コロナウイルス(SARS-CoV-2):タイムラインと更新

流行の理解を深めるための科学的事実

更新版

21月XNUMX日: 主にCOVID-19 呼吸液滴を介して人から人へ送信、糞便または空中感染の決定的な証拠はありません。


2月18th: 100件以上の臨床試験が進行中 中国、日本、タイ、英国では、WHOの監視下でCOVID-19(SARS-CoV-2によって引き起こされる病気)を治療しています。


2月14th: 生物学者のジョン・D・ロイケは、 事実情報を提供する科学者の倫理的義務 一般市民にコロナウイルスについて教育する。


2月11th: ヤンセンは、米国保健福祉省とのコラボレーションを発表しました ワクチンの開発を加速する 新しいウイルスの場合、現在はSAR-CoV-2に名前が変更されています。


2月5th: JAMAは次の記事を公開しました 臨床医のための重要な情報 米国の調査中の患者(PUI)の評価を導く基準を含む。


3月XNUMX日: タイの医師は、感染した患者の治療において有望な結果を報告しました。 インフルエンザとHIV薬の組み合わせ.


1月31st: ニューイングランドジャーナルオブメディスンは、診断、診断、臨床経過、 2019-nCoVの米国初の症例.


1月30th: WHOは2019-nCoVの発生を宣言しました 国際懸念の公衆衛生緊急事態(PHEIC)「中国はすぐにウイルスを特定し、そのシーケンスを共有しました...その結果、診断ツールが急速に開発されました。」


1月29th: 武漢の最初の425人の患者の分析 年齢の中央値は59歳、平均潜伏期間は5.2日間、R0は2.2と推定されました。

NPRには 主要な医学用語と定義のリスト アウトブレイクのメディア報道で一般的に使用されます。

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著者: バリー・ブニン博士

28年2020月XNUMX日に最初に公開

武漢コロナウイルスに関するニュースが主流を占めているため、感情的になりやすく、最新の開発すべてに対応するのは簡単です。 ただし、事実を調べて、このアウトブレイクについてより広い視野をとることは有益であると考えています。 これまでのところ、新しいウイルスについて私たちが知っていることと、科学界がそれに対抗するためにどのように取り組んでいるかを示します。

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    コロナウイルス(2019-nCoV)とは何ですか?

    2019-nCoVはコロナウイルスです。コロナウイルスは、伝統的に一般的な軽度の風邪に関連付けられているウイルスのファミリーです。 これは、遺伝的に最も重度の急性呼吸器症候群(SARS)および中東呼吸器症候群(MERS)コロナウイルスに関連していますが、それとは明確に異なります。 流行が日々目の前で繰り広げられるように、私たちは学んでいます。

    1月に10th、 2019-nCoVウイルスのシーケンスデータがリリースされました。 ミステリー肺炎の原因物質は、中国の少なくとも5つの独立した研究所によるディープシーケンスと病因調査により、新規コロナウイルスとして同定されました。 武漢海産物市場肺炎ウイルス分離株武漢-Hu-1完全ゲノムは、 ジェンバンク.

    1月に12th、 世界保健機関は一時的に新しいウイルスを2019年の新規コロナウイルス(2019-nCoV)と命名しました。 「コロナウイルス:ゲノム構造、複製、および病因」遺伝的詳細が共有されました:

    「CoVのゲノムは、30 'キャップ構造と5'-poly-Aテールを持つ一本鎖ポジティブセンスRNA(+ ssRNA)(〜3kb)です。 "CoVのゲノムサイズ(〜30kb)はすべてのRNAウイルスの中で最も大きく、3番目に大きいRNAウイルスのほぼ5倍です。 CoVの巨大なゲノムサイズの維持は、nsp14の3'-5 'エキソリボヌクレアーゼなどのいくつかのRNA処理酵素を含むCoV RTCの特別な機能に関連している可能性があります。 12'-14 'エキソリボヌクレアーゼは、すべてのRNAウイルスの中でCoVに特有であり、RTCの校正部分として機能することが証明されています[2019-45]。 配列解析により、21-nCoVはコロナウイルスの典型的なゲノム構造を持ち、Bat-SARS様(SL)-ZC2019、Bat-SL ZXC45、SARS-CoVおよびMERS-CoVを含むベータコロナウイルスのクラスターに属していることが示されました。 CoVの系統樹に基づいて、21-nCovはbat-SL-CoV ZCXNUMXおよびbat-SL-CoV ZXCXNUMXとより密接に関連しており、SARS-CoVとより遠く関連しています。1 

    1月に16th、 臨床検査 ベルリンのシャリテ大学病院にあるドイツ感染研究センターの研究者によって開発されました。

    1月に24th、 中国武漢で41-nCoVに感染した2019人のICU患者の臨床的特徴は 公表。 患者には肺炎があり、胸部CTで異常な所見があり、IL2、IL7、IL10、GSCF、IP10、MCP1、MP1AおよびTNFαの血漿レベルが高い「サイトカインストーム」がありました。 これらのデータはICUの患者からのものであり、明らかに感染した人々の大部分はICUにはいません。

    1月に25th、 武漢市2019-nCoV株の診断用のXNUMXつのPCRプロトコルとプライマーは、世界保健機関(WHO)から入手できます。 リアルタイムの追加情報 実験室向けのRT-PCRプロトコルは、CDCからオンラインで入手できます。.

    迅速に生成された2019-nCoVシーケンスと診断情報は両方とも現在 Virological.orgで公開されています.

    遺伝的変異の研究は主なことを示唆しているようです 2019-nCoVの自然界の宿主貯水池はコウモリである可能性が高い。 可能性のある組換えと伝達が関与している可能性があります 遺伝的糖タンパク質分析に基づくヘビ宿主.

    NIAIDは、2019-nCoVに関する現状のバランスの取れた要約を提供しました。

    「以前は比較的良性であると考えられていたウイルスファミリーの病原体によって引き起こされるヒト疾患のさらに別の発生の出現は、新興感染症の永続的な課題と持続的な準備の重要性を強調しています。2 

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    どこで、どのように広がっていますか?

    ヒトの症例の大部分は、中国の湖北省中央部の武漢市周辺で、 2019-nCoVが最初に特定されました。 タイ、日本、台湾、韓国、アメリカ、ヨーロッパでも、限られた数の症例が確認されています。 最初は動物からヒトに伝染すると考えられていましたが(起源は現在閉鎖された、生きた動物が日常的に販売されている武漢市の特定の市場から始まります)、現在ではヒトからヒトへの2019-nCoV伝染の複数の例があります。

    1月に24th、 報告された症例は830件あり、確認された死者はXNUMX人でした 2019-nCoVから、もちろんすべてのケースが必ずしも報告されるわけではないため、これらは最小数と見なされるべきです。

    1月に25th、 WHOは5-nCoVについて2019つの状況報告書を投稿しました。オンラインでこちらで見つけることができます:

    https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports

    第5回WHOレポートには、1320-nCoVで報告された2019件の確定症例が含まれています。 人から人への感染が報告されていますが、大多数の症例は中国武漢市への旅行歴に関連しています。

    死亡は直接的および間接的に関与した人々にとって明らかに重要ですが、流行の目新しさおよび未知の軌跡がそれをニュース価値のあるものにします。 一般的なインフルエンザによる死亡者数が桁違いに多いことを考えると、 科学者が議論した おそらくインフルエンザのブランド変更。 「インフルエンザの名前を変更する必要があります。 フィラデルフィア小児病院のワクチン教育センターの所長であるポール・オフィット博士は、次のように述べています。

    世界保健機関は、暫定的なR0(繁殖数)の推定値は1.4から2.5であり、感染したすべての人が1.4から2.5人の間で感染する可能性があると述べました。 そのため、送信されていますが、現在は比較的速く拡散していません。 すべての症例が報告されているわけではなく、感染、通知、報告の間に遅れがあるため、正確な再現数はもちろん不明です。 一部のモデルに 30,000-nCoVで200,000から2019人の人間が存在する可能性があることを示唆しています。

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    それは何に似ていますか?

    2019-nCoVは、一般的な風邪、重症急性呼吸器症候群(SARS)、および中東呼吸器症候群(MERS)を含むコロナウイルスのファミリーの一部です。 2012年にサウジアラビアで最初に特定されてから、MERSに感染していると報告された人の約34%が死亡しています(858例中2494件)。 MERS R0はXNUMX未満です。 SARSの発生により、8098の症例が特定され、774人が死亡しました(9.6%)。 SARSのR0は2〜5でした。 2002-03年に登場したSARSはすぐに姿を消しました。 正直なところ、なぜ伝染性感染症が成長または減少するのかを完全に把握しているわけではありません。 多くの場合、因果関係よりも相関の判定の方が優れています。 伝染性感染症は定義により現象を進化させるため、これは驚くことではありません。

    研究者は、プロトタイプとしてSARS-CoVとMERS-CoVを使用して、2019-nCoVの対策を評価しています。 たとえば、プラットフォーム診断は2019-nCoVを含むように急速に適応されており、ケースの早期認識と隔離が可能になっています。 などの広域スペクトル抗ウイルス薬 レムデシビル、RNAポリメラーゼ阻害剤、および ロピナビル/ ritonavirおよびインターフェロンベータは、動物モデルでMERS-CoVに対して有望であり、2019-nCoVと比較して評価されています。 SARS-CoVまたはMERS-CoVに使用される核酸ワクチンプラットフォームアプローチを用いたワクチンは、国立アレルギー感染症研究所のワクチン研究センターで追求されています。 「SARSの期間中、研究者は1か月でSARS-CoVのゲノムシーケンスの取得からDNAワクチンの第20相臨床試験に移行し、他のウイルス性疾患のタイムラインを3.25か月に圧縮しました。 2019-nCoVの場合、メッセンジャーRNA(mRNA)ワクチンテクノロジーを使用して、さらに速く動くことを望んでいます。 他の研究者も同様に、ウイルスベクターとサブユニットワクチンを構築しようとしています。2 

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    コロナウイルスワクチン開発

    ワクチン(および抗体)の開発は、 新規の小分子薬の発見よりも潜在的に速いタイムライン、他の抗ウイルス薬はSARSおよびMERSで使用されていますが。 の ウォールストリートジャーナルが報告 いくつかの製薬会社は、中国を起源とする新しい呼吸器ウイルスから保護できるワクチンを開発するために競争しています。 Moderna Inc.、Inovio Pharmaceuticals Inc.、およびNovavax Inc.はすべて、新しく同定されたウイルス株に対するワクチンの開発を計画しています。 オーストラリアのクイーンズランド大学の研究者も、この株に対するワクチンの開発を試みています。

    最近になって、 FierceBiotechが報告した JNJとギリアドの両方が加速コロナウイルスワクチンレースに飛び込んだこと。

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    創薬コラボレーションの教訓?

    タイムリーに共有 キャサリンI.ポーレス、MDからのNIH JAMAの視点。 ヒラリーD.マーストン、MD、MPH; アンソニーS.ファウチ、MD 2019-nCoVは、迅速なデータ共有と国際協力のおかげで、MERSおよびSARSに似ていることがわかっています。

    「MERSはSARSで見られる国際的なパニックを引き起こしていませんが、この2017番目の高病原性人獣共通感染症HCoVの出現は、このウイルスファミリーによってもたらされる脅威を示しています。 31年、WHOはSARS-CoVとMERS-CoVを優先病原体リストに載せ、研究とCoV対策の開発を促進することを望んでいました。 WHOの行動は先見の明がありました。 2019年10月2020日に、中国当局は、中国武漢で肺炎症例のクラスターを報告しました。そのほとんどは、多くの種の生きた動物を販売する大規模なシーフード市場への暴露を報告した患者を含みました。 別の病原性人獣共通感染症HCoVの出現が疑われ、2019年XNUMX月XNUMX日までに、上海公衆衛生臨床センターおよび公衆衛生学部の研究者とその協力者は、XNUMX-nCoVの完全なゲノムシーケンスを公開データベースにリリースし、迅速なデータ共有を実証しましたアウトブレイク対応。」

    のような出版社 ブリティッシュメディカルジャーナル (そして連帯の瞬間に他の出版社のような ワイリーエルゼビア)通常の有料コンテンツビジネスモデルとは対照的に、短期的なグローバル対応の取り組みを促進し、長期的な研究をサポートするために、インターネット上でコロナウイルスに関する情報を自由に提供しています。 British Medical Journalは、MERSおよびSARSで情報を自由に利用できるようにしました。

    前世代では利用できなかった、流行と闘うためのユニークな方法のXNUMXつは、インターネットを介して種全体のすべての人に無料でグローバルに瞬時にアクセスできるようにすることです。 応答と研究の両方について、このメカニズムの完全な可能性の表面のみをスクラッチしました。

    共同研究は、個人的にデータを共有するXNUMX人の科学者から、国際的な科学コミュニティと公的に共有されるデータにまで及びます。 量にはそれ自身の品質があります。 アウトブレイクの場合、公開された情報により、会話が多くの頭脳(および技術)と並行して急速に共同進化します-追加のデータ、分析、洞察もタイムリーに共有される場合。

    タイムリーな応答が必要な場合、共同でデータを共有することにより、学習速度を加速できます。

    商業的創薬分野では、即時共有にはXNUMXつの相殺があります。 まず、多様な創薬アッセイのデータは不均一で複雑であり、理解するために手順のメタデータが必要になる場合があります。 第二に、この異質性のため、データ共有には洗練されたツールが必要です(つまり、XNUMXつの濃度で数十万の化合物で実行される一連のプライマリおよびセカンダリのハイスループットプット画面からの構造とアクティビティの関係を共有するのは簡単ではありません) Facebookで「いいね!」を共有するとします)。 それにもかかわらず、創薬の効率を飛躍的に向上させるには、コラボレーションが鍵となる可能性があります。

    オープンデータ(およびアイデア)の共有は、科学文献の目的です。 科学文献は、印刷機の出現により、よりグローバルな現象になりました。

    私たちは今日インターネットを当たり前のように思っていますが、世界中の情報を瞬時に共有する能力は、間違いなく私たちの種にとって最も基本的なパラダイムシフトです。 私たちはもはやアリではなく、アリのコロニーです。 創発的で集団的な知性の技術から学ぶことができます。 集団思考を調整するためにwwwの速度で移動する私たちのミームは、突然変異、選択、および水平遺伝子伝達の古代の容赦ないメカニズムに対する競争上の優位性です。 私たちのポケットのエースは、集合学習を行い、集合学習を瞬時に共有する能力です。 原核生物の学習と情報伝達の速度は固定されています(すべての場合で異なりますが、一般的に比meta的に言えば)。 私たちのインテリジェンスとインターネットを組み合わせた人間は、無限の加速された学習の可能性を秘めています。

    加速学習の次のレベルは、Webベースのプラットフォームを介してコンピューターとアルゴリズムを統合することです。 私たち自身だけでなく CDD Vault 安全なデータ共有による知的財産の保護と最大限のコラボレーションの促進のバランスを取ります...しかし、すべての接続するWebベースの科学データ共有プラットフォーム(大部分は公的資金により政府が調整した取り組みにより後援されています) PubMedの, GenBank登録, ChEMBL, KEGGおよび PubChem、インパクトのあるウェブベースの科学的データのシャリニグプラットフォームのほんの一握りに言及します)。 そして、非常にインパクトのあるコミュニティベースの取り組みがあります。 ウィキペディア (それは同様に重要ないとこです DBpedia)。 私たちはできる よりよく協力する 時間をかけて。

    2019-nCoVを含む多くのウイルス性疾患のデータ共有と発見を加速する必要があります。

    「効果的な治療法やワクチンがないため、CoVの重度の感染に対処する最善の方法は、感染源、早期診断、報告、隔離、支持療法、および不必要なパニックを回避するための流行情報のタイムリーな公開を管理することです。 個人にとっては、良好な個人衛生、適切なマスク、換気、および混雑した場所の回避は、CoV感染の予防に役立ちます。1 

    2019-nCoV診断キットの急速な開発に言及する価値はありますが、その多くはすでに 今すぐ利用可能.

    最後のエボラ流行への対応と同様に、この2019-nCoV流行の後、我々は考慮する必要があります 監視と対応の一般的なソリューション。 私たちが確実に知っている唯一のことは、次回がわずかに異なることです。 それに応じて、Webで調整されたコラボレーションを強化することにより、新しい流行のたびに戦術とツールを改善できます。

    近い将来、新しいデータとプロトコルが FAIR (検索可能、アクセス可能、相互運用可能、再利用可能)並列コンピューター分析のための標準化された形式。3 バイオポータルはすでに標準化されており、正確に 新しいコロナウイルスの定義された用語。 将来の世代は、より良く、より速く、より長期的に、よりスマートにコラボレーションできるようになります。4 私たち全員が一緒にいます。

  • リファレンス

    1. コロナウイルス:ゲノム構造、複製、および病因。 陳Y、LiQ、郭D. J Med Virol。 2020年22月10.1002日。doi:25681 / jmv.31967327。 レビュー。 PMID:XNUMX
    2. コロナウイルス感染症-単なる風邪以上のもの。 ポーレスCI、マーストンHD、Fauci AS。 JAMA。 2020年23月10.1001日。doi:2020.0757 / jama.31971553。 PMID:XNUMX。
    3. 科学データの管理と管理のための公正な指針。 ウィルキンソン、M.、Dumontier、M.、Aalbersberg、I。 科学データ 3、160018(2016)。 https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18
    4. Long Now Foundationは、より一般的な02020年ではなく、日付2020を使用して長期的に考えることを提案しています(http://longnow.org/).

このブログは、 CDD Vault コミュニティ。 CDD Vault ホストされている 創薬情報学 プライベートおよび外部の生物学的および化学的データの両方を安全に管理するプラットフォーム。 以下を含むコア機能を提供します 化学登録, 構造活動関係, 化学インベントリおよび 電子ラボノート 機能を提供します。

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