Dr. Michael Pollastri, Northeastern University

15 de febrero de 2012

Mike Pollastri, PhD, profesor asociado del Departamento de Química y Biología Química de Northeastern. Anteriormente fue químico medicinal en Pfizer.

"...poder tener una ventanilla única para que la gente de mi grupo busque sus datos en múltiples proyectos y también para que mis colaboradores puedan acceder fácilmente a los datos relevantes para sus proyectos sin que sea una búsqueda ardua. Es decir, es casi como si el concepto del proyecto estuviera diseñado para proyectos, para laboratorios como el mío".

Entrevistado por Barry Bunin, PhD, director general de Collaborative Drug Discovery, Inc.

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Transcripción editada de la entrevista

Barry Bunin
Hacemos los focos de CDS para dar más color a la investigación realizada por varios colaboradores interesantes. También pensé que usted sería interesante porque ha trabajado tanto en la industria como en el mundo académico. Así que, tal vez, empiece de forma general y me hable de su investigación, tanto ahora como un poco en el pasado.

Michael Pollastri
Claro, trabajé con Pfizer durante unos nueve años en el área de la química medicinal, en la optimización de los resultados y en la optimización de las pistas, y lo dejé en 2007 para empezar mi carrera académica. Básicamente, cuando estaba en Pfizer, trabajé en áreas como la química medicinal de las quinasas, la química medicinal de los receptores acoplados a la proteína G y las fosfodiesterasas, así como en algunos proyectos de tecnología química. Y luego, cuando me fui, quise aplicar estos enfoques de la química medicinal industrial a enfermedades en las que no se aplica con frecuencia en la industria, así que trabajo en enfermedades desatendidas. Trabajo en química medicinal en objetivos que son importantes para enfermedades como la enfermedad del sueño africana y la enfermedad de Chagas y la leishmaniasis. Se trata básicamente de enfermedades infecciosas causadas por parásitos, que afectan prácticamente a las zonas más pobres del mundo, por lo que no se gana dinero vendiendo fármacos a la gente que padece estas enfermedades, por lo que la industria generalmente no invierte en ello porque nunca podría recuperar sus costes de I+D. Así que me pareció que ir a un entorno sin ánimo de lucro, como el académico, sería un buen lugar para hacer este tipo de trabajo en el que no hay presión para recuperar nuestros costes y obtener beneficios. Nuestra investigación se centra en lo que llamamos reutilización de objetivos. Lo que hacemos es tomar las enzimas que existen en los parásitos y combinarlas con objetivos que se han perseguido en humanos para otras indicaciones. Por ejemplo, estamos financiados por los NIH para llevar a cabo un proyecto en el que buscamos inhibidores de las enzimas fosfodiesterasas en parásitos como el Trypanosoma brucei, que causa la enfermedad del sueño, y estas enzimas son muy similares a las enzimas fosfodiesterasas en humanos, que se han hecho populares gracias a fármacos como el Viagra y el Levitra, que son inhibidores de la PDE5 en humanos. Así que lo que estamos haciendo es tomar el conocimiento histórico de la química medicinal y reutilizarlo y dirigirlo hacia la búsqueda de nuevos fármacos que inhiban las enzimas del parásito que se han vinculado o demostrado ser esenciales para los parásitos. Así que si se bloquean estas enzimas, se les mata. Así que esa es la idea: básicamente se trata de tomar todo este conocimiento histórico de la química medicinal y redirigirlo hacia una especie de salto en los proyectos de optimización contra los parásitos.

Barry Bunin
¿Cuál es el objetivo final de su investigación, tanto los objetivos más modestos a corto plazo como los más audaces a largo plazo, y cómo piensa llegar a ellos de la forma más rápida?

Michael Pollastri
Nuestro objetivo a más largo plazo es desarrollar un fármaco contra la enfermedad del sueño, el mal de Chagas o la leishmaniasis. Por supuesto, no soy ingenuo si pienso que va a ser fácil. De hecho, conocí a mucha gente en Pfizer que trabajó toda su carrera sin conseguir nada en la clínica. Es un proceso difícil, pero no obstante, ese es, por supuesto, nuestro objetivo. Como mínimo, el objetivo a corto plazo es producir compuestos potentes que sean selectivos para las dianas de los parásitos en lugar de las dianas humanas, de modo que las organizaciones de desarrollo, como la Iniciativa de Medicamentos para Enfermedades Olvidadas, puedan estar interesadas en adquirirlos como proyectos de optimización de última etapa o proyectos de desarrollo de primera etapa, porque las organizaciones como la DNDi tienen los medios y el mandato para tomar básicamente compuestos o fármacos -fármacos potenciales- del lado del descubrimiento y salvar la brecha hacia el posible desarrollo de nuevas terapias. Así que nuestro objetivo es desarrollar material químico que pueda ser transportado, material químico que sea atractivo para que otros lo lleven al desarrollo. Nuestro objetivo no es pasar por todo el proceso de desarrollo. Nuestro objetivo es hacer el lado del descubrimiento y luego asociarnos con la gente para llevar las cosas a la clínica.

Barry Bunin
Genial. ¿Cómo utiliza usted CDD y por qué?

Michael Pollastri
Sí. Así que soy un químico sintético, y no soy un biólogo. Y todas las colaboraciones que tengo, todos estos proyectos son en varios aspectos de la parasitología, y yo no sé nada de parasitología. Me asocio con parasitólogos de todo el mundo, Europa, Estados Unidos y, con suerte, también con algunos del extranjero y de China, y de la India, tratando de ir básicamente allí donde está la experiencia. Así que lo llamamos nuestro modelo de descubrimiento de fármacos distribuido, colaboramos con expertos y utilizamos diversas áreas de la parasitología o, no sé, la química computacional o dondequiera que esté nuestro hueco. En mi opinión, hay dos opciones para compartir datos. Una es enviar hojas de cálculo por correo electrónico, lo cual es claramente insostenible, y la otra es CDD. Y por eso lo utilizamos. Lo utilizamos con el fin de registrar los compuestos que hacemos en nuestro laboratorio y luego mapear los datos de los colaboradores a esos compuestos (en nuestro CDD privadoVault). Nuestro objetivo final es que cada vez que publiquemos un artículo con compuestos con datos contra estas enfermedades parasitarias, es hacer que estas estructuras y los datos estén disponibles públicamente a través de CDD. Y como CDD tiene un historial de este tipo de prácticas (manejo de datos privados, colaborativos y públicos), como con los conjuntos de TB y malaria de Novartis y de Glaxo y otros, parece que la comunidad de enfermedades desatendidas está mirando a CDD para esto, y así pensamos que tiene mucho sentido para nosotros poner nuestros datos allí. Nuestro objetivo final también es compartir los datos tanto como podamos.

Barry Bunin
Una de las cosas en las que pensamos en CDD es en cómo hacer que lo que hacemos sea igualmente aplicable a las enfermedades olvidadas y a la I+D comercial, así que tal vez debamos hablar de ambas, ya sea para CDD o para otras tecnologías o incluso sólo para el proceso, qué aspectos son los mismos para las enfermedades olvidadas y para el área comercial, y qué, si es que hay algo, es diferente en términos de la ciencia y cómo trabajarías con ellos.

Michael Pollastri
Intentamos que no haya diferencias. Soy de la opinión de que las dianas de estos parásitos no son más difíciles que las de los seres humanos, por lo que los problemas son ligeramente diferentes en lo que respecta a cómo llevar los fármacos a su destino en el huésped o a través de las membranas celulares del parásito o en los distintos tejidos del huésped donde vive el parásito. En lo que a mí respecta, no hay mucha diferencia en la forma de optimizarlos desde el punto de vista de la química medicinal, por lo que el tipo de datos que recogeríamos de forma rutinaria, como en un proyecto en Pfizer, es el tipo de datos que recogeríamos aquí. Así que no veo mucha diferencia entre los dos. De hecho, estamos tratando de asegurarnos de que no estamos tratando de desmontar el proceso de descubrimiento de medicamentos. Estamos tratando de obtener todos los datos que necesitamos para tomar buenas decisiones en materia de química médica, por lo que no veo ninguna diferencia entre lo que necesitaríamos para una indicación industrial, con fines de lucro, y para esto, aparte del intercambio (selectivo) de datos. El intercambio de datos es un aspecto clave, porque tiene que haber muchos grupos trabajando por todas partes, no sólo el nuestro, para tratar de encontrar medicamentos para estos bichos. Y cuanto más podamos compartir los datos, mejor... más probable es que tengamos éxito.

Barry Bunin
Háblenos de un momento "aha" en su carrera científica que haya sido intrigante y quizás interesante también para otros, pero al menos algo que haya sido un momento "aha" o interesante para usted.

Michael Pollastri
Para mí, una cosa que fue una especie de momento para mí fue cuando decidí por primera vez que iba a dejar Pfizer. Empecé a pensar en otros tipos de proyectos y me sorprendió lo abierta que estaba el área de descubrimiento de fármacos para enfermedades olvidadas o parasitarias, porque me encontraba con objetivos y proyectos potenciales que parecían realmente obvios de abordar. Y debido a que nadie se centraba en ello, el campo estaba muy abierto, y no hay mucha gente centrada en esta área, y para mí, lo que esto significó fue no tanto un momento de "ajá" científico, sino más bien un momento de enfoque personal, que es como si viera lo que estamos haciendo como una, no sé, especie de directiva moral. Siento que estamos trabajando en el tipo de enfermedades que afectan a los más pobres del mundo y que no tienen a nadie luchando por ellas, y aquí estamos con todos estos objetivos establecidos que parecen enfoques de descubrimiento de fármacos realmente obvios en los que nadie, o muy poca gente, está trabajando. Así que me parece que es una especie de imperativo moral, y eso es lo que realmente me llevó a esto y me ha apasionado porque, como digo, es básicamente tomar las herramientas que ya sabemos cómo usar y reenfocarlas en una dirección en la que no están... no han sido enfocadas antes. Fue un momento muy emocionante. Recuerdo ese momento sentado en la mesa de mi comedor dándome cuenta de que no puedo creer que nadie haya hecho esto. Esto es tan claro.

Barry Bunin
Quiero decir que esa es la emoción que mueve a la gente en su propia investigación. Y luego pensando en ello... Obviamente, la gente está más centrada en su propia investigación, como debe ser, pero fuera de su propia investigación, ¿hay algún otro desarrollo o estudio fascinante que haya visto y que pueda ser de amplio interés para otros en la comunidad investigadora?

Michael Pollastri
Acabo de leer un artículo, ya sea en Science o Nature, sobre los pros y los contras de los diferentes enfoques para el descubrimiento de fármacos. Hay enfoques de síntesis orientados a la diversidad y enfoques basados en fragmentos. Era casi como una discusión de tipo punto/contrapunto. La síntesis orientada a la diversidad está más en consonancia con el tipo de descubrimiento de fármacos tradicional de alto rendimiento y seguimiento, comparando y contrastando eso con el cribado de fragmentos, y cuál es la mejor forma de avanzar. Creo que el paradigma del cribado de alto rendimiento ha llegado y ha avanzado, y ciertamente ha evolucionado bastante. Y el paradigma del cribado de fragmentos está dando sus frutos, y ahora podemos empezar a comparar las dos tecnologías para iniciar nuevos proyectos. Y estoy realmente interesado en ver hacia dónde va a ir el pensamiento en esta dirección. Creo que este artículo va a iniciar algunos debates sobre si... Todo el mundo ha considerado el cribado de fragmentos como una especie de nicho, como si fuera un conjunto de habilidades especializadas y no fuera realmente aplicable a todo el mundo, pero no estoy tan seguro de que sea así. Así que yo estaba interesado en que en ese artículo en particular.

Barry Bunin
Una de las cosas que hacemos en CDD es probar a los usuarios para asegurarnos de que la inversión y la tecnología satisfacen las necesidades de los investigadores, al menos en la medida de lo posible, y esto lo hicimos contigo, recuerdo, recientemente en torno a las nuevas capacidades de colaboración. Lo llamamos Proyectos dentro de CDD Vaults, y le hicimos una pregunta: "¿Cómo usarías los Proyectos?" Y recuerdo la cita porque la escribimos en nuestra pizarra después, que era: "Cómo no usaría Proyectos". Tal vez, hablar un poco acerca de cómo te imaginas las nuevas capacidades de colaboración que se utilizan para sus colaboraciones en todo el mundo con el tiempo.

Michael Pollastri
Bueno, para mí quedó muy claro que, aunque el concepto original de Vault era realmente un buen comienzo, que tenía múltiples colaboraciones contra múltiples parásitos con múltiples colaboradores. Y ciertamente no estaba preparado para compartir necesariamente todos mis datos entre todos ellos. Y como resultado fue realmente torpe para mover los datos y obtener cosas. Así que para obtener los compuestos registrados y luego obtener los datos cargados y esto y lo otro, tuvimos que hacer búsquedas en múltiples bóvedas, y fue un dolor total. Así que lo que quise decir fue en términos de cómo no lo usaría, la idea de ser capaz de tener básicamente una ventanilla única para la gente en mi grupo para ir y buscar realmente sus datos a través de múltiples proyectos y también para tener mis colaboradores para ser capaz de acceder de una manera fácil los datos que son relevantes para sus proyectos sin hacer una especie de búsqueda ardua de hacer. Básicamente, es como si el concepto del proyecto estuviera diseñado para proyectos, para laboratorios como el mío, que es una especie de centro del modelo "hub-and-spoke", que es lo que realmente somos, ¿verdad? Tenemos un centro de síntesis o un centro de química médica, y nos unimos a los radios de la rueda para diferentes parásitos y diferentes objetivos, y eso es exactamente lo que esto permite. Me entusiasmó mucho cuando salió esto.

Barry Bunin
Genial. Antes de utilizar CDD, ¿cómo gestionaba sus datos o colaboraciones, tanto interna como externamente?

Michael Pollastri
Me avergüenza decir que era una combinación de hojas de cálculo y diapositivas de PowerPoint. Teníamos archivos de siempre que básicamente nos enviábamos por correo electrónico, de modo que yo enviaba la última versión de un archivo Excel que tenía datos de cribado, y los biólogos añadían los datos a ese archivo y lo devolvían por correo electrónico, y ambos teníamos una copia del mismo. Era totalmente torpe, y lo peor era que era realmente difícil enlazar las estructuras con esos datos. ChemDraw para Excel a veces no es lo más fiable y así lo hacíamos. Me estaba matando porque habiendo venido de Pfizer, que tiene esta increíble infraestructura de base de datos, era difícil volver a esta idea de compartir cosas de ida y vuelta por iteraciones de archivos. Simplemente me agotó. Había utilizado el sistema IDBS en una vida anterior, y de vez en cuando tenía acceso para mirar los datos, pero era realmente muy torpe, y no tenía ningún interés en trabajar en algo que era grande y torpe, ni quería establecer una base de datos donde tenía que gestionar mi base de datos en términos de infraestructura. No quería tener un servidor que tuviera que mantener, y como resultado, básicamente todas las soluciones informáticas que tengo en mi laboratorio, mis cuadernos electrónicos, mi sistema de inventario químico y mi base de datos para las estructuras químicas y los datos, están todos basados en la nube. Así que estoy a favor de este modelo de software como servicio porque, de nuevo, esto va con toda mi mentalidad de dejar que los expertos hagan lo que son expertos, para que yo pueda centrarme en lo que soy experto. Así que, ya sea en biología o en química, no tengo que pensar en gestionar una base de datos ni saber nada de Oracle, excepto cómo se escribe, eso es exactamente lo que necesito.

Barry Bunin
Creo que es la nota perfecta para terminar esto, así que vamos a terminar, y gracias por el perfil.

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