CDD Verlängert den Gates-Zuschuss

Januar 13, 2011

Die Bill & Melinda Gates Foundation verlängerte kürzlich ihren bisherigen Zuschuss an CDD , um eine neuartige Datenbank einzurichten, die die Zusammenarbeit bei der Entdeckung wirksamerer Medikamente gegen Tuberkulose (TB) fördern soll.

In den vergangenen zwei Jahren hat die CDD TB-Datenbank (CDD TB DB) die Bemühungen von akademischen, gemeinnützigen, staatlichen und Unternehmenslabors auf der ganzen Welt zusammengeführt, um ihre Bemühungen um die Entdeckung neuer Therapien gegen diese tödliche Krankheit zu beschleunigen.

Da das Projekt nun in sein drittes Jahr der Unterstützung geht, ist es an der Zeit, einige der Errungenschaften der ersten beiden Jahre hervorzuheben. CDD hat:

  • Die Teilnahme von Spitzenwissenschaftlern und Forschungsmitarbeitern aus mehr als 58 wichtigen Labors, die sich mit der Entdeckung von Tuberkulose-Medikamenten befassen und mehr als 20 verschiedene wissenschaftliche Kooperationsprojekte durchführen, wurde sichergestellt. CDD TB DB ist zu einem integralen Bestandteil der Arbeitsabläufe der meisten dieser Gruppen geworden, wodurch sie ihre Daten besser verstehen und ihre begrenzten Ressourcen effektiver nutzen können.
  • Erleichterte Zusammenarbeit zwischen mehreren Laboratorien, die einen sicheren Austausch von experimentellen und rechnerischen Daten zur Tuberkulose erfordern, so dass sie ihre Ergebnisse gezielt vergleichen, Doppelarbeit vermeiden und bessere zukünftige Forschungsprioritäten formulieren können. Diese Kooperationen haben es ermöglicht, dass zuvor unzusammenhängende Bemühungen zu einer "virtuellen pharmazeutischen Organisation" zusammenwachsen.
  • Sicherstellung der Teilnahme von vier der größten globalen pharmazeutischen Unternehmen zur Unterstützung der TB-Medikamentenentwicklung und Erleichterung des Datenaustauschs zwischen ihnen und den akademischen und anderen gemeinnützigen Forschungsgruppen sowohl über offene als auch sichere private Kanäle.
  • Mehr als 300.000 einzigartige Moleküle und weit über 300.000 TB-Assay-Datenpunkte mit MHK-, IC50- und/oder Tox-Daten aus veröffentlichten, patentierten und gemeinschaftlichen Quellen wurden digitalisiert, in der CDD TB DB kuratiert und über CDD Public [Hyperlink], einem kostenlosen Service, den CDD zum Nutzen der gesamten Forschungsgemeinschaft bereitstellt, für jedermann zur Ansicht und Auswertung veröffentlicht.
  • Ermöglichte den teilnehmenden Forschungsgruppen die Nutzung anspruchsvoller Datenanalysestrategien, zu deren Ausführung sie sonst nicht in der Lage gewesen wären, zugeschnitten auf die Bedürfnisse der einzelnen Gruppen. Zu den Beispielen gehörten die Identifizierung potenzieller Zielmechanismen durch Berechnungsmethoden, die Suche nach potenziellen Verbindungen zum Testen mit Pharmakophorenmodellen, die Fokussierung von Prioritäten auf wünschenswerte molekulare Eigenschaften einschließlich ADME, die Durchführung komplexer statistischer Analysen von Datensätzen und die Bereitstellung fortschrittlicher Visualisierungsfunktionen.
  • Hat wesentlich zum Fortschritt aller Pilotanwendergruppen beigetragen, indem er die Auswahl der Verbindungen und die Richtung der Forschung für weitere Untersuchungen mitgestaltet hat.

Einige der fortschrittlichsten Funktionen von CDDwurden in dieser TB-Gemeinschaft eingeführt. Eines der TB-Labors nutzt beispielsweise die Software von CDD, um ein Portfolio verteilter Projekte zu verwalten, ähnlich wie es ein großes Pharmaunternehmen intern tut. CDD stellt diese Funktion mit der Bezeichnung "Projekte" nun allen Nutzern zur Verfügung.

Die Teilnehmer des Projekts CDD TB DB haben dessen Wert gelobt:

  • Tanya Parish, Forschungsinstitut für Infektionskrankheiten: "CDD ist viel mehr als ein Datenarchiv. Es ist wirklich unser Arbeitspferd für unsere gesamte Forschung, und es wird noch wichtiger werden, wenn wir weitere Kooperationen eingehen."
  • Joshua Odingo, Forschungsinstitut für Infektionskrankheiten: "CDD war eine Goldgrube!"
  • Joel Freundlich, Texas A&M: "CDD ist ganz einfach das beste Software-Tool, das wir in unseren TB-Wirkstoffforschungsprogrammen eingesetzt haben."
  • Todd Gruber, NIH: CDD ermöglicht es mir, "schnelle Entscheidungen darüber zu treffen, welche Verbindungen weiter untersucht werden sollen ... insbesondere bei der Suche nach neuartigen Gerüstsubstanzen. CDD ist von unschätzbarem Wert für die Handhabung der riesigen Datenmengen."

Wir freuen uns darauf, das Projekt CDD TB DB um weitere drei Jahre zu verlängern, wobei wir für die fortgesetzte Unterstützung durch den B&MGF dankbar sind.

Im Rahmen dieses Projekts hat CDD mehrere Artikel über Tuberkulose, vernachlässigte Krankheiten und die damit verbundene Arbeit mit pharmazeutischen Partnern veröffentlicht. Alle diese Veröffentlichungen sind auf Anfrage bei CDD erhältlich.

  1. Ekins S, Freundlich JS, Choi I, Sarker M und Talcott C, Computational Databases, Pathway and Cheminformatics Tools for Tuberculosis Drug Discovery, Trends In Microbiology, In Press, 2010.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21129975
  2. Ekins S und Williams AJ, Meta-Analyse von molekularen Eigenschaftsmustern und Filterung von öffentlichen Datensätzen von Antimalaria-"Hits" und Medikamenten, MedChemComm, 1:325-330, 2010.
    http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2010/MD/C0MD00129E
  3. Ekins S, Kaneko T, Lipinski CA, Bradford J, Dole K, Spektor A, Gregory K, Blondeau D, Ernst S, Yang J, Goncharoff N, Hohman M und Bunin BA, Analysis and hit filtering of a very large library of compounds screened against Mycobacterium tuberculosis, Mol BioSyst, 6: 2316-2324, 2010.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20835433
  4. Rishi R. Gupta, Gifford, EM, Liston T, Waller CL, Hohman M, Bunin BA und Ekins S, Using open source computational tools for predicting human metabolic stability and additional ADME/Tox properties, Drug Metab Dispos, 38: 2083-2090, 2010.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20693417
  5. Ekins S und Williams EJ, When Pharmaceutical Companies Publish Large Datasets: An Abundance of riches or fool's gold?, Drug Disc Today, 15; 812-815, 2010.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20732447
  6. Ekins S, Gupta R, Gifford E, Bunin BA, Waller CL, Chemical Space: missing pieces in cheminformatics, Pharm Res, 27: 2035-2039, 2010.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20683645
  7. Ekins S. und Williams AJ, Reaching out to collaborators: crowdsourcing for pharmaceutical research, Pharm Res, 27: 393-395, 2010.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20107873
  8. Ekins S, Bradford J, Dole K, Spektor A, Gregory K, Blondeau D, Hohman M und Bunin BA, A Collaborative Database and Computational Models for Tuberculosis Drug Discovery, Mol BioSyst, 6: 840-851, 2010.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20567770
  9. Bingham A und Ekins S Wettbewerbsfähige Zusammenarbeit in der pharmazeutischen und biotechnologischen Industrie. Drug Discov Today. 14: 1079-1081, 2009.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19835979
  10. Hohman M, Gregory K, Chibale K, Smith PJ, Ekins S, and Bunin B, Novel web-based tools combining chemistry informatics, biology and social networks for drug discovery, Drug Discov Today. 2009 Mar;14(5-6):261-70.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19231313

Dieser Blog wird von Mitgliedern der CDD Vault Community verfasst. CDD Vault ist eine gehostete Plattform für die Arzneimittelforschung, die sowohl private als auch externe biologische und chemische Daten sicher verwaltet. Sie bietet Kernfunktionen wie Registrierung von Chemikalien, Struktur-Aktivitäts-Beziehung, chemisches Inventar und elektronische Labornotizbücher!

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