Coronavirus (SARS-CoV-2): chronologie et mises à jour

Faits scientifiques pour une meilleure compréhension de l'épidémie

Mises à jour

21 février: COVID-19 principalement transmet de personne à personne via des gouttelettes respiratoireset il n'y a aucune preuve définitive de transmission fécale ou aéroportée.


18 février: Plus de 100 essais cliniques en cours en Chine, au Japon, en Thaïlande et au Royaume-Uni pour traiter le COVID-19 (la maladie causée par le SRAS-CoV-2) sous la surveillance de l'OMS.


14 février: Le biologiste John D. Loike a écrit un avis sur obligation éthique des scientifiques de fournir des informations factuelles éduquer le grand public sur le coronavirus.


11 février: Janssen a annoncé une collaboration avec le département américain de la Santé et des Services sociaux pour accélérer le développement d'un vaccin pour le nouveau virus, maintenant renommé SAR-CoV-2.


5 février: La JAMA a publié un article avec informations importantes pour les cliniciens y compris des critères pour guider l'évaluation des patients sous enquête (PUI) aux États-Unis.


3 février: Les médecins en Thaïlande ont rapporté des résultats prometteurs dans le traitement des patients infectés combinaison de médicaments contre la grippe et le VIH.


Janvier 31st: le New England Journal of Medicine a publié un rapport détaillant l'identification, le diagnostic, l'évolution clinique et la gestion du premier cas américain de 2019-nCoV.


Janvier 30th: L'OMS a déclaré l'épidémie de 2019-nCoV Urgence de santé publique de portée internationale (USPPI), tout en notant que "la Chine a rapidement identifié le virus et partagé sa séquence ... ce qui a entraîné le développement rapide d'outils de diagnostic".


Janvier 29th: Analyse des 425 premiers patients à Wuhan ont montré que l'âge médian était de 59 ans, la période d'incubation moyenne était de 5.2 jours et le R0 était estimé à 2.2.

NPR a un liste des terminologies et définitions médicales clés couramment utilisé dans la couverture médiatique de l'épidémie.

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Auteur: Barry Bunin, PhD

Publié pour la première fois le 28 janvier 2020

Alors que les nouvelles sur le coronavirus de Wuhan dominent les gros titres, il est facile de devenir émotionnel et de réagir à tous les derniers développements. Cependant, nous pensons qu'il est utile d'examiner les faits et d'avoir une vision plus large de cette épidémie. Voici ce que nous savons du nouveau virus jusqu'à présent et comment la communauté scientifique travaille pour le contrer.

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    Qu'est-ce que le coronavirus (2019-nCoV)?

    2019-nCoV est un coronavirus, la famille de virus traditionnellement associée au rhume doux commun. Il est génétiquement le plus apparenté, mais distinct du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS). Nous apprenons que l'épidémie se déroule quotidiennement devant nos yeux:

    Le Janvier 10th, des données de séquençage pour le virus 2019-nCoV ont été publiées. L'agent causal de la mystérieuse pneumonie a été identifié comme un nouveau coronavirus par séquençage en profondeur et investigations étiologiques par au moins 5 laboratoires indépendants de Chine. Le génome complet de Wuhan-Hu-1, le virus de la pneumonie du marché des fruits de mer de Wuhan, est désormais déposé en ligne dans Genbank.

    Le Janvier 12th, l'Organisation mondiale de la santé a temporairement nommé le nouveau virus coronavirus nouveau 2019 (2019-nCoV). Dans un article intitulé «Coronavirus: structure du génome, réplication et pathogenèse"Les détails génétiques ont été partagés:

    "Le génome des CoV est un ARN à sens positif simple brin (+ ssRNA) (~ 30kb) avec une structure de 5 'et une queue de 3'-poly-A." Et "La taille du génome de CoV (~ 30kb) est le plus grand parmi tous les virus à ARN, qui est presque deux fois plus grand que celui des deuxièmes plus grands virus à ARN. Le maintien de la taille du génome géant des CoV pourrait être lié aux caractéristiques spéciales du CoV RTC, qui contient plusieurs enzymes de traitement d'ARN telles que l'exoribonucléase 3'-5 'de nsp14. L'exoribonucléase 3'-5 'est unique aux CoV parmi tous les virus à ARN, et s'est avérée fonctionner comme une partie de relecture du RTC [12-14]. L'analyse de séquence a montré que le 2019-nCoV possède une structure génomique typique de coronavirus et appartient au groupe de bétacoronavirus qui comprend Bat-SARS-like (SL) -ZC45, Bat-SL ZXC21, SARS-CoV et MERS-CoV. Basé sur l'arbre phylogénétique des CoV, 2019-nCov est plus étroitement lié au bat-SL-CoV ZC45 et bat-SL-CoV ZXC21 et plus éloigné au SARS-CoV.1 »

    Le Janvier 16th, un essai en laboratoire a été développé par des chercheurs du Centre allemand de recherche sur les infections du CHU de Charité à Berlin.

    Le Janvier 24th, les caractéristiques cliniques de 41 patients en USI infectés par 2019-nCoV à Wuhan en Chine ont été publié. Les patients avaient une pneumonie avec des résultats anormaux sur CT thoracique et une «tempête de cytokines» avec des niveaux plasmatiques plus élevés d'IL2, IL7, IL10, GSCF, IP10, MCP1, MP1A et TNFα. Ces données proviennent uniquement du patient en USI, de toute évidence la majorité des personnes infectées ne sont pas en USI.

    Le Janvier 25th, cinq protocoles PCR et amorces pour le diagnostic des souches de Wuhan 2019-nCoV sont disponibles auprès de l'Organisation mondiale de la santé (OMS). Informations supplémentaires sur le temps réel Les protocoles de RT-PCR pour les laboratoires sont disponibles en ligne sur le CDC.

    La séquence 2019-nCoV générée rapidement et les informations de diagnostic sont désormais disponibles accessible au public sur Virological.org.

    Les études sur les variations génétiques semblent suggérer le principal réservoir hôte dans la nature pour 2019-nCoV est probablement la chauve-souris. La recombinaison et la transmission possibles peuvent avoir impliqué hôtes de serpents basés sur des analyses génétiques des glycoprotéines.

    Le NIAID a fourni un résumé équilibré de la situation actuelle en ce qui concerne 2019-nCoV:

    "L'émergence d'une nouvelle flambée de maladie humaine causée par un agent pathogène d'une famille virale autrefois considérée comme relativement bénigne souligne le défi perpétuel des maladies infectieuses émergentes et l'importance d'une préparation durable.2 »

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    Où et comment se propage-t-il?

    La majorité des cas chez l'homme se situent dans la ville de Wuhan, dans la province centrale du Hubei en Chine, où 2019-nCoV a été identifié pour la première fois. Un nombre limité de cas a également été confirmé en Thaïlande, au Japon, à Taiwan, en Corée du Sud, aux États-Unis et en Europe. Bien que l'on pensait qu'il était initialement transmis de l'animal à l'homme (l'origine commençant sur un marché spécifique désormais fermé à Wuhan où des animaux vivants sont régulièrement vendus), il existe maintenant de nombreux exemples de transmission de nCoV entre humains 2019. .

    Le Janvier 24th, il y a eu 830 cas signalés et vingt-six décès confirmés à partir de 2019-nCoV, bien sûr, tous les cas ne sont pas nécessairement signalés, ils doivent donc être considérés comme des nombres minimaux.

    Le Janvier 25th, L'OMS a publié 5 rapports de situation sur 2019-nCoV qui peuvent être consultés en ligne ici:

    https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports

    Le 5ème rapport de l'OMS incluait 1320 cas confirmés notifiés pour 2019-nCoV. Une transmission interhumaine a été signalée, mais la grande majorité des cas sont liés à des antécédents de voyage à Wuhan City, en Chine.

    Bien que les décès soient manifestement importants pour les personnes directement et indirectement impliquées, la nouveauté et la trajectoire inconnue de l'épidémie sont ce qui la rend digne d'intérêt. Étant donné qu'il y a des ordres de grandeur plus de décès par grippe commune, les scientifiques ont discuté peut-être renommer la grippe. «Nous devons renommer la grippe; appelez-le virus XZ-47, ou quelque chose de plus effrayant », a déclaré le Dr Paul Offit, directeur du Vaccine Education Center de l'Hôpital pour enfants de Philadelphie.

    L'Organisation mondiale de la santé a déclaré que l'estimation préliminaire de R0 (nombre de reproduction) est de 1.4 à 2.5, ce qui signifie que chaque personne infectée pourrait infecter entre 1.4 et 2.5 personnes. Elle est donc transmise, mais actuellement, elle ne se propage pas assez rapidement. Le nombre exact de reproduction est bien sûr inconnu, car tous les cas ne sont pas signalés et il existe un décalage entre l'infection, la détection et la notification. Certains modèles suggèrent qu'il pourrait y avoir de 30,000 à 200,000 humains avec 2019-nCoV.

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    À quoi ressemble-t-il?

    2019-nCoV fait partie d'une famille de coronavirus qui comprend le rhume, le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS). Depuis la première identification en Arabie Saoudite en 2012, environ 34% des personnes signalées comme infectées par le MERS sont décédées (858 des 2494 cas). MERS R0 est inférieur à un. L'épidémie de SRAS a entraîné 8098 cas identifiés et 774 décès (9.6%). Le SRAS avait un R0 de 2-5. Le SRAS a disparu aussi rapidement qu'en 2002-03. Si nous sommes honnêtes à ce sujet, nous ne savons pas toujours entièrement pourquoi les infections contagieuses se développent ou diminuent. Nous sommes souvent mieux à même de déterminer la corrélation que la causalité. Cela n'est pas surprenant, car les infections contagieuses sont par définition des phénomènes évolutifs.

    Les chercheurs évaluent des contre-mesures pour 2019-nCoV en utilisant SARS-CoV et MERS-CoV comme prototypes. Par exemple, les diagnostics de plate-forme sont rapidement adaptés pour inclure 2019-nCoV, permettant une reconnaissance précoce et l'isolement des cas. Antiviraux à large spectre, tels que remdesivir, un inhibiteur de l'ARN polymérase, ainsi que lopinavir/ Le ritonavir et l'interféron bêta se sont révélés prometteurs contre le MERS-CoV dans des modèles animaux et sont évalués par rapport au 2019-nCoV. Les vaccins, avec des approches de plate-forme de vaccin à base d'acide nucléique utilisées pour le SRAS-CoV ou le MERS-CoV, sont en cours d'étude au Centre de recherche sur les vaccins de l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses. «Pendant le SRAS, les chercheurs sont passés de l'obtention de la séquence génomique du SRAS-CoV à un essai clinique de phase 1 d'un vaccin à ADN en 20 mois et ont depuis réduit ce délai à 3.25 mois pour d'autres maladies virales. Pour 2019-nCoV, ils espèrent aller encore plus vite, en utilisant la technologie du vaccin à ARN messager (ARNm). D'autres chercheurs sont également prêts à construire des vecteurs viraux et des vaccins à sous-unités.2 »

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    Développement d'un vaccin contre le coronavirus

    Le développement de vaccins (et d'anticorps) est logique, étant chronologie potentiellement plus rapide que la découverte de novo de petites molécules de médicaments, bien que d'autres antiviraux aient été utilisés dans le SRAS et le MERS. le Wall Street Journal a rapporté plusieurs fabricants de médicaments se précipitent pour développer des vaccins qui pourraient protéger contre le nouveau virus respiratoire originaire de Chine. Moderna Inc., Inovio Pharmaceuticals Inc. et Novavax Inc. prévoient tous de développer des vaccins contre la souche virale nouvellement identifiée. Des chercheurs de l'Université du Queensland en Australie tentent également de développer un vaccin contre la souche.

    Plus récemment, FierceBiotech a signalé que JNJ et Gilead se sont lancés dans la course accélérée au vaccin contre le coronavirus.

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    Leçons pour la collaboration de découverte de médicaments?

    Comme partagé en temps opportun NIH JAMA Point de vue de Catharine I. Paules, MD; Hilary D. Marston, MD, MPH; Anthony S. Fauci, MD nous savons que 2019-nCoV est similaire au MERS et au SRAS grâce au partage rapide des données et à la collaboration internationale:

    «Alors que le MERS n'a pas provoqué la panique internationale observée avec le SRAS, l'émergence de ce deuxième HCOV zoonotique hautement pathogène illustre la menace posée par cette famille virale. En 2017, l'OMS a placé le SRAS-CoV et le MERS-CoV sur sa liste de pathogènes prioritaires, dans l'espoir de galvaniser la recherche et le développement de contre-mesures contre les CoV. L'action de l'OMS s'est avérée prémonitoire. Le 31 décembre 2019, les autorités chinoises ont signalé un groupe de cas de pneumonie à Wuhan, en Chine, dont la plupart comprenaient des patients qui ont signalé une exposition à un grand marché de fruits de mer vendant de nombreuses espèces d'animaux vivants. L'émergence d'un autre VHC zoonotique pathogène était suspectée, et au 10 janvier 2020, des chercheurs du Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health et leurs collaborateurs ont publié une séquence génomique complète de 2019-nCoV dans des bases de données publiques, illustrant le partage rapide des données dans riposte aux flambées. »

    Des éditeurs comme le British Medical Journal (et dans un moment de solidarité, d'autres éditeurs comme John Wiley & Sons et Elsevier) fournissent gratuitement des informations sur le coronavirus sur Internet pour stimuler les efforts de réponse mondiale à court terme et soutenir la recherche à long terme, contrairement à leurs modèles commerciaux habituels de contenu payant. Le British Medical Journal a également mis gratuitement à disposition des informations sur le MERS et le SRAS.

    L'un des moyens uniques de lutter contre les épidémies, qui n'était pas disponible pour les générations précédentes, est de tirer parti de l'accès gratuit, mondial et instantané à tout le monde à travers notre espèce via Internet. Nous n'avons fait qu'effleurer tout le potentiel de ce mécanisme pour la réponse et la recherche.

    La collaboration peut aller de deux scientifiques partageant des données en privé à des données partagées publiquement avec la communauté scientifique internationale. La quantité a une qualité qui lui est propre. Dans le cas d'une épidémie, les informations partagées publiquement permettent à la conversation de co-évoluer rapidement avec de nombreux cerveaux (et technologies) en parallèle - lorsque des données, des analyses et des informations supplémentaires sont également partagées en temps opportun.

    Lorsqu'une réponse opportune est nécessaire, le partage collaboratif des données permet d'accélérer le rythme d'apprentissage.

    Dans le domaine de la découverte de médicaments commerciaux, il existe deux contrepoids au partage immédiat. Premièrement, les données provenant de divers tests de découverte de médicaments sont hétérogènes, complexes et peuvent nécessiter des métadonnées des procédures pour être comprises. Deuxièmement, le partage de données, en raison de cette hétérogénéité, nécessite des outils sophistiqués (c'est-à-dire que le partage des relations d'activité de structure à partir d'une série d'écrans primaires et secondaires placés sur des centaines de milliers de composés, à neuf concentrations, en triple n'est pas aussi trivial que dire partager un like sur Facebook). Néanmoins, la collaboration peut être la clé de sauts quantiques dans l'efficacité de la découverte de médicaments.

    Le partage ouvert de données (et d'idées) est le but de la littérature scientifique. La littérature scientifique est devenue un phénomène plus global avec l'avènement de l'imprimerie.

    Nous tenons Internet pour acquis aujourd'hui, mais la capacité de partager instantanément des informations à travers le monde est sans doute le changement de paradigme le plus fondamental pour notre espèce. Nous ne sommes plus des fourmis, mais une colonie de fourmis. Nous pouvons apprendre de l'art de l'intelligence collective émergente. Nos mèmes voyageant à la vitesse du www pour coordonner notre pensée collective sont notre avantage concurrentiel par rapport aux anciens mécanismes implacables de mutation, de sélection et de transfert horizontal de gènes. L'as dans notre poche est la capacité d'apprendre collectivement et de partager instantanément les apprentissages collectifs. Les procaryotes ont une vitesse fixe d'apprentissage et de transfert d'informations (différente dans tous les cas, mais métaphoriquement parlant en général). Les humains combinant notre intelligence avec Internet ont le potentiel pour un apprentissage accéléré non plafonné.

    Le prochain niveau d'apprentissage accéléré consiste à intégrer les ordinateurs et les algorithmes ensemble, via des plateformes Web. Pas seulement le nôtre CDD Vault qui équilibre la protection de la propriété intellectuelle par le partage sécurisé des données tout en favorisant une collaboration maximale ... mais toutes les plateformes de partage de données scientifiques en ligne (avec la majorité parrainée par nos efforts financés par l'État et coordonnés par le gouvernement tels que PubMed, GenBank, ChEMBL, KEGG et PubChem, pour ne citer que quelques-unes des nombreuses plateformes de partage de données scientifiques percutantes basées sur le Web). Et il y a des efforts communautaires très percutants comme, eh bien, Wikipédia (et c'est tout aussi important cousin DBpedia). Nous pouvons et allons collaborer mieux heures supplémentaires.

    Il est nécessaire d'accélérer le partage et la découverte des données pour un certain nombre de maladies virales, y compris le 2019-nCoV:

    «Comme il n'y a pas de thérapies ou de vaccins efficaces, la meilleure façon de faire face aux infections graves des CoV est de contrôler la source de l'infection, le diagnostic précoce, la notification, l'isolement, les traitements de soutien et la publication en temps opportun des informations épidémiques pour éviter une panique inutile. Pour les individus, une bonne hygiène personnelle, un masque ajusté, une ventilation et éviter les endroits bondés aideront à prévenir l'infection par les CoV.1 »

    Il convient de mentionner le développement rapide des kits de diagnostic 2019-nCoV, dont un certain nombre sont déjà maintenant disponible.

    Comme pour la réponse à la dernière épidémie d'Ebola et après cette épidémie de 2019-nCoV, nous devrons considérer solutions générales de surveillance et d'intervention. La seule chose que nous savons avec certitude, c'est que la prochaine fois sera légèrement différente. En réponse, nos tactiques et nos outils peuvent s'améliorer à chaque nouvelle épidémie grâce à une collaboration plus coordonnée sur le Web.

    Dans un avenir proche, il n'est pas difficile d'imaginer un moment où les données et protocoles émergents sont représentés FAIR Formats standardisés (trouvables, accessibles, interopérables, réutilisables) pour les analyses informatiques parallèles.3 Le bioportail a déjà standardisé, précisément termes définis pour le nouveau Coronavirus. Les générations futures pourront collaborer mieux, plus rapidement, à plus long terme et plus intelligemment.4 Nous sommes tous dans le même bateau.

  • Les références

    1. Coronavirus: structure du génome, réplication et pathogenèse. Chen Y, Liu Q, Guo D. J Med Virol. 2020 22 janvier. Doi: 10.1002 / jmv.25681. La revue. PMID: 31967327
    2. Infections à coronavirus - bien plus qu'un simple rhume. Paules CI, Marston HD, Fauci AS. JAMA. 2020 23 janvier. Doi: 10.1001 / jama.2020.0757. PMID: 31971553.
    3. Les principes directeurs FAIR pour la gestion et l'intendance des données scientifiques. Wilkinson, M., Dumontier, M., Aalbersberg, I. et al. Données Sci 3, 160018 (2016). https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18
    4. La Fondation Long Now suggère d'utiliser la date 02020 pour penser à plus long terme, plutôt que la plus conventionnelle 2020 (http://longnow.org/).

Ce blog a été écrit par des membres du CDD Vault communauté. CDD Vault est un hébergé informatique de découverte de médicaments plate-forme qui gère en toute sécurité des données biologiques et chimiques privées et externes. Il fournit des fonctionnalités de base, y compris enregistrement chimique, relation activité structure, inventaire chimique et cahier de laboratoire électronique capacités.

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