キノームSARを用いた創薬共同研究

2013年4月4日

キノメブログ画像

http://kinase.com/human/kinome/ の許可を得て使用

CDD のユーザーの多くは、ChEMBL に精通しています。ChEMBL は、生物活性のある薬物のような小分子の記念碑的なデータベースで、文献、寄託されたデータセット、他のバイオアッセイ・データベースなど、さまざまなソースから統合されたメディシナルケミストリー、バイオインフォマティクス、バイオアッセイのデータを含んでいます。このデータベースは、欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI)が、ウエルカム財団の助成を受けて運営しており、その結果、EBIにはJohn Overington氏率いるChEMBLケモゲノミクスグループが設立されました。

ChEMBLで利用できる多くの貴重なリソースの中に、Kinase SARfariサブセットがあります。ChEMBLのホームページに記載されているように、Kinase SARfariは「キナーゼに特化した統合ケモゲノミクスワークベンチ」です。キナーゼの配列、構造、化合物、スクリーニングデータを統合してリンクしています。 キナーゼ活性化合物を用いたキナーゼ活性化合物のSARデータが多数掲載されており、その多くは文献から収集したものです。

このデータベースと関連するインターフェースは、キナーゼの生化学者にとっては非常に便利ですが、キナーゼの創薬化学者が望むようなSAR評価にはあまり適していません。このデータをCDD で利用できるようにするために、Kinase SARfariのコアテーブルをChEMBLデータベースの別のキーテーブルとマージし、各レコードで使用されたアッセイを、ネイティブのSARfariよりもはるかに詳細に記述するフィールドを提供しています。この統合されたデータセットは、CDD で利用できるようになりました。

この新しいデータセットでは、SARfariデータベースに登録されている400のキナーゼのうちの1つを表す400のプロトコルを作成しています。この構成により、分子、部分構造、キナーゼターゲット、アッセイ結果から検索することができるようになりました。これにより、1つの標的に対して様々な分子のSARを調べたり、複数のキナーゼに対して一連の化合物の交差反応性を調べたりすることができます。

SARfariは、このキナーゼ生物活性データに加えて、2つの重要なデータセットを公開しています。一つ目は、"Starlite ADMET "と呼ばれるデータセットです。これらのデータは、分子固有のものであり、ターゲットに関連したものではありません。その代わり、一般的にはキナーゼ阻害剤のin vitroまたはin vivoのPKまたはtoxデータを表しています。これらのデータは、ADMETデータと呼ばれる一つのCDD プロトコルに抽出されています。2つ目のデータセットは、「Starlite Functional」データとして知られています。これらのデータは、やはり分子(ターゲットではない)に特化しており、一般的に多種多様なin vivoまたはex vivo実験の結果を表しています。これらのデータは、CDD プロトコルのFunctional Dataに抽出されています。


このブログは、CDD Vault コミュニティのメンバーが執筆しています。CDD Vault は、プライベートおよび外部の生物学的・化学的データを安全に管理する、ホスト型の創薬インフォマティクス・プラットフォームです。化学物質の登録構造活性相関、化学物質のインベントリ、電子ラボノート機能などのコア機能を提供しています。化学物質の登録、構造活性相関、化学物質のインベントリ電子ラボノート機能などのコア機能を提供しています。

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