GSK社が発表したキナーゼ阻害剤セット(PKIS)がCDD で入手可能になりました。Vault

2013年7月8日

GSKプロテインキナーゼ阻害剤セット(PKIS)を巡って話題になっています。

キノメブログ画像

http://kinase.com/human/kinome/ の許可を得て使用

Derek Lowe氏のIn the Pipelineブログでも述べられているように、「同社は367化合物を、結果を公開している限り、キナーゼ分野で研究を行っている学術研究者であれば誰でも利用できるようにしている...つまり、学術研究者でキナーゼ経路に興味を持っている人は、この化合物セットを絶対に見る必要があるということだ。Lowe氏が指摘したように、データセットはChEMBLのウェブサイトで公開されている。ブログ上のコメントの中には、キナーゼSARfariデータベースと新しいChEMBLデータベースが同期していないことを考えると、ChEMBLから欲しいデータを得るのは難しいと指摘するものもあった。

重要なデータへのアクセスを向上させるために、ChEMBLが提供しているPKISデータを収集し、Collaborative Drug Discovery (CDD)サイトでアクセスできるように処理しました(以前、Kinase SARfariデータベースで行ったように)。同様に、GSKとNCATSの取り組み(doi:10.1371/journal.pone.0057888)とCDDのパブリックデータポリシーの精神に則り、CDD では、研究者が共有したいと望むあらゆるSARデータを自由に公開し、さらに、データを有用なものにするためにできる限りのフォーマットを支援しています。

CDD に移行したことで、より「医学者」が利用しやすい形でデータを利用できるようになりました。また、データセットを整理しました。例えば、実際には364の化合物しかありません(重複しているものは、同じ分子の塩の形や別の名前によるものです)。また、可能な限りターゲット名を正規化しました(例えば、UNCのデータセットでは、キナーゼIKKA、IKKB、IKKEをIKK-alpha、IKK-beta、IKK-epsilonと呼んでいました)。我々が完璧というわけではありません...我々のデータセットへの修正もよろしくお願いします。

要約すると、225のターゲットに対して0.1mMと1mMでテストされた364の化合物があります。CDD に精通している方のために、データは2つのプロジェクトで公開されています。1つ目のプロジェクト(MultiProtocol)では、各ターゲットが個別のプロトコルとして掲載されています。そのため、化合物の構造(または下部構造)やターゲット名で検索することができます。直列のプロジェクト(OneProtocol)では、プロトコルは1つだけですが、226のターゲットが1つのリードアウトに掲載されています(そのフォーマットを好むお客様のために)。

いずれにしても、この素晴らしいデータセットは別の形で公開されています。ご参考になれば幸いです。


このブログは、CDD Vault コミュニティのメンバーが執筆しています。CDD Vault は、プライベートおよび外部の生物学的・化学的データを安全に管理する、ホスト型の創薬インフォマティクス・プラットフォームです。化学物質の登録構造活性相関、化学物質のインベントリ、電子ラボノート機能などのコア機能を提供しています。化学物質の登録、構造活性相関、化学物質のインベントリ電子ラボノート機能などのコア機能を提供しています。

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