Alex Clark,PH.D., Collaborative Drug Discovery, リサーチサイエンティスト

アレックス・クラークPh.D. リサーチ・サイエンティスト Collaborative Drug Discovery &CDD Vault

アレックス・クラーク氏は、研究室のベンチで反応を実行するなど、科学者になるためのハードな方法を10年かけて学んだ後、2000年代初頭からケムインフォマティクスと計算創薬ソフトウェア製品を構築してきました。

本格的にインフォマティクスに転向してからは、2Dや3D、大規模(ケムインフォマティクス)や小規模(量子化学)、大きな分子(タンパク質)や小さな分子(医薬品)など、現代の化学ソフトウェアのほとんどの分野に取り組んできた。また、科学者とソフトウェアのインターフェースにも関心を持ち、可視化技術、電子実験ノート、モバイル、クラウド、ウェブなどの新しいプラットフォーム向けに従来のソフトウェアを再構築することにも力を注いできた。

また、2010年に起業して以来、数多くの共同研究を行っている。CDD のプロジェクト以外では、自身の会社であるMolecular Materials Informatics社を運営し、未来志向の化学ソフトウェアのアイデア、手法、製品を絶え間なく試しています。Alexは、1999年にニュージーランドのオークランド大学で博士号を取得し、その後、北米に移住した。

教育・訓練

オークランド大学
B.Sc: 化学, コンピュータサイエンス
M.Sc. : 無機・有機金属化学 (Advisors:L. James Wright&Warren Roper)
Ph.D. : 有機金属化学 (Advisors:L. James Wright&Warren Roper)

大学カリフォルニア州リバーサイド
ポストドクトラルフェロー。 フラーレンの化学(指導教員:Christopher Reed)

IntelliChem Inc.アメリカ・オレゴン州(現 バイオビア)
Computational Scientist

Chemical Computing Group Inc., Montréal, Canada
Research Scientist

Molecular Materials Informatics, Inc..
ファウンダー

メンバーシップ

引用

引用 2015 1259
h-index 27 20
i10-index 40 32

出版物

出版物名 引用元 出版年
機械学習を用いた化学物質の混合物の記述の解析

A.M.Clark, P.Gedeck, P.P.Cheung, B.A.Bunin, ACS Omega, 6, 22400-22409

2021
混合物の組成を把握する:混合物質を表現するためのオープンな機械可読フォーマット

A.M.Clark, L.R.McEwen, P.Gedeck, B.A.Bunin, Journal of Cheminformatics, 11:33

8 2019
HIVセルベースおよび逆転写酵素データセットの複数の機械学習による比較

K.M.Zorn, T.Lane, D.P.Russo, A.M.Clark, V.Makarov, S.Ekins, Molecular Pharmaceutics, 11, 696-706

39 2019
エボラウイルスのベイズ型機械学習モデルが新たな体外診断用リードを可能にする

M.Anantpadma, K.M.Zorn, M.A.Lingerfelt, A.M.Clark, J.S.Freundlich, R.A.Davey, P.B.Madrid, S.Ekins, ACS Omega, 4, 2353-2361

36 2019
エンド・ツー・エンドの創薬・開発に機械学習を活用する

S.Ekins, A.C.Puhl, K.M.Zorn, T.R.Lane, D.P.Russo, J.J.Klein, A.J.Hickey, A.M.Clark, Nature Materials, 18, 435-441

230 2019
ハイスループット・スクリーニング・データセットのデータマイニングとコンピュテーション・モデリング

S.Ekins, A.M. Clark, K. Dole, K. Gregory, A.M. Mcnutt, A. Coulon-Spektor, C. Weatherall, N.K. Litterman, B.A. Bunin, Reporter Gene Assays, 197-221

8 2018
結核菌の創薬のための機械学習モデルの比較と検証

T.Lane, D.P.Russo, K.M.Zorn, A.M.Clark, A.Korotcov, V.Tkachenko, R.C.Reynolds, A.L.Perryman, J.S.Freundlich, S.Ekins, Molecular Pharmaceutics, 15, 4346-4360

69 2018
More Medicines for Tuberculosis(MM4TB)のための共同創薬

S.Ekins, A.C.Spektor, A.M.Clark, K.Dole, B.A.Bunin, Drug Discovery Today, 22, 555-565

11 2017
科学データを識別し、正確に選択し、保存するためのハイブリッド機械・ユーザー学習システムおよびプロセス

A.M.Clark, N.K.Litterman, B.A.Bunin, 米国特許第9,594,743号

6 2017
オープンソースのベイジアンモデル。3.ビン詰めされた応答を予測するための複合モデル

A.M.Clark, S.Ekins, K.Dole, Journal of Chemical Information and Modeling, 56, 275-285

17 2016
セマンティックウェブのためのバイオアッセイテンプレート

A.M. Clark; N.K. Litterman, J.E. Kranz; P. Gund; K. Gregory; B.A. Bunin, PeerJ Computer Science, 2, e61.

9 2016
公開された生物活性化学データと商用データのパラレルワールド

C.A.Lipinski, N.K.Litterman, C.Southan, A.J.Williams, A.M.Clark, S.Ekins, Journal of Medicinal Chemistry, 58, 2068-2076

31 2015
ケムインフォマティクスモバイルワークフローとデータソース(第14章)

A.M.クラーク、化学情報の歴史の未来(ACSシンポジウムシリーズ1164)、237-253

2 2015
機械が先、人間が後:オープンケミストリーデータのアルゴリズムによる解釈の重要性について

A.M.Clark, A.J.Williams, S.Ekins, Journal of Cheminformatics, 7:9

30 2015
グリーン電子実験ノートの必要性(第9章)

A.M.Clark, S.Ekins, Green Chemistry Strategies for Drug Discovery (RSC Drug Discovery Series), 185-211

1 2015
オープンソースのベイジアンモデル。I. ADME/tox and Drug Discovery Datasetsへの応用

S.Ekins, A.M.Clark, K.Dole, A.Coulon-Spektor, A.McNutt, G.Grass, J.S.Freundlich, R.C.Reynolds, Journal of Chemical Information and Modeling, 55, 1231-1245

99 2015
オープンソースのベイジアンモデル。II.ChEMBLによるモデルの作成と検証のための "ビッグデータセット "のマイニング

A.M.Clark, S.Ekins, Journal of Chemical Information and Modeling, 55, 1246-1260

78 2015
未来に向けて。結核菌に対する低分子化合物のin vivoでの有効性の予測

S.Ekins, R.Pottorf, R.C.Reynolds, A.J.Williams, A.M.Clark, J.S.Freundlich, Journal of Chemical Information and Modeling, 54, 1070-1082

41 2014
ビッグデータ、コラボレーションツール、予測的創薬の未来

S Ekins, AM Clark, SJ Swamidass, N Litterman, AJ Williams, Journal of computer-aided molecular design 28 (10), 997-1008.

26 2014
TB Mobile 2.0のためのオープンソースの分子指紋を取り入れた新しいターゲット予測・可視化ツール

A.M.Clark, S.Ekins, M.Sarker, Journal of Cheminformatics, 6:38

39 2014
分子科学におけるモバイルモデリング

C.M.Grulke, A.M.Clark, A.J.Williams, S.Ekins, C.Morris, M.-R.Goldsmith, McGraw-Hill Yearbook of Science and Technology, 229-233

2014
機械学習とユーザー確認のハイブリッドにより、バイオアッセイのセマンティック・アノテーションを迅速かつ正確に行うことができる。

A.M.Clark, B.A.Bunin, N.K.Litterman, S.C.Schürer, U.Visser, PeerJ, 524

21 2014
ピースを組み合わせる:モバイルデバイスのための反応中心型電子実験ノートの構築。

A.Clark, J. Cheminformatics 6 (S-1), 1

1 2014
グリーン・ケミストリーの概念をモバイル・ケミストリー・アプリケーションに取り入れ、その可能性を追求する。

S.Ekins, A.M. Clark, A.J. Williams, ACS Sustainable Chemistry and Engineering, 1, 8-13

49 2013
モバイルアプリを活用したケムインフォマティクスのワークフロー

S.Ekins, A.M. Clark, A.J. Williams, Chem-Bio Informatics Journal, 13, 1-18

18 2013
創薬のボトルネックを解消するための4つの破壊的戦略

S.Ekins, C.L.Waller, M.P.Bradley, A.M.Clark, A.J.Williams, Drug Discovery Today, 18, 265-271

38 2013
TB Mobile:ターゲットがわかっている抗結核分子のモバイルアプリ

S.Ekins, A.M. Clark, M. Sarker, Journal of Cheminformatics, 5:13

38 2013
モレキュラースケッチのレンダリングで出版物の品質を高める

A.M.Clark, Molecular Informatics, 32, 291-301

6 2013
直感的に操作できるモバイルアプリケーションでケモインフォマティクスを再定義する

A.M.Clark, S.Ekins, A.J.Williams, Molecular Informatics, 31, 569-584

31 2012
Open Drug Discovery Teams:コラボレーションのための化学モバイルアプリ

S.Ekins, A.M. Clark, A.J. Williams, Molecular Informatics, 31, 585-597

40 2012
直感的に操作できるモバイルアプリケーションでケモインフォマティクスを再定義する

A.M.Clark, S.Ekins, A.J.Williams, Molecular Informatics, 31, 569-584

31 2012
Open Drug Discovery Teams:コラボレーションのための化学モバイルアプリ

S.Ekins, A.M. Clark, A.J. Williams, Molecular Informatics, 31, 585-597

2 2012
創薬の世界で活躍する化学用モバイルアプリ

A.J.Williams, S.Ekins, A.M.Clark, J.J.Jack, R.L.Apodaca, Drug Discovery Today, 16, 928-939

59 2011
分子構造の正確な指定。ゼロ次結合と明示的な水素カウントの事例

A.M.Clark, Journal of Chemical Information and Modeling, 52, 3149-3157

18 2011
フラグメントヒエラルキーの2D表示

A.M.Clark, Journal of Chemical Information and Modeling, 50, 37-46

17 2010
分子線図のスケッチのための基本的なプリミティブ

A.M.Clark, Journal of Cheminformatics, 2:8

32 2010
リード分子のプロジェクトデータベースにおける共通スカフォールドの検出と割り当て

A.M.Clark, P.Labute, Journal of Medicinal Chemistry, 52, 469-483

57 2009
蛋白質-リガンド複合体の2D描写

A.M.Clark, P.Labute, Journal of Chemical Information and Modeling, 47, 1933-1944

143 2007
動的な生物学的空間の記述子としての柔軟な3Dファーマコフォア

J.H.Nettles, J.L.Jenkins, C.Williams, A.M.Clark, A.Bender, Z.Deng, J.W.Davies, M.Glick, Journal of Molecular Graphics and Modelling, 26, 622-633

46 2007
2D構造の描写

A.M.Clark, P.Labute, M.Santavy, Journal of Chemical Information and Modeling, 46, 1107-1123

64 2006
ビス(N,N'-ジメチルイミダゾール-2-イリデン)水銀クロロトリオド水銀ジメチルスルホキシド溶媒和物

A.M.Clark, C.E.F.Rickard, A.G.Oliver, L.J.Wright, W.R.Roper, Acta Crystallographica, C56, 26

9 2000
金属化された(RuおよびOs)多芳香族リガンドの臭素化およびニトロ化反応と選択された生成物の結晶構造

A.M.Clark, C.E.F.Rickard, W.R.Roper, L.J.Wright, Journal of Organometallic Chemistry, 598, 262

47 2000
オスミウムトリメチルスタニル錯体のトリヨードスタニル錯体への段階的変換とスズ-ヨウ素結合での求核置換反応

A.M.Clark, C.E.F.Rickard, T.J.Woodman, L.J.Wright, W.R.Roper, Organometallics, 19, 1766

32 2000
C60-のEPRスペクトルの "スパイク "の起源は?

P.Paul, R.D.Bolskar, A.M.Clark, C.A.Reed, Chemical Communications, 1229

18 2000
o-C6H4PPh2を配位子とするルテニウムおよびオスミウムのシクロメタル化錯体

M.A. Bennett, A.M. Clark, M. Contel, C.E.F. Rickard, W.R. Roper, L.J. Wright, Journal of Organometallic Chemistry, 601, 299

25 2000
Ph.D. Thesis:ルテニウムとオスミウムのアリール有機金属化合物

A.M.クラーク

1999
ルテニウム(II)およびオスミウム(II)に結合したキレート型2-(2'-ピリジル)フェニル)配位子のフェニル環における求電子的芳香族置換反応の研究

A.M.Clark, C.E.F.Rickard, W.R.Roper, L.J.Wright, Organometallics, 18, 2813

93 1999
オスミウム(II)に結合したη2-8-キノリル配位子の5-臭素化と、それに続くこの官能基付き配位子のリチオ化および誘導体化

A.M.クラーク、C.E.F.リカード、W.R.ローパー、L.J.ライト。オルガノメタリックス, 17, 4535

21 1998
ケミカルリソースキット、Chemistry in New Zealand、11/12月号 1998
キレート性または非キレート性の8-キノリル配位子を有するオスミウム錯体

A.M.Clark, C.E.F.Rickard, W.R.Roper, L.J.Wright, Journal of Organometallic Chemistry, 545-546, 619

1997
M.Sc.論文ルテニウムおよびオスミウムのスタニル錯体への合成アプローチ

A.M.クラーク

1996
オスミウム-スズ結合を有するオスミウムニトロシル錯体; Os[Sn(p-tolyl)3](NO)(CO)2(PPh3)の結晶構造

A.M.Clark, C.E.F.Rickard, W.R.Roper, L.J.Wright, Journal of Organometallic Chemistry, 543, 111

1996