Collaborative Drug Discovery kündigt neue NIH-Förderung zur Entwicklung virtueller Ansätze für neue Chemikalien an

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Der Zuschuss des National Center for Advancing Translational Sciences in Höhe von 880.000 Dollar wird es CDD ermöglichen, virtuelle Ansätze für neue chemische Verfahren zu entwickeln.

Burlingame, Kalifornien - 12. Dezember 2022 - Collaborative Drug Discovery hat einen Zuschuss in Höhe von 880.000 US-Dollar vom National Center for Advancing Translational Sciences erhalten. CDD Vault für die Entwicklung virtueller Ansätze für neue chemische Wirkstoffe.

Zwei neue Technologien der virtuellen Chemie werden als separate Module in das NCATS ASPIRE-Projekt aufgenommen. Das erste Modul wird es ermöglichen, neue chemische Prozesse zu modellieren und mit Hilfe modernster (tiefgehender) maschineller Lerntechnologien auszuwählen, wobei die neuesten Struktur-/Aktivitätsdaten direkt von den Instrumenten übernommen werden. Beim zweiten Modul handelt es sich um ein neuartiges Informatiksystem zur Erfassung von chemierelevanten Daten in einer semantischen Vorlage als maschinenlesbare Reaktionen, die den Nutzen chemischer Reaktionen in elektronischen Labornotizbüchern erhöhen und eine präzisere Abfrage und Automatisierung von Reaktionsanalysen (und der entsprechenden Reaktionsprodukte) ermöglichen. Die Deep-Learning-Technologie in Modul 1 basiert auf unserer neuen CRV-Methode (Chemically Rich Vector), die in der Lage ist, Informationen über chemische Strukturen in einen Vektor aus 64 Zahlen zu komprimieren, und zwar mit einer Effizienz, die es ermöglicht, den Kodierungsprozess umzukehren: Ein CRV kann nicht nur mit großem Erfolg (>90 % exakte Übereinstimmung) in seine ursprüngliche Struktur zurückverwandelt werden, sondern ein modifizierter CRV kann auch in eine Struktur umgewandelt werden, die für diesen Punkt im chemischen Raum repräsentativ ist. CRVs eignen sich hervorragend als Deskriptoren für die SAR/QSAR-Iteration, da sie auf kleinem Raum viel mehr chemische Informationen enthalten, wodurch die Automatisierung von Struktur-Wirkungs-Modellen im Vergleich zu herkömmlichen Deskriptoren vereinfacht wird. Die resultierenden Modelle werden den mehrdimensionalen Raum über eine interaktive visuelle Schnittstelle (menschengesteuert) oder einen Back-End-Algorithmus erkunden, um ständig nach neuen und besseren Strukturen zu suchen (maschinengesteuert). Sowohl die interaktiven als auch die automatisierten Prozesse werden in den ASPIRE-Automatisierungszyklus zurückgeführt, damit sie synthetisiert und gemessen werden können (Hypothesenbewertung und iterative Optimierung). Das zweite Modul, maschinenlesbare Reaktionen, stützt sich auf unsere umfangreichen Erfahrungen bei der Entwicklung des BioHarmony Annotator (früher: BioAssay Express), der natürliche Sprachmodelle verwendet, um biologischen Testprotokollen semantische Ontologiebegriffe zuzuordnen und sie so von unstrukturiertem Text in maschinenlesbare Daten zu verwandeln. Den vollständigen Inhalt von Reaktionen aus Protokollen und chemischen Strukturdiagrammen zu extrahieren, ist angesichts der unstrukturierten Natur des Textes, der Abkürzungen, der Abkürzungen und der Annahmen, die in die Diagramme einfließen, bemerkenswert schwierig. Erschwerend kommt hinzu, dass die Materialien im Schema mit der Textbeschreibung der Reaktion verknüpft werden müssen (z. B. Reagenzien, Lösungsmittel, die an der Rezeptur beteiligten Sequenzen, die Reaktionsabwicklung und die Produktcharakterisierung). Als Alternative werden wir den CDD stoichiometric sketcher modularisieren, was es uns ermöglichen wird, diese Daten zu extrahieren. Wir werden mit NCATS zusammenarbeiten, um wichtige Felder zu identifizieren und eine maschinenlesbare chemische Reaktionsvorlage zu erstellen.

Über Collaborative Drug Discovery, Inc.

Das Vorzeigeprodukt vonCDD(www.collaborativedrug.com), "CDD Vault®", dient der Verwaltung von chemischen Registrierungen, Struktur-Wirkungs-Beziehungen (SAR) und der sicheren Zusammenarbeit. CDD Vault® ist eine gehostete Datenbanklösung für die sichere Verwaltung und gemeinsame Nutzung von biologischen und chemischen Daten. Mit Vault® können Sie chemische Strukturen und biologische Studiendaten intuitiv organisieren und mit internen oder externen Partnern über eine benutzerfreundliche Webschnittstelle zusammenarbeiten. Zu den verfügbaren Modulen von CDD Vault gehören Aktivität und Registrierung, Visualisierung, Inventar und ELN.

Eine vollständige Liste von mehr als 60 Veröffentlichungen und Patenten von CDD finden Sie online auf unserer Ressourcen-Seite unter https://www.collaborativedrug.com/publications-and-resources/.

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Medienkontakt: Barry Bunin, Ph.D., Collaborative Drug Discovery, [email protected]