CDD Spotlight Interview mit James Moe - Präsident, CEO und Mitbegründer von Oligomerix

14. April 2016

"Wir benutzen CDD Vault als eine Möglichkeit, unsere chemischen Strukturen zu speichern, als eine Möglichkeit, sie zu durchsuchen, als eine Möglichkeit, alle unsere Assay-Daten zu speichern. Wir verwenden es auch zur Durchführung von Berechnungen, zur Analyse unserer Daten, zur Erstellung von Berichten und zur Übermittlung der Daten an andere und vor allem auch zur sicheren Zusammenarbeit mit Mitarbeitern. Es war für all diese Zwecke von entscheidender Bedeutung. “


JamesMoe

James Moe
Präsident, CEO und Mitbegründer von Oligomerix

Dr. Moe verfügt über mehr als 20-Jahre Industrieerfahrung und war in leitenden Positionen in der Produktentwicklung in internationalen Teams von Früh- und Spätdiagnostik-, Biotechnologie- und Biopharmaunternehmen wie Gene-Trak, Amoco Technology Ventures / Vysis, bioMerieux und Mosaic Technologies tätig. Vor der Gründung von Oligomerix war er Director of Product Development bei Pyrosequencing, Senior Molecular Biologist bei Spire Biomedical und Director of Product Development bei Q-RNA, Inc.

Dr. Moe erhielt seinen Ph.D. Studium der Molekularbiologie / Molekularbiophysik an der Wesleyan University, Promotion an der Vanderbilt University im Center for Molecular Toxicology, wo er gemeinsam in die Abteilung Biochemie der Medical School und in die Abteilung Chemie des College of Arts and Sciences berufen wurde, und hat einen MBA-Abschluss mit Schwerpunkt auf unternehmerischen Studien an der Boston University.


Befragt von Shirley Louise-May, Kollaborative Wirkstoffforschung, Inc.

Ich bin hier mit James Moe, Präsident und CEO und Mitbegründer von Oligomerix. Oligomerix ist ein kleines Biotech-Unternehmen, das hauptsächlich an der Behandlung von Tauopathien interessiert ist. Tau ist ein Protein im Zentralnervensystem (ZNS), das an der Neurodegeneration beteiligt ist, wenn es Probleme mit den Bahnen stromabwärts oder stromaufwärts von Tau gibt. James, könnten Sie uns die Natur der Forschung von Oligomerix vorstellen?

Klar, ich bin James Moe, Präsident und CEO von Oligomerix. Wir sind ein Unternehmen, das sich auf Tau als therapeutisches Ziel der Neurodegeneration bei Alzheimer (AD) konzentriert, aber die Arbeit, die wir leisten, gilt auch für zahlreiche andere Krankheiten. In der Tat gibt es ungefähr zwanzig verschiedene Tauopathien, die bis heute bekannt sind. Die Alzheimer-Krankheit (AD) ist eine Demenz, die durch die pathologischen Merkmale, Plaques und Verwicklungen gekennzeichnet ist, die hauptsächlich aus aggregiertem Beta-Amyloid- bzw. Tau-Protein bestehen.

Als wir mit diesem Projekt begannen, entschieden wir uns, Tau als Ziel zu verfolgen, basierend auf dem reproduzierbaren Muster der Entwicklung und Ausbreitung der Tau-Pathologie im Verlauf der AD und weil es ein von den meisten anderen Programmen, die auf das Amyloid abzielten, differenzierter Ansatz war Weg. Wir haben uns auch entschieden, uns weiter zu differenzieren, indem wir auf die oligomeren Aggregate von Tau anstatt auf die größeren und inerteren Fibrillenaggregate von Tau abzielten. Nachdem die meisten gegen das Amyloid-Ziel entwickelten Medikamentenkandidaten vor etwa elf Jahren diesen Weg eingeschlagen hatten, sind sie in klinischen Studien im späten Stadium gescheitert. Tau als Ziel hat also zunehmend ein großes Interesse und wir haben dort einen ziemlich guten Vorsprung. Wir haben immer geglaubt, dass es ein wichtiges Ziel für AD ist. Deshalb versuchen wir Medikamente zu finden, die verhindern, dass Tau seine neurotoxische Funktion aggregiert und entwickelt.

Sehr schön. Nachdem Sie mir nun die Art Ihrer Recherche erläutert haben, möchten Sie mehr Details zu Ihrem Ansatz erfahren, z. B. was ist das Endziel und was sind entweder Ihre bescheidenen oder die kühneren Ziele Ihrer Programme?

Bei Oligomerix entwickeln wir Proximity-basierte Screening-Assays zur Identifizierung von Inhibitoren, die verhindern, dass sich Tau zu Beginn des Aggregationsprozesses selbst assoziiert. Unser Endziel wäre es, Verbindungen zu identifizieren, die wir in klinische Studien einbeziehen könnten - das ist das ultimative Endziel - und die es uns erfordern würden, einen Partner an Bord zu holen und IND-fähige Studien zu erhalten. Derzeit befinden wir uns in der Phase der Optimierung des Kandidatenleiters für das Projekt.

Wie sind Sie auf die Wirkstoffe gekommen, die Sie bisher gefunden haben? Haben Sie bisher nur die Biologie als Leitfaden verwendet? Haben Sie Bibliotheksverbindungen ohne Unterstützung der medizinischen Chemie gescreent?

Nein, wir haben beide Stützen verwendet. Auf der biologischen Seite wollten wir zunächst eine solide Grundlage für die Forschung, als wir beschlossen, ein Programm zum Screenen gegen Tau als Ziel zu starten. Deshalb haben wir uns entschieden, die von Menschen verwendeten Assays vom Fibrillationstyp nicht zu verwenden, weil sie nicht physiologisch sind. Das war unsere Abweichung von der Norm. Zweitens verwendeten die meisten anderen Forscher auf dem Gebiet aus technischen Gründen kein Tau in voller Länge. Drittens verwendeten fast alle anderen Tau-Sequenzen mit Mutationen, die in AD nicht vorhanden sind. Schließlich verwendeten sie Aggregationsverstärker oder -vermittler in ihren Assays. Da wir versuchen, die Tau-Tau-Wechselwirkung durch die Entwicklung eines Proximity-Assays zu verhindern, mussten wir mit Tau in voller Länge arbeiten. Denn - was wichtig ist - wenn wir verhindern, dass Tau aggregiert, möchten wir ein normales Tau, das noch funktionsfähig ist oder eine normale Clearance durchlaufen kann. Bei der Wahl dieses Pfades konnten wir zum ersten Mal die Fähigkeit von Tau entdecken, sich selbst abzuschneiden, sobald es diese Art von Aggregaten bildet. Andere Leute haben das verpasst, weil sie bereits abgeschnittenes Tau verwendet haben.

Ursprünglich war unsere medizinische Chemie innerlich und grundlegend - wir haben unsere Treffer durchgesehen und dann neue Strukturen entworfen. Als unser medizinischer Chemiker ging, beschlossen wir zu der Zeit, als wir dachten, es wäre eine sehr vorübergehende Lösung, unsere Chemie durch einen CRO zu erledigen. Wir arbeiten immer noch mit einem Dritten zusammen, der unsere gesamte medizinische Chemie betreibt, haben aber jetzt einen beratenden medizinischen Chemiker eingestellt und beabsichtigen, diese Funktion im eigenen Haus zu übernehmen.

Letztendlich ist es unser Endziel, einem großen Pharmaunternehmen zu ermöglichen, Kandidaten schneller in die Klinik zu bringen. Wir als kleines Unternehmen wären nicht in der Lage, dies alleine oder rechtzeitig zu tun, die dafür erforderlichen Mittel mitzubringen oder über das Fachwissen für die gesamte Fahrt zu verfügen. Wir möchten jedoch unseren strategischen Partner in die Lage versetzen, dies zu tun, um unser globales gemeinsames kühnes Ziel zu verwirklichen, wirksame Therapeutika für AD zu finden.

OKAY. Was bedeutet Oligomerix für das Ziel (wie auch immer Sie diese Frage interpretieren)?

Also sind die Mittel - meine Interpretation - wie kommst du dorthin? Das ist also die Geldfrage, so interpretiere ich sie. Nun, wir haben dieses Projekt mit zwei Wissenschaftlern und mir selbst begonnen und Oligomerix dazu gebracht, ein NIH-Stipendium zu schreiben - ein SBIR. So haben wir das Unternehmen auf den Weg gebracht. NIH war ein sehr guter Partner. Wir haben auch unser eigenes Geld gesammelt. Tatsächlich stammt die Hälfte des Geldes, das wir gesammelt haben, aus NIH-Zuschüssen und die andere Hälfte von Investoren. Die meisten unserer Investoren sind Einzelinvestoren, obwohl wir derzeit einen institutionellen Investor haben, Wheatley Partners. Letztendlich sind es die Investitionsgelder, die dieses Programm ermöglichen. Das würde ich als Mittel interpretieren. Aber auch, um in diesem Geschäft zu sein, müssen Sie neuartige Technologie haben. In Bezug auf Oligomerix haben wir den größten Teil der von uns verwendeten Technologie innerhalb des Unternehmens entwickelt. Mit anderen Worten, wir haben es geschaffen, wir lizenzieren unsere neuartigen Methoden nicht von einer akademischen Institution ein. Ich denke, das zeichnet uns als kleines Unternehmen in diesem Bereich aus.

Welche neuen Techniken oder Informationen im Bereich der Tauopathie fanden Sie besonders interessant?

Nun, als Beispiel für eines der interessanten Dinge, da wir mit Tau in voller Länge arbeiteten, stellten wir fest, dass Tau sich selbst abschneidet und die Frage lautet: "Was ist der Zweck dieser Funktion?" Insbesondere hat Tau eine intrinsische proteolytische Funktion, so dass es sich selbst abschneidet, wenn es bestimmte Arten von Aggregaten bildet. Die eigentliche Frage ist also, ob die Funktion pathologisch oder protektiv ist. Um zu verstehen, warum sich diese Funktion in Tau entwickelt hat, haben wir festgestellt, dass Tau ein Protein ist, das Mikrotubuli stabilisiert. Warum sollte es also eine intrinsische proteolytische Funktion haben? Nun, es stellt sich auch heraus, dass Tau am Stressreaktionssystem beteiligt ist. Die Arbeit in anderen Labors hat gezeigt, dass Tau in den Zellkern gelangt und die Anzahl der Doppelstrangbrüche in der DNA verringert, wenn Sie Zellen in Kultur unter oxidativen Bedingungen behandeln. Ich spekuliere, dass diese neuartige Funktion in diesen Prozess involviert sein könnte und dass diese Funktion im Rest des Neurons bei AD möglicherweise schief geht. Dies steht im Einklang mit unserer Feststellung, dass die Expression einiger dieser abgeschnittenen Tau-Fragmente toxisch ist. Aus rein wissenschaftlicher Sicht ist Tau ein faszinierendes Protein, an dem gearbeitet werden muss, da seine normalen und krankheitsbedingten Funktionen innerhalb und außerhalb von Neuronen immer noch entschlüsselt werden.

Kann ich Sie also um eine Klarstellung bitten? Ist die proteolytische Funktion von Tau etwas, von dem Sie glauben, dass sie nur im Zellkern und in einem Krankheitszustand außerhalb des Zellkerns funktionieren sollte?

Ja. Es kann jedoch auch andere normale Funktionen für die tau-proteolytische Aktivität geben, sowohl innerhalb als auch außerhalb von Zellen, die wir nicht berücksichtigt haben.

OK, wie verwendet Oligomerix? CDD Vault? Und warum hast du dich entschieden? CDD Vault?

Einer der Gründe, warum wir uns entschieden haben CDD Vault Im Vergleich zu anderen Paketen, die wir uns angesehen haben, hatten wir das Gefühl, dass CDD gut passt, da wir ein kleineres Unternehmen sind, und wir wollten keine Pakete auswählen, bei denen wir dachten, dass große Pharmaprodukte in der Lage sein würden, die Probleme zu lösen Aufmerksamkeit des Anbieters. Also dachten wir, dass sie gut zu unserer Größe passen und alle Funktionen haben, die wir brauchten. Der Kundenservice war in der Tat vorbildlich!

Wie setzen wir es ein? Nun, wir benutzen CDD Vault als eine Möglichkeit, unsere chemischen Strukturen zu speichern, als eine Möglichkeit, sie zu durchsuchen, als eine Möglichkeit, alle unsere Assay-Daten zu speichern. Wir verwenden es auch zur Durchführung von Berechnungen, zur Analyse unserer Daten, zur Erstellung von Berichten und zur Übermittlung der Daten an andere und vor allem auch zur sicheren Zusammenarbeit mit Mitarbeitern. Es war also für all diese Zwecke von entscheidender Bedeutung. Und wenn wir eine Partnerschaft eingehen, freuen wir uns darauf, dass sowohl wir selbst als auch unser Partnerunternehmen auf dieselben Daten zugreifen und Daten in dieselbe Datenbank einbringen können. CDD Vault ist dafür sehr funktional. Ein weiteres Hauptanliegen ist eine Datenbank, in der wir mehr Sicherheit für unsere Moleküle haben.

Und Sie glauben, dass Sie mit einer Cloud-gehosteten Lösung wie dieser eine bessere Sicherheit haben CDD Vault als Sie vielleicht im Haus gehabt haben?

Ich denke schon.

Und beim sicheren Datenaustausch mit Partnern?

Ja.

Also muss ich fragen, ob Sie jemals die DropBox-Option gewählt haben?

Wir benötigen leistungsstärkere Funktionen zur Wirkstoffsuche, als nur ein Ordner für den Datenaustausch bietet. Wir verwenden DropBox jetzt jedoch auch für Standarddokumente.

Aber es hat keine Funktionalität?

Ja, im Grunde. Wir verwenden die Merrill-Datenbank auch für den Datenaustausch und haben viele andere Arten von Daten, die wir in die Merrill-Datenbank aufnehmen. Wir halten es einfach die ganze Zeit offen, weil es angesichts der Datenmenge, die wir relativ zu einem größeren Unternehmen haben, ziemlich kostengünstig ist. Dies sind die beiden Arten von Cloud-basierten Hosting-Lösungen, die wir bei Oligomerix verwenden. CDD Vault und Merrill. Dann machen wir noch viel intern. Wir suchen nach weiteren Möglichkeiten, die Cloud optimal zu nutzen, möchten dies jedoch gleichzeitig klug tun. Daher achten wir bei der Implementierung darauf, dass nur Anbieter mit vertrauenswürdigen Track Records wie CDD zum Einsatz kommen. das seit langem sicher sensible Daten hostet.

Also, wie lange haben Sie verwendet CDD Vault? Wenn Sie möchten, können Sie einige der Dinge aufzählen, die Sie an diesem Produkt mögen, und einige der Dinge, von denen Sie hoffen, dass sie in zukünftigen Upgrades enthalten sein werden, oder Dinge, von denen Sie glauben, dass sie, wenn sie behoben würden, das Produkt noch besser machen würden.

Ja, ich kann mir leicht zwei oder drei Dinge vorstellen, die uns daran gefallen. Ich denke, die Suchfunktionen waren sehr nützlich. Wir waren mit diesen und den von uns erstellten Berichten zufrieden. Auch in der Lage sein, Protokolle einfach zu aktualisieren. Es war auch sehr gut, wenn wir neue Assays entwickelten, um sie so zu entwerfen, dass wir sie zur Berechnung verwenden können IC50's und abgeleitete Parameter so. Ich mag es auch sehr, dass die physikalisch-chemischen Eigenschaften vorhanden sind, so dass Sie, wenn Sie einen Bericht erstellen, die gewünschten und dergleichen abhaken können.

Wie lange haben Sie verwendet CDD Vault?

Mal sehen, ich versuche genau zu denken. Wir sind in unserem dritten Jahr jetzt mit CDD Vault.

Richtig, und Sie suchen hauptsächlich nach Verbindungen oder nach Assays? Ich meine, welche Art von Suche verwenden Sie am häufigsten?

Wir haben viele Suchanfragen sowohl nach Verbindungen als auch nach Assays. Eine Sache, die wir nicht getan haben, ist, viele Imaging-Daten in CDD Vault zu speichern, aber das möchte ich in Zukunft tun. Wir haben diese Art von Daten, wissen Sie, aber im Moment pflegen die Leute das getrennt. Ein Thema, über das ich bereits mit Charlie Weatherall gesprochen habe, ist das Zeichnen von Kurven. Wenn Ihre Diagramme Ausreißer enthalten, können Sie die Ausreißer sequestrieren, die Achse des Diagramms wird jedoch nicht automatisch geändert. Wir haben noch nicht herausgefunden, wie die Achse automatisch gewechselt wird, aber es scheint, dass es einen Weg geben muss. Ich denke, dieser Teil ist ein kleiner Bereich, der verbessert werden könnte. Die gute Nachricht ist jedoch, dass Sie Ausreißer manuell entfernen können. Aber dies sind kleine Dinge, die angesprochen werden könnten, da wir nicht so viele Ausreißer bekommen. Ich sagte einem meiner Techniker: "Nur keine Ausreißer, und wir müssen uns keine Sorgen machen!"

Klar, ich wette, er hat das geliebt. Können Sie auch die von Ihnen erstellten Berichte beschreiben? Sind sie in erster Linie für den internen Gebrauch?

Ja, intern oder mit unserem CRO teilen wir unsere Daten selektiv und sicher CDD Vault auch mit unserem CRO. Wir erstellen unsere Berichte jedoch mit einem Passwortschutz. Die guten Nachrichten sind also etwas anders als bei anderen CDD Vault Sie können unterschiedliche Zugriffsberechtigungen für verschiedene Projekte festlegen. Wenn wir also eine Excel-Datei erstellen, speichern wir sie, sofern sie Strukturen aufweist, als kennwortgeschützte Datei und senden sie dann auf diese Weise an unsere CROs. Dann senden wir ihnen in einer separaten E-Mail das Passwort. Das gibt uns unserer Meinung nach ein gewisses Maß an Sicherheit, dass jemand nicht beide Nachrichten abfängt und vertrauliche Informationen erhält. Wir möchten nur wissen, dass wir unsere strukturellen Informationen mehr als alles andere schützen.

Gut. Warum beschreiben Sie nicht eine denkwürdige Interaktion, die Sie kürzlich mit einem anderen brillanten Wissenschaftler hatten?

Nun, als ich dieses Jahr auf der Alzheimer-Konferenz war, wurde viel über Tau-PET-Liganden gesprochen. Wie einige Fachleute wissen, hat die Amyloidforschung in den letzten Jahren aufgrund der Fähigkeit zur Amyloid-Bildgebung große Fortschritte gemacht. Endlich sind Tau-PET-Liganden verfügbar und werden validiert. Was faszinierend war, war, wenn Sie Amyloid- und Tau-Bildgebungsmuster im selben Gehirn betrachten, könnten Sie sowohl eine Amyloid-Pathologie als auch eine Tau-Pathologie haben. Und wenn Sie sich ansehen, wo sich die beiden Pathologien überlappen, sehen Sie Regionen mit Hypokonnektivität. Mit anderen Worten, aufgrund dieser Hypokonnektivität oder konzentrierten Proteinaggregation besteht in diesen Regionen die Möglichkeit eines Funktionsverlusts. Niemand hat das wirklich bewiesen, aber als ich mit dem Chefwissenschaftler des Advents sprach und er mich auf diese Regionen hinwies, fand ich das sehr faszinierend, weil es impliziert, dass an den Stellen, an denen die beiden Pathologien auftreten, ein großer neuronaler Verlust auftritt in der gleichen Region auftreten. Und ich denke, das sagt etwas über den Krankheitsmechanismus aus, dass möglicherweise beide Pathologien für den synaptischen Verlust notwendig sind. Ich finde es faszinierend, denn seit so vielen Jahren haben Forscher Mühe, die Beziehung zwischen diesen beiden Pathologien zu verstehen. Ich denke also, dass wir mit diesen neuen Bilddaten endlich klarer werden. Ich fand es erstaunlich, an diesem Tag in dieser Halle zu sitzen und viele gute Präsentationen von Tau-Imaging-Daten zu sehen, dass dies alles neu ist - es ist für alle in diesem Raum neu. Dies sind die Experten auf dem Gebiet der Tau-Bildgebung auf der ganzen Welt, und wenn man sie dort sitzen und sehen hört, fühlt es sich an, als ob man fast die Straße hinaufschaut und weiß, dass dies die Werkzeuge sind das wird uns helfen. Sie werden uns helfen, Behandlungen zu finden, die tatsächlich die Neurodegeneration heilen oder verlangsamen oder stoppen oder stoppen können, und das ist wirklich aufregend. Was für ein Vergnügen, als Wissenschaftler in diesem Raum zu sitzen.

Welche Technologien setzen Sie für Ihre Forschung ein? Und warum?

Als wir mit diesem Projekt begannen, entwickelten wir einen neuartigen Proximity-Screening-Assay, mit dem wir große chemische Bibliotheken screenen und dann zelluläre Assays als Sekundärscreenings verwenden konnten. Um zu zeigen, dass unsere Screeningtests Verbindungen auswählen, die in vivo funktionieren, führen wir Mausstudien durch. Das Problem bei der Durchführung von Mausstudien ist jedoch, dass es kein Mausmodell gibt, das die Alzheimer-Krankheit wirklich rekapituliert, sodass Sie nur einen mechanistischen Teil der Krankheit betrachten. In unserem Fall haben wir uns die Tauopathiemodelle angeschaut, weil Tau unser Ziel war. Jetzt haben neun von zehn dieser Modelle frontale temporale Demenzmutationen, die für die Alzheimer-Krankheit völlig irrelevant sind. Das ist einer der Mängel. Ein mechanistischer Teil der Krankheit und nicht die ganze Krankheit zu sein, ist ein weiterer Nachteil. Wenn Sie jedoch in einem dieser Modelle zeigen können, dass Sie Ihr Ziel erreichen, können Sie auch die anderen Beteiligten davon überzeugen, dass Sie einen wertvollen Ansatzpunkt für potenzielle Therapeutika entwickelt haben, die klinisch eingesetzt werden könnten Entwicklung. Die In-vivo-Studien sind also wirklich ein Mittel, um Vertrauen in potenzielle Partner aufzubauen, ein Beweis für einen Mechanismus und einen Nachweis für die Validierung, dass Ihre Screening-Assays aussagekräftig sind.

Wie arbeiten Sie in Ihrer Gruppe zusammen und wie können Sie mir über mögliche Kooperationen mit anderen berichten, was funktioniert gut, was kann besser sein?

Nun, AD-Projekte sind so kompliziert, dass Sie zusammenarbeiten müssen, weil keine Person genug Fähigkeiten besitzt, um all die verschiedenen Aspekte zu erledigen. Wir haben eine Reihe von akademischen Kooperationen gehabt, obwohl wir begonnen haben, diese zu begrenzen, und jetzt arbeiten wir hauptsächlich mit CROs zusammen. Ein Problem bei der Arbeit mit akademischen Organisationen ist, dass sie nicht für eine Gebühr für den Service arbeiten möchten und unsere Investoren nicht für alles, was wir entwickeln, Lizenzen aushandeln müssen. Deshalb haben wir angefangen, mehr mit CROs zu arbeiten. Wir erwarten sehr kooperative Anstrengungen mit unserem Partnerunternehmen und beabsichtigen, den größten Teil der Biologie und einen Teil der Chemie zu übernehmen. Hoffentlich übernimmt der richtige Partner den größten Teil der Chemie oder die Chemie wird über das CRO-Netzwerk abgewickelt. Es wird sehr ansprechend sein, wenn wir mit einem großen Pharmaunternehmen zusammenarbeiten und ADME-, PK- und Langzeittoxizitätsstudien durchführen, damit wir die Datenbanken des jeweils anderen nach gemeinsam entwickelten IP durchsuchen können. Die Art und Weise, wie ich mir das vorstelle, verwenden wir beide CDD Vault bei größeren Projekten. Das ist definitiv etwas, worauf ich mich freue und worauf ich mich in Zukunft freue.

Gibt es einen Aspekt der Zusammenarbeit, den Sie außer Acht lassen? CDD Vault für oder Sie hoffen, dass sie setzen in CDD Vault in der Zukunft?

Mir fällt gerade nichts ein. Aber ich könnte sicherlich meine Gruppe fragen, ob jemand andere Ideen von der Arbeit bei uns hat CDD Vault weil sie möglicherweise Vorschläge haben oder einige offensichtlich werden, wenn wir uns auf eine größere Pharma-Zusammenarbeit einlassen. Es gibt möglicherweise einige Funktionen, an die sie mit ihren eigenen Datenbanken gewöhnt sind, von denen wir nicht einmal wissen, dass sie existieren. Aber momentan fällt mir nichts ein. Es erfüllt also unsere Bedürfnisse in dieser Phase sehr gut.

Darf ich fragen, ob Sie bisher etwas speziell für Sie angefertigt haben? Haben Sie gesagt, wenn wir es so machen könnten und CDD Vault ist zu dem Anlass aufgestiegen?

Ich glaube nicht, dass wir die Dinge unbedingt angepasst haben, aber ich denke, Charlie (Weatherall) hat uns sehr geholfen, herauszufinden, wie wir unsere am besten einrichten können CDD Vault, wie wir unsere Daten importieren und unsere Berechnungen automatisch anhand der Rohdaten durchführen, wenn wir unsere Experimente durchführen. Das erfordert ein gewisses Maß an Hin und Her, um es genau richtig zu machen. Ich denke, er war sehr empfänglich für alles, was wir tun mussten, und das war gut. Gegenwärtig beschäftigen wir uns nicht intensiv mit rechnergestützten Modellierungsansätzen. Dies ist jedoch etwas, auf das wir in Zukunft möglicherweise mehr Wert legen werden. Wir haben den Punkt erreicht, an dem wir viele unserer Methoden standardisiert haben, und setzen jetzt Best Practices durch, damit die Leute die Methoden nicht ändern. Mit anderen Worten, wir haben SOPs, die abgemeldet sind und die Sie verwenden müssen Dies ist hilfreich, wenn Sie diese Parameter für viele verschiedene Verbindungen untersuchen. Sobald Sie einen Assay entwickelt und vollständig validiert haben, müssen Sie sich keine Sorgen mehr machen, dass er sich im Laufe der Zeit ändert. Dies ist nur eine Frage, aber wäre es für Unternehmen wie uns von Nutzen, die keine Merrill-Datenbank benötigen, weil sie mit dieser Datenbank alles in einer Datenbank erhalten können CDD Vault Ich meine, mit der Versionierung und einem Audit-Trail sollte man darüber nachdenken, aber für zukünftige Upgrades.

Also eher ein IP-ähnliches Modul?

Ja, ein Modul, in dem Sie all Ihre Dokumente, all Ihre SOPs, all Ihre Berichte, all Ihre Mitbearbeiterberichte usw. einfügen können. Ich meine, in der Merrill-Datenbank haben wir eine Zusammenfassung unseres Experiments und wir haben Notizbuchreferenzen und wir haben Schlussfolgerungen, wissen Sie, so dass sie nicht viel physischen Raum in Anspruch nehmen, in dem Sinne, dass diese nicht vorhanden sind. ' t sehr große Dateien. Einige der Imaging-Dateien sind wahrscheinlich ziemlich groß, aber im Allgemeinen sind sie keine sehr großen Dateien. Also ist es etwas, wenn CDD Vault Wenn wir diese Funktionalität einbauen würden, müsste ein Unternehmen wie wir keine Merrill-Datenbank haben.

Wie weit würde ein elektronisches Labor-Notebook in diese Richtung gehen?

Ja, ich denke, das wird die Lösung sein. Im Moment sind unsere Notizbücher physische Notizbücher, aber sie sind zum Beispiel alle gescannt. Also bewerten wir elektronische Laborhefte zu diesem Zeitpunkt, aber wir haben uns noch nicht entschieden, eine zu adoptieren.

Sie wissen, dass CDD in 2016 ein voll funktionsfähiges elektronisches Notebook entwickelt?

Ja, wir würden gerne glauben, dass wir es mit Sicherheit bewerten können. Ich denke, wir wissen, dass wir auf ein elektronisches Format migrieren müssen, da es zu einem Zeitpunkt, zu dem wir anfangen, mit den großen Pharmas zu arbeiten, für sie einfacher sein wird, mit uns zusammenzuarbeiten. Wir wollen keine Situation, in der wir Äpfel und Orangen haben, wenn wir versuchen, Dinge zu vergleichen und Widerstand gegen die Zusammenarbeit zu schaffen, nur weil sie so sind oder weil wir mit Informationen umgehen. Das ist also wichtig. Ich habe auch gesehen, dass selbst die gescannten Notizbücher äußerst hilfreich waren, da es viel einfacher ist, auf Informationen elektronisch zuzugreifen, als in die Ablage zu gehen, das Notizbuch herauszuziehen und die Seite zu finden. Wir modernisieren also auf diese Weise und wären interessiert, das zu sehen CDD Vault ELN das, wenn es ausgerollt wird.

Gut. Ich habe also ein paar Fragen zum Vorgang, wer in Ihrem Unternehmen CDD verwendet, wer sich anmeldet und wie oft er sich anmeldet. Wer sucht? Haben Sie Menschen in verschiedenen Funktionen mit CDD Vault auf veschiedenen Wegen? Sie haben beispielsweise Ihre Biologen, die Kurven berechnen, Ihre medizinischen Chemiker, die den SAR-Abbau durchführen… Welche unterschiedlichen Rollen oder Methoden verwenden die Mitarbeiter Ihres Unternehmens CDD?

Unsere Biologen führen Screening-Assays durch und importieren die Daten in CDD Vault und unser medizinischer Chemiker und Wissenschaftler suchen und analysieren die Daten. Wir haben auch ein regelmäßiges Treffen, bei dem alle Funktionsbereiche durchlaufen werden. Wenn wir diese haben, benutzen wir CDD Vault Berichte zu generieren, mit denen der Projektstatus dem gesamten Team mitgeteilt wird. Wir verwenden es also sowohl für die interne Berichterstattung als auch ein bisschen für die externe Berichterstattung.

Und wie gelangen sie dann sicher zu Ihnen?

Sie senden uns verschlüsselte Dateien mit den SMILES-Codes und wir integrieren sie in unsere CDD Vault. Es läuft wirklich gut. Wir arbeiten mit Allen Reitz vom Fox-Chase Chemical Diversity Center zusammen, er ist ein hoch angesehener medizinischer Chemiker.

Verwenden Sie das neue Visualisierungsmodul in CDD Vault (CDD Vision)?

Ja. Wir haben damit begonnen, diese vierdimensionalen Diagramme zu erstellen, und sie waren tatsächlich sehr gut für die Kommunikation unseres chemischen Raums. Tatsächlich hatten wir auf der internationalen Konferenz der Alzheimer Association ein Poster, auf dem wir eine farbenfrohe Handlung direkt von in das Poster aufgenommen haben CDD Vault. Ich denke, es war ein wirklich gutes Kommunikationsinstrument und einige der Leute, die auftauchten, waren große Leute vom Typ Pharma Med Chemiker und sie waren sehr interessiert an den Anschlägen. Daher war es eine nützliche Möglichkeit, ihnen mitzuteilen, wie unsere Serie über mehrere Parameter hinweg aussieht, die sich auf Drogen beziehen. Wir möchten diese frühen Analysen gerne ausbauen, da wir natürlich noch nicht so gut damit umgehen konnten. Ich habe heute in Charlies Präsentation gesehen, dass es mehrere Möglichkeiten gibt, die Nutzung zu verbessern, wenn man bedenkt, wie leistungsfähig das neue Visualisierungsmodul wirklich ist. Nun ist die Modellierungsfunktion sehr interessant. Wir haben das durchgesehen und ein Modell gemacht, um zu sehen, wie es funktioniert. Ich kann Ihnen keine Antwort geben, ob es vorhersehbar war. Ich kann Ihnen nicht sagen, ob das Modell effektiv bei der Suche nach Treffern war, da wir zum ersten Mal ein so begrenztes Modell gebaut haben, dass wir es ausprobiert haben und es nicht so wichtig war, ob das Modell funktionsfähig war oder nicht. Es war eher ein Proof-of-Concept für die Erfahrung beim Erstellen des Modells. Was ich aber tun möchte, ist zu versuchen, ein Modell zu erstellen, mit dem echte Trends von Ausreißern getrennt werden können. Wir haben viele interessante Singletons aus unseren Assays, und wir haben drei davon bearbeitet. Wir haben uns hauptsächlich auf eine Serie konzentriert, weil Sie bei einer Serie mehr Vertrauen in das zugrunde liegende Signal haben. Als wir eine große Leinwand mit hunderttausend Verbindungen aufführten, hatten einige unserer Serien eine große Anzahl von Treffern. Wenn Sie also dreißig oder vierzig Treffer mit demselben strukturellen Chemotyp erhalten, ist es einfacher, sich darauf zu konzentrieren. Aber wir haben auch einige Erfolge durch die begrenzte Arbeit, die wir an den Singletons geleistet haben, erzielt. Die Frage ist also, ob wir, anstatt zu versuchen, eine Synthese mit vielen Singletons durchzuführen, ein virtuelles Screening mit einem CDD-Modell durchführen können und ob einige dieser Singletons interessanter sind als andere und uns vielleicht dabei helfen, sie zu priorisieren. Also würde ich gerne sehen, ob das funktioniert.

Eine andere Sache ist, dass wir jetzt, da wir eine Lead-Serie haben, mit einigen Pharmas darüber diskutieren, ob wir in ihre Datenbank gehen und ähnliche Strukturen herausholen könnten, die wir dann testen können. Eines der ersten Dinge, die ich gerne tun würde, ist, ein validiertes CDD-Modell für diese Strukturen auszuführen, um zu prüfen, ob Treffer auftreten. Dann ist der wahre Beweis im Pudding, wie Sie wissen, ob einer von ihnen im Assay funktioniert? Hier sehen Sie also die potenziellen Verwendungsmöglichkeiten des Modells. Was das Modell gültig machen würde, ist seine Fähigkeit, vorhersagbar zu sein. Das heißt aber nicht, dass man alles vorhersagen muss. Wenn es eine Teilmenge vorhersagt und Sie in eine Richtung weist, wäre es nützlich, auch wenn es nicht alles perfekt vorhersagt. Weil wir bei der Suche nach medikamentösen chemischen Reihen für die Alzheimer-Krankheit mehrere Ansätze zur Lösung dieser schwierigen Fragen verwenden. Also noch einmal, ich denke an die Singletons, die sowieso eher ignoriert werden. Das wäre ein Bereich, in dem ich versuchen möchte, die Modellierung stärker zu nutzen. Natürlich weißt du, dass mein Hintergrund in der Molekularbiophysik liegt, weshalb ich keine Angst habe oder zögere, die Modellierungsfunktionalität zu verwenden.

Haben Ihre Forschungsanstrengungen von Ihrer Verwendung von profitiert? CDD Vault?

Absolut, unsere Forschungsanstrengungen haben davon profitiert CDD Vault. Es war eine sehr nützliche und hilfreiche Erfahrung und ich empfehle sie potenziellen Benutzern sehr. Ich freue mich auch darauf, einige der anderen Module zu sehen, die Sie einführen möchten, einschließlich des elektronischen Labor-Notebooks. Außerdem möchte ich mich dieses Mal bei Ihnen und Barry für die Gelegenheit bedanken, mit Oligomerix am Spotlight teilzunehmen!


Dieser Blog wurde von Mitgliedern der verfasst CDD Vault Gemeinschaft. CDD Vault ist ein gehosteter Drogenforschung Informatik Plattform, die sowohl private als auch externe biologische und chemische Daten sicher verwaltet. Es bietet Kernfunktionen einschließlich chemische Registrierung, Struktur Aktivitätsbeziehung, chemisches Inventar, und elektronisches Labornotizbuch Fähigkeiten!

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