협력 약물 발견자를위한 Kinome SAR

2013년 4월 4일

키놈 블로그 이미지

http://kinase.com/human/kinome/ 허가하에 사용

많은 CDD 사용자는 ChEMBL에 익숙합니다, 약용 화학을 포함하는 생리 활성 약물 과 같은 작은 분자의 기념비적 인 데이터베이스, 생물 정보학 및 생물 학적 데이터 소스의 다양한에서 통합 (문학, 예금 된 데이터 세트, 다른 생물 분석 데이터베이스). 데이터베이스는 유럽 생물 정보학 연구소에 의해 유지됩니다 (EBI), 웰컴 트러스트에서 상을 기반으로, EBI에서 ChEMBL chemogenomics 그룹의 생성의 결과, 존 오버링턴에 의해 주도.

ChEMBL에서 사용할 수 있는 많은 귀중한 자원 중 키나제 SARfari 하위 집합. ChEMBL 웹사이트에 명시된 바와 같이, 키나제 SARfari는 "키나아제에 초점을 맞춘 통합 된 chemogenomics 워크 벤치입니다. 이 시스템은 키나아제 서열, 구조, 화합물 및 스크리닝 데이터를 통합하고 링크합니다."  매우 유용한 리소스인 이 데이터베이스는 광범위한 분석에서 광범위한 키나아제 에 대해 키나제 활성 화합물에 대한 다량의 SAR 데이터를 사용할 수 있게 해주며, 그 중 대부분은 문헌에서 수동으로 채굴및 선별됩니다.

이 데이터베이스와 관련 인터페이스는 화학화학사키나아제에 매우 유용하지만, 키나아제 의약 화학자처럼 SAR 평가에 도움이 되지 않습니다. 이 데이터를 사용할 수 있도록 하려면 CDD 우리는 키나세 SARfari의 핵심 테이블을 가져와 ChEMBL 데이터베이스의 다른 키 테이블과 병합하여 각 레코드에 활용된 분석방법을 설명하는 필드를 네이티브 SARfari에서 사용할 수 있는 것보다 훨씬 더 자세하게 설명했습니다. 이제 병합된 데이터 집합을 통해 CDD 인터페이스.

이 새 데이터 집합에서 각 프로토콜이 SARfari 데이터베이스의 400키나아제 중 하나를 나타내는 400개의 프로토콜을 만들었습니다. 이 조직에서는 사용자가 분자, 하위 구조, 키나제 대상 또는 분석 결과로 검색할 수 있습니다. 이것은 단 하나 표적에 대하여 분자의 다양한 SAR를 조사하는 것을 허용합니다, 또는 다중 키나아제에 대하여 화합물의 시리즈의 교차 반응성.

이 키나아제 생체 활성 데이터 외에도 SARfari는 다른 두 가지 중요한 데이터 세트를 사용할 수 있습니다. 첫 번째 데이터 집합을 "Starlite ADMET" 데이터 집합이라고 합니다. 이러한 데이터는 분자 특이적이지만 표적과 관련이 있는 것은 아닙니다. 대신, 그들은 일반적으로 키나아제 억제제에 대한 체외 또는 생체 내 PK 또는 독스 데이터를 나타낸다. 이러한 데이터는 단일 데이터로 추출되었습니다. CDD ADMET 데이터라는 프로토콜입니다. 두 번째 데이터 집합을 "Starlite 기능" 데이터라고 합니다. 이들 데이터는 다시 분자(표적이 아님)이며, 일반적으로 생체 내 또는 전 생체 내 실험의 다양한 결과를 나타낸다. 이러한 데이터는CDD 프로토콜 기능 데이터.


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