OntoloBridge - Une nouvelle plateforme pour connecter les utilisateurs et les développeurs de vocabulaires scientifiques

Désormais disponible via le référentiel d'ontologies BioPortal

Capture d'écran d'OntoloBridge dans le NCBI BioPortal (lien, nécessite une connexion).
Capture d'écran d'OntoloBridge dans le BioPortal

OntoloBridge est maintenant disponible sur BioPortal! Le projet, financé par une subvention U01 collaborative entre l'Université de Stanford, l'Université de Miami et Collaborative Drug Discovery, a été conçu pour combler le fossé entre les utilisateurs réguliers de vocabulaires scientifiques contrôlés et les créateurs d'ontologies sous-jacentes.

Les ontologies sont des descriptions de termes scientifiques et de leurs relations avec des définitions lisibles par l'homme et formelles (logiques). Les ontologies servent donc de thésaurus intelligents qui définissent et relient les termes scientifiques. À l'ère du Big Data, les vocabulaires formels sont plus importants que jamais pour permettre de trouver, d'accéder, d'intégrer et de réutiliser des ensembles de données et autres objets de recherche numériques, c'est-à-dire de rendre les données FAIR (trouvables, accessibles, interopérables, réutilisables).

OntoloBridge est une nouvelle technologie qui permet aux développeurs d'ontologies de mettre à jour et d'étendre leurs ontologies avec de nouveaux termes sélectionnés tout en acceptant les suggestions de la communauté.

Encourager et gérer les contributions de la communauté est une caractéristique cruciale de l'adoption généralisée des ontologies. Les scientifiques ne devraient pas avoir à choisir entre sélectionner des vocabulaires moins favorables ou inappropriés ou éviter les annotations sémantiques de leurs données. OntoloBridge permet aux chercheurs de se connecter directement avec les propriétaires d'ontologies pour demander de nouveaux termes qui profiteraient à la fois à leur flux de travail immédiat et à la communauté scientifique dans son ensemble.

La réaction initiale des utilisateurs a été profondément positive. Commentaires générés par l'utilisation de l'outil d'annotation des tests biologiques de Collaborative Drug Discovery, BioAssay Express (www.bioassayexpress.com), en conjonction avec l'intégration OntoloBridge a conduit à une productivité accrue en rationalisant l'annotation sémantique des tests biologiques. Les utilisateurs peuvent suggérer des termes d'ontologie à la volée, initiant un système de rétroaction entre les conservateurs et les experts en ontologie.

OntoloBridge sert actuellement la BioAssay Ontology (BAO), Drug Target Ontology (DTO), Protein Ontology (PR), Cell Line Ontology (CLO) et Coronavirus Infectious Disease Ontology (CIDO). Notre équipe est en train d'étendre la portée de la plate-forme à d'autres ontologies. Si vous souhaitez que votre ontologie fonctionne avec OntoloBridge, veuillez contacter [EMAIL PROTECTED]. (Si vous souhaitez que votre ontologie soit ajoutée à BioPortal, contactez [EMAIL PROTECTED])

A propos de cette subvention

La subvention U01 soutient le développement de programmes collaboratifs substantiels entre les NIH et les instituts récompensés. Le prix numéro U01LM012630 de la National Library of Medicine tel que décrit sur NIHReporter soutient ce projet. Le contenu relève uniquement de la responsabilité des auteurs et ne représente pas nécessairement les vues officielles du National Center for Advancing Translational Sciences ou des National Institutes of Health. Plus d'informations à: https://projectreporter.nih.gov/project_info_description.cfm?aid=9747967&icde=50608877.

À propos du CDD

CDD (https://www.collaborativedrug.com/) produit phare, CDD Vault®, est une application Web moderne pour l'enregistrement de vos produits chimiques, la gestion des données de test et l'analyse SAR. CDD Vault® est une solution de base de données hébergée pour la gestion et le partage sécurisés des données biologiques et chimiques. Il vous permet d'organiser intuitivement les structures chimiques et les données d'études biologiques, et de collaborer avec des partenaires internes ou externes via une interface Web facile à utiliser. CDDVault® développe continuellement sa technologie pour inclure les fonctionnalités ELN, Model et API. Une liste complète des 58 publications / brevets CDD est disponible en ligne sur notre page de ressources: https://www.collaborativedrug.com/pages/resources.

Pour plus d'informations contactez:

Découverte collaborative de médicaments, (650) 204-3084, [EMAIL PROTECTED].

À propos du laboratoire Schürer de l'Université de Miami

Le laboratoire Schürer opère au Département de pharmacologie de la Miller School of Medicine (http://pharmacology.med.miami.edu/) et à l'Institute for Data Science and Computing (iDSC) (https://ccs.miami.edu/focus-area/drug-discovery/) à l'Université de Miami. Le principal thème de recherche du groupe Schürer est la découverte de médicaments systémiques. Nous intégrons et modélisons l'interaction petite molécule-protéine, l'omique de la biologie des systèmes et les données de chimie pour améliorer la traduction des modèles de maladies en nouvelles petites molécules fonctionnelles. En utilisant des outils d'analyse de données massives distribués et parallélisés, des outils bio et chimio-informatiques, nous construisons des pipelines de modélisation sophistiqués pour comprendre et prédire le mécanisme d'action des médicaments, la promiscuité et la polypharmacologie, avec un accent particulier sur les kinases et les protéines de lecture de bromodomaine épigénétiques avec application au cancer et à d'autres maladies. Dans plusieurs projets ciblés et à plus grande échelle, nous développons des ontologies formelles (par exemple, BioAssay Ontology, Drug Target Ontology), des normes de données et des applications logicielles multi-niveaux pour les utilisateurs finaux. Nous avons plusieurs collaborations de découverte de médicaments allant du cancer aux troubles neurologiques.

Pour fabriquer et tester physiquement les petites molécules les plus prometteuses, nous développons des voies de synthèse optimisées par ordinateur et nous utilisons des technologies de synthèse parallèle pour créer de petites bibliothèques de composés. La combinaison des méthodologies de calcul et de chimie a accéléré l’optimisation du plomb et le développement de composés cliniques.

Le groupe participe à trois consortiums nationaux, le projet Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS) (http://bd2k-lincs.org/), le programme Big Data to Knowledge (BD2K) (https://datascience.nih.gov/bd2k) et le projet Illuminating the Druggable Genome (IDG) (https://druggablegenome.net/). Plus récemment, nous faisons également partie du NIH Data Commons récemment créé.

Publications Schürer: https://goo.gl/TsNof9

Contact: Stephan Schürer, PhD, Université de Miami, + 1-305-243-6552, [EMAIL PROTECTED]

À propos du Centre de recherche en informatique biomédicale de l'Université de Stanford

Le Centre de Stanford pour la recherche en informatique biomédicale (BMIR; http://bmir.stanford.edu/) étudie le développement et l'évaluation de méthodes de calcul avancées pour améliorer la biomédecine. BMIR héberge le Center for Expanded Data Annotation and Retrieval (CEDAR), qui offre un logiciel modulaire accessible par REST pour accélérer la spécification, la collecte et la publication de métadonnées scientifiques, tout en augmentant la qualité, la quantité et l'interopérabilité des métadonnées résultantes. descriptions. De la création d'ontologie (Protégé) à la diffusion d'ontologie et de vocabulaire (BioPortal), à la gestion des métadonnées sémantiques (CEDAR Workbench), BMIR fournit des produits et services open source transformateurs utilisés par des millions de chercheurs.

Les références de toutes les publications de nos projets sont disponibles sur https://metrics.stanford.edu/people/mark-musen.

Contact médias: Mark Musen, MD, PhD, Université de Stanford, + 1-650-725-3384, [EMAIL PROTECTED]