CDDの公開データベースは貴重なリソースです。

2014年6月24日

CDD Publicは、CDD Vault ユーザーに、100以上のよく収集されたデータセットへのアクセスを提供しています。このデータセットは、自分のプライベートなデータと合わせて、簡単にマイニングや分析を行うことができます。CDD Publicに保存されている化合物は、「ケミストリー・インテリジェント・インターフェース」を使って簡単に検索、フィルタリングすることができます。 CDD Vaultの使いやすく、化学的にインテリジェントなインターフェースを使って、簡単に検索やフィルタリングができます。さらに、CDD では、最近QSAR モデルを構築する機能が開発されました。つまり、CDD Publicに保存されているあらゆる特性に基づいてモデルを構築し、化合物の比較を行うことができるようになったのです。これは、ターゲットの選択性やADME/toxの特性を予測する際に特に有効です。

NCBI-PubChemと協力して、CDD では、CDD Publicに登録されている100万以上の分子について、生物活性、ADME、毒性、特性、出典などのサポートデータへのリンクを提供しています。さらに，CDD には，PubChem でこれまで知られていなかった 94,000 の構造が追加されました。これらの中には，マラリア，結核，熱帯寄生虫などの希少疾患や顧みられない疾患のための構造活性コレクションや，毒性や特性のデータが含まれています。この発表はPubChemのホームページでも紹介されています。

PubChemWebPagewithCDD

PubChemデータベースは最近、既知の化合物数が5,000万を超え、最も包括的なコレクションとなっています。CDD は、このような貢献をしているユーザーコミュニティを誇りに思っています。もし、CDD のコミュニティにとって価値があると思われる公開データセットをご存知でしたら、ぜひお知らせください。CDD Publicデータベースに追加します。

ここでは、CDD ユーザーにとって関心の高いデータセットを簡単に紹介します。

  • FDAに承認されています。Approved Drugs- Physicians' Desk Referenceからの763分子、DrugBankからの780分子、Orange Book 2007からの1151分子、Chris Lipinski博士のFDAリストからの1007分子を含む、定義された分子構造を持つ。
  • KINASE: ChEMBL Kinase SARfari Compounds & BioAssay Data- キナーゼ活性化合物のSARデータを提供している。
  • GPCR。PDSP Ki データベースには、NIMH Psychoactive Drug Screening Program (PDSP) データベースの 699 の GPCR ターゲットに対して 47,000 以上の Ki 値があります。

このブログは、CDD Vault コミュニティのメンバーが執筆しています。CDD Vault は、プライベートおよび外部の生物学的・化学的データを安全に管理する、ホスト型の創薬インフォマティクス・プラットフォームです。化学物質の登録、構造活性相関、化学物質のインベントリ、電子ラボノート機能などのコア機能を提供しています。化学物質の登録、構造活性相関、化学物質のインベントリ、電子ラボノート機能などのコア機能を提供しています。

CDD Vault : Drug Discovery Informatics あなたのプロジェクトチーム全体が受け入れることになるでしょう。