CDD-implementering vid UCLA - CMCR

Oktober 5, 2011

I denna gästblogg beskriver Dr. Andrew Norris hur UCLA - Center for Medical Countermeasures against Radiation (CMCR) implementerade CDD.

Huvudsyftet med UCLA CMCR är upptäckten och utvecklingen av nya småmolekylärläkemedel som fungerar som strålningsbegränsande medel förutom att främja vår förståelse för strålningstoxicitet och dödlighet hos människor.

CDD har varit mycket viktigt för vårt program övergripande och har implementerats i UCLA Radiation Protection Screening Core som en del av detta arbete. Inom denna kärna (figur 1) införs fenotypiska och målbaserade skärmresultat i CDD-databasen som länkar ett biologiskt resultat till en kemisk struktur. Uppgifterna bryts ut för trender som strukturaktivitetsrelationer, substrukturanalys och annan bestämmande information som kan finnas inom eller utanför UCLA-programmet. Grundligt testade kemiska enheter (ledningar) syntetiseras sedan och detta undersöks sedan ytterligare via proteomik, kemisk informatik och analog syntes som en plattform för att stödja hanteringen av screeningsinformationen samt upptäckten av verkningsmekanism. Flera blykandidater har testats på djur. Dessa data sammanställs alla tillbaka i databasen. Under åren har bredden av data associerade med föreningarna blivit betydande och flera framgångsrika blymolekyler har producerats.

CDD på UCLA CMCR

Bild 1: Schematisk övergripande strategisk strategi för screeningprogrammet UCLA-CMCR. CDD spelar en integrerad roll i lagring, hantering, bearbetning och sociala nätverk för grupper som är involverade i insatsen.

Vad vi har funnit särskilt användbart med CDD-plattformen är att vi kunde nätverka flera forskningsgrupper från helt olika platser och discipliner med de små molekylerna som det vanliga språket mellan dem alla. En annan användbar aspekt av programvaran är att databasen tjänar till att skilja vilka aspekter av de små molekyler som analyseras är mest effektiva eller ansvariga för att mildra cellskador / dödsfall från joniserande strålning. Detta har varit en kritisk aspekt av våra SAR-studier och också viktigt för att utesluta falska negativer i våra uppgifter.

Vidare möjliggör denna plattform åtkomst till nya strukturer som innehåller önskade egenskaper genom kommersiella och privata källor, databasen är flexibel för att inkludera nästan vilken typ av biologisk dataingång som är associerad med en liten molekyl som undersöks. Hittills nätverkas över 15 forskningsgrupper med olika bakgrunder via databasen och över 100,000-föreningar har undersökts med avseende på aktivitet.


Den här bloggen är författad av medlemmar i CDD Vault gemenskap. CDD Vault är en värd läkemedelsupptäckt informatik plattform som säkert hanterar både privata och externa biologiska och kemiska data. Det ger kärnfunktioner inklusive kemisk registrering, struktur aktivitet relation, kemisk inventeringoch elektronisk labb anteckningsbok Förmågor!

CDD Vault: Drug Discovery Informatics som hela projektgruppen kommer att omfamna!