Coronavirus (SARS-CoV-2): Cronologia e aggiornamenti

Fatti scientifici per una migliore comprensione dell'epidemia

Aggiornamenti

21 febbraio: COVID-19 principalmente trasmette da persona a persona tramite goccioline respiratoriee non esistono prove definitive per la trasmissione fecale o aerea.


Febbraio 18th: Più di 100 studi clinici in corso in Cina, Giappone, Tailandia e Regno Unito per il trattamento di COVID-19 (la malattia causata da SARS-CoV-2) sotto monitoraggio dell'OMS.


Febbraio 14th: Il biologo John D. Loike ha scritto un parere su obbligo etico degli scienziati di fornire informazioni fattuali educare il grande pubblico sul coronavirus.


Febbraio 11th: Janssen ha annunciato una collaborazione con il Dipartimento della salute e dei servizi umani degli Stati Uniti accelerare lo sviluppo di un vaccino per il nuovo virus, ora ribattezzato SAR-CoV-2.


Febbraio 5th: JAMA ha pubblicato un articolo con informazioni importanti per i medici compresi i criteri per guidare la valutazione di Patients Under Investigation (PUI) negli Stati Uniti.


3 febbraio: I medici in Tailandia hanno riportato risultati promettenti nel trattamento di pazienti infetti con a combinazione di influenza e farmaci per l'HIV.


Gennaio 31st: il New England Journal of Medicine ha pubblicato un rapporto che descrive in dettaglio l'identificazione, la diagnosi, il decorso clinico e la gestione del primo caso statunitense del 2019-nCoV.


Gennaio 30th: L'OMS ha dichiarato l'epidemia di 2019-nCoV a Emergenza sanitaria pubblica di interesse internazionale (PHEIC), pur rilevando che "la Cina ha rapidamente identificato il virus e ne ha condiviso la sequenza ... il che ha portato al rapido sviluppo di strumenti diagnostici".


Gennaio 29th: Analisi dei primi 425 pazienti a Wuhan ha mostrato che l'età media era di 59 anni, il periodo medio di incubazione era di 5.2 giorni e l'R0 era stimato a 2.2.

NPR ha a elenco delle principali terminologie e definizioni mediche comunemente usato nella copertura mediatica dell'epidemia.

Unisciti alla conversazione: condividi i tuoi commenti con noi su questo Post di LinkedIn.

Autore: Barry Bunin, PhD

Pubblicato per la prima volta il 28 gennaio 2020

Poiché le notizie sul Coronavirus di Wuhan dominano i titoli dei giornali, è facile suscitare emozioni e reagire a tutti gli ultimi sviluppi. Tuttavia, riteniamo che sia utile esaminare i fatti e avere una visione più ampia di questo focolaio. Ecco cosa sappiamo finora del nuovo virus e come la comunità scientifica sta lavorando per contrastarlo.

  • Icona dell'elenco "1" per CDD Vault Post di blog ELN

    Cos'è il Coronavirus (2019-nCoV)?

    2019-nCoV è un Coronavirus, la famiglia di virus tradizionalmente associata al comune lieve raffreddore. È geneticamente più correlato a, ma distinto da, la sindrome respiratoria acuta grave (SARS) e la sindrome respiratoria del Medio Oriente (MERS) Coronavirus. Stiamo imparando mentre l'epidemia si svolge quotidianamente davanti ai nostri occhi:

    A gennaio 10th, sono stati rilasciati i dati di sequenziamento per il virus 2019-nCoV. L'agente causativo della polmonite misteriosa è stato identificato come un nuovo coronavirus mediante sequenziamento profondo e indagini eziologiche da almeno 5 laboratori indipendenti della Cina. Il genoma completo del virus della polmonite del mercato dei frutti di mare di Wuhan è ora depositato online in Genbank.

    A gennaio 12th, l'Organizzazione mondiale della sanità ha temporaneamente nominato il nuovo virus come romanzo del 2019 coronavirus (2019-nCoV). In un documento intitolato "Coronavirus: struttura del genoma, replicazione e patogenesi"I dettagli genetici sono stati condivisi:

    "Il genoma di CoVs è un RNA a senso positivo a singolo filamento (+ ssRNA) (~ 30kb) con struttura a 5'-cap e coda 3'-poly-A." E "La dimensione del genoma di CoV (~ 30kb) è il più grande tra tutti i virus RNA, che è quasi due volte più grande di quello del secondo virus RNA più grande. Il mantenimento della dimensione del genoma gigante dei CoV potrebbe essere correlato alle caratteristiche speciali del CoV RTC, che contiene numerosi enzimi di elaborazione dell'RNA come l'esoribonucleasi 3'-5 'di nsp14. L'esoribonucleasi 3'-5 'è univoco per i CoV tra tutti i virus RNA e ha dimostrato di funzionare come parte della correzione di bozze dell'RTC [12-14]. L'analisi della sequenza ha mostrato che il 2019-nCoV possiede una tipica struttura genomica del coronavirus e appartiene al cluster di betacoronavirus che include Bat-SARS-like (SL) -ZC45, Bat-SL ZXC21, SARS-CoV e MERS-CoV. Basato sull'albero filogenetico di CoV, 2019-nCov è più strettamente correlato a bat-SL-CoV ZC45 e bat-SL-CoV ZXC21 e più lontanamente correlato a SARS-CoV.1"

    A gennaio 16th, un test di laboratorio era stato sviluppato da ricercatori del Centro tedesco di ricerca sulle infezioni dell'ospedale universitario Charité di Berlino.

    A gennaio 24th, le caratteristiche cliniche di 41 pazienti in terapia intensiva infettati con 2019-nCoV a Wuhan in Cina erano pubblicato. I pazienti presentavano polmonite con risultati anormali sulla TC toracica e una "tempesta di citochine" con livelli plasmatici più elevati di IL2, IL7, IL10, GSCF, IP10, MCP1, MP1A e TNFα. Questi dati provengono solo dal paziente in terapia intensiva, ovviamente la maggior parte delle persone infette non è in terapia intensiva.

    A gennaio 25th, cinque protocolli PCR e primer per la diagnosi dei ceppi di Wuhan City 2019-nCoV sono disponibili presso l'Organizzazione mondiale della sanità (OMS). Ulteriori informazioni in tempo reale I protocolli RT-PCR per i laboratori sono disponibili online dal CDC.

    La sequenza 2019-nCoV generata rapidamente e le informazioni diagnostiche sono entrambe ora pubblicamente disponibile su Virological.org.

    Gli studi sulle variazioni genetiche sembrano suggerire il principale serbatoio di riserva in natura per 2019-nCoV probabilmente è il pipistrello. Eventuali ricombinazioni e trasmissioni potrebbero aver coinvolto ospiti di serpenti basati su analisi genetiche di glicoproteina.

    Il NIAID ha fornito un riepilogo equilibrato dell'attuale situazione per quanto riguarda il 2019-nCoV:

    "L'emergere di un altro focolaio di malattia umana causato da un agente patogeno proveniente da una famiglia virale precedentemente ritenuta relativamente benigna sottolinea la perpetua sfida delle malattie infettive emergenti e l'importanza di una preparazione prolungata.2"

  • Icona dell'elenco "2" per CDD Vault Post di blog ELN

    Dove e come si sta diffondendo?

    La maggior parte dei casi nell'uomo si trova nella città di Wuhan, nella provincia centrale di Hubei in Cina, dove 2019-nCoV è stato identificato per la prima volta. Un numero limitato di casi è stato confermato anche in Tailandia, Giappone, Taiwan, Corea del Sud, Stati Uniti ed Europa. Sebbene si credesse che fosse inizialmente trasmesso da animale a umano (con l'origine che iniziava in un mercato specifico ora chiuso nella città di Wuhan dove vengono venduti abitualmente animali vivi), ora ci sono più esempi di trasmissione da uomo a uomo 2019-nCoV .

    A gennaio 24th, ci sono stati 830 casi segnalati e ventisei decessi confermati dal 2019-nCoV, ovviamente non tutti i casi sono necessariamente segnalati, quindi questi dovrebbero essere considerati i numeri minimi.

    A gennaio 25th, l'OMS ha pubblicato 5 rapporti sulla situazione su 2019-nCoV che possono essere trovati online qui:

    https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports

    Il 5o rapporto dell'OMS includeva 1320 casi confermati riportati per 2019-nCoV. È stata segnalata la trasmissione da uomo a uomo, tuttavia la stragrande maggioranza dei casi riguarda la storia dei viaggi nella città di Wuhan, in Cina.

    Sebbene le morti siano ovviamente significative per coloro che sono coinvolti direttamente e indirettamente, la novità e la traiettoria sconosciuta dell'epidemia sono ciò che lo rende degno di nota. Dato che ci sono ordini di grandezza più morti per influenza comune, gli scienziati hanno discusso forse rebranding dell'influenza. "Dovremmo rinominare l'influenza; chiamalo virus XZ-47, o qualcosa di più spaventoso ", ha detto il dott. Paul Offit, direttore del Vaccine Education Center del Children's Hospital di Philadelphia.

    L'Organizzazione mondiale della sanità ha dichiarato che la stima preliminare di R0 (numero di riproduzione) va da 1.4 a 2.5, il che significa che ogni persona infetta potrebbe infettare tra 1.4 e 2.5 persone. Quindi viene trasmesso, ma attualmente non si sta diffondendo relativamente velocemente. Il numero esatto di riproduzione è ovviamente sconosciuto, poiché tutti i casi non vengono segnalati e c'è un ritardo tra infezione, notifica e segnalazione. Alcuni modelli suggerisce che potrebbero esserci 30,000 - 200,000 umani con 2019-nCoV.

  • Icona dell'elenco "3" per CDD Vault Post di blog ELN

    A cosa è simile?

    2019-nCoV fa parte di una famiglia di coronavirus che comprende il raffreddore comune, la sindrome respiratoria acuta grave (SARS) e la sindrome respiratoria del Medio Oriente (MERS). Dalla sua prima identificazione in Arabia Saudita nel 2012, circa il 34% delle persone dichiarate infette da MERS è deceduta (858 casi su 2494). MERS R0 è inferiore a uno. L'epidemia di SARS ha portato a 8098 casi identificati e 774 decessi (9.6%). La SARS aveva un R0 di 2-5. La SARS è scomparsa rapidamente come appariva nel 2002-03. Se ne siamo onesti, non sempre sappiamo del tutto perché le infezioni contagiose crescono o diminuiscono. Spesso siamo migliori nel determinare la correlazione, piuttosto che la causalità. Ciò non sorprende, poiché le infezioni contagiose sono per definizione fenomeni in evoluzione.

    I ricercatori stanno valutando le contromisure per 2019-nCoV utilizzando SARS-CoV e MERS-CoV come prototipi. Ad esempio, la diagnostica della piattaforma viene rapidamente adattata per includere 2019-nCoV, consentendo il riconoscimento e l'isolamento precoci dei casi. Antivirali ad ampio spettro, come remdesivir, un inibitore dell'RNA polimerasi, nonché lopinavir/ ritonavir e interferone beta hanno mostrato risultati promettenti contro MERS-CoV in modelli animali e sono in fase di valutazione rispetto al 2019-nCoV. I vaccini, con approcci con piattaforma di vaccino contro l'acido nucleico utilizzati per SARS-CoV o MERS-CoV, vengono perseguiti presso il Centro di ricerca sui vaccini dell'Istituto nazionale di allergie e malattie infettive. “Durante la SARS, i ricercatori sono passati dall'ottenere la sequenza genomica della SARS-CoV a uno studio clinico di fase 1 su un vaccino a DNA in 20 mesi e da allora hanno compresso quella linea temporale a 3.25 mesi per altre malattie virali. Per 2019-nCoV, sperano di muoversi ancora più velocemente, utilizzando la tecnologia del vaccino RNA messaggero (mRNA). Altri ricercatori sono allo stesso modo pronti a costruire vettori virali e vaccini subunità.2"

  • Icona dell'elenco "4" per CDD Vault Post di blog ELN

    Sviluppo del vaccino contro il coronavirus

    Lo sviluppo di vaccini (e anticorpi) ha senso, dato il linea temporale potenzialmente più veloce rispetto alla scoperta di farmaci de novo a piccole molecole, sebbene altri antivirali siano stati usati in SARS e MERS. Il Ha riferito Wall Street Journal diversi produttori di droga stanno correndo per sviluppare vaccini in grado di proteggere dal nuovo virus respiratorio originario della Cina. Moderna Inc., Inovio Pharmaceuticals Inc. e Novavax Inc. hanno in programma di sviluppare vaccini contro il ceppo virale appena identificato. I ricercatori dell'Università del Queensland in Australia stanno anche cercando di sviluppare un vaccino contro il ceppo.

    Più recentemente, FierceBiotech segnalato che sia JNJ che Gilead sono saltati nella corsa accelerata al vaccino contro il Coronavirus.

  • Icona dell'elenco "5" per CDD Vault Post di blog ELN

    Lezioni per la collaborazione di Drug Discovery?

    Come condiviso in modo tempestivo NIH JAMA Viewpoint da Catharine I. Paules, MD; Hilary D. Marston, MD, MPH; Anthony S. Fauci, MD sappiamo che 2019-nCoV è simile a MERS e SARS grazie alla rapida condivisione dei dati e alla collaborazione internazionale:

    “Mentre MERS non ha causato il panico internazionale visto con la SARS, l'emergere di questo secondo HCoV zoonotico altamente patogeno illustra la minaccia rappresentata da questa famiglia virale. Nel 2017 l'OMS ha inserito SARS-CoV e MERS-CoV nell'elenco dei patogeni prioritari, sperando di galvanizzare la ricerca e lo sviluppo di contromisure contro i CoV. L'azione dell'OMS si è dimostrata premonitrice. Il 31 dicembre 2019, le autorità cinesi hanno segnalato un gruppo di casi di polmonite a Wuhan, in Cina, la maggior parte dei quali includeva pazienti che avevano riferito di un'esposizione a un grande mercato di pesce che vendeva molte specie di animali vivi. Si sospettava l'emergere di un altro HCoV patogeno zoonotico e, entro il 10 gennaio 2020, i ricercatori del Centro clinico di salute pubblica di Shanghai e la School of Public Health e i loro collaboratori hanno rilasciato una sequenza genomica completa di 2019-nCoV in banche dati pubbliche, esemplificando la rapida condivisione dei dati in risposta alle epidemie ".

    Ai publisher piace il British Medical Journal (e in un momento di solidarietà piace ad altri editori Wiley e Elsevier) stanno fornendo gratuitamente informazioni sul Coronavirus su Internet per stimolare gli sforzi di risposta globale a breve termine e sostenere la ricerca a lungo termine, in contrasto con i loro consueti modelli commerciali a contenuto pagato. Il British Medical Journal ha anche reso disponibili gratuitamente informazioni su MERS e SARS.

    Uno dei modi unici in cui possiamo combattere le epidemie, non disponibile per le generazioni precedenti, è quello di sfruttare l'accesso gratuito, globale e istantaneo a tutti attraverso la nostra specie via Internet. Abbiamo solo graffiato la superficie del pieno potenziale di questo meccanismo sia per la risposta che per la ricerca.

    La collaborazione può variare da due scienziati che condividono dati privatamente a dati condivisi pubblicamente con la comunità scientifica internazionale. La quantità ha una qualità tutta sua. Nel caso di un'epidemia, le informazioni condivise pubblicamente consentono alla conversazione di evolversi rapidamente con molti cervelli (e tecnologie) in parallelo, quando anche dati, analisi e approfondimenti aggiuntivi vengono condivisi in modo tempestivo.

    Quando è necessaria una risposta tempestiva, la condivisione collaborativa dei dati consente di accelerare il tasso di apprendimento.

    Nell'arena della scoperta di droghe commerciali, esistono due contrappesi alla condivisione immediata. In primo luogo, i dati provenienti da diversi saggi di scoperta di farmaci sono eterogenei, complessi e possono richiedere metadati dalle procedure per comprendere. In secondo luogo, la condivisione dei dati, a causa di questa eterogeneità, richiede strumenti sofisticati (vale a dire la condivisione delle relazioni di attività della struttura da una serie di schermi put high-through primari e secondari eseguiti su centinaia di migliaia di composti, a nove concentrazioni, in triplicato non è banale come dire di condividere un like su Facebook). Tuttavia, la collaborazione può essere la chiave per un salto di qualità nell'efficienza nella scoperta di droghe.

    La condivisione di dati (e idee) aperti è lo scopo della letteratura scientifica. La letteratura scientifica divenne un fenomeno più globale con l'avvento della stampa.

    Oggi diamo per scontato Internet, tuttavia la capacità di condividere istantaneamente informazioni in tutto il mondo è probabilmente il cambio di paradigma più fondamentale per la nostra specie. Non siamo più formiche, ma una colonia di formiche. Possiamo imparare dall'arte dell'intelligenza collettiva emergente. I nostri meme che viaggiano alla velocità del www per coordinare il nostro pensiero collettivo sono il nostro vantaggio competitivo rispetto agli antichi meccanismi implacabili di mutazione, selezione e trasferimento genico orizzontale. L'asso in tasca è la capacità di apprendere collettivamente e condividere istantaneamente gli apprendimenti collettivi. I procarioti hanno una velocità fissa di apprendimento e trasferimento di informazioni (diversa in ogni caso, ma metaforicamente parlando in generale). Gli esseri umani che combinano la nostra intelligenza con Internet hanno il potenziale per un apprendimento senza limiti e accelerato.

    Il prossimo livello di apprendimento accelerato è l'integrazione di computer e algoritmi insieme, tramite piattaforme basate sul web. Non solo nostro CDD Vault che equilibra la protezione della proprietà intellettuale attraverso la condivisione sicura dei dati promuovendo al contempo la massima collaborazione ... ma tutte le piattaforme di condivisione dei dati scientifici basate sul web (con la maggior parte sponsorizzate dai nostri sforzi finanziati con fondi pubblici coordinati dal governo come PubMed, GenBank, ChEMBL, KEGG e PubChem, per citare solo una manciata di molte piattaforme di condivisione dei dati scientifici di grande impatto sul web). E ci sono sforzi di grande impatto basati sulla comunità come, beh, wikipedia (ed è altrettanto importante cugino DBpedia). Possiamo e vogliamo collaborare meglio col tempo.

    È necessaria una condivisione accelerata dei dati e la scoperta di una serie di malattie virali, tra cui 2019-nCoV:

    "Poiché non esistono terapie o vaccini efficaci, il modo migliore per affrontare le gravi infezioni da CoV è controllare la fonte di infezione, diagnosi precoce, segnalazione, isolamento, trattamenti di supporto e pubblicazione tempestiva di informazioni epidemiche per evitare inutili panici. Per gli individui, una buona igiene personale, una maschera montata, una ventilazione ed evitando luoghi affollati aiuteranno a prevenire l'infezione da CoV.1"

    Vale la pena menzionare il rapido sviluppo dei kit diagnostici 2019-nCoV, alcuni dei quali sono già disponibili ora disponibile.

    Come per la risposta all'ultima epidemia di Ebola e dopo questa epidemia del 2019-nCoV, dovremo considerare soluzioni generali di sorveglianza e risposta. L'unica cosa che sappiamo per certo è che la prossima volta sarà leggermente diversa. In risposta, le nostre tattiche e i nostri strumenti possono migliorare con ogni nuova epidemia attraverso una maggiore collaborazione coordinata con il web.

    Nel prossimo futuro, non è difficile immaginare un momento in cui sono rappresentati dati e protocolli emergenti FIERA Formati standardizzati (reperibili, accessibili, interoperabili, riutilizzabili) per analisi computerizzate parallele.3 Bioportal ha già standardizzato, precisamente termini definiti per il nuovo Coronavirus. Le generazioni future saranno in grado di collaborare meglio, più rapidamente, a lungo termine e in modo più intelligente.4 Siamo tutti sulla stessa barca.

  • Referenze

    1. Coronavirus: struttura del genoma, replicazione e patogenesi. Chen Y, Liu Q, Guo D. J Med Virol. 2020, 22 gennaio. Doi: 10.1002 / jmv.25681. Revisione. PMID: 31967327
    2. Infezioni da coronavirus: più del semplice raffreddore. Paules CI, Marston HD, Fauci AS. JAMA. 2020, 23 gennaio. Doi: 10.1001 / jama.2020.0757. PMID: 31971553.
    3. I principi guida FAIR per la gestione e la gestione dei dati scientifici. Wilkinson, M., Dumontier, M., Aalbersberg, I. et al. Sci Data 3, 160018 (2016). https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18
    4. La Long Now Foundation suggerisce di usare la data 02020 per pensare a lungo termine, piuttosto che al 2020 più convenzionale (http://longnow.org/).

Questo blog è stato creato dai membri del CDD Vault comunità. CDD Vault è ospitato informatica per la scoperta di droghe piattaforma che gestisce in modo sicuro dati biologici e chimici sia privati ​​che esterni. Fornisce funzionalità di base tra cui registrazione chimica, struttura attività relazione, inventario chimico e quaderno da laboratorio elettronico capacità.

Logo Vault di Collaborative Drug Discovery (CDD)