Alex Clark, PH.D., Investigador científico, Collaborative Drug Discovery

Alex Clark Ph.D. Investigador Científico Descubrimiento de fármacos en colaboración y CDD Vault

Alex Clark lleva construyendo productos de software de quimioinformática y descubrimiento computacional de fármacos desde principios de los años 2000, después de pasar una década aprendiendo a ser un científico de la manera más difícil: ejecutando reacciones en la mesa de laboratorio.

Desde que se pasó a la informática a tiempo completo, ha trabajado en la mayoría de las áreas del software de la química contemporánea, ya sea en 2D o 3D, a gran escala (química informática) o a pequeña escala (química cuántica), moléculas grandes (proteínas) o pequeñas (fármacos). Tiene un interés persistente en la interfaz entre los científicos y el software, que sigue siendo un reto para nuestra industria, y ha trabajado mucho en técnicas de visualización, cuadernos de laboratorio electrónicos y en la reimaginación del software tradicional para nuevas plataformas como el móvil, la nube y la web.

Publica regularmente en la literatura científica y ha mantenido un gran número de colaboraciones desde que se convirtió en empresario en 2010. Siempre que no está trabajando en proyectos para CDD, sigue manteniendo su propia empresa, Molecular Materials Informatics, experimentando sin descanso con todo tipo de ideas, métodos y productos de software de química orientados al futuro. Alex completó su doctorado en la Universidad de Auckland, Nueva Zelanda, en 1999, y posteriormente se trasladó a Norteamérica.

Educación y formación

Universidad de Auckland
B.Sc: Química, Informática
M.Sc.: Química Inorgánica/Organometálica (Asesores: L. James Wright & Warren Roper)
Ph.D. : Química Organometálica (Asesores: L. James Wright & Warren Roper)

Universidad de California, Riverside
Becario postdoctoral: Química de Fullerenos (Asesor: Christopher Reed)

IntelliChem Inc., Oregón, EE.UU. (ahora Biovia)
Científico computacional

Chemical Computing Group Inc., Montréal, Canadá
Investigador científico

Molecular Materials Informatics, Inc..
Fundador

Citas

Citas 2015 1259
h-index 27 20
Índice i10 40 32

Publicaciones

TÍTULO DE LA PUBLICACIÓN CITADO POR AÑO PÚBLICO
Uso del aprendizaje automático para analizar las descripciones de mezclas químicas

A.M. Clark, P. Gedeck, P.P. Cheung, B.A. Bunin, ACS Omega, 6, 22400-22409

2021
Captura de la composición de la mezcla: un formato abierto legible por máquina para representar sustancias mezcladas

A.M. Clark, L.R. McEwen, P. Gedeck, B.A. Bunin, Journal of Cheminformatics, 11:33

8 2019
Comparaciones de aprendizaje automático múltiple de conjuntos de datos basados en células del VIH y en la transcriptasa inversa

K.M. Zorn, T. Lane, D.P. Russo, A.M. Clark, V. Makarov, S. Ekins, Molecular Pharmaceutics, 11, 696-706

39 2019
Los modelos de aprendizaje automático bayesiano del virus del ébola permiten nuevas pistas in vitro

M. Anantpadma, K.M. Zorn, M.A. Lingerfelt, A.M. Clark, J.S. Freundlich, R.A. Davey, P.B. Madrid, S. Ekins, ACS Omega, 4, 2353-2361

36 2019
Aprovechamiento del aprendizaje automático para el descubrimiento y desarrollo de fármacos de principio a fin

S. Ekins, A.C. Puhl, K.M. Zorn, T.R. Lane, D.P. Russo, J.J. Klein, A.J. Hickey, A.M. Clark, Nature Materials, 18, 435-441

230 2019
Minería de datos y modelización computacional de conjuntos de datos de cribado de alto rendimiento

S. Ekins, A.M. Clark, K. Dole, K. Gregory, A.M. Mcnutt, A. Coulon-Spektor, C. Weatherall, N.K. Litterman, B.A. Bunin, Reporter Gene Assays, 197-221

8 2018
Comparación y validación de modelos de aprendizaje automático para el descubrimiento de fármacos para Mycobacterium tuberculosis

T. Lane, D.P. Russo, K.M. Zorn, A.M. Clark, A. Korotcov, V. Tkachenko, R.C. Reynolds, A.L. Perryman, J.S. Freundlich, S. Ekins, Molecular Pharmaceutics, 15, 4346-4360

69 2018
Colaboración en el descubrimiento de fármacos para More Medicines for Tuberculosis (MM4TB)

S. Ekins, A.C. Spektor, A.M. Clark, K. Dole, B.A. Bunin, Drug Discovery Today, 22, 555-565

11 2017
Sistema híbrido de aprendizaje automático y proceso para identificar, seleccionar con precisión y almacenar datos científicos

A.M. Clark, N.K. Litterman, B.A. Bunin, Patente de Estados Unidos nº 9.594.743

6 2017
Modelos bayesianos de código abierto. 3. Modelos compuestos para la predicción de respuestas binadas

A.M. Clark, S. Ekins, K. Dole, Journal of Chemical Information and Modeling, 56, 275-285

17 2016
Plantillas de bioensayos para la web semántica

A.M. Clark; N.K. Litterman, J.E. Kranz; P. Gund; K. Gregory; B.A. Bunin, PeerJ Computer Science, 2, e61

9 2016
Los mundos paralelos de los datos químicos bioactivos públicos y comerciales

C.A. Lipinski, N.K. Litterman, C. Southan, A.J. Williams, A.M. Clark, S. Ekins, Journal of Medicinal Chemistry, 58, 2068-2076

31 2015
Cheminformatics: Flujos de trabajo y fuentes de datos móviles (capítulo 14)

A.M. Clark, El futuro de la historia de la información química (ACS Symposium Series 1164), 237-253

2 2015
Las máquinas primero, los humanos después: sobre la importancia de la interpretación algorítmica de los datos químicos abiertos

A.M. Clark, A.J. Williams, S. Ekins, Journal of Cheminformatics, 7:9

30 2015
La necesidad de un cuaderno de laboratorio electrónico ecológico (capítulo 9)

A.M. Clark, S. Ekins, Green Chemistry Strategies for Drug Discovery (RSC Drug Discovery Series), 185-211

1 2015
Modelos bayesianos de código abierto: I. Aplicación a conjuntos de datos ADME/Tox y de descubrimiento de fármacos

S. Ekins, A.M. Clark, K. Dole, A. Coulon-Spektor, A. McNutt, G. Grass, J.S. Freundlich, R.C. Reynolds, Journal of Chemical Information and Modeling, 55, 1231-1245

99 2015
Modelos bayesianos de código abierto: II. Extracción de un "gran conjunto de datos" para crear y validar modelos con ChEMBL

A.M. Clark, S. Ekins, Journal of Chemical Information and Modeling, 55, 1246-1260

78 2015
Mirando al futuro: Predicción de la eficacia in vivo de pequeñas moléculas contra Mycobacterium tuberculosis

S. Ekins, R. Pottorf, R.C. Reynolds, A.J. Williams, A.M. Clark, J.S. Freundlich, Journal of Chemical Information and Modeling, 54, 1070-1082

41 2014
Bigger data, herramientas colaborativas y el futuro del descubrimiento predictivo de fármacos

S Ekins, AM Clark, SJ Swamidass, N Litterman, AJ Williams, Journal of computer-aided molecular design 28 (10), 997-1008

26 2014
Nuevas herramientas de predicción y visualización de objetivos que incorporan huellas moleculares de código abierto para TB Mobile 2.0

A.M. Clark, S. Ekins, M. Sarker, Journal of Cheminformatics, 6:38

39 2014
Modelización móvil en las ciencias moleculares

C.M. Grulke, A.M. Clark, A.J. Williams, S. Ekins, C. Morris, M.-R. Goldsmith, McGraw-Hill Yearbook of Science and Technology, 229-233

2014
Anotación semántica rápida y precisa de bioensayos explotando un híbrido de aprendizaje automático y confirmación del usuario

A.M. Clark, B.A. Bunin, N.K. Litterman, S.C. Schürer, U. Visser, PeerJ, 524

21 2014
Uniendo las piezas: construyendo un cuaderno de laboratorio electrónico centrado en la reacción para dispositivos móviles.

A. Clark, J. Cheminformatics 6 (S-1), 1

1 2014
Incorporación de los conceptos de la química verde a las aplicaciones de la química móvil y sus posibles usos

S. Ekins, A.M. Clark, A.J. Williams, ACS Sustainable Chemistry and Engineering, 1, 8-13

49 2013
Flujos de trabajo de la química mediante aplicaciones móviles

S. Ekins, A.M. Clark, A.J. Williams, Chem-Bio Informatics Journal, 13, 1-18

18 2013
Cuatro estrategias disruptivas para eliminar los cuellos de botella en el descubrimiento de fármacos

S. Ekins, C.L. Waller, M.P. Bradley, A.M. Clark, A.J. Williams, Drug Discovery Today, 18, 265-271

38 2013
TB Mobile: Una aplicación móvil para moléculas antituberculosas con objetivos conocidos

S. Ekins, A.M. Clark, M. Sarker, Journal of Cheminformatics, 5:13

38 2013
Renderización de bocetos moleculares para obtener resultados de calidad editorial

A.M. Clark, Molecular Informatics, 32, 291-301

6 2013
Redefinición de la química con aplicaciones móviles colaborativas e intuitivas

A.M. Clark, S. Ekins, A.J. Williams, Molecular Informatics, 31, 569-584

31 2012
Equipos abiertos de descubrimiento de fármacos: Una aplicación móvil de química para la colaboración

S. Ekins, A.M. Clark, A.J. Williams, Molecular Informatics, 31, 585-597

40 2012
Redefinición de la química con aplicaciones móviles colaborativas e intuitivas

A.M. Clark, S. Ekins, A.J. Williams, Molecular Informatics, 31, 569-584

31 2012
Equipos abiertos de descubrimiento de fármacos: Una aplicación móvil de química para la colaboración

S. Ekins, A.M. Clark, A.J. Williams, Molecular Informatics, 31, 585-597

2 2012
Aplicaciones móviles para la química en el mundo del descubrimiento de fármacos

A.J. Williams, S. Ekins, A.M. Clark, J.J. Jack, R.L. Apodaca, Drug Discovery Today, 16, 928-939

59 2011
Especificación precisa de las estructuras moleculares: El caso de los enlaces de orden cero y el recuento explícito de hidrógeno

A.M. Clark, Journal of Chemical Information and Modeling, 52, 3149-3157

18 2011
Representación en 2D de las jerarquías de fragmentos

A.M. Clark, Journal of Chemical Information and Modeling, 50, 37-46

17 2010
Primitivas básicas para la elaboración de diagramas moleculares

A.M. Clark, Journal of Cheminformatics, 2:8

32 2010
Detección y asignación de andamios comunes en bases de datos de proyectos de moléculas líderes

A.M. Clark, P. Labute, Journal of Medicinal Chemistry, 52, 469-483

57 2009
Representación 2D de los complejos proteína-ligando

A.M. Clark, P. Labute, Journal of Chemical Information and Modeling, 47, 1933-1944

143 2007
Farmacóforos flexibles en 3D como descriptores del espacio biológico dinámico

J.H. Nettles, J.L. Jenkins, C. Williams, A.M. Clark, A. Bender, Z. Deng, J.W. Davies, M. Glick, Journal of Molecular Graphics and Modelling, 26, 622-633

46 2007
Representación de la estructura en 2D

A.M. Clark, P. Labute, M. Santavy, Journal of Chemical Information and Modeling, 46, 1107-1123

64 2006
Bis(N,N'-dimetilimidazol-2-ilideno)mercurio clorotriodomercurio disolvente de dimetilsulfóxido

A.M. Clark, C.E.F. Rickard, A.G. Oliver, L.J. Wright, W.R. Roper, Acta Crystallographica, C56, 26

9 2000
Reacciones de bromación y nitración de ligandos multiaromáticos metalizados (Ru y Os) y estructuras cristalinas de productos seleccionados

A.M. Clark, C.E.F. Rickard, W.R. Roper, L.J. Wright, Journal of Organometallic Chemistry, 598, 262

47 2000
Conversión gradual de un complejo de osmio-trimetil-estanilo en un complejo de triyodo-estanilo y reacciones de sustitución nucleofílica en los enlaces estaño-yodo

A.M. Clark, C.E.F. Rickard, T.J. Woodman, L.J. Wright, W.R. Roper, Organometallics, 19, 1766

32 2000
El origen del "pico" en el espectro EPR del C60-

P. Paul, R.D. Bolskar, A.M. Clark, C.A. Reed, Chemical Communications, 1229

18 2000
Complejos ciclometalizados de rutenio y osmio que contienen el ligando o-C6H4PPh2

M.A. Bennett, A.M. Clark, M. Contel, C.E.F. Rickard, W.R. Roper, L.J. Wright, Journal of Organometallic Chemistry, 601, 299

25 2000
Ph.D. Tesis: Compuestos organometálicos de arilo de rutenio y osmio

A.M. Clark

1999
Reacciones de Sustitución Aromática Electrofílica en el Anillo Fenilo del Ligando 2-(2'-Piridilo)fenilo quelado unido a Rutenio(II) u Osmio(II)

A.M. Clark, C.E.F. Rickard, W.R. Roper, L.J. Wright, Organometallics, 18, 2813

93 1999
5-Bromación de un ligando η2-8-quinolilo unido a osmio(II) y posterior litiación y derivación de este ligando funcionalizado

A.M. Clark, C.E.F. Rickard, W.R. Roper, L.J. Wright: Organometallics, 17, 4535

21 1998
Kit de recursos químicos, Chemistry in New Zealand, Nov/Dic 1998
Complejos de osmio que contienen ligandos quelantes o no quelantes de 8-quinolilo

A.M. Clark, C.E.F. Rickard, W.R. Roper, L.J. Wright, Journal of Organometallic Chemistry, 545-546, 619

1997
Tesis de maestría: Aproximaciones sintéticas a los complejos de rutenio y osmio-estanilo

A.M. Clark

1996
Complejos de nitrosilo de osmio con enlaces osmio-estaño; estructura cristalina de Os[Sn(p-tolyl)3](NO)(CO)2(PPh3)

A.M. Clark, C.E.F. Rickard, W.R. Roper, L.J. Wright, Journal of Organometallic Chemistry, 543, 111

1996