Prof. Jonathan Baell de "PAINS Filters Fame de l'université Monash

"Les gens trouvent juste des composés avec un peu d'activité et publient vraiment des résultats de sélection comme s'ils étaient de véritables candidats optimisables. Et ces choses peuvent être subversives et avoir l'air réelles, donc ces publications sont en quelque sorte acceptées et malheureusement il y a beaucoup de bruit, beaucoup de pollution, et c'est une des choses que nous nous efforçons certainement de faire ici, ce n'est pas de publier quelque chose pour le plaisir de publier, mais de le publier après avoir fait des optimisations montrant que ces choses sont absolument réelles".

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Interviewé par Barry Bunin, PDG de Collaborative Drug Discovery, Inc.

Écouter l'intégralité de l'audio

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Transcription de l'interview éditée

 

Barry Bunin

Je voulais commencer par une question plus générale car la dernière fois que je vous ai vu, c'était à cette réunion de l'ICBS, International Chemical Biology Society, au Kansas.

 

Jonathan Baell

Le Kansas, c'est ça.

 

Barry Bunin

J'ai pensé que quelqu'un d'australien pourrait commenter de manière assez impartiale les efforts en cours aux États-Unis, en Europe et en Asie. Je suis curieux de savoir ce que vous pensez de l'évolution des efforts mondiaux pour la découverte de médicaments, du type de coordination qui se met en place, et de la façon dont cela évolue de votre point de vue.

 

Jonathan Baell

De mon point de vue, c'est vraiment une période très excitante, très excitante. Il semble que l'idée, lancée il y a quelques années, selon laquelle les entreprises pharmaceutiques réduisaient leurs activités de recherche en interne, et que cela pouvait donc offrir des opportunités aux instituts universitaires, soit tout à fait d'actualité. Je suis donc sûr qu'il n'y a pas une seule grande université dans le monde qui ne soit pas en discussion active ou qui n'ait pas déjà signé un partenariat avec l'industrie pharmaceutique, et c'est certainement le cas de l'Institut des sciences pharmaceutiques de l ' Université Monash. Nous avons signé un accord avec Servier, une société pharmaceutique française, et cela semble tout à fait logique. Ils peuvent offrir des compétences et des ressources complémentaires, peut-être dans le domaine de la découverte de médicaments en aval, alors qu'ils considèrent souvent les instituts universitaires comme des endroits attrayants où ils ont le sentiment que les fonds publics ont déjà permis de financer une bonne partie de la recherche, et donc peut-être qu'ils peuvent prendre quelques risques en investissant plus tôt dans la biologie précoce qu'ils ne l'auraient fait normalement. Il s'agit donc d'une évolution mondiale, ce qui est très positif. Et je pense que, dans le monde universitaire, nous en bénéficions tous.

 

Barry Bunin

Chris Lipinski, de notre BRS, m'a d'abord présenté à vous juste après votre influent J. Med. Chem. sur les filtres PAINS et ensuite vous avez fait un blog invité, qui a été l'un de nos blogs invités les plus lus sur le sujet...

 

Jonathan Baell

Fantastique.

 

Barry Bunin...

...en ce qui concerne la monnaie dans notre domaine avec les brevets. Alors, je suis juste curieux de savoir comment ce document a influencé le domaine et pourquoi il a touché un point sensible ?

 

Jonathan Baell

C'est une bonne question. J'étais juste sur le blog des invités. En fait, je me suis beaucoup amusé à le faire et c'était l'occasion d'aborder certains aspects opérationnels pratiques de la manière dont vous lisez les filtres et dont vous les interprétez. Dans le blog, il y a des options pour faire cela là où il n'y avait pas une telle opportunité de le faire avec les publications ultérieures. Je suis donc plutôt heureux d'entendre que c'était un des favoris.

Le papier PAINS... Eh bien, il a absolument touché une corde sensible et le moment était bien choisi. Nous avions été l'un des premiers à commencer notre suivi HTS à partir d'une bibliothèque universitaire HTS et c'était à l'Institut Walter and Eliza Hall de Melbourne. Cela a commencé vers 2002, nous avons commencé à assembler la bibliothèque, et je pense qu'il n'y avait peut-être que quelques autres instituts dans le monde qui faisaient quelque chose de similaire. Il est possible qu'aucun ne le fasse de la même manière que nous. Néanmoins, après des années cumulées de campagnes HTS, nous avons continué à trouver ces composés qui n'étaient pas exactement les mêmes, mais qui se ressemblaient en quelque sorte et n'allaient nulle part. Ceci est évidemment lié à cet article sur les douleurs où je viens de dire "regardez, il doit y avoir un moyen de les formuler en une classe, une classe sous-structurelle, que les gens peuvent reconnaître et ils réalisent que ce n'est pas seulement un analogue particulier, mais que tout ce qui est associé à une certaine classe est généralement une mauvaise nouvelle. Nous avons donc publié ce rapport en 2010, et je pense que des dizaines de laboratoires de STS dans le monde entier ont probablement effectué des tests de dépistage pendant quelques années, et cela a touché une corde sensible. Je pense qu'ils ont dû voir ces choses, ces cercles de composés d'interférence (ou PAINS, comme nous les appelions) et ils ont pu reconnaître instantanément que : wow, ce sont ces choses qui ont causé le problème. Le phénomène a donc été adopté presque instantanément par les universitaires, probablement parce que certains anciens pharmaciens, aujourd'hui dans les universités, en reconnaissaient probablement certains mais ne pouvaient pas vraiment en parler depuis l'époque où ils travaillaient dans l'industrie pharmaceutique. Je sais que pour Chris Lipinski, ce fut une bouffée d'air frais, car il a été de plus en plus exaspéré par certains de ces résultats de dépistage complets et à haut débit, qui se sont révélés être de véritables passifs. Je pense donc que c'est probablement la raison pour laquelle il a touché un tel point sensible.

 

Barry Bunin

J'aimerais vous parler un peu de CDD Vault , le logiciel que nous avons développé. Pourquoi avez-vous décidé de l'utiliser pour vos collaborations à Monash ? Qu'est-ce qui vous plaît dans cette technologie, d'après ce que vous en avez vu jusqu'à présent ?

 

Jonathan Baell

Eh bien, regardez, nous avons fait cela avant à WEHI. Donc quand nous cherchons un LIMS Laboratory Information Management System, nous en avons engagé un autre, qui était un concurrent et il n'est probablement pas juste de le nommer, donc je vais juste me concentrer spécifiquement sur ce que nous avons aimé à propos du CDD Vault . Lorsque je suis arrivé à Monash, j'ai réalisé qu'il s'agissait d'un environnement universitaire avec des chimistes, des chimistes fabriquant des composés, des biologistes effectuant des tests, et qu'il fallait vraiment un système centralisé, un système de type LIMS, mais qui puisse être financé par un budget universitaire, et nous avons donc fait ce qu'il fallait. Nous avons eu de nombreuses démonstrations de différentes options dans la région, et ce que j'ai aimé sur CDD, et ce que mes collègues ont aimé, c'est le service, le service et l'assistance amicaux, la patience avec laquelle on nous a fait la démonstration initiale, mais aussi le fait qu'il n'a pas fallu beaucoup de patience parce que c'était tellement convivial, j'ai vraiment aimé l'interface. Je dois dire que je n'ai été déçu en aucune façon. Même dans certaines des versions antérieures, il y a quelques années peut-être - plus d'un an -, les premières fonctionnalités que nous pensions être bonnes à avoir se sont avérées être le cas et sont mises en œuvre de manière élégante dans CDD Vault aujourd'hui. Il est donc clair que CDD est une équipe de développement assez active qui répond aux commentaires des gens. Je dirais donc que l'interface conviviale, la facilité d'utilisation, et nous aimons vraiment les aspects basés sur le Web. Nous avons des collègues de l'Université de Western Australia qui peuvent se connecter et voir les dernières données, faire un commentaire. Nous avons fini par dupliquer des cibles, des composés cibles, et nous sommes satisfaits de la sécurité. Je dirais donc que nous l'apprécions vraiment, et que son coût est abordable dans un cadre universitaire. Je dirais que cela résume probablement tout.

 

Barry Bunin

Pour me préparer à cet appel, j'ai regardé sur votre site Web certains des projets que vous avez mentionnés, comme un projet sur le cancer PI3-kinase, un projet sur T. brucei, un projet sur la malaria, et ma question était donc d'en savoir un peu plus sur ces projets de recherche intéressants dans le contexte de ceux qui bénéficient déjà du site CDD Vault et des autres collaborations qui pourraient peut-être en bénéficier à l'avenir, tout en parlant aussi de la science. Je pensais que ces sujets couvriraient une bonne combinaison naturelle de science et de technologie.

 

Jonathan Baell

Ouais. Si je me connectais sur le site CDD Vault en ce moment, je verrais que le nombre de projets augmente chaque jour. Je ne suis pas trop sûr de ce que nous faisons, mais il semblait y avoir 20 projets différents la dernière fois que je me suis connecté. Donc, l'utilisation se généralise vraiment. Il est intéressant de noter que le projet sur la PI3-kinase concerne mon collègue, le professeur associé Phil Thompson. Je ne crois pas qu'ils aient encore téléchargé le projet sur le site CDD Vault . C'est en fait un bon exemple du fait que ces choses prennent parfois un peu de temps dans un environnement universitaire. Ce n'est pas nécessairement instantané lorsque tout le monde charge ses données immédiatement. Il faut parfois un peu de temps pour changer de mentalité et adopter une méthode de travail centralisée. Le projet T. brucei, bien sûr, est le mien et a probablement été le premier projet que nous avons lancé sur le site CDD Vault . Il est maintenant rempli de centaines de composés actifs contre T. brucei et nos collègues qui effectuent des tests à Griffith, dans le Queensland et dans d'autres États, téléchargent les données biologiques de leur côté, et nous avons constaté que cela fonctionne très bien. Nous avions un système où nous avions beaucoup de feuilles Excel différentes qui circulaient, et les données bilatérales changeaient ou il y avait un point de données dont quelqu'un n'était pas satisfait d'un point de vue scientifique, et nous devions alors nous assurer que la feuille maîtresse Excel était mise à jour, et ainsi de suite. Ce n'est plus le cas aujourd'hui, et je pense que certaines personnes s'en rendent compte et en voient les avantages, de sorte que ces projets se déroulent de mieux en mieux sur le site CDD Vault .

Le T. brucei, eh bien je suppose, comme vous le savez probablement, que c'est une maladie négligée ou un parasite qui provoque une maladie négligée, juste la maladie du sommeil transmise par la piqûre de la mouche tsé-tsé. T-s-e-t-s-e, par intérêt, si vous regardez la prononciation sur le Web, cela donne à la fois Tsetse et Tsetse, et nous ne sommes pas trop sûrs de savoir laquelle est correcte. Je dis toujours Tsetse, c'est mon origine anglaise. Mais c'est une maladie négligée et il y a beaucoup d'intérêt parmi les organismes de bienfaisance qui essaient de trouver un remède à cette maladie négligée. Une autre maladie sur laquelle nous sommes sur le point de travailler, et sur laquelle nous avons déjà travaillé un peu dans le passé, est la maladie de Chagas, toujours causée par le trypanosome. Ce sont en fait de très beaux projets pour les milieux universitaires, car les étudiants peuvent en parler ouvertement. Ils ne posent pas de problèmes de propriété intellectuelle car il n'y a pas de véritable marché, et les organismes de financement - des organisations caritatives comme le DNDi qui font progresser ces composés - ne croient pas au brevetage. Le paludisme, tout le monde le connaît. Ce n'est pas vraiment une maladie négligée. C'est l'une de ces maladies qui a bénéficié de façon fantastique de la philanthropie de la Fondation Bill et Melinda Gates. Elles seront peut-être responsables, en grande partie, de ce que nous espérons être la guérison d'une maladie, d'ici une dizaine d'années. Les vaccins suscitent beaucoup d'intérêt, mais nous nous intéressons à l'angle des petites molécules et nous avons découvert un certain nombre de petites molécules qui sont très puissantes contre P. falciparum, l'agent causal, et qui ont également une forte activité gamétocytocide, ce qui est actuellement très intéressant pour ceux qui travaillent sur la malaria. Nous avons la chance d'avoir au MIPS un groupe ADMET appelé CDCO, dirigé par le professeur Sue Charman, qui nous donne un accès presque sans faille à certaines des données AMDET et PK préliminaires dont nous avons besoin pour faire fonctionner l'ensemble. Ce sont ces trois projets, mais il y en a beaucoup d'autres.

 

Barry Bunin

Alors peut-être pour ceux qui ne sont pas si familiers avec l'impact des principales découvertes scientifiques en Australie (vous ne les aborderez évidemment pas toutes, mais je connais certains des travaux réalisés là-bas grâce à ma formation en chimie combinatoire), comme le travail de pionnier de Mario Geysen en Australie, qui a développé les broches de mimotope pour les bibliothèques de peptides permettant de trouver des épitopes. Au sein de la communauté des maladies négligées que je connais bien, vous avez mentionné certains des travaux que j'ai rencontrés grâce au travail de Ron Quinn à l'Institut Eskitis de l'Université Griffith et à certaines de leurs collaborations. Je crois que la recherche sur le paludisme a également une longue histoire en Australie. Je suis donc simplement curieux de savoir quelles sont les découvertes les plus intéressantes qui ont été faites grâce à votre expérience au sein de cette communauté très soudée. Il se peut que la découverte de maladies négligées ou de médicaments commerciaux ne soit qu'une sorte de vitrine des choses les plus intéressantes que vous ayez rencontrées au cours de votre carrière en Australie.

 

Jonathan Baell

Wow, eh bien voyons voir. C'est une question difficile à la volée. Et si j'avais 24 heures pour y réfléchir, je pourrais probablement parler pendant des heures et des heures. De but en blanc, vous avez clairement mentionné la malaria. Pour une raison quelconque (et il est difficile d'en connaître les raisons exactes), la recherche sur le paludisme en Australie est vraiment très importante et très fructueuse, et je pense que c'est pour plusieurs raisons. Nous avons eu des acteurs clés en biologie, que ce soit Geoff McFadden, Leann Tilley ou d'autres biologistes spécialisés dans le paludisme. Ainsi, les biologistes de premier plan dans les différents domaines de la recherche sur le paludisme font constamment des percées dans la compréhension du fonctionnement du parasite du paludisme. Alan Cowman, par exemple, a une longue histoire de percées scientifiques. Il a ensuite attiré de jeunes scientifiques brillants qui ont fait carrière et ont fait des découvertes révolutionnaires. Vous savez, des gens comme Justin Boddey et Jake Baum, qui viennent de partir pour l'Imperial College. Je pense que c'est l'une des raisons, et l'autre raison, ce sont les centres tels que le CDCO avec Sue Charman, qui sont vraiment le moteur de la pharmacocinétique pour MMV(Medicines for Malaria Venture), et donc les activités en aval. Ils ont été directement impliqués dans des composés, en particulier ce composé peroxyde de type artémisinine qui semble aller jusqu'au bout. Et nous avons aussi l'Australian Army Malaria Institute, dans le nord du pays, avec Mike Edstein, qui s'occupe de modèles animaux et de bien d'autres choses. Je pense donc que l'ensemble de la combinaison fonctionne plutôt bien.

Parmi les autres grandes percées, citons évidemment le vaccin contre le cancer du col de l'utérus, qui a vu le jour à Sydney et en Nouvelle-Galles du Sud et qui a donné naissance au Gardasil, fruit de la collaboration de Ian Frazer. Pour revenir un peu en arrière, je m'en voudrais de ne pas mentionner Relenza et, avec Peter Colman et Mark von Itzstein, Graeme Laver, qui a découvert les composés anti-grippe. Mince, quoi d'autre ? Il y a eu de nombreux, nombreux développements au fil des ans. Ce qui est intéressant en Australie, c'est que nous n'avons pas vraiment bénéficié d'un moteur de recherche en chimie médicale, et donc la chimie médicale n'a pas été exactement en retrait, mais a eu tendance à être moins sous les feux de la rampe qu'elle ne l'est peut-être dans les pays où la présence pharmaceutique est importante. Mais nous espérons certainement changer cela et je suppose que là où je suis maintenant, au MIPS, l'Institut Monash des sciences pharmaceutiques, est devenu un peu un moteur de la recherche médico-chimique en Australie. Nous espérons donc profiter des développements susmentionnés dans le secteur pharmaceutique pour investir et collaborer dans des endroits comme le nôtre.

Vous avez mentionné un autre domaine de découverte, je crois ?

 

Barry Bunin

Je l'ai mentionné parce que je connaissais les travaux de Mario Geysen sur l'analyse des épitopes...

 

Jonathan Baell

Oui, bien sûr, c'est vrai. En fait, il est intéressant dans une certaine mesure que beaucoup de jeunes chimistes qui viennent ici réalisent généralement sa place dans toute cette région. Même, en fait, en retournant à Merrifield avec la synthèse de peptides en phase solide. Beaucoup de gens ne réalisent pas nécessairement quelles découvertes révolutionnaires ont été faites dans ce genre de domaines. Les mimotopes sont toujours en cours et sont très populaires. Je ne sais pas si les gens sont familiers avec ces gadgets en phase solide, sur lesquels vous chargez vos peptides ou vos substances organiques ou de nombreuses molécules, en fait.

 

Barry Bunin

L'une des choses que vous avez mentionnées au sujet des analogues de l'artémisinine a retenu mon attention, c'est pourquoi la disponibilité de la thérapie combinée à l'artémisinine pour le paludisme a suscité beaucoup d'enthousiasme. Au cours de l'histoire, des résistances sont apparues à diverses thérapies et je suis donc curieux de savoir quelles sont les prochaines choses intéressantes qui sont nécessaires ou qui sont déjà en cours de développement de votre point de vue. Quelles sont les prochaines étapes qui pourraient attirer l'attention des gens, lorsque nous regarderons en arrière dans une décennie ?

 

Jonathan Baell

Le paludisme est vraiment attaqué sur tous les fronts, donc en tant que chimiste médicinal, mon intérêt premier est le traitement par petites molécules et l'on remarque que certains composés révolutionnaires sont très prometteurs. Par exemple, il y a la spiraleindalone qui est issue du criblage d'une bibliothèque de produits naturels. Je crois que c'est le NITD, l'Institut Novartis pour la recherche sur les maladies tropicales, et je pense qu'ils n'ont examiné qu'environ 12 000 produits naturels. Ils ont obtenu ce produit naturel qui est relativement simple et ont clairement fait d'excellents examens médicaux pour obtenir ce composé vraiment puissant, et il progresse maintenant dans la clinique et il a l'air vraiment bon. C'est un de ces cas classiques que nous avons avec les microbes et les parasites, les antibiotiques, et il y a beaucoup de criblage phénotypique intéressant d'abord et vous trouvez la cible ensuite. C'est exactement comme cela que ce composé a été trouvé. Ils ont d'abord fait le criblage et ensuite ils ont en quelque sorte fait marche arrière pour trouver la cible, qui de mémoire, je pense, était impliquée dans la synthèse de l'ATP, mais je vais devoir vérifier cela. Vous savez, la même chose s'est produite avec la bedaquiline, ce médicament anti-TB qui vient d'être approuvé à la fin de l'année dernière, quand ils ont découvert qu'il affecte la pompe à protons associée à l'ATP Synthase. J&J, Johnson & Johnson, dès 1996, a passé au crible 70 000 composés, a trouvé ce composé qui semblait toucher l'organisme modèle de la tuberculose et, pour faire court, a fini par obtenir un composé, trouvant la cible, et maintenant il est approuvé pour la tuberculose multirésistante.

Je pense donc que certaines de ces choses sont passionnantes et, encore une fois, ce composé de type peroxyde qui a vraiment été développé grâce à une biologie mécaniste très intelligente. Vous savez, la poursuite de quelque chose que beaucoup de chimistes médicaux, peut-être avec les perspectives traditionnelles de la Pharmacie, n'approcheraient pas. Un peroxyde, whoa, qui ferait progresser un peroxyde ? Eh bien, si vous avez une certaine hypothèse et une certaine logique de recherche derrière elle, alors il faut être ouvert à la poursuite de telles choses. Ainsi, certaines des dernières générations de ce composé progressent et semblent très prometteuses, et bien sûr, il existe un potentiel de vaccin. Je ne sais pas grand-chose sur le domaine des vaccins contre la malaria, mais il est clair que cela présente un grand intérêt pour une sorte de traitement semi-permanent, et la Fondation Gates y consacre donc beaucoup de recherches. La semaine dernière, j'ai entendu parler de ce qui pourrait être une sorte de percée dans la recherche d'un épitope de liaison approprié pour générer un vaccin. Il existe tout un domaine de la génétique, qui consiste à modifier génétiquement les moustiques pour tuer la transmission de cette manière. L'un des moyens les plus efficaces consiste simplement à fournir de meilleures barrières physiques, de simples moustiquaires. On a donc presque tous les angles d'attaque possibles et imaginables pour lutter contre la malaria et on espère que l'une de ces approches, ou une combinaison de celles-ci, va vraiment porter ses fruits, peut-être d'ici une décennie.

 

Barry Bunin

Merci pour les réflexions générales sur le paludisme. Je voudrais revenir à vos propres recherches et réfléchir ou partager ce que vous voyez dans un avenir prévisible et donc, dans le meilleur des cas, si vos recherches se déroulent bien pour vos collaborations à court terme, disons 6 à 12 mois ou dans un avenir très prévisible, quelles seraient les choses intéressantes que vous aimeriez voir se développer, et puis en pensant un peu plus largement comme 5 à 10 ans, et cela peut être de la science fondamentale ou de la science appliquée. Partagez certaines des choses que vous trouvez intéressantes et motivantes pour vous, et d'autres peuvent aussi bien l'être.

 

Jonathan Baell

Je suis principalement un universitaire, donc il y a un bouillonnement constant de différents projets qui arrivent par le biais de projets d'étudiants ou de projets financés par des bourses. Donc, pour ces derniers, l'un des principaux moteurs est l'obtention d'un POC. S'il s'agit d'une publication de qualité axée sur la médecine et la chimie, obtenir ce J. Med. Chem. par exemple. Mieux encore, si vous collaborez avec la biologie de pointe, vous pouvez obtenir des articles à très fort impact. C'est un facteur déterminant pour ce que je fais, mais étant un chimiste médical dans l'âme, je suis nécessairement opportuniste. Donc, tout ce qui semble vraiment pouvoir être associé à quelque chose de valeur thérapeutique, nous examinons alors la voie de progression. Comment progresser dans cette voie ? Pouvons-nous, et si oui, le breveter ? Ainsi, dans le domaine du cancer, par exemple, et même de la malaria, on aurait un plan de brevetage. Donc, pour quelques projets, en ce moment dans le domaine du cancer, où nous nous tournons vers cette voie, nous déposons des brevets, et l'idée serait alors de se séparer de cela et de progresser dans un sens de collaboration. Cela a certainement très bien fonctionné à l'Institut Walter et Eliza Hall au cours de la dernière décennie. Je ne suis MIPS que depuis un an environ. Nous avons eu un projet qui a commencé par un succès de dépistage contre les BCL2, les BCL XL, certaines cibles de cancer, qui s'est très bien déroulé et qui a fini par être licencié par Abbott et Genentech et qui a extrêmement bien progressé. Il commence à peine à être publié. C'est le genre de modèle que je vois qui pourrait vraiment fonctionner ici aussi.

Donc, la combinaison de papiers de qualité, et je dis bien de papiers de qualité - une des choses qui me préoccupe dans le monde entier concerne ces DOULEURS. Les gens trouvent des composés avec un peu d'activité et publient vraiment des résultats de sélection comme s'ils étaient de véritables candidats optimistes. Et ces choses peuvent être subversives et avoir l'air réelles, donc ces publications sont en quelque sorte acceptées et malheureusement il y a beaucoup de bruit, beaucoup de pollution, et c'est une des choses que nous nous efforçons certainement de faire ici, c'est de ne pas publier quelque chose pour le plaisir de publier, mais de le publier après avoir fait des optimisations montrant qu'elles sont absolument réelles. Ce serait donc notre modèle. Publier, breveter, si quelque chose semble vraiment passionnant, breveter d'abord, puis peut-être publier dans les 18 mois suivant ce brevet, et ensuite chercher à obtenir une licence. C'est le genre d'approche que nous adoptons pour obtenir ce résultat, les principaux domaines d'intérêt étant les maladies infectieuses et le cancer.

Nous venons donc de lancer un certain nombre de projets de recherche sur la résistance aux antibiotiques avec des collègues ici. L'autre grande chose que nous voulons faire est de développer, à l'échelle de Monash (Monash est grand, je pense qu'il y a 50 000 étudiants ou quelque chose comme ça), une bibliothèque interne de composés. Ainsi, plutôt que d'avoir seulement moi - à la fin de cette année, nous espérons avoir, au cours des 12 derniers mois, 300 de nos composés stockés dans des installations de pointe dans le Queensland, appelées la bibliothèque de composés du Queensland, qui sont tous codés à barres, triés sur le volet, ils ont un système d'écho qui fournit étroitement et acoustiquement un échantillon de stock pour le criblage dans un format prêt à être testé. Maintenant, nous aimerions, en fait, en utilisant l'aide du logicielCDD Vault pour être honnête, étendre cette initiative, pas seulement à mes composés dans les 300 sur 12 mois de mon groupe, mais tous les groupes à Monash. Et en fait, développer notre propre sorte de petit criblage HTS à travers l'industrie/facilité de découverte en interne. C'est probablement l'une des choses les plus importantes que nous voulons vraiment réaliser. Il faudra probablement au moins cinq ans pour que cela se fasse à l'échelle de Monash, peut-être même dix. Mais ce serait un peu une vision à la plus grande échelle que je prévois.

 

Barry Bunin

Excellent. Nous en sommes actuellement au stade de la planification de la prochaine réunion des utilisateurs et de la communauté de CDD , qui aura lieu le 4 avril 2014 pour célébrer notre dixième anniversaire. C'est mémorable et un peu drôle car nous avons été fondés le jour du poisson d'avril, il est donc facile de s'en souvenir, quatre jours plus tard. Nous avons donc quelques orateurs confirmés. Nous avons Chris Lipinski, nous avons Jerry Shipps qui travaille avec nous dans le cadre de la collaboration TBDA de la Fondation Gates, qui implique sept grandes entreprises pharmaceutiques travaillant avec des universitaires et...

 

Jonathan Baell

Oui.

 

Barry Bunin

... et divers laboratoires gouvernementaux également. Et puis nous avons Bob Volkmann, un ancien scientifique de Pfizer qui travaille dans deux biotechs utilisant deux CDD Vaults différents, ainsi que Ruo Steensma d'Orphagen Pharmaceuticals et d'autres scientifiques bien connus. Voilà donc quelques-uns des types de personnes de qualité qui s'expriment. Ma question est donc la suivante : dans le cadre de la planification, y a-t-il des personnes ou des problèmes intéressants qui permettraient de focaliser l'attention des gens là où cela sera le plus important, car nous sommes en train d'établir l'ordre du jour et les thèmes. D'habitude, les gens font des exposés et je pensais même que certaines personnes pourraient poser des problèmes à la communauté, ce qui serait une autre façon d'inverser les choses, mais je voulais juste ouvrir la voie à des idées pour la planification de notre prochaine rencontre.

 

Jonathan Baell

Écoutez, d'emblée, je dirais que l'un des grands problèmes est l'un de ceux auxquels j'ai failli échapper, à savoir la pression de publier et la capacité de publier dans le milieu universitaire, et la nécessité de s'attaquer à ces composés subversifs. J'essaie de faire passer le message qu'un composé dont l'activité micromolaire a été criblée, un composé dont l'activité micromolaire a été criblée sur une cible, si vous triez ces composés en fonction de leur activité cellulaire, vous risquez de choisir également des composés non ciblés. Il faut souvent atteindre une activité nanomolaire de 500 ou moins ou une liaison spécifique à la cible pour obtenir une activité cellulaire significative. Je vais probablement m'attarder sur les détails, mais je pense que la communauté au sens large a encore besoin de ce genre de question générale. Il y a de plus en plus de gens qui viennent au dépistage, ils sont très nombreux, donc la diffusion de connaissances de ce genre de trucs de base sur la découverte de médicaments dont les gens de la pharmacie seraient bien conscients sera utile.

Voyons si je peux élargir un peu mon champ d'action à des questions plus importantes. Je veux dire que les grandes questions sont toujours les partenariats privés, public-privé et la façon dont cela fonctionne, et les modèles, est-ce que cela fonctionne, y a-t-il des problèmes pour faire passer l'approche privée à l'approche publique en termes de besoins différents ou cela fonctionne-t-il vraiment bien ? Est-ce que cela dépend du contexte, donc du projet ? Cela dépend soit de la culture de l'université, soit du partenaire Pharma lui-même. Je peux imaginer qu'il y aurait des variables.

L'autre chose qui m'intéresse et dont j'aimerais en savoir plus, parce que c'est en Europe, donc qu'on n'en parle pas autant en Australie, c'est l'avancement de cette initiative IMI dont vous avez probablement entendu parler. Je sais qu'ils ont investi 500 millions pour... oh, je dois vous avertir, quelqu'un est en train de nettoyer mes fenêtres avec un tuyau extrêmement puissant. Alors je vais me boucher l'oreille.

 

Barry Bunin

...des choses comme ça se retrouvent souvent spontanément sur l'enregistrement, ça sortira dans la transcription du texte, ce qui est drôle. Mais oui, l'IMI dont vous parliez, en entendant les nouveautés de certains efforts européens, et il vient d'y avoir de grandes initiatives de recherche sur la cartographie du cerveau annoncées dans tous les États-Unis et en Europe aussi.

 

Jonathan Baell

Oui, oui, oui, exactement. Je serai donc un peu curieux de savoir ce qui se passe là-bas. Je veux dire une chose qui est intéressante, et Ron Quinn pourrait en parler aussi, il est en train de faire ce QCL, Queensland Compound Library. Il s'agit d'une initiative à l'échelle de l'Australie, qui fait le tour des universités et qui encourage toutes les universités à stocker leurs composés, ce dont je parlais tout à l'heure, où les composés de Monash seraient stockés dans la Queensland Compound Library, en essayant d'obtenir un accès à l'échelle de l'Australie, afin d'obtenir une sorte de bibliothèque de criblage australienne qui soit ouverte à tous. Le modèle de cette bibliothèque ne montre pas de structures, les biologistes auraient accès à cette bibliothèque ouverte au public pour toutes les bibliothèques universitaires, s'ils obtiennent un résultat, ils en parlent ensuite au biochimiste du QCL pour savoir comment aller de l'avant. Je ne sais pas si vous avez de la place dans votre programme, mais ce serait une discussion intéressante parce que cela pourrait être pertinent pour d'autres pays, pas seulement l'Australie. Mais, si vous voulez me laisser cette question, je serais heureux d'y réfléchir un peu, Barry, et de trouver d'autres idées. J'essaie simplement de réfléchir aux problèmes qui se posent dans un contexte de découverte de médicaments dans la communauté.

 

Barry Bunin

Je pense que ce sont de bonnes idées et nous aimerions avoir une bonne diversité de types de scientifiques, de types d'instituts et de géographies représentés, ce qui me donne déjà matière à réflexion. J'ai presque terminé mes questions principales, je suis heureux de vous laisser la place pour une dernière réflexion. Sinon, je pense que c'est une très bonne interview sous les projecteurs.

 

Jonathan Baell

Oh, bien. Très bien, j'ai beaucoup apprécié et j'ai pratiquement tout couvert, c'est un processus spontané, donc il y aura des choses dans vos questions par la suite, je pense, pourquoi n'ai-je pas mentionné cette découverte ou pourquoi n'ai-je pas mentionné ceci. Mais je suis assez satisfait de la spontanéité de l'entretien.

 

Barry Bunin

C'est ce qui le rend amusant. Eh bien, merci pour le temps que vous avez consacré à Jon pour traverser l'océan Pacifique. Je te parlerai plus tard.

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Ce blog est rédigé par des membres de la communauté CDD Vault . CDD Vault est une plateforme informatique hébergée de découverte de médicaments qui gère en toute sécurité les données biologiques et chimiques privées et externes. Elle offre des fonctionnalités de base, notamment l'enregistrement des produits chimiques, la relation structure-activité, l'inventaire des produits chimiques et les carnets de notes électroniques.l'inventaire chimique et le carnet de laboratoire électronique.

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