L'ensemble d'inhibiteurs de kinases publié par GSK (PKIS) est désormais disponible sur le site CDD .Vault

8 juillet 2013

L'ensemble d'inhibiteurs de la protéine kinase de GSK (PKIS) a suscité beaucoup d'intérêt.

Image du blog Kinome

utilisé avec la permission de http://kinase.com/human/kinome/

Comme l'indique le blog In the Pipeline de Derek Lowe, "la société a mis 367 composés à la disposition de tout chercheur universitaire travaillant dans le domaine des kinases, à condition qu'il mette ses résultats à la disposition du public... Donc, si vous êtes dans le milieu universitaire et que vous vous intéressez aux voies des kinases, vous devez absolument jeter un œil à cet ensemble de composés". Comme Lowe l'a noté, l'ensemble de données a été mis à disposition via le site Web ChEMBL. Certains commentaires sur le blog ont indiqué qu'il était difficile d'obtenir les données souhaitées à partir de ChEMBL, étant donné que la base de données Kinase SARfari et la nouvelle base de données ChEMBL ne sont pas synchronisées.

Dans l'esprit d'améliorer l'accès aux données importantes, nous avons rassemblé les données PKIS que ChEMBL a aimablement mises à disposition, et les avons traitées de manière à ce qu'elles soient accessibles ici sur le site Collaborative Drug Discovery (CDD) (comme nous l'avons fait précédemment pour la base de données Kinase SARfari). De même, dans l'esprit des efforts de GSK et de NCATS (doi:10.1371/journal.pone.0057888) et de la politique de données publiques de CDD, CDD met gratuitement à la disposition du public toutes les données SAR que les chercheurs souhaitent partager et aide même à formater les données pour qu'elles soient utiles du mieux possible.

Le transfert vers CDD rend les données disponibles d'une manière plus conviviale pour les "médecins-chimistes". Nous avons également fait un peu de ménage dans l'ensemble des données. Par exemple, il n'y a en fait que 364 composés (certains doublons étaient dus à des formes de sel ou à des noms alternatifs de la même molécule). Nous avons également essayé de normaliser les noms des cibles lorsque cela était possible (par exemple, les kinases IKKA, IKKB et IKKE ont été appelées IKK-alpha, IKK-beta, IKK-epsilon pour l'ensemble de données de l'UNC). Non pas que nous soyons parfaits... nous apprécions également toute correction de notre jeu de données !

Pour résumer, 364 composés ont été testés contre 225 cibles à 0,1 et 1 mM. Pour ceux d'entre vous qui connaissent bien le site CDD, les données ont été mises à disposition via deux projets. Dans le premier (MultiProtocol), chaque cible est affichée en tant que protocole distinct. Vous pouvez donc effectuer une recherche par structure (ou sous-structure) des composés ainsi que par nom de cible(s). Dans le projet orthogonal (OneProtocol), il n'y a qu'un seul protocole, mais les 226 cibles sont listées dans une seule lecture (pour nos clients qui préfèrent ce format).

Quoi qu'il en soit, cet excellent ensemble de données est désormais accessible au public sous une autre forme. Nous espérons que vous la trouverez utile.


Ce blog est rédigé par des membres de la communauté CDD Vault . CDD Vault est une plateforme informatique hébergée de découverte de médicaments qui gère en toute sécurité les données biologiques et chimiques privées et externes. Elle offre des fonctionnalités de base, notamment l'enregistrement des produits chimiques, la relation structure-activité, l'inventaire des produits chimiques et les carnets de notes électroniques.l'inventaire chimique et le carnet de laboratoire électronique.

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