Dr. Ellen Berg, Asterand

Ellen Berg, Ph.D. - Directeur général - BioSeek Inc.

Ellen Berg a cofondé BioSeek, Inc. et en a été le directeur scientifique. Elle a été nommée directrice générale de Bio Seek LLC après la fusion de BioSeek et d'Asterand en 2010. Le Dr Berg a plus de 20 ans d'expérience dans la recherche sur les mécanismes physiopathologiques de l'inflammation et de l'immunité. Son expertise en matière de tests biologiques cellulaires complexes a conduit au développement de la technologie BioMAP®, propriété de la société, pour la validation des cibles et la caractérisation des médicaments à l'aide de systèmes cellulaires humains primaires. Avant de fonder BioSeek, le Dr Berg a travaillé chez Protein Design Labs, Inc. où elle a participé à la découverte et au développement d'anticorps thérapeutiques pour le traitement de maladies inflammatoires. Le Dr Berg est titulaire d'un Ph.D. de la Northwestern University et a été boursière postdoctorale à la Stanford University où elle a bénéficié de bourses de l'American Cancer Society, du Stanford Cancer Biology Program et de la Leukemia Society of America. Le Dr Berg détient un certain nombre de brevets dans les domaines de la biologie de l'inflammation et de l'adhésion cellulaire, et a publié plus de 60 articles dans des revues à comité de lecture.

"J'ai toujours été intéressé par le passage de la paillasse au lit, c'est-à-dire par la manière de mieux trouver de nouveaux médicaments qui fonctionnent réellement chez les gens en toute sécurité."

Interviewé par Barry Bunin, PhD, PDG, Collaborative Drug Discovery, Inc.

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Transcription de l'interview éditée

Barry Bunin
Le site CDD Spotlight nous donne l'occasion de présenter certains des scientifiques avec lesquels nous interagissons. J'allais donc commencer par vous présenter un peu votre parcours et les recherches que vous avez menées dans le passé et que vous menez actuellement, en mettant évidemment l'accent sur BioSeek et Asterand.

Ellen Berg
La recherche que nous menons ici, à BioSeek, est axée sur la mise au point de tests cellulaires que nous pourrions utiliser pour cribler des composés et de nouveaux matériaux et être mieux à même de prédire leurs activités chez l'homme, c'est donc un obstacle de taille.

Notre approche a consisté à mettre en place des cultures cellulaires, des co-cultures dans des environnements complexes qui permettent de mieux modéliser ou imiter les environnements pathologiques, ce ne sont donc pas des essais simples. Ils ont tendance à être biologiquement assez complexes, et ce que nous avons découvert, c'est qu'en réunissant les bonnes combinaisons de facteurs environnementaux et de types de cellules, une fois que vous êtes en mesure de mieux modéliser la biologie in vivo, c'est en fait plus reproductible que si vous étudiez, par exemple, une voie isolée ou une voie de signalisation.

Nous avons pris cette découverte de la complexité, qui est en fait plus reproductible, et nous avons développé une plateforme de tests où nous avons construit une base de données de composés de référence - des agents biologiquement intéressants, et nous les avons profilés à travers nos panels et notre suite de tests. Au fil des ans, nous avons développé cette base de données que nous pouvons utiliser pour comparer de nouveaux composés et en apprendre beaucoup plus sur les mécanismes d'action des médicaments actuellement sur le marché dont nous ne comprenons pas vraiment le fonctionnement, ce qui nous a conduit à de nouvelles méthodes de recherche de nouveaux agents.

Nous effectuons des criblages, des études sur les mécanismes d'action et nous aidons les gens à traduire les informations moléculaires, les informations au niveau biochimique, les données de dosage en informations qu'ils peuvent utiliser dans des modèles animaux ou pour prédire comment leur composé va fonctionner en clinique, s'il sera actif, s'il est métaboliquement stable, raisonnablement stable, et quel type d'activités on peut envisager en clinique.

Nous couvrons beaucoup de domaines différents de la biologie, toutes sortes de cibles : GPCRs, kinases, récepteurs d'hormones nucléaires, etc., et un large éventail de biologie également, auto immune, mécanismes d'inflammation, mécanismes de remodelage des tissus, et développement et différenciation.

C'est vraiment le travail que nous faisons ici, à BioSeek, depuis maintenant plus de dix ans. Avant cela, je travaillais dans le domaine de la découverte et du développement d'anticorps thérapeutiques. J'ai donc toujours été intéressé par le passage de la paillasse au lit du malade, c'est-à-dire par les moyens de trouver de nouveaux médicaments qui fonctionnent réellement chez l'homme en toute sécurité.

Barry Bunin
C'est un objectif ambitieux, audacieux et audacieux d'essayer de mieux imiter les gens, et c'est quelque chose que les gens essaient d'intégrer dans la découverte de médicaments depuis longtemps. Je suis donc curieux d'en savoir plus sur les moyens d'y parvenir - quelles techniques ou approches avez-vous utilisées ou trouvées intéressantes au fur et à mesure que vous progressiez vers cet objectif difficile.

Ellen Berg
La clé pour nous a été de comprendre très tôt qu'il fallait disposer de données à haut débit, car il y a tellement de variables à examiner, que la possibilité de réaliser des essais cellulaires à grande échelle a rendu cela possible.

Il y a beaucoup de variations entre les personnes, et nous devions donc disposer d'une technologie permettant de comparer un grand nombre de donneurs différents, en même temps. Il faut examiner un grand nombre d'activités biologiques différentes dans chaque essai et le faire plusieurs fois, 8, 10, 12 fois, afin de comprendre : où est la reproductibilité, où est la variabilité ?

Lestechnologies à haut débit ont été déterminantes, ainsi que les progrès réalisés dans les milieux et le matériel de culture permettant de cultiver différents types de cellules humaines. Il y a eu de gros progrès dans ce domaine au cours des 15 ou 20 dernières années. Ces progrès ont été essentiels, de même que tous les outils que nous utilisons pour l'analyse des données. C'est absolument merveilleux.

Barry Bunin
Sur la base de ce que vous avez dit à propos des tests cellulaires provenant d'un grand nombre de donneurs, je me demandais où vous vous situez dans le débat entre la stratification des médicaments en fonction des patients et la compréhension suffisante du système pour avoir un médicament qui touche un plus grand pourcentage de la population des patients, car vous avez étudié plus de données que les autres.

Ellen Berg
Oui, et ce que nous voyons, surtout dans nos systèmes, c'est que nous avons maintenant une meilleure appréciation des types idiosyncrasiques de résultats ou d'activités. Pourquoi seulement certains patients - pourquoi 30 % des patients sont améliorés pour de nombreuses thérapies, n'est-ce pas ? Ils ne fonctionnent que sur certains patients et il y a tellement de facteurs - en plus de la génétique, il y a la comorbidité, qu'ils aient ou non une autre maladie sous-jacente, qu'ils souffrent de la grippe, tous ces types de variables auront un impact sur le résultat, qu'il s'agisse d'efficacité ou de sécurité.

C'est la combinaison de ces effets qui a rendu si difficile la stratification des patients. Ce n'est pas seulement la génétique, et c'est rarement le cas. Nous aimerions croire que l'on peut utiliser les gènes pour stratifier les patients, mais je pense que l'une des choses que nous avons découvertes dans le domaine de la toxicologie d'investigation est que beaucoup des toxicités observées sont idiosyncrasiques, et que si l'on pouvait augmenter la dose pour tous les patients, ils finiraient tous par être affectés par la toxicité. De plus, lorsque les patients souffrent d'une sorte d'inflammation permanente, leur réponse - qu'ils aient ou non un effet indésirable - s'en trouve complètement modifiée.

Plus nous aurons de données sur les patients, plus je pense que cela nous aidera à comprendre ces choses et à être en mesure de faire un meilleur travail de prescription, c'est-à-dire si vous avez ceci ou cela, ne prenez pas ce médicament en plus des considérations génétiques.

La seule chose que je dirai à propos de la recherche sur la stratification des patients, c'est qu'elle est très coûteuse, et que nous devons mieux financer ce type de travaux. Il est très, très coûteux d'obtenir l'autorisation d'utiliser le matériel des patients et de mettre en place les expériences - toute la paperasserie qui doit être faite - et vous devez protéger les patients et vous assurer qu'ils sont informés, et cela coûte cher. D'une manière ou d'une autre, nous devons rendre cela plus facile à faire.

Barry Bunin
On dirait qu'il s'agit d'un futur défi potentiel que nous devrons envisager à CDD , ce que nous n'avons pas encore fait... C'est intéressant d'y penser. Je suis passé récemment dans vos laboratoires, et je peux donc dire avec certitude que vous avez réussi la fusion et l'acquisition de BioSeek et que tout le monde travaille très bien et agréablement ensemble. Je suis simplement curieux de savoir comment vous travaillez en collaboration au sein de votre groupe, entre les groupes, ainsi que certaines de vos collaborations avec d'autres. Je sais que vous avez annoncé des collaborations avec l'EPA. Vous avez un certain nombre de collaborations dans le domaine de la découverte de médicaments - qu'est-ce qui a bien fonctionné, qu'est-ce qui pourrait mieux fonctionner, quels sont les défis et les opportunités associés à la collaboration et au fait de " bien jouer avec les autres " ?

Ellen Berg
En ce qui nous concerne, nous sommes attachés à l'excellence scientifique, et je pense que cela nous a beaucoup aidés. Nous avons essayé de ne pas trop promettre ce que nous pouvons faire pour nos collaborateurs, d'être ouverts sur la science. C'est toujours, toujours la meilleure approche. En ce qui concerne les collaborateurs, nous sommes très attachés au travail d'équipe. Cela vient du fait que nous sommes des biologistes et que nous comprenons vraiment que personne ne peut tout savoir. Ils tirent le meilleur parti de ce que nous faisons en travaillant en étroite collaboration avec nous et en nous parlant le plus possible de leur problème, ce qui nous aide à rassembler toutes les pièces du puzzle pour étudier un mécanisme d'action. Souvent, il suffit d'avoir toutes les informations pour pouvoir le déterminer, et les relations de travail étroites nous aident à réussir, ainsi que nos clients, de sorte que notre objectif est toujours de faire la meilleure science possible.

Barry Bunin
Je voulais parler d'un moment intéressant "ah-hah" dans la science. Il peut s'agir d'un moment dans l'industrie ou dans le monde universitaire, ou tout simplement d'un moment en dehors du travail quotidien ordinaire qui était intéressant et qui méritait d'être partagé, qui vous a fait un peu tourner la tête.

Ellen Berg
En fait, pour nous, c'est très fréquent, car peu de gens s'intéressent de si près aux mécanismes d'action des médicaments, et nous apprenons quelque chose de nouveau presque tous les jours. Enfin, je ne dirais pas tous les jours, mais il arrive fréquemment que quelqu'un se précipite au milieu de la pièce et dise : " Oh, oh, un tel fait ceci, et nous ne le savions pas et cela explique tout ", alors ces événements, ces découvertes sont vraiment passionnants pour nous. Je veux dire que c'est ce que j'aime dans ce que nous faisons, c'est que c'est important pour la médecine - comprendre les mécanismes d'action des médicaments.

Barry Bunin
En dehors de vos propres recherches, nous assistons tous à des conférences et lisons la littérature, quelle est l'étude ou le développement fascinant que vous avez vu, idéalement quelque chose qui pourrait intéresser d'autres cerveaux scientifiques curieux ?

Ellen Berg
Je suis certainement tous les travaux sur les cellules souches et je suis absolument fasciné par certaines des avancées, donc s'il y a une chose qui ressort, c'est cette capacité d'utiliser des médicaments, si vous voulez, ou de petites molécules pour induire la différenciation en diverses lignées cellulaires, parce que dans le passé, nous avons toujours cherché les facteurs naturels qui conduisaient la différenciation, n'est-ce pas ?

Des vitamines, différentes vitamines ou de l'acide rétinoïque, des choses comme ça, au lieu de chercher de nouvelles petites molécules qui pourraient faire la même chose - parce que cela a été une sorte de Graal de pouvoir avoir dans une culture cellulaire, chaque type de cellule ; (pour imiter) un patient dans un tube à essai et juste la capacité de contrôler cela - c'était probablement l'une des choses les plus excitantes que j'ai suivies au cours de l'année dernière.

Barry Bunin
Intéressant. Je me souviens avoir lu une étude de Peter Schultz et d'autres personnes sur les différentes petites molécules qui peuvent affecter la différenciation des cellules souches. Sur CDD, nous disposons d'une masse croissante de données publiques, avec des médicaments connus, des familles de gènes, des composés prêts à l'emploi, des données qui seraient généralement intéressantes pour les chercheurs qui les examineraient pour la première fois en toute sécurité avec leurs propres données. L'une des questions que je me suis posées, notamment après les initiatives californiennes sur les cellules souches, est de savoir s'il serait utile de regrouper les informations sur toutes les petites molécules et leur impact sur la reproduction et la différenciation des cellules souches. Il ne s'agit pas d'un ensemble énorme, mais plutôt d'un nombre limité de molécules.

Ellen Berg
Oh, absolument. Ce sont certaines voies et combinaisons de voies que vous activez ou quoi que vous fassiez et, oui, je pense que ce serait une grande ressource.

Barry Bunin
La plupart de mes questions étaient d'ordre général et se concentraient sur vous, mais nous sommes CDD et nous sommes aussi une entreprise. Je suis donc curieux de savoir pourquoi vous avez choisi initialement CDD, où se situaient les besoins et l'intérêt de collaborer ?

Ellen Berg
Et encore aujourd'hui, je ne vois pas de concurrents. Je ne vois personne faire ce que fait CDD , et vous ? Avez-vous des concurrents, pour faire exactement ce dont vous avez besoin (collaborer en toute sécurité tout en gardant les autres données privées dans un seul système) ?

Nous avons découvert CDD lorsque nous travaillions sur un projet avec l'EPA, où nous criblions une bibliothèque de composés et générions des données dans le cadre d'un contrat. Il nous est venu à l'esprit, alors que nous leur envoyions ou leur envoyions par courrier électronique des fichiers Excel, qu'il serait vraiment formidable de disposer d'un endroit (pour avoir des informations agrégées au fil du temps) - de pouvoir partager ce type de données plus facilement sur le Web, sur une interface basée sur le Web, qui soit privée car, bien sûr, nous connaissions PubChem, qui est le site Web parrainé par le gouvernement, accessible au public et contenant des données sur les produits chimiques et les analyses, mais il était très difficile à utiliser et à trier.

Dans le cas de notre contrat avec l'EPA, ils voulaient effectuer le contrôle de la qualité des données et les examiner en interne avant de les publier, car ils voulaient s'assurer qu'elles étaient bonnes, que tout était soigneusement vérifié, etc. J'ai donc vu une place évidente pour le type d'outil logiciel que CDD possède pour le partage en privé et le téléchargement de toutes les données, leur obtention et le fait d'appuyer sur un bouton pour les rendre publiques. C'est à ce moment-là que j'ai eu l'idée de m'impliquer dans CDD. Nous avons donc travaillé sur les moyens d'importer nos données et de les partager avec l'EPA.

Je pense encore aujourd'hui qu'il n'y a pas de bonnes façons de partager les données, mais, bien sûr, en tant que petite entreprise, nous sommes des innovateurs. Nous aimons être à la pointe du progrès. Nous attendons toujours que d'autres personnes prennent le train en marche avec CDD . Il est certainement utile pour les petites entreprises et il est logique d'étendre ce que CDD fait avec le gouvernement. Je pense que nous ne sommes encore qu'au sommet de l'iceberg en ce qui concerne ce besoin.

 

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Ce blog est rédigé par des membres de la communauté CDD Vault . CDD Vault est une plateforme informatique hébergée de découverte de médicaments qui gère en toute sécurité les données biologiques et chimiques privées et externes. Elle offre des fonctionnalités de base, notamment l'enregistrement des produits chimiques, la relation structure-activité, l'inventaire des produits chimiques et les carnets de notes électroniques.l'inventaire chimique et le carnet de laboratoire électronique.

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