CDD Vault Actualización: cálculos y modelos

Presentamos CDD Vision, un nuevo producto de análisis y visualización, la creación de modelos predictivos en CDD Vault , y media docena de mejoras menores. Estamos deseando ver lo que se puede conseguir con las herramientas de esta versión.

Cálculos dentro de un protocolo - parte de CDD Vision

Esta es la versión introductoria de CDD Vision, una extensión opcional de CDD Vault . Cuando CDD Vision está activada en su vault, puede realizar cálculos personalizados sobre lecturas de protocolos, propiedades químicas y constantes numéricas. Las versiones posteriores aportarán una suite de visualización dinámica para apoyar la toma de decisiones. Para empezar a utilizar CDD Vision de inmediato, póngase en contacto con [email protected] para participar en el programa de adopción temprana.

Los cálculos se definen como un nuevo tipo de definición de lectura dentro de un protocolo.

Esta versión le permite utilizar propiedades químicas y lecturas dentro de un único protocolo en sus cálculos. Las próximas versiones le permitirán combinar las definiciones de lectura de distintos ensayos en un solo cálculo.

El constructor de fórmulas interactivo facilita la definición de los cálculos y debería resultar familiar a los usuarios de Excel. Lo mejor es que, una vez creados, los resultados calculados se actualizan automáticamente cuando se importan nuevos datos a un protocolo, o las propiedades químicas cambian porque se edita una estructura. Lea el tutorial sobre cálculos.

Constructor de modelos - parte de CDD Vision

Esta es también la versión introductoria de CDD Models, que se incluye en su suscripción a CDD Vision. Póngase en contacto con [email protected] para saber cómo empezar a utilizarlo.

La creación de un modelo sólo requiere que se elija el ensayo que se utilizará como conjunto de entrenamiento y que se seleccionen los compuestos activos. Se construye un modelo estadístico bayesiano utilizando las huellas dactilares FCFP6 de sus estructuras, y luego se utiliza para clasificar los compuestos que aún no ha examinado.

El modelo se almacena como un tipo de protocolo, y proporciona un gráfico ROC para que pueda medir su eficacia.

El modelo puntuará automáticamente todos los compuestos del proyecto que haya seleccionado al crearlo. Posteriormente puede compartirlo con otros proyectos para puntuar otras moléculas. Cada molécula recibe una puntuación relativa, una métrica de aplicabilidad y un número de similitud máxima.

Vale la pena señalar que el valor máximo de similitud es independiente del modelo bayesiano, y proporciona una forma de realizar una búsqueda de similitud utilizando todos los compuestos activos a la vez.

La función de modelos está en fase beta y evolucionará de forma significativa durante el próximo año. Nos gustaría saber qué quieres hacer con los modelos, para ayudar a guiar esa evolución. Lee el tutorial de CDD Models.

Otros cambios notables

Exportación de mapas de placas

Cuando se preparan placas de dilución o de selección, se pueden descargar fácilmente los mapas de placas de los compuestos de origen directamente desde la pestaña "Placas". Sólo tiene que buscar el nombre de la(s) placa(s) y hacer clic para exportar los mapas de las placas. Los archivos exportados contienen la posición de la placa y del pozo, con la asignación de moléculas y lotes.

Múltiples archivos adjuntos

En el caso de los mensajes, moléculas, placas, ejecuciones, referencias y protocolos, se pueden cargar varios archivos en un solo paso seleccionando más de un archivo con la aplicación de gestión de archivos de su ordenador (Explorer en Windows, Finder en Mac). Las imágenes de todos los archivos adjuntos también se muestran como vistas previas una vez cargados.

Parcelas para imprimir

Los gráficos dosis-respuesta pueden imprimirse como imágenes monocromáticas (escala de grises) seleccionando la opción "monocromo" al exportar a Excel.

Cálculo actualizado de la dosis-respuesta

Los puntos de actividad por encima de la intersección ya no son necesarios para el cálculo de la dosis-respuesta. Por ejemplo, se puede seguir informando de un IC50 cuando ninguna respuesta supera el 50%.

Llamada GET de la API actualizada

GET Molecule ahora devuelve las estructuras IUPAC e InChI, además de otras propiedades de la molécula y formatos de estructura.

tipo pKa

CDD informa del valor de pKa ácido o básico más fuerte. Hemos añadido un campo para indicar si el valor de pKa calculado es para un centro ácido o básico.