Spotlight Interview mit Dr. Andrew Calabrese - Vizepräsident für Chemie bei AgriMetis

6. September 2016

„Bei der Umstellung von der akademischen auf die industrielle Forschung stellte sich heraus, dass Massendaten die industrielle Forschung bestimmen, egal ob es sich um Pharmazeutika oder Agrochemikalien handelt. Im akademischen Bereich können Sie sich auf ein bestimmtes Thema konzentrieren und Daten sehr sorgfältig auf einzelne Datenpunkte verfolgen. In der Industrie dreht sich alles um Massendaten, und es geht darum, Diagramme mehrerer Verbindungen gegen mehrere Datenpunkte zu zeichnen und zu versuchen, Korrelationen und Ausreißer zu finden und den Grund zu finden, warum Verbindungen das tun, was sie tun. CDD Vault ist ein großartiges Tool für die Analyse von Massendaten. “


Dr. Andrew Calabrese - Vizepräsident für Chemie bei AgriMetis

Andrew Calabrese
VP of Chemistry bei AgriMetis

Andrew Calabrese ist bei der Gründung von AgriMetis in 2014 eingestiegen. Seit 2002 war er in verschiedenen Projekt- und Führungspositionen für Pfizer und Celgene in verschiedenen therapeutischen Bereichen tätig. Er hat an Projekten mitgearbeitet und Projekte geleitet, die 9 Small Molecular Novel Chemical Entities (NCE) in die klinische Entwicklung einbrachten, von denen sich derzeit eines in Phase 2 befindet. Er promovierte in Chemie mit dem Schwerpunkt Naturstoff-Totalsynthese am University College in London, nachdem er sein Grundstudium in Chemie an der Universität Oxford abgeschlossen hatte. Nach seiner Promotion beschäftigte er sich mit neuartigen Anwendungen der Birkenreduktion zu heterocyclischen Verbindungen.


Befragt von Whitney Smith, Collaborative Drug Discovery, Inc.

Das heutige Spotlight-Interview ist mit Dr. Andrew Calabrese, Vizepräsident für Chemie bei AgriMetis, LLC. AgriMetis ist ein Kunde von CDDs mit einem etwas anderen Profil als viele unserer Biotech- und akademischen Partner, da AgriMetis sich auf die Entwicklung innovativer Pflanzenschutzprodukte konzentriert. Aufgrund des faszinierenden Bedarfs an Wissenschaft und Informatik, der denjenigen in der Arzneimittelforschung bekannt vorkommt, dachten wir, dass ein Interview mit Andrew für unsere ständig wachsende CDD-Community interessant sein würde. Andrew, danke, dass du heute zu uns gekommen bist.

ANDREW CALABRESE: Es ist mir eine Freude, hier zu sein.

Können Sie uns etwas über den Hintergrund des Unternehmens erzählen?

AC: AgriMetis wurde vor Jahren als Joint Venture zwischen zwei Unternehmen über 2 1 / 2 gegründet. Ein Unternehmen ist ein in Baltimore ansässiges Saatgutinnovationsunternehmen mit dem Namen Acidophil. Das andere Unternehmen im Joint Venture ist Syngenta Venturesmit Sitz in Raleigh, North Carolina. AgriMetis wurde gegründet, um bestimmte bei Acidophil entdeckte Technologien auf den Pflanzenschutz anzuwenden und nach neuen Wegen zu suchen, um Wirkstoffe zu entdecken, die die Landwirte auf dem Feld einsetzen können, um den Ertrag zu steigern und ihre Pflanzen vor den verschiedenen Schädlingen zu schützen .

Und was ist dein Hintergrund?

AC: Ich bin ausgebildeter Biochemiker. Ich habe meinen Bachelor-Abschluss an der Oxford University in Großbritannien gemacht und anschließend an der University of London über die Totalsynthese von Naturstoffen promoviert [mit Professor Karl Hale], bevor er wieder an der Oxford University landete [mit Tim Donohoe] ein Post-Doc machen. Während dieser Zeit wurde ich bei Pfizer in Großbritannien eingestellt. Ich habe dort ungefähr 6 Jahre lang in verschiedenen Rollen gearbeitet, angefangen als Laborchemiker und bin dann in die Chemieleitung und schließlich in die Projektleitung gewechselt. Kurz bevor der Standort in Großbritannien geschlossen wurde, wechselte ich zu Celgene in San Diego in das Chemiemanagement-Team, in dem ich in den letzten Jahren verschiedene Funktionen bei 5 innehatte. Dann, vor ungefähr 2 1 / 2 Jahren, machte ich den Sprung in die kleine Biotechnologie, indem ich mich Acidophil in Baltimore Maryland anschloss.

Was ist das Endziel der Arbeit von AgriMetis, sowohl kurzfristig als auch langfristig?

AC: AgriMetis arbeitet daran, eine Verbindung zu identifizieren, die in Feldversuchen eingesetzt werden kann. Und im Gegensatz zu Pharmazeutika, bei denen Sie möglicherweise einen primären Endpunkt in Ihrer Biologie und dann eine Reihe von sekundären Endpunkten verfolgen, die sich hauptsächlich auf die Pharmakokinetik beziehen, suchen Sie im Pflanzenschutz nach einem breiten Wirkungsspektrum. Es ist ein bisschen wie bei der Arbeit an einem Anti-Infektions-Programm, bei dem Sie möglicherweise verschiedenen Arten von Pilzen oder Schädlingen folgen. Daher werden für jede Verbindung mehrere Datenpunkte generiert, bis zu ... Ich denke, wir arbeiten derzeit an 12 für einige der fortgeschritteneren Verbindungen. Kurzfristig hoffen wir also, bis zum Ende des Jahres eine Verbindung zu finden, die in Feldversuchen eingesetzt werden kann, insbesondere ein Insektizid.

Was sind die Unterschiede zwischen Small Biotech, Pharma und Pflanzenschutz in Bezug auf die Arbeit in und den Umgang mit jeder Art von Umwelt, da Sie über ein so breites Erfahrungsspektrum verfügen? Was sind die Voraussetzungen für die Durchführung von Forschungen in diesem Umfeld und was möchten Sie in jeder Phase in jeder Organisation erreichen?

AC: Große Pharmaunternehmen und große Biotech-Unternehmen sind sich in der Regel ziemlich ähnlich. Der Hauptunterschied ist in der Regel das Datenvolumen, das für eine bestimmte Verbindung generiert wird. Kleinere Biotech-Unternehmen können es sich nicht leisten, eine erhebliche Menge von Zusatzdaten zu generieren, da sie nicht über die automatisierten Systeme verfügen. Daher gibt es eine geringere Datenmenge, aber der Wert der Daten ist viel höher.

Möchten Sie die Arbeit, die Sie mit den Partnerschaften und dem CRO-Ökosystem leisten, etwas näher erläutern und erläutern, wie Sie diese einsetzen?

AC: AgriMetis ist im Wesentlichen ein virtuelles Unternehmen, das geistiges Eigentum erzeugt. Die Leute, die dort arbeiten, bringen die bahnbrechenden Ideen hervor, die das Unternehmen zu neuartigen Pflanzenschutzmitteln machen. Die Arbeit ist fast vollständig ausgelagert. Wir haben ein kleines Labor in Gaithersburg, Maryland, in dem ein paar Laborwissenschaftler ein bisschen arbeiten, aber der größte Teil unserer Wissenschaft wird extern geleistet. Wir haben verschiedene andere kleinere Verträge, die wir mit maßgeschneiderten Gruppen in den USA und in der südlichen Hemisphäre abgeschlossen haben, weil wir, wenn wir in Feldversuche gehen und Verbindungen an Dingen wie Bienen testen, Vorteile daraus ziehen können die verschiedenen Jahreszeiten in den verschiedenen Hemisphären, um zu versuchen, unsere Programme zu beschleunigen.

Ich würde gerne ein wenig über Ihren Weg bei der Suche nach einem Informatiksystem für AgriMetis sprechen. Haben Sie mit einem anderen System alle externen und internen Daten bei AgriMetis verwaltet und nach einem Startup-System gesucht?

AC: Als AgriMetis gestartet wurde, verwendeten wir im Wesentlichen Excel-Tabellen, was zu der Zeit in Ordnung war. Wenn wir nur eine Handvoll Verbindungen hatten, war es ziemlich einfach, Daten und Versand mithilfe von Excel-Tabellen zu verwalten. AgriMetis ist jetzt bis zu 600-700-Compounds. Excel-Tabellen wären in diesem Szenario nicht möglich.

Ich muss zugeben, wir haben uns nicht allzu sehr umgesehen. Bei einer früheren Firma hatte ich eine Bewertung der Tools vorgenommen, die es gab, und CDD Vault war meine Empfehlung. Also haben wir das Produkt gekauft.

Was sind die primären Ziele für das Einbringen CDD Vault bei AgriMetis?

AC: Also, was wollen wir damit erreichen? CDD Vaultist in dieser Form der Nutzung drei Dinge. Das erste ist, dass es das Repository für alle unsere Daten sein wird und wie wir mit den CROs kommunizieren und Daten von ihnen sammeln können. Zweitens wird und wird es so verwendet, wie Sie es in der Forschung verwenden würden - Data Mining, Auslagerung von Daten usw. Die dritte Verwendung, die wir uns irgendwann vorstellen können, ist eine Ressource für die Due Diligence und Kooperationen.

Sie haben vorhin die Sicherheit zwischen Ihren verschiedenen Mitarbeitern oder Ihre Fähigkeit, die Sichtbarkeit dieser Mitarbeiter zu steuern, erwähnt. War das ein wichtiger Bestandteil Ihrer Produktauswahl?

AC: Auf jeden Fall. Das war ein wesentlicher Bestandteil. Wir hatten vier wesentliche Komponenten. Erstens mussten sie webbasiert sein, um Kollaborateure zu berücksichtigen - insbesondere Kollaborateure mit Sitz im Ausland. Es ist einfacher, wenn das Produkt webbasiert ist. Zweitens musste es angemessene Sicherheitsvorkehrungen geben. Drittens musste es sich um ein Produkt handeln, das wir als Repository verwenden konnten, aber als sicheres Repository, das sich ein wenig von der Sicherheitsanpassung unterscheidet. Ein sicheres Repository ist eher im Sinne von „Wir werden alle unsere Informationen hier ablegen, wir möchten, dass sie sicher sind“. Das vierte Kriterium war, dass es von einem zuverlässigen Dritten gehostet werden musste - wir wollten keinen Server im Haus haben, weil wir nicht dafür eingerichtet sind. CDD Vault alle diese Kriterien erfüllt.

Jetzt haben Sie CDD Vault Was sind die besten zwei oder drei Dinge, die Sie über die Anforderungen hinaus mögen, die Sie bereits aufgelistet haben?

AC: Sicher, wie ich bereits angedeutet habe, ist unser Umgang mit der Datenerzeugung in Bezug auf die Datenerzeugung ein wenig ungewöhnlich CDD Vault typischerweise für pharmazeutische Unternehmen eingesetzt. Die Datenmenge pro Verbindung ist etwas höher, aber auch die Art und Weise, wie die Daten erzeugt werden, ist in Teilen pro Million Aktivität anstatt in einem Konzentrationsgradienten. Und Charlie Weatherall und sein Team haben uns sehr geholfen, einen Weg zu finden, um diese Daten zu verarbeiten CDD Vault auf eine Weise, dass es richtig und sinnvoll angezeigt wird. Ich war sehr beeindruckt vom Kundenservice - ihr wart in dieser Hinsicht sehr hilfreich.

In Bezug auf die tatsächliche Nutzung würde sich AgriMetis, wenn Sie sich die Anmeldestatistik ansehen, wahrscheinlich als leichter Benutzer qualifizieren. Wir haben es im ersten Jahr nicht viel benutzt. Das ist keine Reflexion über das Produkt, sondern eher eine Reflexion über die Tatsache, dass ich die Entscheidung getroffen habe, dass ich es eher früher als später einrichten möchte. Ich wollte nicht, dass wir herumkrabbeln. Deshalb werden wir es in diesem Jahr vermehrt einsetzen, insbesondere für die Due Diligence. Bisher war die Benutzerfreundlichkeit jedoch in Ordnung. Der Kundenservice war ausgezeichnet. Wir sind alle auf dem Laufenden.

Und haben Sie das Gefühl, dass Sie einige der häufigsten Fallstricke vermieden haben, die Sie in anderen Unternehmen gesehen oder gehört haben, weil Sie diese Technologie frühzeitig eingeführt haben?

AC: Ja genau.

Was sind die besten zwei oder drei Dinge, die CDD besser machen könnte? Was sollen wir auf unsere Roadmap setzen?

AC: Das ist eine schwierige Frage. Ich glaube nicht, dass ich etwas habe, weil ich das Produkt mag. Für mich geht das. Ich habe wirklich nichts, woran ich denken kann.

Wenn Ihnen etwas einfällt, können Sie es uns gerne schicken. Wir arbeiten ständig daran, das Produkt zu verbessern.

Gibt es noch etwas, das Sie in diesem Interview mitteilen möchten?

AC: Der wichtigste Punkt, auf den ich hoffen würde, ist der, während wir reden CDD VaultWir sprechen von einem IT-System und von Leuten, die an einem Computer sitzen, um sich einzuloggen. Tatsächlich waren die Interaktionen mit den Leuten bei CDD ausgezeichnet. Sehr hilfreich, sehr reaktionsschnell und nicht nur „Oh, mach es so“, sondern auch sehr lehrreich. Also, die Leute Seite der Dinge bei CDD rangiere ich sehr hoch.

Das ist ein fantastisches Feedback. Vielen Dank


Dieser Blog wurde von Mitgliedern der verfasst CDD Vault Gemeinschaft. CDD Vault ist ein gehosteter Drogenforschung Informatik Plattform, die sowohl private als auch externe biologische und chemische Daten sicher verwaltet. Es bietet Kernfunktionen einschließlich chemische Registrierung, Struktur Aktivitätsbeziehung, chemisches Inventar, und elektronisches Labornotizbuch Fähigkeiten!

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