Tour d'horizon de l'industrie de la découverte de médicaments avec Barry Bunin - 17 mai 2023

"Une double thérapie CRISPR associée à un traitement antirétroviral de longue durée élimine le VIH chez les souris". Ce titre de FIERCE Biotech marque une nouvelle étape dans la longue lutte contre le VIH. L'article décrit les travaux d'une équipe de recherche dirigée par des scientifiques de la Lewis Katz School of Medicine de l'université Temple et du centre médical de l'université du Nebraska, qui ont utilisé CRISPR pour inactiver ou couper deux gènes différents chez des souris humanisées infectées par le VIH. En combinant cette approche avec une forme de thérapie antirétrovirale à longue durée d'action, les chercheurs ont pu éliminer le virus chez environ 60 % des modèles, ce qui représente une nette amélioration par rapport aux 29 % rapportés en 2019. Kamel Khalili, Ph.D., membre de l'équipe de l'Université Temple, a déclaré : "L'importance de cette stratégie est double : Premièrement, CRISPR reste la méthode de choix pour l'élimination permanente du virus, et deuxièmement, cette combinaison pour cibler le virus avec une autre méthode pour empêcher la propagation, comme l'inactivation de CCR5 par CRISPR, peut être améliorée pour l'élimination permanente du virus."

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DSE + IA = diagnostic prédictif du cancer. C'est ce qui ressort d'un article paru récemment dans la revue Nature intitulé "A Deep Learning Algorithm to Predict Risk of Pancreatic Cancer from Disease Trajectories (Un algorithme d'apprentissage profond pour prédire le risque de cancer du pancréas à partir des trajectoires de la maladie). Le résumé se lit en partie comme suit : "Nous avons formé des modèles d'apprentissage automatique sur la séquence des codes de maladie dans les antécédents cliniques et testé la prédiction de l'apparition du cancer dans des fenêtres temporelles incrémentielles. À l'aide de deux ensembles de données différents totalisant 9 millions de dossiers de patients du Danemark et des États-Unis, les chercheurs ont demandé au modèle d'IA de rechercher des signes révélateurs sur la base des données contenues dans les dossiers. La capacité à prédire la maladie dans les 36 mois était suffisamment précise pour que les chercheurs écrivent : "Ces résultats améliorent la capacité à concevoir des programmes de surveillance réalistes pour les patients présentant un risque élevé, ce qui pourrait améliorer la durée de vie et la qualité de vie grâce à une détection précoce de ce cancer agressif". Le co-chercheur principal, Søren Brunak, professeur de biologie des systèmes pathologiques et directeur de la recherche au Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research de l'université de Copenhague, a été cité dans Harvard Medical NewsLe dépistage basé sur l'IA est une opportunité de modifier la trajectoire du cancer du pancréas, une maladie agressive qui est notoirement difficile à diagnostiquer à un stade précoce et à traiter rapidement lorsque les chances de succès sont les plus élevées.

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"Ozempic et Wegovy ont pris le contrôle du traitement de l'obésité. Peuvent-ils aussi aider à lutter contre le cancer ?" C'est le titre d'un FIERCE Biotech qui rapporte que "Ozempic et Wegovy de Novo Nordisk pourraient avoir d'autres avantages que celui d'aider les patients à perdre du poids. Ils semblent inverser les déficiences des cellules tueuses naturelles qui combattent le cancer, observées chez les personnes souffrant d'obésité, indépendamment de la perte de poids". Des chercheurs de l'Université Maynooth en Irlande ont rapporté qu'un analogue du glucagon-like peptide-1 (GLP-1) à action prolongée a restauré la fonction des cellules tueuses naturelles chez 20 personnes souffrant d'obésité. L'article précise que Novo Nordisk n'a pas participé à l'étude.

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"L'informatique au service des anticorps" est le titre d'un récent blog dans Science dans lequel Derek Lowe fait remarquer que les méthodes de recherche traditionnelles consistant à utiliser des modèles animaux pour rechercher des anticorps intéressants pourraient bénéficier d'un coup de pouce de l'IA et de l'apprentissage automatique. Il écrit que le corps humain peut (en théorie) fabriquer un quintillion (de dix à dix-huit) de types d'anticorps différents. "Si l'on ajoute à cela le fait que ces protéines peuvent s'associer dans toutes sortes de structures oligomériques complexes, on obtient une variété de modèles de liaison dont il est littéralement impossible de se faire une image mentale utile", écrit-il. Lowe renvoie à un article sur l'utilisation de modèles de langage pour le travail de conception et de structure des protéines, et un autre nouvel article dans lequel les auteurs tentent de générer des anticorps de novo par calcul. Il écrit : "L'objectif final est d'obtenir des exemples "zéro-coup", c'est-à-dire de fournir un anticorps pour un antigène spécifique lorsqu'il n'y a pas d'anticorps antérieurs connus sur lesquels s'appuyer". Et il termine par : "Des anticorps pour tout ?"

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"Les géants mondiaux de l'industrie pharmaceutique misent sur l'IA pour développer des médicaments plus rapidement". Bloomberg publie ce titre pour un article qui dit : "Morgan Stanley estime qu'au cours de la prochaine décennie, l'utilisation de l'IA dans le développement de médicaments en phase précoce pourrait se traduire par 50 nouvelles thérapies supplémentaires représentant un chiffre d'affaires de plus de 50 milliards de dollars". L'article indique qu'au cours des cinq dernières années, les sociétés de capital-risque ont été de plus en plus nombreuses à demander des évaluations de sociétés potentielles de découverte de médicaments par l'IA. Il cite Russ Altman, professeur à l'université de Stanford, qui a mené des audits préalables de start-ups biotechnologiques pour des sociétés de capital-risque pendant des décennies, en disant que l'intérêt est passé "de zéro à cent".

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Barry A. Bunin, PhD, est le fondateur et PDG de Collaborative Drug Discovery, qui propose une approche moderne de l'informatique de recherche en matière de découverte de médicaments, à laquelle des milliers de chercheurs de premier plan font confiance dans le monde entier. Le site CDD Vault est une base de données biologique et chimique hébergée qui gère en toute sécurité vos données privées et externes.