Jim Wikel, Ex-Eli Lilly, Apex Therapeutics
19 mai 2011
Jim Wikel est le chimiste en chef d'Apex Therapeutics. Jim a occupé divers postes chez Eli Lilly de 1971 à 2004 en tant que scientifique et directeur de recherche, notamment en tant que responsable des sciences structurelles et informatiques, de la recherche et des technologies en chimie de découverte ainsi que de chercheur principal. Jim a été directeur de la technologie de Coalesix Inc., une jeune entreprise de Cambridge MA, de 2005 jusqu'à ce qu'elle devienne une division d'Icosystem Inc. en décembre 2006. Son expérience lui permet de comprendre et de traduire entre les disciplines de la chimie, de la biologie et des statistiques pour permettre aux chimistes médicinaux d'optimiser les molécules pour le développement de médicaments en utilisant à la fois des modèles prédictifs et des approches empiriques. Il est titulaire d'une licence en chimie et d'une maîtrise en chimie organique, toutes deux obtenues à l'université Marshall.
"Je viens du sud de la Virginie occidentale, des champs de charbon du sud de la Virginie occidentale, et il n'était pas si courant pour les gens d'aller à l'université... quand j'ai pris ma retraite, j'étais responsable de la chimie computationnelle et de la biologie structurelle chez Lilly".
Interviewé par Barry Bunin, PhD, PDG, Collaborative Drug Discovery, Inc.
Écouter l'intégralité de l'audio
Transcription de l'interview éditée
Barry Bunin
La première question, simple, est de me parler des recherches actuelles auxquelles vous participez.
Jim Wikel
Le travail avec l'école de médecine, l'Indiana University Medical School, est axé sur les nouvelles chimiothérapies pour traiter les cancers chez les enfants, et nous partageons donc certaines données avec les biologistes de cette école. Historiquement, ils ne se sont pas intéressés à la chimie ou aux structures chimiques. Ils se sont intéressés aux composés basés sur la dynamique biologique et la nécessité de comprendre le mécanisme sans se concentrer sur la manière d'optimiser ces structures ou de les modifier de quelque manière que ce soit pour les rendre plus adaptées à leurs objectifs. Nous travaillons avec eux pour essayer de partager ces informations, de les éduquer sur le plan de la chimie, et en même temps, je suis éduqué sur le plan de la biologie dans ce domaine particulier. De ce point de vue, tout se passe bien. Comme nous n'avons pas accès à la chimie interne, nous faisons tout par le biais d'organismes de recherche sous contrat, et cela nous aide donc à suivre les composés et à partager les données en interne avec les composés que nous fabriquons, où ils sont fabriqués et les résultats des tests biologiques.
Barry Bunin
Parlez peut-être un peu du côté universitaire - industriel des collaborations également, car un certain nombre de chercheurs vont y réfléchir du point de vue de l'industrie, ainsi que d'autres du point de vue universitaire pour la collaboration.
Jim Wikel
La science fondamentale, bien sûr, est issue de l'environnement académique de la faculté de médecine, et nous l'emmenons en dehors du cadre universitaire pour la faire progresser dans le processus de découverte et d'optimisation des médicaments. Nous avons donc créé une petite entreprise, qui s'est développée autour de cette technologie avec la propriété intellectuelle de l'université. La petite entreprise(Apex Therapeutics) est composée de quelques vétérans chevronnés de la grande industrie pharmaceutique qui ont l'habitude de relever ce défi et de comprendre ce qu'il faut faire pour passer de l'étape A à l'étape B dans tout ce processus. Nous travaillons en étroite collaboration avec nos homologues universitaires pour développer ces composés et les rendre plus médicamenteux, tant dans leur apparence que dans leur comportement. L'expérience du talent pharmaceutique représenté dans le petit groupe est directement appliquée à la découverte universitaire qui se présente et qui a fait ressortir la valeur de ces atouts en termes de développement d'une nouvelle composition de la matière, rendant les composés plus puissants, nous l'espérons, plus sélectifs, et les rendant tout simplement mieux adaptés pour être un candidat pharmaceutique.
Barry Bunin
Si le travail se déroule aussi bien que vous pouvez l'imaginer, ce qui en ressort - et peut-être aussi des objectifs plus modestes - il est toujours bon de penser aux deux. Si tout se passe bien, vous avez mentionné qu'il s'agit d'un projet pour le cancer chez les enfants, parlez-nous de l'inspiration pour créer une entreprise à partir de cette recherche.
Jim Wikel
Nous aimerions, et bien sûr ils aimeraient prendre cette découverte qu'ils ont en laboratoire, et l'appliquer directement à la population de patients, qu'ils voient tous les jours, et à laquelle ils s'identifient très bien, mais ils ne savent pas comment faire passer le composé du laboratoire aux humains pour voir si leur idée fonctionne. Ce que nous voulons faire en sortant du cadre universitaire, c'est pouvoir appliquer des ressources supplémentaires, mais aussi pouvoir le développer pleinement dans l'intention de le ramener dans le cadre universitaire ou dans les milieux cliniques où nous pouvons faire tester l'idée et le composé sur des humains pour voir en fait s'il fonctionne contre la maladie ciblée. Je pense que l'avantage de le retirer, c'est que nous pouvons appliquer un pinceau plus large au problème, et donc, apporter des talents et des compétences supplémentaires pour le résoudre. Nous aimerions offrir à ces enfants qui n'ont pas réagi, et aux adultes plus tard aussi, une forme de thérapie supplémentaire. Notre but ultime, bien sûr, est alors de faire en sorte que ce médicament soit considéré comme utile, et c'est donc là que nous nous concentrons. Je pense donc qu'à plus court terme, nous nous concentrons sur l'identification de quelques candidats que nous aimerions voir produire en quantités supplémentaires et tester in vivo. Nous aimerions obtenir des données pharmacocinétiques préliminaires afin de nous préparer à une réunion pré-index avec la FDA pour discuter de ce qu'il faudra pour entrer dans cette population particulière de patients, c'est-à-dire obtenir leur avis sur le type de données qu'ils s'attendent à voir. Je pense que nous sommes sur la bonne voie pour y parvenir.
Barry Bunin
Avant d'utiliser CDD, comment collaboriez-vous ou gériez-vous vos données, et pourquoi avez-vous choisi CDD à ce moment-là ?
Jim Wikel
Ils se passaient des feuilles de calcul Excel et/ou des diapositives PowerPoint. Et je pense que cela fonctionnait raisonnablement bien tant que l'on restait dans les murs de l'université. Tout le monde avait la version Excel et comme ils étaient tous biologistes, un simple identifiant ou nom commun ou une sorte de désignation sur une structure leur convenait parfaitement. Mais lorsque nous nous sommes impliqués dans le domaine de la chimie et que nous avons voulu sortir des murs et partager nos données avec un groupe géographiquement différent, nous avons dû faire autre chose. Le fait de faire circuler des feuilles de calcul Excel nous a permis d'obtenir des données, mais cela posait certains problèmes, notamment le journal des révisions de la version que vous aviez.... vous faisiez circuler les feuilles de données et les gens ajoutaient, soustrayaient des choses, faisaient leurs propres commentaires et notes, et cela devenait donc un véritable paquet de données tordu. Et l'autre chose que j'ai trouvée en tant que chimiste, qui était un vrai problème, c'était d'obtenir des structures dans Excel. Mettre les structures dans un format qui me permette de les voir, mais qui ne soit pas trop lourd pour le biologiste qui ne se soucie pas de ce que représente cette image. Au début, nous avons fait circuler des feuilles de calcul Excel contenant des fichiers d'images. Cela posait de légers problèmes lorsqu'il s'agissait de trier les données. Les images n'étaient jamais triées. Nous avons donc essayé quelques plugins intégrés à Excel avec un certain succès, mais ce n'était toujours pas idéal. Et bien sûr, même avec les plugins, vous n'aviez pas de capacités de recherche de structure, à moins que vous ne puissiez le faire dans les chaînes SMART ou SMILES. Nous aurions pu le faire dans certaines de ces bases de données commerciales ; une base de données oracle, une base de données de type SQL, mais cela ajoute une couche de complexité parce que, encore une fois, le biologiste et beaucoup de chimistes n'ont pas l'expertise et ne veulent pas vraiment aller là. Nous devions trouver quelque chose au milieu qui donne au chimiste les images graphiques, les capacités de recherche de structure, mais qui n'encombre pas le pharmacologue et le biologiste avec cette image. Et CDD répond à cet objectif. C'est très facile. Nous l'avons trouvé raisonnablement facile à utiliser, et le fait que nous soyons géographiquement différents mais que nous ayons accès à tout cela nous donne la possibilité de voir les données plus ou moins en temps réel au fur et à mesure qu'elles sont introduites dans la base de données, avec très peu de formation. C'est donc facile et intuitif à faire.
Barry Bunin
Je voudrais passer à des choses un peu plus personnelles sur l'interview ici, qui je pense sera intéressante. Vous pourriez passer votre temps à jouer avec vos petits-enfants et vous n'avez probablement pas besoin de faire de la science juste pour vous nourrir et ainsi de suite, alors parlez simplement de ce que vous faites à ce stade de votre carrière et de ce qui vous inspire ? Qu'est-ce qui vous convainc et vous intéresse, compte tenu de tout ce que vous avez fait dans le domaine scientifique au cours de votre vie ?
Jim Wikel
Oui, je suis à la retraite depuis 2004 et je peux honnêtement dire que ma retraite n'a pas fonctionné, ou n'a pas fonctionné comme je le pensais, parce que, comme la plupart de mes collègues, après avoir regardé ce qu'ils faisaient, j'ai conclu que je m'éloignerais de la science. Et j'avais la tête sur les épaules, c'était comme ça, c'était bien, malgré le fait que j'aimais ce que je faisais dans la recherche et dans les grandes entreprises pharmaceutiques. Je suis donc parti, j'ai tourné le dos et je suis parti en pensant que c'était fini. Ce n'était pas le cas, car malgré tous mes autres intérêts, je me suis rendu compte que j'étais ramené dans la science par le biais de contacts et de réseaux. J'ai d'autres hobbies. J'ai des petits-enfants, et j'ai une journée bien remplie, mais je reviens toujours à une grande partie de la science, faite à différentes heures de la journée et à différents niveaux d'effort selon la situation, parce que je trouve cela agréable et amusant. Et quand je parle aux gens de s'impliquer avec eux dans des projets, l'essentiel est que pour moi, cela doit être amusant et intéressant, sinon je ne le ferai pas. À ce stade de ma vie, je n'ai pas envie de prendre un autre emploi, alors je le fais parce que je le veux, pas parce que je dois le faire. Je pense que cela rend la situation complètement différente en ce qui concerne la façon dont vous envisagez la tâche et dont vous vous y attelez généralement. Je trouve que j'y consacre beaucoup de temps, mais je ne me sens pas coupable si je sors et fais autre chose, ou si je ne consacre pas huit heures par jour à un sujet de recherche particulier. En fait, si vous n'avez pas besoin de mettre de la viande sur la table et que vous en faites un passe-temps, c'est très agréable. Je ne sais pas quand je vais la poser.
Barry Bunin
Ce que certains ne savent peut-être pas de vous, ce sont les différents rôles que vous avez joués chez Lilly au cours de votre carrière, et le fait que vous ayez accédé à certains postes de responsabilité sans avoir de PhD. Beaucoup de gens pensent qu'il y a un plafond de verre, et vous êtes la preuve vivante qu'il n'y en a pas besoin, que les choses peuvent être une méritocratie. Vous êtes la preuve vivante qu'il n'y a pas besoin de plafond de verre, que les choses peuvent être une méritocratie. Parlez-nous un peu de la façon dont cela s'est produit et de votre parcours depuis le début jusqu'à votre arrivée chez Lilly, car je pense que c'est une histoire inspirante.
Jim Wikel
Je ne sais pas quelle part de tout cela vous voulez. Je vous donnerai le tout, et vous pouvez supprimer tout ce que vous ne voulez manifestement pas parce que c'était une route intéressante, même de mon point de vue sur la façon dont j'y suis arrivé. Je venais du sud de la Virginie occidentale, des champs de charbon du sud de la Virginie occidentale, et il n'était pas si courant pour les gens d'aller à l'université. Les principaux employeurs de ma petite ville charbonnière étaient les mines de charbon et le chemin de fer, donc soit on travaillait dans la mine pour extraire le charbon de la montagne, soit on travaillait sur le chemin de fer et on le transportait. C'était donc ma vie. Quand je suis allé à l'université, j'étais en minorité à ce moment-là, pour me spécialiser en chimie, ce dont personne n'avait jamais entendu parler dans cette petite ville. Tout le monde pensait que vous étiez parti à l'université et que vous reveniez ensuite en tant qu'homme d'affaires ou professeur. J'ai obtenu ma licence en chimie, mais je n'ai pas pu trouver de travail. En 1969, les seules personnes qui embauchaient vraiment étaient les militaires. Ils ont essayé de m'enrôler, et j'ai échoué. Et donc j'étais coincé. Pas de travail. Qu'est-ce que je fais ? J'ai continué, je me suis inscrit en troisième cycle pendant quelques années en pensant que les choses iraient mieux en 1971. Et elles étaient un peu mieux. J'ai postulé auprès de centaines d'entreprises pharmaceutiques. Lorsque j'étais en troisième cycle et que j'ai fait ma thèse de recherche, un des professeurs m'a montré la voie de cette industrie particulière. Et donc, quand j'ai postulé, j'ai eu des centaines de refus. Une seule offre d'entretien, chez Eli Lilly & Company, et je suis venu ici, j'ai passé l'entretien et j'ai reçu une offre. J'ai donc dit que c'était bon, que j'allais travailler. Si je n'avais pas trouvé de travail, le plan de secours était d'aller à l'école supérieure un peu plus. Là où je suis allé, j'avais un master terminal, donc j'avais aussi postulé dans d'autres écoles supérieures de chimie, comme le plan B. Chez Lilly, j'ai travaillé comme rat de laboratoire et j'ai fait de la chimie, j'ai appris la chimie médicinale. J'y ai eu un excellent professeur qui m'a laissé une certaine flexibilité et liberté pour apprendre et grandir, ce qui n'arrive pas toujours. Avec le recul, j'ai eu beaucoup de chance de m'associer à la personne. Au fil du temps, j'ai progressivement gravi les échelons et j'ai fini par obtenir mon propre laboratoire avec des responsabilités de haut niveau. J'ai passé environ la moitié de mes 35 ans chez Lilly dans le laboratoire en tant que chimiste médicinal. Quelque part dans les années 80, le MDL est apparu, et la puissance des ordinateurs a fait son apparition, et j'ai commencé à m'intéresser aux ordinateurs. Bien sûr, étant de ma génération, nous n'avons jamais été exposés à la technologie informatique. Mais je me suis intéressé à la puissance de l'ordinateur et à la façon dont elle pourrait s'appliquer à la chimie. J'avais développé un QSAR intéressant, une sorte de sens qualitatif à l'époque, puisque vous ne faisiez pas de calculs mathématiques exubérants ou ne calculiez pas de propriétés ou quoi que ce soit que nous considérons comme acquis aujourd'hui. Il s'agissait essentiellement de modèles de Dreiding et d'un morceau de papier et d'un crayon. Je me suis donc intéressé au logiciel MDL et j'ai commencé à m'y essayer et à écrire de petits programmes. J'ai piraté un peu de Fortran à l'époque et de DCL, le langage de commande DEC, et j'ai commencé à sortir des choses de MACCS et à les remanier pour les remettre dans le logiciel MACCS et les afficher. J'ai appris des trucs comme ça, et j'ai commencé à prendre l'outil et à le rendre plus utile pour la science en laboratoire. Cela a finalement débouché sur l'opportunité lorsque Lilly a acquis un superordinateur Cray, vers 1989, qui a créé un groupe de chimie computationnelle. J'ai quitté le laboratoire et j'ai rejoint ce groupe, qui comptait à l'époque, je pense, probablement trois physico-chimistes, un cristallographe et moi-même. Ce groupe s'est développé au fil du temps et a fini par arriver au point où, à la fin de ma carrière, j'étais à la tête du groupe de chimie computationnelle. Il y avait environ 20 chimistes computationnels à l'époque, et dix autres cristallographes dans mon groupe, dont j'avais la responsabilité et envers lesquels j'étais responsable, la plupart d'entre eux étant titulaires d'un doctorat. Et donc, quand j'ai pris ma retraite, j'étais chef du groupe de chimie computationnelle et de biologie structurale de Lilly, et pour moi, ce fut une grande carrière. Je regarde en arrière, et c'était très amusant en cours de route. J'ai beaucoup appris, je continue d'apprendre beaucoup, et je ne pense pas que je changerais quoi que ce soit.
Barry Bunin
D'accord. C'est merveilleux.
Jim Wikel
C'est l'histoire que vous avez entendue ?
Barry Bunin
C'est... Eh bien, c'est la première fois que je l'entends de façon aussi détaillée et aussi belle. Je pense que c'est une grande histoire. J'avais une question connexe pour le public scientifique et, évidemment, sans rien divulguer de confidentiel, mais peut-être que vous pouvez partager une sorte de "aha" moment dans la découverte de médicaments ou la science, où quelque chose s'est passé qui était en quelque sorte au-delà des types d'expériences quotidiennes et une sorte de moment excitant. Cela aurait pu se passer à l'école supérieure, dans l'industrie ou ailleurs, si vous avez quelque chose à partager. C'est ma dernière question.
Jim Wikel
Je pense que la recherche est pleine de ces moments "aha", et j'en ai certainement eu ma part, en y réfléchissant. En tant que chimiste, j'ai eu l'occasion de travailler sur les premiers processus de fabrication d'un composé qui est finalement devenu un médicament commercialisé pour la division agricole de Lilly. Le fait de travailler sur cette chimie m'a procuré un certain nombre de moments "aha" de ce côté. J'ai également travaillé sur un projet, dont la taille et la durée sont inconnues de nos jours, mais nous avions un projet de recherche sur les antiviraux et pendant la majorité des dix ans environ, j'ai été le seul chimiste sur ce projet. Et pendant dix ans, quelques personnes sont venues et sont reparties au fur et à mesure que l'intensité s'intensifiait et que les découvertes se multipliaient, mais tout était de la biologie prémoléculaire, donc les choses ont été beaucoup plus lentes, et la chimie, bien sûr, a commencé à partir de l'air, du feu et de l'eau et tout a pris beaucoup de temps. Mais au final, nous avons fini par mettre deux composés dans la clinique sur les humains, ce qui a été très gratifiant. En ce qui concerne le contexte humain, nous avons eu un candidat qui est passé par Lilly une fois, qui passait un entretien en tant que chimiste, et il s'est avéré qu'il... Eh bien, laissez-moi revenir un peu en arrière. Les essais cliniques, les essais sur l'homme pour, dans ce cas, le rhume, le rhinovirus, ont été donnés à des patients infectés. Vous pouvez donner cette maladie aux humains. Donc, en général, certains de ces centres, du moins à cette époque, emmenaient les étudiants hors du campus pendant les vacances de printemps et infectaient certains d'entre eux avec le rhinovirus, et certains recevaient un placebo, puis nous traitions les deux groupes pendant quelques semaines, et nous mesurions simplement l'écoulement nasal et les titres de virus qui sortaient. L'un des types qui ont passé l'entretien s'est avéré être dans une université et s'était porté volontaire pour l'une de ces études. Nous avions une bonne histoire à raconter et nous avons échangé des notes pour savoir si nous pensions qu'il avait reçu le médicament ou un placebo. Je ne connais toujours pas la réponse à ce jour. Mais c'était pour moi un beau commentaire personnel sur ma carrière, parce que je me sentais concerné par toute cette affaire. Et je suppose que d'un point de vue informatique, avoir travaillé avec le Cray-2 à ses débuts, et avoir passé tous les moments "aha" d'avant le Cray, 12 à 24 heures à faire un calcul MOPAC, et puis tout d'un coup avoir un Cray-2 qui a fait le même calcul en quelques minutes, était un vrai moment "aha" du point de vue technologique. Je pense simplement que j'ai vu beaucoup de choses au cours de ces 40 années. J'ai vu beaucoup de technologie et beaucoup de changements dans l'industrie. Je pense que l'un des moments "aha" les plus récents dont j'ai été témoin, c'est que je repense à ma carrière de chimiste médicinal en moins de 20 ans, où j'ai peut-être fabriqué 1 000 composés, et aujourd'hui, ce n'est qu'une goutte d'eau dans la mer pour savoir ce que quelqu'un pourrait faire en laboratoire. La différence que je dis aux gens est qu'à l'époque, nous finissions par fabriquer un demi-gramme à un gramme, c'était juste la quantité minimale pour obtenir un grand nombre de tests in vivo et de criblages à grande échelle, donc c'était un jeu différent.
Barry Bunin
Je pense que c'est une belle note pour terminer, et je vous remercie pour le temps que vous avez consacré à l'interview.
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