Coronavirus (SARS-CoV-2): línea de tiempo y actualizaciones

Datos científicos para una mejor comprensión de la epidemia

Actualizaciones

21 de febrero: COVID-19 principalmente transmite de persona a persona a través de gotitas respiratorias, y no hay evidencia definitiva de transmisión fecal o en el aire.


Febrero 18th: Más de 100 ensayos clínicos en curso en China, Japón, Tailandia y el Reino Unido para tratar COVID-19 (la enfermedad causada por el SARS-CoV-2) bajo la supervisión de la OMS.


Febrero 14th: El biólogo John D. Loike escribió una opinión sobre obligación ética de los científicos de proporcionar información objetiva educar al público en general sobre el coronavirus.


Febrero 11th: Janssen anunció una colaboración con el Departamento de Salud y Servicios Humanos de EE. UU. Para acelerar el desarrollo de una vacuna para el nuevo virus, ahora renombrado SAR-CoV-2.


Febrero 5th: JAMA publicó un artículo con información importante para los clínicos incluyendo criterios para guiar la evaluación de pacientes bajo investigación (PUI) en los Estados Unidos.


3 de febrero: Los médicos en Tailandia informaron resultados prometedores en el tratamiento de pacientes infectados con un combinación de medicamentos contra la gripe y el VIH.


Enero 31st: New England Journal of Medicine publicó un informe que detalla la identificación, el diagnóstico, el curso clínico y el manejo de primer caso estadounidense de 2019-nCoV.


Enero 30th: La OMS declaró el brote de 2019-nCoV un Emergencia de salud pública de preocupación internacional (PHEIC), mientras señala que "China identificó rápidamente el virus y compartió su secuencia ... lo que ha resultado en el rápido desarrollo de herramientas de diagnóstico".


Enero 29th: Análisis de los primeros 425 pacientes en Wuhan mostró que la mediana de edad fue de 59 años, el período de incubación promedio fue de 5.2 días y el R0 se estimó en 2.2.

NPR tiene un lista de terminologías y definiciones médicas clave comúnmente utilizado en la cobertura mediática del brote.

Unirse a la conversación: comparte tus comentarios con nosotros sobre esto Publicación de LinkedIn.

Autor: Barry Bunin, PhD

Publicado por primera vez el 28 de enero de 2020

Como las noticias sobre el coronavirus de Wuhan dominan los titulares, es fácil emocionarse y reaccionar ante los últimos desarrollos. Sin embargo, creemos que es útil examinar los hechos y tener una visión más amplia de este brote. Esto es lo que sabemos sobre el nuevo virus hasta ahora, y cómo la comunidad científica está trabajando para contrarrestarlo.

  • Icono de lista "1" para CDD Vault Publicaciones de blog del ELN

    ¿Qué es el coronavirus (2019-nCoV)?

    2019-nCoV es un coronavirus, la familia de virus tradicionalmente asociada con el resfriado leve común. Está genéticamente más relacionado, aunque distinto del síndrome respiratorio agudo severo (SARS) y los coronavirus del síndrome respiratorio del Medio Oriente (MERS). Estamos aprendiendo a medida que la epidemia se desarrolla diariamente frente a nuestros ojos:

    En enero 10th, Se publicaron datos de secuenciación para el virus 2019-nCoV. El agente causante de la neumonía misteriosa se identificó como un nuevo coronavirus mediante secuenciación profunda e investigaciones etiológicas por al menos 5 laboratorios independientes de China. El aislado del virus de la neumonía del mercado de mariscos de Wuhan El genoma completo de Wuhan-Hu-1 ahora se deposita en línea en Genbank.

    En enero 12th, La Organización Mundial de la Salud nombró temporalmente al nuevo virus como nuevo coronavirus 2019 (2019-nCoV). En un artículo titulado "Coronavirus: estructura del genoma, replicación y patogénesis."Se compartieron los detalles genéticos:

    "El genoma de los CoV es un ARN de sentido positivo monocatenario (+ ssRNA) (~ 30kb) con estructura 5'-cap y cola 3'-poli-A" y "El tamaño del genoma de CoV (~ 30kb) es el más grande entre todos los virus de ARN, que es casi dos veces más grande que el de los segundos virus de ARN más grandes. El mantenimiento del tamaño del genoma gigante de los CoV podría estar relacionado con características especiales del CoV RTC, que contiene varias enzimas de procesamiento de ARN, como la exoribonucleasa 3'-5 'de nsp14. La exoribonucleasa 3'-5 'es exclusiva de CoV entre todos los virus de ARN, y demostró funcionar como una parte de corrección de pruebas del RTC [12-14]. El análisis de secuencia mostró que el 2019-nCoV posee una estructura genómica típica de coronavirus y pertenece al grupo de betacoronavirus que incluye Bat-SARS-like (SL) -ZC45, Bat-SL ZXC21, SARS-CoV y MERS-CoV. Basado en el árbol filogenético de CoV, 2019-nCov está más estrechamente relacionado con bat-SL-CoV ZC45 y bat-SL-CoV ZXC21 y más distantemente relacionado con SARS-CoV.1"

    En enero 16th, un ensayo de laboratorio había sido desarrollado por investigadores del Centro Alemán de Investigación de Infecciones del hospital universitario Charité de Berlín.

    En enero 24th, Las características clínicas de 41 pacientes de la UCI infectados con 2019-nCoV en Wuhan China fueron publicado. Los pacientes tenían neumonía con hallazgos anormales en la TC de tórax y una "tormenta de citoquinas" con niveles plasmáticos más altos de IL2, IL7, IL10, GSCF, IP10, MCP1, MP1A y TNFα. Estos datos provienen solo del paciente en la UCI, obviamente la mayoría de las personas infectadas no están en la UCI.

    En enero 25th, La Organización Mundial de la Salud (OMS) dispone de cinco protocolos de PCR y cebadores para el diagnóstico de las cepas Wuhan City 2019-nCoV. Información adicional en tiempo real Los protocolos de RT-PCR para laboratorios están disponibles en línea en los CDC.

    La secuencia de 2019-nCoV generada rápidamente y la información de diagnóstico son ahora disponible públicamente en Virological.org.

    Los estudios de variación genética parecen sugerir los principales reservorio de hospedaje en la naturaleza para 2019-nCoV probablemente es el murciélago. Posible recombinación y transmisión pueden haber involucrado anfitriones de serpientes basados ​​en análisis genéticos de glucoproteínas.

    El NIAID proporcionó un resumen equilibrado del estado actual de las cosas con respecto a 2019-nCoV:

    "La aparición de otro brote de enfermedad humana causada por un patógeno de una familia viral que antes se consideraba relativamente benigna subraya el desafío perpetuo de las enfermedades infecciosas emergentes y la importancia de una preparación sostenida".2"

  • Icono de lista "2" para CDD Vault Publicaciones de blog del ELN

    ¿Dónde y cómo se está extendiendo?

    La mayoría de los casos en humanos son alrededor de la ciudad de Wuhan, en la provincia central de Hubei en China, donde 2019-nCoV se identificó por primera vez. También se ha confirmado un número limitado de casos en Tailandia, Japón, Taiwán, Corea del Sur, Estados Unidos y Europa. Aunque se creía que se transmitía inicialmente de animal a humano (con el origen comenzando en un mercado ahora cerrado y específico en la ciudad de Wuhan donde los animales vivos se venden rutinariamente), ahora hay múltiples ejemplos de transmisión de 2019 a nCoV de humano a humano .

    En enero 24th, hubo 830 casos reportados y veintiséis muertes confirmadas desde 2019-nCoV, por supuesto, no todos los casos se informan necesariamente, por lo que deben considerarse los números mínimos.

    En enero 25th, la OMS ha publicado 5 informes situacionales sobre 2019-nCoV que se pueden encontrar en línea aquí:

    https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports

    El quinto informe de la OMS incluyó 5 casos confirmados reportados para 1320-nCoV. Se ha informado de transmisión de persona a persona, sin embargo, la gran mayoría de los casos están relacionados con el historial de viajes a la ciudad de Wuhan, China.

    Aunque las muertes son obviamente significativas para aquellos involucrados directa e indirectamente, la novedad y la trayectoria desconocida del brote es lo que lo hace de interés periodístico. Dado que hay órdenes de magnitud más muertes por gripe común, los científicos han discutido quizás el cambio de marca de la gripe. “Deberíamos cambiar el nombre de influenza; llámelo virus XZ-47, o algo más aterrador ", dijo el Dr. Paul Offit, director del Centro de Educación sobre Vacunas del Hospital de Niños de Filadelfia.

    La Organización Mundial de la Salud dijo que la estimación preliminar de R0 (número de reproducción) es de 1.4 a 2.5, lo que significa que cada persona infectada podría infectar entre 1.4 y 2.5 personas. Por lo tanto, se está transmitiendo, pero actualmente no se está extendiendo relativamente rápido. Por supuesto, se desconoce el número exacto de reproducción, ya que no se informan todos los casos y existe un retraso entre la infección, la notificación y la notificación. Algunos modelos sugieren que puede haber entre 30,000 y 200,000 humanos con 2019-nCoV.

  • Icono de lista "3" para CDD Vault Publicaciones de blog del ELN

    ¿A qué se parece?

    2019-nCoV es parte de una familia de coronavirus que incluye el resfriado común, el síndrome respiratorio agudo severo (SARS) y el síndrome respiratorio del Medio Oriente (MERS). Desde su primera identificación en Arabia Saudita en 2012, alrededor del 34% de las personas reportadas como infectadas con MERS han muerto (858 de 2494 casos). MERS R0 es menos de uno. El brote de SRAS provocó 8098 casos identificados y 774 muertes (9.6%). El SARS tenía un R0 de 2-5. El SARS desapareció tan rápido como apareció en 2002-03. Si somos honestos al respecto, no siempre sabemos por qué crecen o disminuyen las infecciones contagiosas. A menudo somos mejores para determinar la correlación, en lugar de la causalidad. Esto no es sorprendente, ya que las infecciones contagiosas son, por definición, fenómenos en evolución.

    Los investigadores están evaluando contramedidas para 2019-nCoV utilizando SARS-CoV y MERS-CoV como prototipos. Por ejemplo, los diagnósticos de la plataforma se están adaptando rápidamente para incluir 2019-nCoV, lo que permite el reconocimiento temprano y el aislamiento de casos. Antivirales de amplio espectro, como remdesivir, un inhibidor de la ARN polimerasa, así como lopinavir/ ritonavir e interferón beta han demostrado ser prometedores contra MERS-CoV en modelos animales y se están evaluando frente a 2019-nCoV. Las vacunas, con enfoques de plataforma de vacunas de ácido nucleico utilizadas para SARS-CoV o MERS-CoV, se están buscando en el Centro de Investigación de Vacunas del Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas. “Durante el SARS, los investigadores pasaron de obtener la secuencia genómica del SARS-CoV a un ensayo clínico de fase 1 de una vacuna de ADN en 20 meses y desde entonces han comprimido esa línea de tiempo a 3.25 meses para otras enfermedades virales. Para 2019-nCoV, esperan avanzar aún más rápido, utilizando la tecnología de vacuna de ARN mensajero (ARNm). Otros investigadores están preparados para construir vectores virales y vacunas de subunidades.2"

  • Icono de lista "4" para CDD Vault Publicaciones de blog del ELN

    Desarrollo de la vacuna contra el coronavirus

    El desarrollo de vacunas (y anticuerpos) tiene sentido, dado el línea de tiempo potencialmente más rápida que el descubrimiento de fármacos de molécula pequeña de novo, aunque se han utilizado otros antivirales en SARS y MERS. los Wall Street Journal informó Varios fabricantes de medicamentos están compitiendo para desarrollar vacunas que podrían proteger contra el nuevo virus respiratorio que se origina en China. Moderna Inc., Inovio Pharmaceuticals Inc. y Novavax Inc. planean desarrollar vacunas contra la cepa viral recientemente identificada. Investigadores de la Universidad de Queensland en Australia también están tratando de desarrollar una vacuna contra la cepa.

    Más recientemente, FierceBiotech informó que tanto JNJ como Gilead han saltado a la carrera acelerada de la vacuna contra el coronavirus.

  • Icono de lista "5" para CDD Vault Publicaciones de blog del ELN

    Lecciones para la colaboración de descubrimiento de drogas?

    Como se comparte de manera oportuna Punto de vista NIH JAMA de Catharine I. Paules, MD; Hilary D. Marston, MD, MPH; Anthony S. Fauci, MD sabemos que 2019-nCoV es similar a MERS y SARS gracias al intercambio rápido de datos y la colaboración internacional:

    “Si bien el MERS no ha causado el pánico internacional que se observa con el SARS, la aparición de este segundo HCoV zoonótico altamente patógeno ilustra la amenaza que representa esta familia viral. En 2017, la OMS colocó el SARS-CoV y el MERS-CoV en su lista de patógenos prioritarios, con la esperanza de impulsar la investigación y el desarrollo de contramedidas contra los CoV. La acción de la OMS resultó profética. El 31 de diciembre de 2019, las autoridades chinas informaron un grupo de casos de neumonía en Wuhan, China, la mayoría de los cuales incluyeron pacientes que informaron haber estado expuestos a un gran mercado de mariscos que vendía muchas especies de animales vivos. Se sospechaba la aparición de otro HCoV zoonótico patógeno, y para el 10 de enero de 2020, los investigadores del Centro Clínico de Salud Pública de Shanghai y la Escuela de Salud Pública y sus colaboradores lanzaron una secuencia genómica completa de 2019-nCoV a las bases de datos públicas, ejemplificando el intercambio rápido de datos en respuesta al brote ".

    Editores como el British Medical Journal (y en un momento de solidaridad otras editoriales como Wiley y Elsevier) brindan información sobre el Coronavirus gratuitamente en Internet para estimular los esfuerzos de respuesta global a corto plazo y apoyar la investigación a largo plazo, en contraste con sus modelos comerciales habituales de contenido pago. El British Medical Journal también ha puesto a disposición información gratuita sobre MERS y SARS.

    Una de las formas únicas en que podemos combatir las epidemias, que no están disponibles para las generaciones anteriores, es aprovechar el acceso gratuito, global e instantáneo a todas las personas de nuestra especie a través de Internet. Solo hemos arañado la superficie de todo el potencial de este mecanismo tanto para la respuesta como para la investigación.

    La colaboración puede variar desde dos científicos que comparten datos de forma privada hasta datos compartidos públicamente con la comunidad científica internacional. La cantidad tiene una calidad propia. En el caso de un brote, la información públicamente compartida permite que la conversación co-evolucione con muchos cerebros (y tecnologías) rápidamente en paralelo, cuando los datos, análisis e ideas adicionales también se comparten de manera oportuna.

    Cuando se necesita una respuesta oportuna, compartir datos en colaboración permite acelerar la tasa de aprendizaje.

    Dentro del campo del descubrimiento comercial de drogas, existen dos contrapesos para el intercambio inmediato. Primero, los datos de diversos ensayos de descubrimiento de fármacos son heterogéneos, complejos y pueden requerir metadatos de los procedimientos para comprenderlos. En segundo lugar, el intercambio de datos, debido a esta heterogeneidad requiere herramientas sofisticadas (es decir, compartir las relaciones de actividad de la estructura de una serie de pantallas primarias y secundarias de alto rendimiento en cientos de miles de compuestos, en nueve concentraciones, por triplicado no es tan trivial como digamos compartir un me gusta en Facebook). No obstante, la colaboración puede ser la clave para los saltos cuánticos en la eficiencia en el descubrimiento de fármacos.

    El intercambio de datos abiertos (e ideas) es el propósito de la literatura científica. La literatura científica se convirtió en un fenómeno más global con el advenimiento de la imprenta.

    Hoy damos por sentado que Internet, sin embargo, la capacidad de compartir información instantáneamente en todo el mundo es posiblemente el cambio de paradigma más fundamental para nuestra especie. Ya no somos hormigas, sino una colonia de hormigas. Podemos aprender del arte de la inteligencia emergente y colectiva. Nuestros memes que viajan a la velocidad de www para coordinar nuestro pensamiento colectivo es nuestra ventaja competitiva frente a los antiguos mecanismos implacables de mutación, selección y transferencia horizontal de genes. El as en nuestro bolsillo es la capacidad de aprender colectivamente y compartir instantáneamente los aprendizajes colectivos. Los procariotas tienen una velocidad fija de aprendizaje y transferencia de información (diferente en todos los casos, pero hablando metafóricamente en general). Los humanos que combinan nuestra inteligencia con Internet tienen el potencial de un aprendizaje acelerado y sin límites.

    El siguiente nivel de aprendizaje acelerado es integrar computadoras y algoritmos juntos, a través de plataformas basadas en la web. No solo el nuestro CDD Vault que equilibra la protección de la propiedad intelectual a través del intercambio seguro de datos al tiempo que promueve la máxima colaboración ... pero todas las plataformas de intercambio de datos científicos basadas en la web (con la mayoría patrocinada por nuestros esfuerzos coordinados por el gobierno y financiados con fondos públicos, como PubMed, GenBank, CHEMBL, KEGG y PubChem, por mencionar solo un puñado de muchas plataformas de intercambio de datos científicos impactantes y basadas en la web). Y hay esfuerzos comunitarios altamente impactantes como, bueno, Wikipedia (y es primo igualmente importante DBpedia) Podemos y lo haremos colabora mejor horas extra.

    Existe la necesidad de un intercambio y descubrimiento de datos acelerados para una serie de enfermedades virales, incluida 2019-nCoV:

    “Como no hay terapias o vacunas efectivas, la mejor manera de tratar las infecciones graves de CoV es controlar la fuente de infección, el diagnóstico temprano, los informes, el aislamiento, los tratamientos de apoyo y la publicación oportuna de información epidémica para evitar el pánico innecesario. Para las personas, una buena higiene personal, una máscara ajustada, ventilación y evitar lugares con mucha gente ayudarán a prevenir la infección por CoV.1"

    Vale la pena mencionar el rápido desarrollo de los kits de diagnóstico 2019-nCoV, algunos de los cuales ya son ahora disponible.

    Al igual que con la respuesta a la última epidemia de Ébola y después de esta epidemia de 2019-nCoV, tendremos que considerar Soluciones generales de vigilancia y respuesta.. Lo único que sabemos con certeza es que la próxima vez será ligeramente diferente. En respuesta, nuestras tácticas y herramientas pueden mejorar con cada nueva epidemia a través de una mayor colaboración coordinada en la web.

    En el futuro cercano, no es difícil imaginar un momento en que los datos y protocolos emergentes estén representados en FAIR (Findable, Accesible, Interoperable, Reutilizable) formatos estandarizados para análisis paralelos de computadora.3 Bioportal ya ha estandarizado, precisamente términos definidos para el nuevo coronavirus. Las generaciones futuras podrán colaborar mejor, más rápido, a más largo plazo y de manera más inteligente.4 Estamos todos juntos en esto.

  • Referencias

    1. Coronavirus: estructura del genoma, replicación y patogénesis. Chen Y, Liu Q, Guo D. J Med Virol. 2020 22 de enero. Doi: 10.1002 / jmv.25681. Revisión. PMID: 31967327
    2. Infecciones por coronavirus: más que solo el resfriado común. Paules CI, Marston HD, Fauci AS. JAMA 2020 23 de enero. Doi: 10.1001 / jama.2020.0757. PMID: 31971553.
    3. Los principios rectores FAIR para la gestión y administración de datos científicos. Wilkinson, M., Dumontier, M., Aalbersberg, I. et al. Datos de ciencia 3, 160018 (2016). https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18
    4. La Fundación Long Now sugiere que usemos la fecha 02020 para pensar a más largo plazo, en lugar del 2020 más convencional (http://longnow.org/).

Este blog está escrito por miembros del CDD Vault comunidad. CDD Vault es un anfitrión informática de descubrimiento de drogas plataforma que gestiona de forma segura los datos biológicos y químicos tanto privados como externos. Proporciona funcionalidad básica que incluye registro químico, relación de actividad de estructura, inventario químico y cuaderno de laboratorio electrónico capacidades.

Logotipo de la bóveda Collaborative Drug Discovery (CDD)