Kinome SAR para los descubridores de fármacos en colaboración

4 de abril de 2013

Imagen del blog de Kinome

utilizado con permiso de http://kinase.com/human/kinome/

Muchos usuarios de CDD están familiarizados con ChEMBL, una monumental base de datos de pequeñas moléculas similares a fármacos bioactivos que contiene datos de química medicinal, bioinformática y bioensayos integrados a partir de una amplia variedad de fuentes (la literatura, conjuntos de datos depositados, otras bases de datos de bioensayos). La base de datos es mantenida por el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI), a partir de una concesión de The Wellcome Trust, que dio lugar a la creación del grupo de quimiogenómica ChEMBL en el EBI, dirigido por John Overington.

Entre los numerosos y valiosos recursos disponibles en ChEMBL se encuentra el subconjunto Kinase SARfari. Como se indica en el sitio web de ChEMBL, el Kinase SARfari es "un banco de trabajo integrado de quimiogenómica centrado en las quinasas. El sistema incorpora y enlaza la secuencia de la quinasa, la estructura, los compuestos y los datos de cribado". Esta base de datos, que es un recurso muy útil, pone a disposición una gran cantidad de datos de SAR para los compuestos activos en quinasas contra una amplia gama de quinasas en una gran variedad de ensayos, gran parte de ellos extraídos manualmente y curados de la literatura.

Aunque esta base de datos y la interfaz asociada son extremadamente útiles para los bioquímicos de quinasas, no es tan propicia para la evaluación del SAR como podría desear un químico medicinal de quinasas. Para que estos datos estén disponibles en la interfaz CDD , tomamos la tabla principal de Kinase SARfari y la fusionamos con otra tabla clave de la base de datos ChEMBL, proporcionando un campo que describe el ensayo utilizado en cada registro con mucho más detalle que el disponible en el SARfari nativo. Ahora hemos puesto a disposición este conjunto de datos fusionados a través de la interfaz CDD .

En este nuevo conjunto de datos, hemos creado 400 protocolos, donde cada protocolo representa una de las 400 quinasas de la base de datos SARfari. Esta organización permite a los usuarios buscar por molécula, subestructura, objetivo de la quinasa o resultado del ensayo. Esto permite investigar el SAR de una variedad de moléculas contra un solo objetivo, o la reactividad cruzada de una serie de compuestos contra múltiples quinasas.

Además de estos datos de bioactividad de las quinasas, SARfari pone a disposición otros dos conjuntos de datos importantes. El primero se conoce como el conjunto de datos "Starlite ADMET". Estos datos son específicos de la molécula, pero no están relacionados con la diana. En cambio, generalmente representan datos de PK o toxicidad in vitro o in vivo sobre inhibidores de quinasa. Estos datos se han extraído en un único protocolo CDD denominado Datos ADMET. El segundo conjunto de datos se conoce como datos "Starlite Functional". Estos datos son, de nuevo, específicos de la molécula (no de la diana), y generalmente representan los resultados de una amplia variedad de experimentos in vivo o ex vivo. Estos datos han sido extraídos en el protocolo CDD Functional Data.


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