Coronavirus (SARS-CoV-2): tidslinje och uppdateringar

Vetenskapliga fakta för bättre förståelse av epidemin

uppdateringar

21 februari: COVID-19 främst överförs från person till person via andningsdroppar, och det finns inga definitiva bevis för fekal eller luftburen överföring.


Februari 18th: Mer än 100 kliniska prövningar pågår i Kina, Japan, Thailand och Storbritannien för att behandla COVID-19 (sjukdomen orsakad av SARS-CoV-2) under WHO: s övervakning.


Februari 14th: Biologen John D. Loike skrev ett yttrande om forskarnas etiska skyldighet att tillhandahålla faktainformation att utbilda allmänheten om koronaviruset.


Februari 11th: Janssen meddelade ett samarbete med US Department of Health & Human Services till påskynda utvecklingen av ett vaccin för det nya viruset, nu bytt namn till SAR-CoV-2.


Februari 5th: JAMA publicerade en artikel med viktig information för kliniker inklusive kriterier för att vägleda utvärderingen av Patients Under Investigation (PUI) i USA.


3 februari: Läkare i Thailand rapporterade lovande resultat vid behandling av infekterade patienter med a kombination av influensa och HIV-mediciner.


31 januari: New England Journal of Medicine publicerade en rapport med identifiering, diagnos, klinisk kurs och hantering av första amerikanska fallet 2019-nCoV.


30 januari: WHO förklarade 2019-nCoV-utbrottet a Internationell oro för folkhälsa (PHEIC), medan jag noterade att "Kina identifierade snabbt viruset och delade dess sekvens ... vilket har resulterat i en snabb utveckling av diagnostiska verktyg."


29 januari: Analys av de första 425 patienterna i Wuhan visade att medianåldern var 59, den genomsnittliga inkubationsperioden var 5.2 dagar och R0 uppskattades till 2.2.

NPR har en lista över viktiga medicinska terminologier och definitioner som vanligtvis används i mediatäckning av utbrottet.

Gå med i konversationen: dela dina kommentarer med oss ​​om detta LinkedIn-inlägg.

Författare: Barry Bunin, doktorsexamen

Publicerades först den 28 januari 2020

Eftersom nyheter om Wuhan Coronavirus dominerar rubrikerna är det lätt att bli känslomässig och reagera på varje senaste utveckling. Vi anser dock att det är bra att undersöka fakta och ta en bredare syn på detta utbrott. Här är vad vi vet om det nya viruset hittills, och hur det vetenskapliga samhället arbetar för att motverka det.

  • "1" listaikon för CDD Vault ELN Blogginlägg

    Vad är Coronavirus (2019-nCoV)?

    2019-nCoV är ett Coronavirus, en familj av virus som traditionellt förknippas med vanlig mild förkylning. Det är genetiskt mest relaterat till men ändå skiljt från, det svåra akuta respiratoriska syndromet (SARS) och Mellanösterns respiratoriska syndrom (MERS) Coronaviruses. Vi lär oss när epidemin utvecklas dagligen framför våra ögon:

    Den 10 januari sekvenseringsdata för 2019-nCoV-viruset släpptes. Orsakssubstansen för mysterium lunginflammationen identifierades som ett nytt koronavirus genom djup sekvensering och etiologiska undersökningar av minst 5 oberoende laboratorier i Kina. Wuhan-marknaden för fisk och skaldjursmarknadsinflammationsvirus isolerar Wuhan-Hu-1 kompletta genom är nu deponerat online i Genbank.

    Den 12 januari Världshälsoorganisationen utnämnt tillfälligt det nya viruset som 2019 roman coronavirus (2019-nCoV). I ett papper med titeln "Coronavirus: genomstruktur, replikering och patogenes”De genetiska detaljerna delades:

    "Genomet av CoV: er är en enkelsträngad positiv känsla RNA (+ ssRNA) (~ 30 kb) med 5'-cap-struktur och 3'-poly-A svans." Och "Genomstorleken för CoV (~ 30 kb) är det största bland alla RNA-virus, vilket är nästan två gånger större än det för näst största RNA-virus. Underhållet av CoV: s enorma genomstorlek kan vara relaterat till speciella egenskaper hos CoV RTC, som innehåller flera RNA-behandlingsenzymer, såsom 3'-5'-exoribonukleaset av nsp14. 3'-5'-exoribonukleaset är unikt för CoV: er bland alla RNA-virus och visade sig fungera som en korrekturläsande del av RTC [12-14]. Sekvensanalys visade att 2019-nCoV har en typisk genomstruktur för coronavirus och tillhör klustret av betacoronavira som inkluderar Bat-SARS-liknande (SL) -ZC45, Bat-SL ZXC21, SARS-CoV och MERS-CoV. Baserat på det fylogenetiska trädet i CoV: er är 2019-nCov närmare besläktat med bat-SL-CoV ZC45 och bat-SL-CoV ZXC21 och närmare relaterat till SARS-CoV.1"

    Den 16 januari en laboratorieanalys hade utvecklats av forskare vid det tyska centrumet för infektionsforskning på Charité universitetssjukhus i Berlin.

    Den 24 januari de kliniska egenskaperna hos 41 ICU-patienter infekterade med 2019-nCoV i Wuhan Kina var publicerade. Patienterna hade lunginflammation med onormala fynd på CT-bröstet och en "cytokinstorm" med högre plasmanivåer av IL2, IL7, IL10, GSCF, IP10, MCP1, MP1A och TNFa. Dessa data kommer från bara patienten i ICU, uppenbarligen är majoriteten av de smittade inte i ICU.

    Den 25 januari fem PCR-protokoll och primrar för diagnos av Wuhan City 2019-nCoV-stammar är tillgängliga från Världshälsoorganisationen (WHO). Ytterligare information om realtid RT-PCR-protokoll för laboratorier finns tillgängliga online från CDC.

    Den snabbt genererade 2019-nCoV-sekvensen och diagnostisk information finns båda nu allmänt tillgängligt på Virological.org.

    Studier av genetisk variation tycks vara det viktigaste värdbehållare i naturen för 2019-nCoV är troligen bat. Eventuell rekombination och överföring kan ha inneburit ormvärdar baserade på genetiska glykoproteinanalyser.

    NIAID gav en balanserad sammanfattning av den aktuella situationen med avseende på 2019-nCoV:

    "Framväxten av ännu ett utbrott av mänsklig sjukdom orsakat av en patogen från en viral familj som tidigare tycktes vara relativt godartad understryker den ständiga utmaningen med framväxande infektionssjukdomar och vikten av långvarig beredskap.2"

  • "2" listaikon för CDD Vault ELN Blogginlägg

    Var och hur sprids det?

    De flesta fall hos människor är runt staden Wuhan, i centrala Hubei-provinsen i Kina, där 2019-nCoV identifierades först. Ett begränsat antal fall har också bekräftats i Thailand, Japan, Taiwan, Sydkorea, USA och Europa. Även om det antogs att det ursprungligen överfördes från djur till människa (med ursprunget börjar på en nu stängd, specifik marknadsplats i Wuhan City där levande djur rutinmässigt säljs) finns det nu flera exempel på mänsklig-till-mänsklig överföring från 2019 till nCoV .

    Den 24 januari det fanns 830 rapporterade fall och tjugoseks bekräftade dödsfall Från och med 2019-nCoV rapporteras naturligtvis inte alla fall nödvändigtvis så dessa bör betraktas som det minsta antalet.

    Den 25 januari WHO har lagt ut 5 Situationsrapporter på 2019-nCoV som kan hittas online här:

    https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports

    Den femte WHO-rapporten inkluderade 5 bekräftade fall rapporterade för 1320-nCoV. Mänsklig till mänsklig överföring har rapporterats, men de allra flesta fall är relaterade till reshistoriken till Wuhan City, Kina.

    Även om dödsfallen uppenbarligen är betydelsefulla för dem som är direkt och indirekt inblandade, är den nya och okända banan för utbrottet det som gör det nyvärt. Med tanke på att det finns order av storleksordning fler dödsfall från vanlig influensa, forskare har diskuterat kanske omfördela influensa. ”Vi bör byta namn på influensa; kallar det XZ-47-virus, eller något skrämmande, ”säger Dr. Paul Offit, chef för Vaccine Education Center vid Children's Hospital i Philadelphia.

    Världshälsoorganisationen sade att den preliminära uppskattningen av R0 (reproduktionsnummer) är 1.4 till 2.5, vilket innebär att varje infekterad person kan smitta mellan 1.4 och 2.5 personer. Så det överförs, men för närvarande sprids det inte relativt snabbt. Det exakta reproduktionsnumret är naturligtvis okänt, eftersom alla fall inte rapporteras och det finns en fördröjning mellan infektion, märkning och rapportering. Några modeller föreslår att det kan finnas 30,000 200,000 - 2019 XNUMX människor med XNUMX-nCoV.

  • "3" listaikon för CDD Vault ELN Blogginlägg

    Vad liknar det?

    2019-nCoV är en del av en familj av koronavirus som inkluderar förkylning, svårt akut respiratoriskt syndrom (SARS) och Mellanösterns respiratoriskt syndrom (MERS). Sedan den första identifierades i Saudiarabien 2012 har omkring 34% av de personer som rapporterats som smittade med MERS dött (858 av 2494 fall). MERS R0 är mindre än en. SARS-utbrottet ledde till 8098 identifierade fall och 774 dödsfall (9.6%). SARS hade en R0 på 2-5. SARS försvann så snabbt som det dök upp 2002-03. Om vi ​​är ärliga om det, vet vi inte alltid helt varför smittsamma infektioner växer eller minskar. Ofta är vi bättre på att bestämma korrelation, snarare än orsakssamband. Detta är inte förvånande, eftersom smittsamma infektioner per definition utvecklar fenomen.

    Forskare utvärderar motåtgärder för 2019-nCoV med SARS-CoV och MERS-CoV som prototyper. Till exempel anpassas plattformdiagnostik snabbt till 2019-nCoV, vilket möjliggör tidig erkännande och isolering av fall. Bredspektrum antivirala medel, t.ex. remdesiviren RNA-polymerasinhibitor såväl som lopinavir/ ritonavir och interferon beta har visat löfte mot MERS-CoV i djurmodeller och bedöms jämfört med 2019-nCoV. Vacciner, med metoder för nukleinsyravaccinplattformar som används för SARS-CoV eller MERS-CoV, bedrivs vid National Institute of Allergy and Infectious Diseases Vaccine Research Center. ”Under SARS flyttade forskare från att få den genomiska sekvensen av SARS-CoV till en klinisk fas 1-studie av ett DNA-vaccin på 20 månader och har sedan komprimerat den tidslinjen till 3.25 månader för andra virussjukdomar. För 2019-nCoV hoppas de kunna röra sig ännu snabbare genom att använda messenger RNA (mRNA) vaccineteknologi. Andra forskare är på samma sätt beredda att konstruera virala vektorer och subenhetsvacciner.2"

  • "4" listaikon för CDD Vault ELN Blogginlägg

    Coronavirus vaccinutveckling

    Utveckling av vaccin (och antikropp) är vettigt, med tanke på potentiellt snabbare tidslinje än de novo småmolekylär läkemedelsupptäcktäven om andra antivirala medel har använts i SARS och MERS. De Wall Street Journal rapporterade flera läkemedelsproducenter tävlar om att utveckla vacciner som kan skydda mot det nya andningsviruset med ursprung i Kina. Moderna Inc., Inovio Pharmaceuticals Inc. och Novavax Inc. planerar alla att utveckla vacciner mot den nyligen identifierade virusstammen. Forskare vid University of Queensland i Australien försöker också utveckla ett vaccin mot stammen.

    Nyligen, FierceBiotech rapporterade att både JNJ och Gilead har hoppat in i det accelererade Coronavirus Vaccine-loppet.

  • "5" listaikon för CDD Vault ELN Blogginlägg

    Lektioner för samarbete med läkemedelsupptäckter?

    Som delas i tid NIH JAMA synvinkel från Catharine I. Paules, MD; Hilary D. Marston, MD, MPH; Anthony S. Fauci, MD vi vet att 2019-nCoV liknar MERS och SARS tack vare snabb datadelning och internationellt samarbete:

    ”Även om MERS inte har orsakat den internationella paniken som har setts med SARS, framväxten av denna andra, mycket patogena zoonotiska HCoV illustrerar hotet som denna virala familj utgör. 2017 placerade WHO SARS-CoV och MERS-CoV på sin lista över prioriterade patogener i hopp om att galvanisera forskning och utveckla motåtgärder mot CoV: er. WHO: s insats visade sig vara god. Den 31 december 2019 rapporterade kinesiska myndigheter ett kluster av lunginflammationsfall i Wuhan, Kina, varav de flesta inkluderade patienter som rapporterade exponering för en stor fiskmarknad som säljer många arter av levande djur. Framväxten av en annan patogen zoonotisk HCoV misstänktes, och den 10 januari 2020 släppte forskare från Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health och deras samarbetspartners en full genomisk sekvens av 2019-nCoV till offentliga databaser, vilket exemplifierar snabb datadelning i utbrott svar. ”

    Förlag som British Medical Journal (och i ett ögonblick av solidaritet andra utgivare gillar Wiley och Elsevier) tillhandahåller information om Coronavirus fritt på internet för att stimulera kortsiktiga globala responsinsatser och stödja långsiktig forskning, i motsats till deras vanliga affärsmodeller med betalt innehåll. British Medical Journal har också gjort information fritt tillgänglig på MERS och SARS.

    Ett av de unika sätten vi kan bekämpa epidemier, som inte är tillgängliga för tidigare generationer, är att utnyttja den fria, globala, omedelbara tillgången till alla över våra arter via Internet. Vi har bara repat ytan på den fulla potentialen i denna mekanism för både svar och forskning.

    Samarbete kan sträcka sig från två forskare som delar information privat till offentligt delade data med det internationella vetenskapliga samfundet. Kvantiteten har en egen kvalitet. I händelse av ett utbrott gör det möjligt för offentligt delad information att konversationen samutvecklas med många hjärnor (och tekniker) snabbt parallellt - när ytterligare data, analyser och insikter också delas i tid.

    När ett snabbt svar krävs, kan samarbetsdelning av data tillåta hastigheten för inlärning att accelerera.

    Inom den kommersiella läkemedelsupptäcktsarenan finns det två motvikt mot omedelbar delning. Först är data från olika läkemedelsupptäcktsanalyser heterogena, komplexa och kan kräva metadata från procedurer för att förstå. För det andra kräver datadelningen på grund av denna heterogenitet sofistikerade verktyg (dvs att dela strukturaktivitetsförhållanden från en serie primära och sekundära genomgående skärmar som körs på hundratusentals föreningar, i nio koncentrationer, i tre exemplar är inte lika triviala som säger att du delar ett liknande på Facebook). Ändå kan samarbete vara nyckeln till kvantesprång i effektiviteten i läkemedelsupptäckten.

    Delning av öppen data (och idé) är syftet med den vetenskapliga litteraturen. Vetenskaplig litteratur blev ett mer globalt fenomen med tryckpressens tillkomst.

    Vi tar Internet för givet idag, men förmågan att omedelbart dela information runt om i världen är utan tvekan den mest grundläggande paradigmskiftet för vår art. Vi är inte längre myror, utan en myrkoloni. Vi kan lära oss av konst tillväxt, kollektiv intelligens. Våra mem som reser med hastigheten på www för att samordna vårt kollektiva tänkande är vår konkurrensfördel jämfört med de gamla obevekliga mekanismerna för mutation, selektion och horisontell genöverföring. Esset i fickan är förmågan att kollektivt lära och omedelbart dela kollektiva inlärningar. Prokaryoter har en fast hastighet för inlärning och informationsöverföring (annorlunda i alla fall, men metaforiskt sett i allmänhet). Människor som kombinerar vår intelligens med Internet har potential för okapital, snabbare inlärning.

    Nästa nivå av snabbare inlärning är att integrera datorer och algoritmer tillsammans via webbaserade plattformar. Inte bara vår egen CDD Vault som balanserar skyddet av immateriell egendom genom säker datadelning samtidigt som det främjar maximalt samarbete ... men alla anslutande webbaserade vetenskapliga datadelningsplattformar (med majoriteten sponsrad av våra offentligt finansierade, regeringen samordnade insatser som PubMed, GenBank, ChEMBL, Keggoch PubChem, för att bara nämna en handfull många slagfulla, webbaserade vetenskapliga data sharinig-plattformar). Och det finns mycket inverkan, samhällsbaserade insatser som, ja, wikipedia (och det är lika viktigt kusin DBpedia). Vi kan och kommer samarbeta bättre över tid.

    Det finns ett behov av snabbare datadelning och upptäckt för ett antal virussjukdomar, inklusive 2019-nCoV:

    ”Eftersom det inte finns några effektiva läkemedel eller vacciner, är det bästa sättet att hantera allvarliga infektioner av CoV: er att kontrollera infektionskällan, tidig diagnos, rapportering, isolering, stödjande behandlingar och snabb publicering av epidemisk information för att undvika onödig panik. För individer kommer god personlig hygien, utrustad mask, ventilation och att undvika trånga platser att förhindra CoVs-infektion.1"

    Det är värt att nämna den snabba utvecklingen av 2019-nCoV Diagnostic-kit, av vilka ett antal redan är nu tillgänglig.

    Liksom med svaret på den senaste Ebola-epidemin och efter denna 2019-nCoV-epidemi kommer vi att behöva överväga allmänna lösningar på övervakning och respons. Det enda vi vet säkert är att nästa gång kommer att vara något annorlunda. Som svar kan våra taktiker och verktyg bli bättre med varje ny epidemi via större, webkoordinerat samarbete.

    I en nära framtid är det inte svårt att föreställa sig en tid då framväxande data och protokoll är representerade i RÄTTVIS (Finnbara, tillgängliga, interoperabla, återanvändbara) standardiserade format för parallella datoranalyser.3 Bioportal har redan standardiserats, exakt definierade termer för det nya Coronavirus. Framtida generationer kommer att kunna samarbeta bättre, snabbare, längre sikt och smartare.4 Vi sitter alla i samma båt.

  • referenser

    1. Coronavirus: genomstruktur, replikering och patogenes. Chen Y, Liu Q, Guo D. J Med Virol. 2020 22 jan. Doi: 10.1002 / jmv.25681. Recension. PMID: 31967327
    2. Coronavirusinfektioner-mer än bara förkylningen. Paules CI, Marston HD, Fauci AS. JAMA. 2020 23 jan. Doi: 10.1001 / jama.2020.0757. PMID: 31971553.
    3. FAIR-vägledande principer för vetenskaplig datahantering och förvaltarskap. Wilkinson, M., Dumontier, M., Aalbersberg, I. et al. Sci-data 3, 160018 (2016). https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18
    4. Long Now Foundation föreslår att vi använder datumet 02020 för att tänka på längre sikt, snarare än det mer konventionella 2020 (http://longnow.org/).

Den här bloggen är författad av medlemmar i CDD Vault gemenskap. CDD Vault är en värd läkemedelsupptäckt informatik plattform som säkert hanterar både privata och externa biologiska och kemiska data. Det ger kärnfunktioner inklusive kemisk registrering, struktur aktivitet relation, kemisk inventeringoch elektronisk labb anteckningsbok kapacitet.

Collaborative Drug Discovery (CDD) Vault Logo