. Ekins, Molecular Pharmaceutics, 11, 696-706

39 2019
Bayes'sche Modelle des maschinellen Lernens für Ebola-Virus ermöglichen neue In-vitro-Spuren

M. Anantpadma, K.M. Zorn, M.A. Lingerfelt, A.M. Clark, J.S. Freundlich, R.A. Davey, P.B. Madrid, S. Ekins, ACS Omega, 4, 2353-2361

36 2019
Nutzung des maschinellen Lernens für die durchgängige Arzneimittelentdeckung und -entwicklung

S. Ekins, A.C. Puhl, K.M. Zorn, T.R. Lane, D.P. Russo, J.J. Klein, A.J. Hickey, A.M. Clark, Nature Materials, 18, 435-441

230 2019
Data Mining und computergestützte Modellierung von High-Throughput-Screening-Datensätzen

S. Ekins, A.M. Clark, K. Dole, K. Gregory, A.M. Mcnutt, A. Coulon-Spektor, C. Weatherall, N.K. Litterman, B.A. Bunin, Reporter Gene Assays, 197-221

8 2018
Vergleich und Validierung von Modellen des maschinellen Lernens für die Entdeckung von Mycobacterium tuberculosis-Medikamenten

T. Lane, D.P. Russo, K.M. Zorn, A.M. Clark, A. Korotcov, V. Tkachenko, R.C. Reynolds, A.L. Perryman, J.S. Freundlich, S. Ekins, Molecular Pharmaceutics, 15, 4346-4360

69 2018
Gemeinsame Arzneimittelforschung für mehr Medikamente gegen Tuberkulose (MM4TB)

S. Ekins, A.C. Spektor, A.M. Clark, K. Dole, B.A. Bunin, Drug Discovery Today, 22, 555-565

11 2017
Hybrides System für maschinelles Lernen und Verfahren zur Identifizierung, genauen Auswahl und Speicherung wissenschaftlicher Daten

A.M. Clark, N.K. Litterman, B.A. Bunin, U.S. Patent Nr. 9,594,743

6 2017
Open Source Bayes'sche Modelle. 3. Zusammengesetzte Modelle für die Vorhersage von Binned Responses

A.M. Clark, S. Ekins, K. Dole, Journal of Chemical Information and Modeling, 56, 275-285

17 2016
BioAssay-Vorlagen für das semantische Web

A.M. Clark; N.K. Litterman, J.E. Kranz; P. Gund; K. Gregory; B.A. Bunin, PeerJ Computer Science, 2, e61

9 2016
Die parallelen Welten der öffentlichen und kommerziellen Daten zur bioaktiven Chemie

C.A. Lipinski, N.K. Litterman, C. Southan, A.J. Williams, A.M. Clark, S. Ekins, Journal of Medicinal Chemistry, 58, 2068-2076

31 2015
Cheminformatik: Mobile Arbeitsabläufe und Datenquellen (Kapitel 14)

A.M. Clark, Die Zukunft der Geschichte der chemischen Information (ACS Symposium Series 1164), 237-253

2 2015
Erst die Maschine, dann der Mensch: über die Bedeutung der algorithmischen Interpretation offener Chemiedaten

A.M. Clark, A.J. Williams, S. Ekins, Zeitschrift für Cheminformatik, 7:9

30 2015
Der Bedarf an einem umweltfreundlichen elektronischen Laborjournal (Kapitel 9)

A.M. Clark, S. Ekins, Green Chemistry Strategies for Drug Discovery (RSC Drug Discovery Series), 185-211

1 2015
Open Source Bayes'sche Modelle: I. Anwendung auf ADME/Tox- und Wirkstoffentdeckungsdatensätze

S. Ekins, A.M. Clark, K. Dole, A. Coulon-Spektor, A. McNutt, G. Grass, J.S. Freundlich, R.C. Reynolds, Journal of Chemical Information and Modeling, 55, 1231-1245

99 2015
Open Source Bayes'sche Modelle: II. Mining eines "großen Datensatzes" zur Erstellung und Validierung von Modellen mit ChEMBL

A.M. Clark, S. Ekins, Journal of Chemical Information and Modeling, 55, 1246-1260

78 2015
Ein Blick zurück in die Zukunft: Vorhersage der In-vivo-Wirksamkeit von kleinen Molekülen gegen Mycobacterium tuberculosis

S. Ekins, R. Pottorf, R.C. Reynolds, A.J. Williams, A.M. Clark, J.S. Freundlich, Journal of Chemical Information and Modeling, 54, 1070-1082

41 2014
Größere Datenmengen, kollaborative Tools und die Zukunft der prädiktiven Arzneimittelforschung

S Ekins, AM Clark, SJ Swamidass, N Litterman, AJ Williams, Journal of computer-aided molecular design 28 (10), 997-1008

26 2014
Neue Tools zur Zielvorhersage und Visualisierung unter Einbeziehung von Open-Source-Molekular-Fingerprints für TB Mobile 2.0

A.M. Clark, S. Ekins, M. Sarker, Zeitschrift für Cheminformatik, 6:38

39 2014
Mobile Modellierung in den Molekularwissenschaften

C.M. Grulke, A.M. Clark, A.J. Williams, S. Ekins, C. Morris, M.-R. Goldsmith, McGraw-Hill Yearbook of Science and Technology, 229-233

2014
Schnelle und genaue semantische Annotation von Bioassays durch eine Mischung aus maschinellem Lernen und Nutzerbestätigung

A.M. Clark, B.A. Bunin, N.K. Litterman, S.C. Schürer, U. Visser, PeerJ, 524

21 2014
Zusammenfügen der Teile: Aufbau eines reaktionsorientierten elektronischen Labornotizbuchs für mobile Geräte.

A. Clark, J. Cheminformatics 6 (S-1), 1

1 2014
Einbeziehung von Konzepten der Grünen Chemie in Anwendungen der Mobilen Chemie und ihre potenziellen Einsatzmöglichkeiten

S. Ekins, A.M. Clark, A.J. Williams, ACS Sustainable Chemistry and Engineering, 1, 8-13

49 2013
Cheminformatik-Workflows mit mobilen Anwendungen

S. Ekins, A.M. Clark, A.J. Williams, Chem-Bio Informatics Journal, 13, 1-18

18 2013
Vier bahnbrechende Strategien zur Beseitigung von Engpässen in der Arzneimittelforschung

S. Ekins, C.L. Waller, M.P. Bradley, A.M. Clark, A.J. Williams, Drug Discovery Today, 18, 265-271

38 2013
TB Mobile: Eine mobile App für Anti-Tuberkulose-Moleküle mit bekannten Targets

S. Ekins, A.M. Clark, M. Sarker, Zeitschrift für Cheminformatik, 5:13

38 2013
Rendering molekularer Skizzen für die Ausgabe in Publikationsqualität

A.M. Clark, Molekulare Informatik, 32, 291-301

6 2013
Neudefinition der Cheminformatik mit intuitiven, kollaborativen mobilen Apps

A.M. Clark, S. Ekins, A.J. Williams, Molecular Informatics, 31, 569-584

31 2012
Offene Teams für die Arzneimittelforschung: Eine Chemie-Mobil-App für Kollaboration

S. Ekins, A.M. Clark, A.J. Williams, Molecular Informatics, 31, 585-597

40 2012
Neudefinition der Cheminformatik mit intuitiven, kollaborativen mobilen Apps

A.M. Clark, S. Ekins, A.J. Williams, Molecular Informatics, 31, 569-584

31 2012
Offene Teams für die Arzneimittelforschung: Eine Chemie-Mobil-App für Kollaboration

S. Ekins, A.M. Clark, A.J. Williams, Molecular Informatics, 31, 585-597

2 2012
Mobile Apps für die Chemie in der Welt der Arzneimittelforschung

A.J. Williams, S. Ekins, A.M. Clark, J.J. Jack, R.L. Apodaca, Drug Discovery Today, 16, 928-939

59 2011
Genaue Spezifikation von Molekülstrukturen: Ein Fall für Bindungen nullter Ordnung und explizite Wasserstoffzählung

A.M. Clark, Journal of Chemical Information and Modeling, 52, 3149-3157

18 2011
2D-Darstellung von Fragmenthierarchien

A.M. Clark, Journal of Chemical Information and Modeling, 50, 37-46

17 2010
Grundlegende Primitive für das Skizzieren von Moleküldiagrammen

A.M. Clark, Zeitschrift für Cheminformatik, 2:8

32 2010
Erkennung und Zuordnung von gemeinsamen Gerüsten in Projektdatenbanken von Leitmolekülen

A.M. Clark, P. Labute, Zeitschrift für Medizinische Chemie, 52, 469-483

57 2009
2D-Darstellung von Protein-Liganden-Komplexen

A.M. Clark, P. Labute, Journal of Chemical Information and Modeling, 47, 1933-1944

143 2007
Flexible 3D-Pharmakophore als Deskriptoren für den dynamischen biologischen Raum

J.H. Nettles, J.L. Jenkins, C. Williams, A.M. Clark, A. Bender, Z. Deng, J.W. Davies, M. Glick, Journal of Molecular Graphics and Modelling, 26, 622-633

46 2007
2D-Strukturdarstellung

A.M. Clark, P. Labute, M. Santavy, Journal of Chemical Information and Modeling, 46, 1107-1123

64 2006
Bis(N,N'-dimethylimidazol-2-yliden)quecksilberchlorotrijodquecksilberdimethylsulfoxidsolvat

A.M. Clark, C.E.F. Rickard, A.G. Oliver, L.J. Wright, W.R. Roper, Acta Crystallographica, C56, 26

9 2000
Bromierungs- und Nitrierungsreaktionen von metallierten (Ru und Os) multiaromatischen Liganden und Kristallstrukturen von ausgewählten Produkten

A.M. Clark, C.E.F. Rickard, W.R. Roper, L.J. Wright, Journal of Organometallic Chemistry, 598, 262

47 2000
Schrittweise Umwandlung eines Osmium-Trimethylstannyl-Komplexes in einen Triiodostannyl-Komplex und nukleophile Substitutionsreaktionen an den Zinn-Jod-Bindungen

A.M. Clark, C.E.F. Rickard, T.J. Woodman, L.J. Wright, W.R. Roper, Organometallics, 19, 1766

32 2000
Der Ursprung des "Spikes" im EPR-Spektrum von C60-

P. Paul, R.D. Bolskar, A.M. Clark, C.A. Reed, Chemical Communications, 1229

18 2000
Zyklometallierte Ruthenium- und Osmiumkomplexe, die den Liganden o-C6H4PPh2 enthalten

M.A. Bennett, A.M. Clark, M. Contel, C.E.F. Rickard, W.R. Roper, L.J. Wright, Journal of Organometallic Chemistry, 601, 299

25 2000
Ph.D. Dissertation: Arylorganometallische Verbindungen von Ruthenium und Osmium

A.M. Clark

1999
Elektrophile aromatische Substitutionsreaktionen am Phenylring des an Ruthenium(II) oder Osmium(II) gebundenen Chelatliganden 2-(2'-Pyridyl)phenyl)

A.M. Clark, C.E.F. Rickard, W.R. Roper, L.J. Wright, Organometallics, 18, 2813

93 1999
5-Bromierung eines an Osmium(II) gebundenen η2-8-Quinolyl-Liganden und anschließende Lithiierung und Derivatisierung dieses funktionalisierten Liganden

A.M. Clark, C.E.F. Rickard, W.R. Roper, L.J. Wright: Organometallics, 17, 4535

21 1998
Chemical Resource Kit, Chemie in Neuseeland, Nov/Dez 1998
Osmium-Komplexe, die entweder chelatbildende oder nicht-chelatbildende 8-Chinolyl-Liganden enthalten

A.M. Clark, C.E.F. Rickard, W.R. Roper, L.J. Wright, Journal of Organometallic Chemistry, 545-546, 619

1997
M.Sc. Dissertation: Synthetische Ansätze für Ruthenium- und Osmium-Stannyl-Komplexe

A.M. Clark

1996
Osmium-Nitrosyl-Komplexe mit Osmium-Zinn-Bindungen; Kristallstruktur von Os[Sn(p-Tolyl)3](NO)(CO)2(PPh3)

A.M. Clark, C.E.F. Rickard, W.R. Roper, L.J. Wright, Zeitschrift für metallorganische Chemie, 543, 111

1996