Das von GSK veröffentlichte Set von Kinase-Inhibitoren (PKIS) ist jetzt unter CDD verfügbar.Vault

Juli 8, 2013

Um das GSK Protein Kinase Inhibitor Set (PKIS) ist viel Wirbel gemacht worden.

Kinome Blog Bild

verwendet mit Genehmigung von http://kinase.com/human/kinome/

Im Blog In the Pipeline von Derek Lowe heißt es dazu: "Das Unternehmen hat 367 Verbindungen für alle akademischen Forscher, die im Bereich Kinasen arbeiten, zur Verfügung gestellt, solange sie ihre Ergebnisse öffentlich zugänglich machen... Wenn Sie also in der akademischen Welt tätig sind und sich für Kinase-Stoffwechselwege interessieren, müssen Sie unbedingt einen Blick auf dieses Set werfen." Wie Lowe anmerkte, wurde der Datensatz über die ChEMBL-Website verfügbar gemacht. In einigen Kommentaren auf dem Blog wurde darauf hingewiesen, dass es schwierig war, die gewünschten Daten von ChEMBL zu erhalten, da die Kinase-SARfari-Datenbank und die neue ChEMBL-Datenbank nicht synchron sind.

Um den Zugang zu wichtigen Daten zu verbessern, haben wir die PKIS-Daten, die ChEMBL freundlicherweise zur Verfügung gestellt hat, gesammelt und so aufbereitet, dass sie hier auf der Website Collaborative Drug Discovery (CDD) zugänglich sind (ähnlich wie wir es zuvor für die Kinase-SARfari-Datenbank getan haben). Ganz im Sinne der Bemühungen von GSK und NCATS (doi:10.1371/journal.pone.0057888) und der öffentlichen Datenpolitik von CDDstellt CDD alle SAR-Daten, die Forscher weitergeben möchten, der Öffentlichkeit frei zur Verfügung und hilft sogar dabei, die Daten so zu formatieren, dass sie so nützlich wie möglich sind.

Durch die Übertragung auf CDD werden die Daten in einer "medizinisch-chemischen" Art und Weise zur Verfügung gestellt. Außerdem haben wir den Datensatz etwas aufgeräumt. So gibt es zum Beispiel nur 364 Verbindungen (einige Duplikate waren auf Salzformen oder alternative Namen desselben Moleküls zurückzuführen). Außerdem haben wir versucht, die Namen der Zielmoleküle so weit wie möglich zu normalisieren (so wurden beispielsweise die Kinasen IKKA, IKKB und IKKE im UNC-Datensatz als IKK-alpha, IKK-beta und IKK-epsilon bezeichnet). Nicht dass wir perfekt wären... wir freuen uns auch über Korrekturen an unserem Datensatz!

Zusammengefasst gibt es 364 Verbindungen, die gegen 225 Ziele bei 0,1 und 1 mM getestet wurden. Für diejenigen unter Ihnen, die mit CDD vertraut sind, wurden die Daten über zwei Projekte zur Verfügung gestellt. Im ersten Projekt (MultiProtocol) wird jedes Target als separates Protokoll veröffentlicht. Sie können also sowohl nach der Struktur (oder Substruktur) der Verbindungen als auch nach dem/den Namen des Targets suchen. Im orthogonalen Projekt (OneProtocol) gibt es nur ein Protokoll, aber die 226 Targets sind in einem einzigen Readout aufgeführt (für unsere Kunden, die dieses Format bevorzugen).

Wie auch immer, dieser großartige Datensatz ist nun in einer alternativen Form für die Öffentlichkeit verfügbar. Wir hoffen, Sie finden ihn hilfreich.


Dieser Blog wird von Mitgliedern der CDD Vault Community verfasst. CDD Vault ist eine gehostete Plattform für die Arzneimittelforschung, die sowohl private als auch externe biologische und chemische Daten sicher verwaltet. Sie bietet Kernfunktionen wie Registrierung von Chemikalien, Struktur-Aktivitäts-Beziehung, chemisches Inventar und elektronische Labornotizbücher!

CDD Vault : Drug Discovery Informatics - Ihr gesamtes Projektteam wird begeistert sein!