Allmänhetens tillgång

Som en tjänst för samhället är CDD värd för public accessdata som är relevanta för läkemedelsupptäckt från ledande forskargrupper runt om i världen.

Fullt integrerad med CDD Vault, har användare full tillgång till dessa uppsättningar direkt från sina konton. Forskare utan CDD Vault åtkomst som vill visa eller bryta vårt arkiv med public access-data kan registrera dig för ett gratis konto. Vi välkomnar och uppmuntrar bidrag. Forskare som vill publicera till CDD Public Access bör göra det kontakta oss.

EDASA COVID-19 Compound Repository är tillgängligt för samarbete

Publicerad av: Andrea Altieri, PhD Molecules: 2733

Publicerad: 5 / 12 / 2020

EDASA Scientific, en liten MedChem-organisation (http://www.edasascientific.com) letar efter biologiska partners i COVID-19-området. Med cirka 2700 föreningar på lager är EDASA villig att tillhandahålla föreningarna gratis (frakt är mottagarens ansvar) för testning och i fall av positivt resultat, redo att tilldela en kemist för att optimera de aktiva föreningarna och ytterligare framsteg. EDASA är villig att utforska modifiering i silikon av någon av dessa föreningar och att syntetisera (utan kostnad) ett begränsat antal av de modifierade föreningarna som ett bevis på koncept. All mottagen data, eller en del av dessa, kommer att publiceras i en gemensam inlämning till vetenskapliga tidskrifter med en IF> 3. Observera att alla dessa föreningar är interna, ägda av EDASA Scientific och att vi har utvecklat ett validerat syntetiskt protokoll för alla.


COVID-19 Mpro Active Fragment

Publicerad av: Alex Clark Molecules: 1003

Publicerad: 3 / 28 / 2020

Fragment som visade sig vara aktiva mot Mpro / COVID19 genom kristallstruktur som tillhandahölls från Diamond Light Source, Storbritanniens nationella synkrotronvetenskapliga anläggning i samarbete med Dectris (vars detektorer har använts i alla MX-experimenten på Diamond). För originaluppgifter, se: https://www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem/Downloads.html


Perlara ArkBase

Publicerad av: Perlstein Lab Molecules: 56756

PI: Ethan Perlstein

Publicerad: 10 / 27 / 2019

En fullständig öppen källkodsmodellorganismbaserad fenotypisk screeningdatakorpus innefattande läkemedelsåterupptagnings- och blyupptäckningsskärmar i jäst-, mask-, fluga- och mänskliga cellmodeller av infödda metabolismfel såsom lysosomalsjukdom och medfödda störningar i glykosylering. Dessa data har publicerats i tre fallstudier i tidskrifterna G3 (Lao et al., 2019 https://www.g3journal.org/innehåll / 9 / 2 / 413.long) och sjukdomsmodeller & mekanismer (Iyer et al., 2019a https://dmm.biologists.org/content / tidig / 2019 / 09 / 18 / dmm.040576.long; Iyer et al., 2019b https://dmm.biologists.org/content / tidig / 2019 / 10 / 19 / dmm.040584.long).


Serotoninreceptor in vitro och in vivo-aktivitet

Publicerad av: Nichols Molecules: 84

PI: Dave Nichols

Publicerad: 10 / 14 / 2019

Datauppsättningar fokuserar på hjärnsystem som använder dopamin eller serotonin som neurotransmitter. Detta inkluderar molekylprober som har specificitet för endast en av de fem allmänna typerna av dopaminreceptorer (D1 - D5), såväl som datamängder för serotonin 5-HT1A, 5-HT2A och 5-HT2C receptorer. Dessa projekt består av systematisk strukturell modifiering, kombinerad med farmakologisk analys, med sikte på att identifiera strukturella determinanter för ligandbindningsdomänen i dessa receptorer. Ett tema för detta arbete har varit att identifiera hur molekyler från olika kemiska klasser alla kan rymmas inom samma receptorbindningsställe.


MULTIPLE SCLEROSIS: OL Differentiering

Publicerad av: Myelin Repair Foundation Molecules: 710

PI: Tassie Collins

Publicerad: 10 / 21 / 2016

Akut Oligodendrocyt-differentieringsanalys O4 immunförorenade OPC pläterades vid 5k / brunn. 1 timmar efter plätering tillsattes testartikel och celler inkuberades under fyra dagar, varefter celler fixerades och immunfärgades för MBP och totala kärnor (DAPI). OPC-differentiering till OL: er bestämdes genom kvantifiering av MBP-färgning / antal celler (identifierad med DAPI-kärnfärgning). Screening av föreningar utfördes i fyrdubbla med 2-koncentrationer (10 & 2 uM; 2 & 0.4 uM; 0.4 & 0.08 uM). Data normaliseras till DMSO (0% differentiering) och 40 ng / ml T3 (100% differentiering). EC50 bestäms relativt EMax för testartikeln. För tekniska detaljer se Lariosa-Willingham, et. , al, BMC Res Notes. 2016 Sep 5; 9 (1): 419 eller kontakt [E skyddas] för detaljerade protokoll.


MULTIPLE SCLEROSIS: OL-skydd

Publicerad av: Myelin Repair Foundation Molecules: 723

PI: Tassie Collins

Publicerad: 10 / 21 / 2016

Oligodendrocyt-skyddsanalys - livskraft (TNF + IFNg) Utökade OPC: er pläterades vid 10K / brunn. 24 timmar efter plätering tillsattes testartikel, 1hr efter tillsats av testartikel, förolämpning med 10U / ml IFN-gamma / 1ng / ml TNF-alfa tillsattes. Inkubera 2 dagar, tillsätt AlamarBlue och inkubera fyra timmar. Kvantifiera AlamarBlue-fluorescens för att läsa av cellförmågan. Data skalas till DMSO (0% aktivitet) och 1.1 uM quetiapin (100% aktivitet). För tekniska detaljer se Rosler, et. , al, BMC Res Notes. 2016 Sep 5; 9 (1): 444-kontakt [E skyddas] för detaljerade protokoll.


MULTIPLE SCLEROSIS: Myelination Assay

Publicerad av: Myelin Repair Foundation Molecules: 715

PI: Tassie Collins

Publicerad: 10 / 21 / 2016

Cortical Myelination Assay Cells från E18 hjärnbark framställdes och pläterades i Neuralbasal media. Fyra dagar senare byttes media till MyM media. På dag 5 läggs testartiklar till och myelinering får fortsätta under åtta dagar. På dag 13 in vitro fixerades cellerna och immunfargades för MBP och Olig2. Myelinisering bestämdes genom kvantifiering av MBP / Olig2 + kärnfärgning och förändring av MBP-morfologi (anpassning av sammanhängande MBP-färgning - fiberlängd). OL-differentiering bestämdes genom kvantifiering av MBP-densiteten x area / Olig2 + kärnor. Föreningar screenades i duplikat med 4-bilder / brunn i 2-koncentrationer (5 & 1 uM). Data normaliseras till DMSO (0% differentiering / myelination) och DAPT (100% differentiering / myelination). EC50 bestämdes relativt svar på 1 uM DAPT. För tekniska detaljer se Lariosa-Willingham, et. , al, BMC Neurosci. 2016 Apr 22; 17: 16 eller kontakt [E skyddas] för detaljerade protokoll.


MULTIPLE SCLEROSIS: HEK293 tunicamycin-skyddsanalys

Publicerad av: Myelin Repair Foundation Molecules: 740

PI: Tassie Collins

Publicerad: 10 / 7 / 2016

HEK-293-skydd Analys

HEK-293-celler (10K / brunn) inkuberas under 24 timmar, sedan tillsätts testartikel. Efter 1 timme tillsätts 100 ng / ml tunicamycin. Efter ytterligare 48-timmars inkubation tillsätts AlamarBlue och fluorescens kvantifieras 4 timmar senare. Data normaliseras till DMSO (0% aktivitet) och 5 uM guanabenz (100% aktivitet). EC50 bestäms relativt EMax för testartikeln. Kontakta [E skyddas] för detaljerade protokoll.


MULTIPLE SCLEROSIS: OL Toxicity Screening

Publicerad av: Myelin Repair Foundation Molecules: 709

PI: Tassie Collins

Publicerad: 10 / 7 / 2016

Oligodendrocyttoxicitetsanalys (TNF + IFNg)

Toxicitetsanalys på passerade råtta-OPC: er, pläterad vid 10k / brunn inkuberad med läkemedel under 2 dagar. Avläsning är AlamarBlue fluorescens efter 4 timmars inkubation. Data visas som procent överlevnad relativt DMSO (100%). Max dödande är med 5 ng / ml tunicamycin, vilket lämnar ~ 15% celler levande. För tekniska detaljer se Lariosa-Willingham, et al., BMC Res Notes. 2016 Sep 5; 9 (1): 419 eller kontakt [E skyddas] för detaljerade protokoll.


Gröna lösningsmedel

Publicerad av: Alex Clark Sandbox Molecules: 117

Publicerad: 9 / 20 / 2016

Gröna lösningsmedelsdata, som används av den namonyma mobilappen (http://molmatinf.com/greensolvents.html). Sammansatt från information publicerad av ACS Green Chemical Institute och GSK Solvent Guide. Publicerad i http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/sc3000509.


PARASITER: GSK Kineto Box träffar med PIC50

Publicerad av: GSK Kineto Box Project (TCAKS) Molecules: 592

PI: Pilar Manzano

Publicerad: 6 / 16 / 2016

Med användning av fenotypiska analyser av hela celler screenades GlaxoSmithKline-screening (HTS) -diversitetsuppsättningen av 1.8 miljoner föreningar mot de tre kinetoplastider som är mest relevanta för mänsklig sjukdom, dvs. Leishmania donovani, Trypanosoma cruzi och Trypanosoma brucei. Sekundära bekräftande och ortogonala intracellulära anti-parasiticida analyser utfördes och potentialen för icke-specifik cytotoxicitet bestämdes. Hitföreningar klusterades kemiskt och testades för önskvärda fysikalisk-kemiska egenskaper. Det hypotetiska biologiska målutrymmet som täcks av dessa mångfaldssatser undersöktes genom bioinformatikmetoder. Följaktligen sammansattes tre anti-kinetoplastid-kemiska lådor av ungefär 200-föreningar vardera. Denna datauppsättning inkluderar hitföreningar och alla tillhörande screeningsresultat. http://www.nature.com/articles/srep08771


SÄNDARE: ASINEX PPI-bibliotek

Publicerad av: ASINEX Molecules: 8400

PI: Mark Parisi

Publicerad: 3 / 3 / 2016

ASINEX har arbetat med design och syntes av protein-protein-interaktion (PPI) -bibliotek sedan 2008. Den senaste generationen av ASINEX PPI-bibliotek består av molekyler i olika storlekar, ramar och former som sträcker sig från fragmentliknande enheter till makrocykliska derivat designade som sekundär strukturmimetik eller som epitopmimetik.


SÄNDARE: ASINEX Elite Library

Publicerad av: ASINEX Molecules: 12960

PI: Mark Parisi

Publicerad: 3 / 3 / 2016

Vilka problem finns det efter den inledande "hit?"


VENDOR: ASINEX Phenotypic Library

Publicerad av: ASINEX Molecules: 9840

PI: Mark Parisi

Publicerad: 3 / 3 / 2016

Asinex kör både målbaserade och fenotypiska analyser i egen regi och använder den experimentella informationen som den samlar in för att skapa både sina målbaserade och olika screeninguppsättningar. Genom denna erfarenhet har Asinex skapat en fenotypisk screening; filter för denna uppsättning är följande:

MW: 200-450, clogP: -1.0 – 7.0, clogD (pH 7.4): - 5.0 – 4.0, Rot.Bond:0-10, HA: 1-10, HD: 1-5, TPSA: 15-X , N + O: 135-2, HAC: 10-19, Dipole: 34 – 0.3, SHP3.30: 2 – 0.240.


VENDOR: ASINEX Diversity Library

Publicerad av: ASINEX Molecules: 9968

PI: Mark Parisi

Publicerad: 3 / 3 / 2016

Mångfald fortsätter att vara ett kraftfullt screeningverktyg, speciellt i det tidiga "sond" -stadiet för läkemedelsupptäckt. I skapandet av denna uppsättning har Asinex använt beräkningsverktyg för att säkerställa att kemiska rymden representeras på rätt sätt samtidigt som de innehåller element i sina "Elite" och "BioDesign" koncept.


Säljare: ASINEX BioDesign

Publicerad av: ASINEX Molecules: 8041

PI: Mark Parisi

Publicerad: 3 / 3 / 2016

ASINEXs BioDesign-strategi innehåller viktiga strukturella egenskaper hos kända farmakologiskt relevanta naturprodukter (t.ex. alkaloider och andra sekundära metaboliter) i syntetiskt genomförbara medicinska kemi-ställningar.


KATALOG: Distribution Drug Discovery (D3) - IUPUI

Publicerad av: IUPUI - D3 Enum 73K N-AcylAA-OH, -OMe, -NH2 Molekyler: 73234

PI: MJ O'Donnell och WL Scott

Publicerad: 2 / 24 / 2016

En fri, virtuell katalog / bibliotek med öppen åtkomst av> 73,000-molekyler: (a) N-Acyl onaturliga a-aminosyror, (b) metylestrar av N-acyl onaturliga a-aminosyror, och (c) primära amider av N -Acyl onaturliga a-aminosyror. Molekylerna i katalogen erhölls genom en uppräkning baserad på den fasta kombinatoriska alkyleringen av en glycinanjonekvivalent med 100 R1X följt av N-acylering med 100 R2CO2H och hartsspjälkning (TFA, MeOH / Et3N, resp. TFA). Arvet datauppsättning av 48,818-molekyler (ovan a- och b-uppsättningar plus R1X- och R2CO2H-ingångar) publicerades på 1 / 1 / 2009. Vi uppmuntrar kollegor att kommunicera med oss ​​om intresse för D3-projektet (E-post: [E skyddas]<Mailto:[E skyddas]> eller [E skyddas]<Mailto:[E skyddas]>). Referenser: J. Comb. Chem. 2009, 11, 3-13, 14-33, 34-43; J. Org. Chem. 2014, 79, 3140-51; J. Chem. Educ. 2015, 92, 819-26.


MALARIEN: Biokemisk skärm av 5 P. falciparum kinaser kontra GSK: s TCAMS

Publicerad av: Gregory J. Crowther Molecules: 13451

PI: Gregory J. Crowther

Publicerad: 2 / 3 / 2016

~ 13,500 cellaktiva föreningar screenades med avseende på aktivitet mot fem olika proteinkinaser. GlaxoSmithKlines Tres Cantos Antimalaria Set (TCAMS) screenades i biokemiska analyser av Plasmodium falciparum kalciumberoende proteinkinaser 1 och 4 (CDPK1 / PF3D7_0217500 och CDPK4 / PF3D7_0717500), mitogen-associerat proteinkinas 2 (MAPK2 / MAP2 / PF3D7_1113900), proteinkinas 6 (PK6 / PF3D7_1337100) och proteinkinas 7 (PK7 / PF3D7_0213400). Nya potenta hämmare (IC50 <1 um) upptäcktes för tre av kinaserna: CDPK1, CDPK4 och PK6. PK6-hämmare är de mest kraftfulla som hittills upptäckts för detta enzym och förtjänar ytterligare granskning.


Offentliga Dark Matter Compounds

Publicerad av: Dark Matter Compounds Molecules: 139352

PI: Guillermo Morales

Publicerad: 12 / 7 / 2015

Novartis fann att 803,990 av deras föreningar hade testats i minst Novartis 100-analyser och 112,872-föreningar var inaktiva (14.0%). Och en analys av NIH-data visade att 363,598-föreningar hade testats i minst 100-analyser där 131,726-föreningar var inaktiva (36.2%).

Anne Mai Wassermann, Eugen Lounkine, Dominic Hoepfner, Gaelle Le Goff, Frederick J King, Christian Studer, John M Peltier, Melissa L Grippo, Vivian Prindle, Jianshi Tao, Ansgar Schuffenhauer, Iain M Wallace, Shanni Chen, Philipp Krastel, Amanda Cobos -Correa, Christian N Parker, John W Davies & Meir Glick. Mörkt kemiskt ämne som en lovande utgångspunkt för upptäckten av läkemedel. Nature Chemical Biology 2015, Vol. 11, sid. 958 – 966 (doi: 10.1038 / nchembio.1936)


ADME: AZ Public ChEMBL Data

Publicerad av: AZ Public ChEMBL Data Molecules: 5799

PI: Sean Ekins

Publicerad: 10 / 5 / 2015

Experimentella in vitro DMPK och fysikalisk-kemiska data på en uppsättning av offentligt avslöjade föreningar bestämda vid AstraZeneca. Referenserna för analyserna exemplifierar de experimentella förfarandena som användes för att generera data.

https://www.ebi.ac.uk/chembl/doc/inspect/CHEMBL3301361% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole guinea pig plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole dog plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole rat plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole mouse plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.Intrinsic clearance measured in human hepatocytes following incubation at 37C. Experimental range <3 to >150 microL/min/1E6 cells. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 1730-1736.Most basic pKa value (pKa B1) determined by absorption and potentiometric titration using standard methodology from Sirius Analytical. Experimental range Bases: >= 2.Second most acidic pKa value (pKa A2) determined by absorption and potentiometric titration using standard methodology from Sirius Analytical. Experimental range Acids: <= 11.

Tredje mest grundläggande pKa-värde (pKa B3) bestämt genom absorption och potentiometrisk titrering med hjälp av standardmetodik från Sirius Analytical. Experimentintervall:> = 2.

Det näst mest grundläggande pKa-värdet (pKa B2) bestämt genom absorption och potentiometrisk titrering med hjälp av standardmetodik från Sirius Analytical. Experimentintervall:> = 2.

Mest sura pKa-värde (pKa A1) bestämd genom absorption och potentiometrisk titrering med hjälp av standardmetodik från Sirius Analytical. Experimentintervall Syror: <= 11.


PDB Ligander

Publicerad av: Protein Data Bank (PDB) Molecules: 16826

PI: Dale R. Cameron, Ph.D., MCIC, P.Chem.

Publicerad: 8 / 3 / 2015

Ligandinformation extraheras från PDB, filtreras för att avlägsna "polymer" och andra relaterade "icke-fria" ligander såväl som metaller eller metallbindande ligander. Uppdateringar av filtreringsproceduren kan ske utan varning. Data tillhandahålls som det är utan extra kurering eller felkorrigering. Länkar till PDB tillhandahålls av RCSB PBD och kan citeras som

HM Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, TN Bhat, H. Weissig, IN Shindyalov, PE Bourne (2000) The Protein Data Bank Nucleic Acids Research, 28: 235-242.

Rapportera trasiga länkar, begäran om ytterligare data etc. till valvadministratören


EBOLA: Små molekylhämmare av ebolavirus

Publicerad av: Nadia's Sandbox Molecules: 55

PI: Dr. Nadia Litterman

Publicerad: 2 / 2 / 2015

Detta delade datasätt innehåller 55 små molekyler från litteraturen (fram till Jan 2015) som har in vitro och eller in vivo aktivitet mot Ebola-viruset och olika sjukdomsmodeller. Vi har inkluderat en utvärdering från en erfaren medicinsk kemist samt resultat av PAINS-filtrering. (Detta arbete har lämnats in för publicering av Nadia Litterman, Christopher Lipinski och Sean Ekins till F1000Research).


VENDOR: Synthonix - Building Better Bonds

Publicerad av: http://www.synthonix.com Molekyler: 10286

Publicerad: 1 / 2 / 2015

Synthonix hjälper läkemedelskemister att driva gränserna för upptäckt av läkemedel genom att tillhandahålla en katalog över 10286-byggstenar som gör att de kan utforska mer utmanande kemiskt utrymme och utöka utbudet av potentiellt betydande terapeutiska mål för att behandla världens kroniska och härdbara sjukdomar. Synthonix, Inc: 919-875-9277; Allmän e-post: [E skyddas]; Synthonix Ltd (Europe Office): Kontor: + 44 1223 597934; E-post: [E skyddas]


PROBES: NIH Chemical Probes

Publicerad av: Probes Vault Molecules: 319

PI: Christopher Lipinski

Publicerad: 11 / 12 / 2014

De nationella instituten för hälsa (NIH) har finansierat omfattande HTS-ansträngningar, uppskattade mer än $ 576 miljoner, i både interna väggmålningar och akademiska centra för att identifiera små molekylkemiska prober eller verktygsföreningar via Molecular Libraries Screening Center Network (MLSCN) och Molecular Library Probe Production Center Network (MLPCN). För föreningar som ska väljas som sonder har olika definitioner, baserat på en kombination av styrka, selektivitet, löslighet och tillgänglighet, använts. Hittills har de NIH-finansierade akademiska screeningcentra upptäckt mer än 300 kemiska sonder. Denna samling innehåller sondestrukturer, mål, antimål, IC50-värden och andra referenser. Det inkluderar också en mängd olika mått på läkemedelslikhet, inklusive önskvärdighetsbedömningen som tilldelats av Dr. Chris Lipinski som beskrivs i "Beräkningsprediktion och validering av en experts utvärdering av kemiska prober." Litterman NK, Lipinski CA, Bunin BA, Ekins S J Chem Inf-modell. (2014)


Säljare: Azepine Ltd. Building Blocks Collection

Publicerad av: Azepine Ltd. Molekyler: 600

PI: Julia

Publicerad: 10 / 8 / 2014

600 byggstenar, I LAGER till konkurrenskraftiga priser. Kontakta [E skyddas]


NEU-CSIC-GSK Kinasinriktad HTS

Publicerad av: Pollastri Lab - Northeastern University Molecules: 78

PI: Michael Pollastri

Publicerad: 9 / 25 / 2014

Denna datauppsättning innehåller de publicerade resultaten från en skärm med hög kapacitet som utförts via samarbete mellan Northeastern University (Pollastri Laboratory), CSIC (Navarro Laboratory) och GlaxoSmithKline Tres Cantos Laboratory (Diseases of the Developing World DPU). Artikeln är Diaz et al, PLoS-NTD:

DOI: 10.1371 / journal.pntd.0003253

Vänligen kontakta [E skyddas] med frågor


Säljare: Vitas-M Laboratory Stock HTS Collection

Publicerad av: Vitas-M Laboratory Molecules: 388375

Publicerad: 7 / 11 / 2014

Vitas-M Laboratory, LTD. Samling av HTS-föreningar handlar om 400 000 enskilda molekyler, i lager. Alla är tillgängliga för snabb leverans i olika format inklusive mg, mikromol, torrt pulver, DMSO-lösning och torrfilm. www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [E skyddas]


Säljare: Vitas-M Laboratory byggstenar

Publicerad av: Vitas-M Laboratory Molecules: 33297

Publicerad: 7 / 10 / 2014

Vitas-M Laboratory, LTD. Samling av organiska byggstenar innehåller mer än 33 000 identifierade och testade föremål. www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [E skyddas]


VENDOR: Vitas-M Laboratory Scaffolds

Publicerad av: Vitas-M Laboratory Molecules: 2898

Publicerad: 7 / 8 / 2014

Vitas-M Laboratory, LTD. Samling av byggnadsställningar (Azalea-projekt). Avancerade idéer för att syntetisera läkemedelsliknande minibibliotek. Det är det bästa valet att skaffa helt nya föreningar som ingen annan leverantör erbjuder. www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [E skyddas]


Säljare: Vitas-M-laboratoriefragment

Publicerad av: Vitas-M Laboratory Molecules: 18631

Publicerad: 7 / 8 / 2014

Vitas-M Laboratory, LTD. Samling av fragment (kemiska ämnen som passeras genom "Rule of 3" och andra specialfilter) för Fragment Based Drug Discovery. www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [E skyddas]


SÄNDARE: Life Chemicals- GPCR-bibliotek

Publicerad av: Life Chemicals Molecules: 15948

PI: Alexandr Kucherak

Publicerad: 6 / 20 / 2014

Likhet / farmakoforsökning baserades på Topomer Search-förutsägelse tillhandahållet av Sybyl-X. Första steget - en likhetssökning antog en jämförelse av hela stamföreningar med kända hämmare härrörande från BindingeDB och ChemblDB. Andra steget - generering av 3D-strukturer av kända hämmare och deras samanpassning. Detta kemiska rumsliga utrymme användes som en mall för montering av resten av "liknande" föreningar. Men denna metod var utformad för "körsbärsplockning" och ett alternativt bibliotek kan göras med virtuella screeningmetoder (alla screeningsmodeller en klar och bevisad med träningsuppsättningar) mot sådana receptorer - adenosin, kemokin, dopamin, gaba-, histamin, muskarin, opioid, sfingosin. http://www.lifechemicals.com/


VENDOR: Life Chemicals- Kinase by Likhet

Publicerad av: Life Chemicals Molecules: 62467

PI: Alexandr Kucherak

Publicerad: 6 / 20 / 2014

Likhetssökning med offentliga MDL-nycklar och Tanimoto-likhetsavbrott på 90%. Nästan 25K-referensföreningar som testade aktiva i biologiska analyser av 168 (mer än 100 olika kinasmål) användes för likhetssökning. Alla dessa föreningar kan screenas mot ett mer specifikt mål fram till kundorder. http://www.lifechemicals.com/


SÄNDARE: Life Chemicals- Kinase genom dockning

Publicerad av: Life Chemicals Molecules: 15174

PI: Alexandr Kucherak

Publicerad: 6 / 20 / 2014

Kinase-biblioteket bereddes baserat på virtuell dockning i en Sybyl-miljö. För detta ändamål anpassades en uppsättning kinasstrukturernas bindningsställen (ungefär 20) och analyserades. Sådana överlagrade platser användes för strukturbaserad farmakoformodellering via Unity-modulen från Sybyl-X. Efter all beredning screenades ett helt 3D-lager mot denna multi-farmakoforiska modell och i slutändan utfördes en topprankning. http://www.lifechemicals.com/


SÄNDARE: Life Chemicals- Kärnmottagare

Publicerad av: Life Chemicals Molecules: 9896

PI: Alexandr Kucherak

Publicerad: 6 / 20 / 2014

Life Chemicals. Virtuell dockning och likhet / farmakoforsökning. http://www.lifechemicals.com/


VENDOR: Life Chemicals- CNS Library

Publicerad av: Life Chemicals Molecules: 16535

PI: Alexandr Kucherak

Publicerad: 6 / 20 / 2014

CNS-filter som beskrivs i litteraturen användes som en sikt för hela vårt lager. Som det visades kan de enda föreningarna med sådana parametrar ha lämpliga egenskaper för nervvävnads permeabilitet. Alla deskriptorer erhölls från kalkylblad och Volsurf-moduler i Sybyl. (MW 200 = 350 cLogP = <3.6 H-Bond Acceptors = <8 H-Bond Donors = <5 tPSA = <120 Rotable Bonds = <5 LogBB1 = -3.0 to 1.0) http://www.lifechemicals.com/


SÄNDARE: Life Chemicals- Naturligt produktliknande bibliotek

Publicerad av: Life Chemicals Molecules: 7808

PI: Alexandr Kucherak

Publicerad: 6 / 20 / 2014

Den första metoden baserades på statistisk analys av deskriptorer. Tidigare analyserades en stor databas med NP: er för att studera NP-ställningar genom att ordna dem i form av ett träd. Således genomfördes analys av egendomsfördelning av mer än 130 000 NP-strukturer såväl som identifiering av understrukturer som är typiska för speciella klasser av naturliga föreningar för att generera en uppsättning fragment som vanligtvis finns i naturliga föreningar. Denna metod testades på CRC Dictionary of Natural Products (DNP) och syntetiska molekyler (SM). En annan metod bygger på bedömning av ställningens likhet. Antalet atomsignaturer (från fragment) som genereras för en molekyl är lika med antalet atomer som utgör molekylen. Varje atomsignatur representerar oberoende ett strukturellt drag / fragment av molekylen, och en individuell poäng för den beräknas. högre antal atomer från att få högre poäng. För att reproducera sådant experiment använde vi en implementerad modul Kemiutvecklingssats i CDK-Taverna 2.0. Den innehåller en NP-Likenessscorer v1.4.1 som beräknar Natural Product (NP) -likhet hos en molekyl, dvs. molekylens likhet med strukturutrymmet som täcks av kända naturprodukter. Alla resultat fick poäng och varierade från -3 till + 3. http://www.lifechemicals.com/


VENDOR: Life Chemicals- Screening collection

Publicerad av: Life Chemicals Molecules: 371998

PI: Alexandr Kucherak

Publicerad: 6 / 20 / 2014

Noggrant utformade, nya, läkemedelsliknande små molekyler med Lipinski-regel av 5 och det enda skälet till avvikelse från uppsättningen av dessa parametrar är ett unikt ställning eller icke-standardkemi. Den är redo att applicera medicinska kemifilter som PAIN eller alla målinriktade filter (löslighet, permeabilitet, BBB). http://www.lifechemicals.com/


VENDOR: Life Chemicals- Fragment med garanterad löslighet

Publicerad av: Life Chemicals Molecules: 8241

PI: Alexandr Kucherak

Publicerad: 6 / 20 / 2014

Fragmentföreningar valdes genom filtrering av hela LC-lager med modifierad "regel om tre". Fragment har testats med avseende på löslighet i analytiskt laboratorium. Löslighet garanteras vid 200mM-koncentration i DMSO, och 75% av fragmenten är lösliga i pH7.5-buffert vid 1mM-koncentration. http://www.lifechemicals.com/


TB: In vivo museffektivitet från litteratur

Publicerad av: TB in-vivo data2 Molekyler: 778

PI: Sean Ekins, PhD

Publicerad: 4 / 10 / 2014

Tittar tillbaka på framtiden: Förutsäga in vivo effektivitet av små molekyler mot Mycobacterium tuberculosis. Att välja och översätta in vitro leder för en sjukdom till molekyler med in vivo-aktivitet i en djurmodell av sjukdomen är en utmaning som tar betydande tid och pengar. Vi demonstrerar inlärning från aktiva och inaktiva föreningar in vivo med hjälp av klassificeringsmodeller för maskininlärning (Bayesian, Support Vector Machines och rekursiv partitionering) bestående av 773-föreningar. Den Bayesiska modellen förutspådde 8 av 11 ytterligare in vivo-aktiviteter som inte ingick i modellen som en extern testuppsättning. Sammanställning av sjuttio års Mtb-data kan därför tillhandahålla statistiskt robusta beräkningsmodeller för att fokusera resurser på in vivo aktiva små molekyl-antituberculars. Detta belyser en kostnadseffektiv prediktor för in vivo-testning på andra håll i andra sjukdomar. PMID: 24665947


TB: Data för TB Mobile 2

Publicerad av: TB Mobile 2.0 Uppdateringar Molekyler: 79

PI: Sean Ekins

Publicerad: 3 / 19 / 2014

79-föreningar valda från senaste tidningar med ett eller flera mål i TB läggs till TB Mobile för version 2 av appen. Ytterligare 20-molekyler användes som en testuppsättning. Uppsatsen lämnas in.


PARASITE: MMV malaria box screen of Schistosoma mansoni

Publicerad av: CDIPD Vault Molecules: 400

Publicerad: 11 / 6 / 2013

Helorganismskärmar av Schistosoma mansoni somules (post-infektiva larver) och vuxna med 400-föreningar som innefattar MMV Malaria Box (http://www.mmv.org/malariabox). Endast de "läkemedelsliknande" föreningarna i Malaria-box som gav de allvarligaste fenotyperna som somuler testades mot vuxna. Uppgifterna laddas också upp till ChEMBL. Kontakta Conor Caffrey, Center for Discovery and Innovation in Parasitic Diseases (www.cdipd.org/), UCSF ([E skyddas]).


Kinase: Kinase Catalytic Activity (publikation Theonie Anastassiadis i Nature Biotechnology)

Publicerad av: Kinase Catalytic Activity Molecules: 178

PI: Theonie Anastassiadis

Publicerad: 8 / 30 / 2013

Kinas katalytisk aktivitet

Nature Biotechnology 2011 Oktober 30; 29 (11): 1039 – 1045. Det testade biblioteket omfattade 178-föreningar kända för att hämma kinaser från alla huvudfamilier av proteinkinas. För enkelhet testades alla föreningar i en koncentration av 0.5 um i närvaro av 10 um ATP. 0.5 | iM valdes trots en genomsnittlig rapporterad IC50 för dessa föreningar mot deras primära mål för 66 nM för att fånga svagare off-target-hämmande aktivitet. Varje kinaseinhibitorpar testades i duplikat och resultaten uttrycktes som genomsnittlig substraatfosforylering i procent av lösningsmedelskontrollreaktioner (hädanefter benämnd "återstående kinasaktivitet") Genomsnittlig återstående kinasaktivitet för varje kinasinhibitorpar presenteras. Kinasaktivitetsdata uttrycktes som den procentuella återstående kinasaktiviteten i testprover jämfört med vehikel (dimetylsulfoxid) -reaktioner.


TB: Uppdatera läkemedel och leder med mål

Publicerad av: TB: droger och leder med mål - uppdatera molekyler: 38

Publicerad: 6 / 14 / 2013

Publicerade föreningar från den senaste litteraturen för TB med kända mål som kan användas som en uppdatering också för TB Mobile App

KINASE: GSK Publicerad Kinase Inhibitor Set (PKIS)

Publicerad av: Kinome2 Molecules: 364

Publicerad: 6 / 6 / 2013

GSK Publicerad Kinase Inhibitor Set (PKIS) är en uppsättning 367 proteinkinasinhibitorer, som har antecknats för proteinkinasfamiljeaktivitet och är tillgänglig för offentliga screeninginsatser. Detaljerad information om screeninguppsättningen finns på länkarna nedan. ChEMBL-databasen har varit "go-to" -sidan för bioanalysdata i denna uppsättning. I en anda av att förbättra tillgången till viktiga data har vi samlat PKIS-uppgifter som ChEMBL väl har gjort tillgängliga och behandlat dem så att de kan nås här på webbplatsen Collaborative Drug Discovery (CDD) (ungefär som vi tidigare gjort för Kinase SARfari-databas).

Överföringen till CDD gör data tillgängliga på ett mer "med-kemist" vänligt sätt. Vi gjorde också lite rensning av datauppsättningen. Till exempel finns det faktiskt bara 364-föreningar (vissa duplikat berodde på saltformer eller alternativa namn på samma molekyl). Vi försökte också normalisera målnamnen där det var möjligt (till exempel, kinaserna IKKA, IKKB och IKKE kallades IKK-alfa, IKK-beta, IKK-epsilon för datasatsen från UNC). Inte för att vi är perfekta ... vi uppskattar alla korrigeringar i vårt datasæt också!

Sammanfattningsvis finns det 364-föreningar som har testats mot 225-mål vid 0.1 och 1 uM. I detta datasats finns det bara ett protokoll, men 225-målen listas i en avläsning. Koncentration är också en avläsning, så det är lätt att begränsa sökningar till skärmar som körs på 1 och / eller 0.1 uM.

Länkar:

1) Mer information om GSK PKIS

http://www.maggichurchouseevents.co.uk/bmcs/Downloads/CBDD%20-%20Zuercher%20Bill.pdf

http://www.chordomafoundation.org/wp-content/uploads/2013/04/2013-Flanagan-Drewry.pdf

http://chembl.blogspot.co.uk/2013/05/pkis-data-in-chembl.html

2) Tidigare ChEMBL-kinasdata på CDD

https://www.collaborativedrug.com/buzz/2013/04/04/kinome-sar-for-collaborative-drug-discoverers/

KINASE: ChEMBL Kinase SARfari Compounds & BioAssay Data


Publicerad av: CDD Vault Molekyler: 54211

PI: CDD

Publicerad: 3 / 27 / 2013

En värdefull resurs som finns på ChEMBL är Kinase SARfari, ”en integrerad kemogenomikarbänk med fokus på kinaser. Systemet innehåller och kopplar kinasekvens, struktur, föreningar och screeningsdata. En mycket användbar resurs, denna databas gör en stor mängd SAR-data tillgängliga för de kinasaktiva föreningarna mot ett brett spektrum av kinaser i ett brett utbud av analyser, mycket av det manuellt bryts ut och kuraterat från litteraturen. För att göra dessa data tillgängliga i CDD-gränssnittet tog vi kärntabellen för Kinase SARfari och slogs samman dem med en annan nyckeltabell från ChEMBL-databasen, vilket tillhandahöll ett fält som beskriver analysen som användes i varje post i mycket större detalj än vad som är tillgängligt i ursprungliga SARfari . Vi har nu gjort det sammanslagna datasättet tillgängligt via CDD-gränssnittet. Detaljerade in vitro-data är tillgängliga för 400-kinaser. Dessutom publiceras in vivo funktionella såväl som ADMET-data.


TB: ARRA

Publicerad av: TB ARRA Molekyler: 1924

PI: Bob Reynolds

Publicerad: 3 / 15 / 2013

Uppgifter från SRI (Bob Reynolds) och Scott Franzblau-gruppen - papper inlämnade av Ekins et al.

Träffar från tidigare SRI-skärmar användes för att leta efter liknande föreningar i leverantörsbibliotek, klusterade och testade in vitro i en serie accepterade paneler av skärmar för nya kandidater för läkemedelsupptäckt. Föreningarna användes också som en testuppsättning för tidigare genererade Bayesiska modeller byggda med information om bioaktivitet och cytotoxicitet.


TB: GSK

Publicerad av: TB GSK Molecules: 177

PI: Sean Ekins, PhD

Publicerad: 2 / 8 / 2013

Kompletterande data från Ballell et al. ChemMedChem 2013 i pressen "stärker upptäckt av läkemedelsupptäckt med öppen källkod: 177 liten molekyl leder mot tuberkulos"

Originaluppsättningar är värd på https://www.ebi.ac.uk/chemblntd. Endast M.tb-data visas här, men mer BCG-data finns tillgängliga på ChEMBL


TRYPANOSOME: Chagas Disease Literature Compounds

Publicerad av: Chagas Public Data Molecules: 531

Publicerad: 12 / 21 / 2012

Förenade strukturer och litteraturreferenser kuraterades för 531-molekyler testade mot Trypanosoma cruzi in vitro eller in vivo i den publicerade litteraturen.


TRYPANOSOME: Optimering av specifika kemiska serier mot human afrikansk trypanosomiasis (HAT)

Publicerad av: Chagas Public Data Molecules: 5559

Publicerad: 12 / 12 / 2012

SCYNEXIS Inc, som medlem av DNDi HAT Lead Optimization Consortium, utvecklade och screenade 4926-föreningar för aktivitet mot T. brucei. Föreningstrukturer och in vitro-aktivitetsdata mot T. brucei brucei inkluderas. Cytotoxicitetsdata och aktivitet mot de relaterade eukaryota parasiterna T. brucei rhodesiense, L. donavani och P. falciparum för en undergrupp av 34-föreningar. Alla de rapporterade föreningsserierna utvecklas inte längre för HAT eftersom de visade sig ha dålig selektivitet eller egenskaper som är oförenliga med in vivo-aktivitet. http://www.dndi.org/diseases-projects/open-innovation/1011-hat-001


TRYPANOSOME: DNDi-optimering av fenarimolserier för behandling av Chagas sjukdom

Publicerad av: Chagas Public Data Molecules: 743

Publicerad: 12 / 9 / 2012

DNDi Lead Optimization Consortium, inklusive Epichem, Murdoch University och CDCO, utvecklade och screenade en SAR-serie baserad på växtskyddsmedel fenarimol. DNDi gjorde offentliga sammansatta strukturer, T. cruzi-aktivitetsdata och L-6-celltoxicitetsdata för 743-föreningar från denna serie i ChEMBL-NTD. Föreningar och biologiska analysdata ingår här i CDD Public. http://www.dndi.org/diseases-projects/open-innovation/1012-chagas-001


TRYPANOSOME: Bred primär HTS för att identifiera hämmare av T.Cruzi-replikering

Publicerad av: Chagas Public Data Molecules: 303230

Publicerad: 12 / 6 / 2012

Broad Institute utförde en skärm med hög genomströmning av 303,224-föreningar i duplikat i den rekombinanta Tulahuen-stammen av Trypanosoma cruzi, som stabilt uttryckte beta-galaktosidasreporter samodlade med värdcell, musfibroblast NIH3T3. Av 4,394-träffarna utvärderades 4,063 ytterligare för hämmande aktivitet och värdcellstoxicitet. Slutligen valdes 27-föreningar som potentiella sondföreningar och validerades ytterligare. Data från den primära skärmen och efterföljande sekundära analyser deponerades PubChem. Kemiska föreningar och biologiska analysdata för den primära skärmen och sex sekundära analyser från PubChem ingår här i CDD Public. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21634083


TB: Guzman et al., M.tb. MurE-ligasinhibitorer

Publicerad av: CDD - Sean Ekins Molecules: 8

PI: Sean Ekins

Publicerad: 12 / 6 / 2012

Hela cell- och målbaserade screeningsdata från följande TB-publikation: Guzman JD, Gupta A, Evangelopoulos D, Basavannacharya C, Pabon LC, Plazas EA, Muñoz DR, Delgado WA, Cuca LE, Ribon W, Gibbons S, Bhakta S. J Antimicrob Chemother. 2010 okt; 65 (10): 2101-7. Anti-tuberkulär screening av naturprodukter från colombianska växter: 3-metoxynordomesticin, en hämmare av MurE-ligas av Mycobacterium tuberculosis.


VENDOR: NIH Clinical Collection 2 array (281 molecules)

Publicerad av: NIH Clinical Collections Molecules: 281

PI: Projektledare: Mei Steele

Publicerad: 11 / 21 / 2012

NIH Clinical Collection 2 är pläterade matriser 281 små molekyler som har en historia av användning i kliniska prövningar på människor. Samlingen samlades av National Institute of Health (NIH) genom Molekular Libraries Roadmap Initiative som en del av dess uppdrag att möjliggöra användning av sammansatta skärmar i biomedicinsk forskning.


SÄNDARE: NIH Clinical Collection array (446-molekyler)

Publicerad av: NIH Clinical Collections Molecules: 446

PI: Projektledare: Mei Steele

Publicerad: 11 / 21 / 2012

NIH Clinical Collection är pläterade matriser av små 446-molekyler som har en historia av användning i kliniska prövningar på människor. Samlingen samlades av National Institute of Health (NIH) genom Molekular Libraries Roadmap Initiative som en del av dess uppdrag att möjliggöra användning av sammansatta skärmar i biomedicinsk forskning.


TB: Drugs och leads med mål - data som används i mobilapp

Publicerad av: SRI-molekyler och mål för mobilapp Molekyler: 707

Publicerad: 10 / 23 / 2012

Uppdaterade data samlade för TB-mål med in vivo-viktighet

information från TBDB, Biocyc, Metacyc, PDB och Pubmed samt

andra referenser av Malabika Sarker vid Stanford Research Institute.

Gyanu Lamichhane vid Johns Hopkins University gav väsentlighet

information.ref.http: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22477069

Utforska detta datasätt på mobil: https://itunes.apple.com/app/tb-mobile/id567461644


TOX: Läkemedel och kemikalier klassificerade efter hepatotoxicitet

Publicerad av: CDD Vault Molekyler: 83072

PI: CDD

Publicerad: 7 / 16 / 2012

En lista över läkemedel och kemikalier med ett klassificeringsschema baserat på kliniska data för hepatotoxicitet har samlats in av Pfizer (Hu 2008) tidigare för att utvärdera en in vitro human hepatocyt-imaging assay-teknik (HIAT), vilket resulterar i en överensstämmelse av 75% med klinisk hepatotoxicitet. Samma datasats av föreningar som gör eller inte orsakar läkemedelsinducerad leverskada (DILI) har använts tillsammans med molekylära deskriptorer för i silico-förutsägelse via Bayesiska modeller.


TB: SRI-molekyler med helcellaktivitet mot TB

Publicerad av: SRI Group Vault Molecules: 23

PI: Sean Ekins, PhD

Publicerad: 4 / 24 / 2012

Molekyler utvärderade i Pharm Res. 2012 Apr 4. PMID: 22477069

Kombinera keminformatikmetoder och sökvägsanalys för att identifiera molekyler med helcellaktivitet mot mycobacterium tuberculosis.

Sarker M, Talcott C, Madrid P, Chopra S, Bunin BA, Lamichhane G, Freundlich JS, Ekins S.


MALARIEN: MMV Malaria Box

Publicerad av: Public: Malaria Box Molecules: 400

Publicerad: 3 / 29 / 2012

Molekyler från MMV Malaria Box, ChEMBL-NTD (https://www.ebi.ac.uk/chemblntd): MMV Malaria Box, Simon Macdonald, Paul Willis, Paul Kowalczyk, Thomas Spangenberg, Jeremy Burrows och Tim Wells. Medicines for Malaria Venture (MMV), PO Box 1826, 20, rte de Pré-Bois, 1215 Geneva 15, Switzerland and SCYNEXIS Inc. PO Box 12878 Research Triangle Park, North Carolina 27709-2878 USA.

Alla föreningar i Malaria Box har screenats in vitro mot 3D7 (klorokin (CQ) -känslig men sulfadoxinresistent stam av P. falciparum) och cytotoxicitetsanalyser utfördes på humana embryonala njurcellinjer (HEK-293). Data uttrycks som EC50 i nM för falciparumdata.


ADME: ADMEdata.com - Ett kommersiellt lager med högkvalitativ ADME-data

Publicerad av: G2 Research ADMEdata.com Molekyler: 1760

PI: George Grass

Publicerad: 1 / 13 / 2012

Exempel på: Caco-2 permeabilitet, jämviktslöslighet @ 5pH-värden, proteinbindande människa, proteinbindande råtta, kaninintestinal permeabilitet, humant blodplasmadeltagning och hematokrit. För fullständiga datamängder och modeller, kontakta George Glass, Pharm.D. Doktorsexamen vid [E skyddas] (distribueras via CDD)


VENDOR: Porse Building Blocks Collection

Publicerad av: CDD Vault Molekyler: 29241

PI: CDD

Publicerad: 1 / 13 / 2012

Porse File Chemical Co. ägnar sig åt anpassad ny sammansatt syntes för läkemedelsupptäckt och tillhandahåller ett brett produktsortiment med konkurrenskraftiga priser och god kvalitet. Den nuvarande uppsättningen är en utvald delmängd av 1554 nya olika föreningar och byggstenar i Morpholine, Piperidine, Piperazine, Pyrimidine, aminosyra och API-familjer. www.porsefinechemical.com, [E skyddas] Whatsapp: + 86-20-28069055


PARASITER: Schistosoma mansoni schistosomula: Microsource Spectrum & Killer Collections

Publicerad av: Brian Suzukis Sandbox Molecules: 119

Publicerad: 10 / 5 / 2011


Schistosoma mansoni schistosomula: Fenotypisk skärm av Microsource Spectrum & Killer Collections.

PI: Conor R. Caffrey

Publicerad: 10 / 5 / 2011

CDD: Public Data 119 träffar

Som en del av en läkemedelsåterförande (ompositionering) -strategi för att identifiera nya antiparasitika vid UCSF Sandler Center for Drug Discovery, utvecklade vi en delvis automatiserad helorganism (fenotypisk) skärm för blodflödet som orsakar den infektiösa tropiska sjukdomen, schistosomiasis. Vi screenade 1,260-föreningarna från ovan nämnda samlingar som inkluderar läkemedel, läkemedelsliknande föreningar, naturliga produkter och diverse föreningar. Vi rapporterar de fenotypiska förändringarna i larvstadier (schistosomula) av Schistosoma mansoni med hjälp av enkla deskriptorer för att förmedla parasitens multipla och dynamiska svar på sammansatt förolämpning. Fullständig kvantifiering av fenotypiska svar pågår. De presenterade uppgifterna avser endast "hit" -föreningarna; hela listan över föreningar i respektive samling kan erhållas från Microsource Discovery Systems Inc. Contact [E skyddas] för mer detaljer. Läkemedelsupptäckt för schistosomiasis: träff- och blyföreningar identifierade i ett bibliotek med kända läkemedel genom fenotypisk screening med medeleffekt. Abdulla MH, Ruelas DS, Wolff B, Snedecor J, Lim KC, Xu F, Renslo AR, Williams J, McKerrow JH, Caffrey CR. PLoS Negl Trop Dis. 2009 Jul 14; 3 (7): e478.PMID: 19597541


TB: SRI Kinase Library Fenotypisk skärm

Publicerad av: CDD Vault Molekyler: 23823

PI: CDD

Publicerad: 8 / 29 / 2011

Kinasmål eftersträvas i en mängd olika sjukdomar bortom

cancer, inklusive immun- och metabolism såväl som viral, parasitisk,

svamp och bakterier. I synnerhet finns det en relativt nyligen

intresse för kinas och ATP-bindande mål i Mycobacterium

tuberkulos för att identifiera hämmare och potentiella läkemedel för

essentiella proteiner som inte riktas mot nuvarande läkemedelsregimer.

Här rapporterar vi resultat med hög kapacitet för en målinriktad

bibliotek av ungefär 26,000-föreningar som utformades baserat på nuvarande kinasinhibitorställningar och kända kinasbindningsställen. De fenotypiska data som presenteras häri kan utgöra grunden för att välja ställningar / föreningar för ytterligare enzymatiska skärmar mot specifikt kinas eller andra ATP-bindande mål i Mycobacterium tuberculosis baserat på den uppenbara aktiviteten mot hela bakterier in vitro.PMID: 21708485

Tuberkulos (Edinb). 2011 juni 25. [Epub före tryckningen]

Copyright © 2011 Elsevier Ltd. Alla rättigheter förbehållna.

Kontakta Melinda Sosa för mer information: [E skyddas]

Hög kapacitetsscreening av ett bibliotek baserat på kinasinhibitor

ställningar mot Mycobacterium tuberculosis H37Rv.

Reynolds RC, Ananthan S, Faaleolea E, Hobrath JV, Kwong CD, Maddox C, Rasmussen L, Sosa MI, Thammasuvimol E, White EL, Zhang W, Secrist JA 3rd.

Källa: Southern Research Institute, 2000 Ninth Avenue South,

Birmingham, AL 35205, USA.


FDA godkänd: NCGC Pharmaceutical Collection (NPC) V1.1.0

Publicerad av: NCGC Pharmaceutical Collection NPC V1.1.0 Molecules: 14579

PI: Noel Southall

Publicerad: 8 / 8 / 2011

NCGC Pharmaceutical Collection: En omfattande resurs av kliniskt godkända läkemedel som möjliggör återanvändning och kemisk genomik. Huang, R., Southall, N., Wang, Y., Yasgar, A., Shinn, P., Jadhav, A., Nguyen, D., Austin, C. Sci Transl Med 27 April 2011: Vol. 3, nummer 80, sid. 80ps16.

http://stm.sciencemag.org/content/3/80/80ps16.abstract


VENDOR: BioBlocks katalog med prisinformation

Publicerad av: BioBlocks Molecules: 2971

PI: Doug Murphy

Publicerad: 8 / 3 / 2011

2989-föreningar.

BioBlocks erbjuder en fokuserad samling av över 2200 ställningar, byggstenar och fragment som är förkvalificerade som läkemedelskomponenter. Majoriteten av dessa föreningar erbjuds unikt av BioBlocks och har funnit applikationer som sträcker sig från mellanprodukter för läkemedelsupptäckt till surrogataminosyror i peptidkemi.

Uppdaterade detaljer om BioBlocks byggstenar finns på www.bioblocks.com


TOX: Läkemedelsinducerad data om leverskada (DILI)

Publicerad av: BBB Molecules: 519

Publicerad: 4 / 29 / 2011

Uppgifter om läkemedelsinducerad leverskada - träningsuppsättning är experimentella data från Jim Xu och testuppsättningen representerar litteraturdata.

publicerad i Drug Metab Dispos. 2010 Dec; 38 (12): 2302-8. Epub 2010 Sep 15. En prediktiv ligandbaserad Bayesian-modell för människors läkemedelsinducerad leverskada.

Ekins S, Williams AJ, Xu JJ.

TB: Måldatabas för in vivo essentiella gener


Publicerad av: SRI TB Måldatabasmolekyler: 314

PI: Sean Ekins

Publicerad: 4 / 21 / 2011

Data samlade för TB-mål med in vivo-väsentlig information från TBDB, Biocyc, Metacyc, PDB och Pubmed samt andra referenser samlade av Dr. Malabika Sarker vid Stanford Research Institute. Dr Gyanu Lamichhane vid Johns Hopkins University erkänns vänligen för att tillhandahålla information om väsentlighet.

** Observera att det inte finns några små molekyler associerade med detta datasæt **


VENDOR: Enamine Representative Diverse Screening Library

Publicerad av: Enamine Molecules: 200000

PI: Dmytro Mykytenko

Publicerad: 4 / 12 / 2011

Original 200K diverse screening-bibliotek genererades speciellt för Collaborative Drug

Upptäck användare från världens största lager av kommersiellt tillgängliga screeningföreningar

(över 1.7 M-arter). Biblioteket har exklusiva läkemedelsliknande föreningar med raffinerad ADME

egenskaper. Våra högkvalitativa föreningar kan körsbärsplockas och levereras omedelbart i

olika format.


UTSÄTTNING, FDA godkänd: Läkemedel Återupplagda med HTS-metoder

Publicerad av: In vitro repurposing Molecules: 109

Publicerad: 3 / 18 / 2011

Läkemedel identifierade med nya användningar med hjälp av HTS-metoder. Denna tabell utvidgar kraftigt en tidigare publicerad version "Ekins S, Williams AJ, Krasowski MD, Freundlich JS. I silico-omplacering av godkända läkemedel för sällsynta och försummade sjukdomar Drug Discov Today. 2011 Mar 1. PMID: 21376136 doi: 10.1016 / j.drudis .2011.02.016 Tabellen visar molekyler, gammal användning / mål, ny användning / mål, hur upptäckt och referenser.

Förkortningar: CCR5, Chemokine receptor 5; DHFR, dihydrofolatreduktas; DOA, Drugs of misbruk, FDA, Food and Drug Administration; GLT1, Glutamate transporter 1; HSP-90, Heat shock protein 90; JHCCL, John Hopkins Clinical Compound Library; Mtb, Mycobacterium tuberculosis; NK-1, neurokinin-1-receptor; OCTN2.


FÖRSÄLJNING, FDA GODKÄNNT: Orphan-designade produkter

Publicerad av: Rare sjukdom repurposing Molecules: 76

Publicerad: 3 / 18 / 2011

FDA-tabell 2 - från FDA-resursen, den sällsynta sjukdomens forskningsdatabas (RDRD), som visar Orphan-designade produkter (http://www.fda.gov/ForIndustry/DevelopingProductsforRareDiseases Conditions/HowtoapplyforOrphanProductDesignation/ucm216147.htm) med minst en marknadsföring godkännande för en sällsynt sjukdomsindikation. Dessa data analyserades av Ekins och Williams (inlämnat papper).


FÖRSÄLJNING, FDA GODKÄNNT: Orphan-designade produkter

Publicerad av: Rare sjukdom repurposing Molecules: 105

Publicerad: 3 / 18 / 2011

FDA-tabell 1 - från FDA-resursen, den sällsynta sjukdomens forskningsdatabas (RDRD), som visar Orphan-designade produkter (http://www.fda.gov/ForIndustry/DevelopingProductsforRareDiseases Conditions/HowtoapplyforOrphanProductDesignation/ucm216147.htm) med minst en marknadsföring godkännande för en vanlig sjukdomsindikation.

FDA associerade inte data med molekylstrukturer.


VENDOR: Colorado Center for Drug Discovery Pilot Library

Publicerad av: C2D2 Offentliga molekyler: 2240

PI: Greg Miknis, biträdande direktör

Publicerad: 3 / 7 / 2011

Biblioteket innehåller strukturellt olika små molekyler som överensstämmer med läkemedelsliknande kriterier. Flera kemotyper är representerade och biblioteket är utformat för att vara tillämpligt på ett stort antal potentiella mål.

För att begära information om samlingen, skicka en förfrågan till [E skyddas]


LIPID: Lipid Maps-strukturdatabas

Publicerad av: Lipid Maps Database Molecules: 22215

PI: Lipidomics Gateway

Publicerad: 2 / 11 / 2011

Lipidkartorna (http://www.lipidmaps.org/) strukturerna kommenterades med 5 vanliga joner (H +, 2H ++, K +, Na +, NH4 +) inklusive däggdjursfett acyler, glycerolipider, glycerofosfolipider, sfingolipider, sterollipider och prenollipider . Strukturerna och jonerna kan sökas efter struktur och MW för att underlätta identifiering av nya lipider.


TB: Mycobacterium drugome

Publicerad av: virtuella metaboliter Molekyler: 274

Publicerad: 11 / 5 / 2010

Dataset för 274-läkemedel (godkänd för mänskligt bruk i USA och Europa) från en publikation av Kinnings et al., PLoS Computational Biology volym 6: e1000976 (2010)

Läkemedel som samkristalliseras med minst en struktur i PDB.Detta datasätt kan användas tillsammans med de andra TB-screeningsdatasätten i CDD för att bestämma vilka av dessa godkända läkemedel som har aktivitet mot Mtb (från litteraturen.

TB: Hämmare av icke-replikerande Mtb från litteraturen


Publicerad av: CDD - Sean Ekins Molecules: 26

PI: Sean Ekins

Publicerad: 10 / 28 / 2010

Strukturer och data från publicerade artiklar:

Darby och Nathan J Antimicrob Chemother 2010: 65: 1424-1427

Bryk et al., Cell Host and Microbe 2008: 3: 137-145

Lin et al., Arch Biochem Biophys. 2010 501: 214-220

Lin et al., J Biol Chem 2008: 283: 34423-34431

de Cavalho et al: J Med Chem 2009: 52: 5789-5792

Lin et al., Nature 2009: 461: 621-626


Säljare: Astatech, Inc. Building Block Collection

Publicerad av: Astatech, Inc. Molekyler: 6140

Publicerad: 10 / 15 / 2010

AstaTech, Inc. erbjuder avancerade och nya mellanprodukter för att underlätta läkemedelsupptäcktprocessen. Vårt breda urval inkluderar byggstenar, nya aminer, skyddade aminer, onaturliga aminosyror, ketoner, aldehyder, heterocykler, isoatsyraanhydrider, boroinc-syror och chirala mellanprodukter. Kontakta [E skyddas] för beställningsinformation.


SÄNDARE: Chemik 2010 Catalog

Publicerad av: CDD Vault Molekyler: 3889

PI: CDD

Publicerad: 10 / 5 / 2010

Chemik har framgångsrikt hjälpt läkemedelsupptäcktsföretag som Wyeth i sina tidiga fasprojekt. Vi tillhandahåller råmaterial och viktiga mellanprodukter från gram till flera ton för dem. Med 10 års erfarenhet inom detta område kan vi hjälpa våra kunder att utveckla en ny mellanprodukt i 4-6 veckor med konkurrenskraftig prissättning, bra kvalitet och kontinuerlig service.


MALARIEN: Fenantren och antracen-aminoalkoholer

Publicerad av: CDD Vault Molekyler: 35

PI: CDD

Publicerad: 9 / 21 / 2010

Antimalariadata vs P. berghei i möss för halogensubstituerade antracen och fenantren N-di- och monoalkylsubstituerade aminoalkoholhydroklorider. Tjugosju föreningar visade aktivitet (Ökning i genomsnittlig överlevnadstid> 6 dagar); åtta föreningar var botande (IMST> 60 dagar). Tabellen innehåller PubMed-ID: er för detaljer och synteser.


TB: BCG / MTB-aktivitet

Publicerad av: Novartis: TB Data Molecules: 283

PI: Srinivasa Rao

Publicerad: 9 / 15 / 2010

Aerobic BCG Activty (MIC50) - 274-föreningar

Aerob MTB Activity (MIC50) - 283-föreningar

Anaerob BCG ATP-aktivitet (IC50) - 283-föreningar

Anaerob MTB ATP-aktivitet (IC50) - 283-föreningar

Cytotoxicitet (CC50) - 223 föreningar Nyckelord: Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium bovis, TB


MALARIEN: JHU JHCCL Plasmodium falciparum-hämning

Publicerad av: Johns Hopkins - Sullivan (2008) Molekyler: 2693

Publicerad: 6 / 4 / 2010

Procent hämning av 2663 godkända läkemedel vid 10 microM

TB, MALARIEN: Bayesiska förutsägelser för GSK-malariatreff


Publicerad av: GSK Data Bayesian Models (Ekins, et al.) Molecules: 13355

PI: Sean Ekins

Publicerad: 5 / 28 / 2010

Förutsägelser för GSK-malariahits (publicerad av Gamo et al., Nature 465: 305-310 (2010)) med användning av Bayesianska modeller (publicerad av Ekins et al., Mol BioSyst 6: 840-851 (2010)).

Avgränsningar för aktivitet (220,000-modell> 0.31, 2,200-modell> -1.37 klassificeras som aktiva på hela cellskärmen).

MALARIEN: St. Jude Children's Research Hospital Whole Cell Malaria Dataset


Publicerad av: St. Jude - Malaria / Trypanosome Bioactives Molecules: 1524

PI: Kip Guy

Publicerad: 5 / 26 / 2010

Kompletterande data för Nature Article publicerad av St. Jude CRH (Guiguemde, W, et al. Kemisk genetik av Plasmodium falciparum. Nature 465, 311-315 (20 May 2010)) inklusive 1524-strukturer testade i en primär skärm, med ytterligare data i åtta protokoll: Bland-Altman-analys, beräknade ADMET-egenskaper, Phylochemogenetic screen, Sensitivity, Synergy and Enzyme Assays, samt en termisk smältanalys.


MALARIEN: Novartis GNF-Pf Dataset

Publicerad av: Novartis Malaria Molecules: 5695

Publicerad: 5 / 21 / 2010

Plasmodium falciparum-stammar 3d7 (läkemedelskänsliga) och W2 (klorkokin-, kinin-, pyrimetamin-, cykloguanil- och sulfadoxinresistent), erhållna från MR4, testades i en erytrocytbaserad infektionsanalys med avseende på mottaglighet för hämning av utvalda föreningar.


VENDOR: ASINEX Novel Anti-Malaria Screening Set

Publicerad av: ASINEX Molecules: 1

PI: Mark Parisi

Publicerad: 5 / 20 / 2010

KONFIDENTIELL DATAINSTÄLLNING: 594 Nya föreningar från ASINEX. Se bifogad fil som utarbetar ASINEX-design.

FÖR TILLGÄNGAN: Nya CDD-användare - din registrering kommer att passeras genom en godkännandeprocess innan åtkomst till datasättet beviljas. Befintliga CDD-användare - vänligen kontakta [E skyddas]


LEVERANTÖR: ASINEX Tres Cantos (GSK) antimalarial undergrupp

Publicerad av: ASINEX Molecules: 278

PI: Mark Parisi

Publicerad: 5 / 20 / 2010

278 ASINEX aktiv anti Malaria-data som matchar GSK-data.

TILLGÄNGLIGT FÖR OMGÅNGSSKÄRNING. Motsvarande datasats är ägare och ägs av ASINEX. För mer information, vänligen kontakta Mark Parisi: E-post: [E skyddas]

Telefon: 1-877-ASINEX1

Fax: 1-336-721-1618


MALARIEN: Tres Cantos Antimalarial Set (TCAMS)

Publicerad av: GSK Anti-Malarial Data Molecules: 13471

PI: Javier Gamo

Publicerad: 5 / 19 / 2010

Screening av ungefär 2 miljoner föreningar i GlaxoSmithKlines screeningsbibliotek identifierade över 13,500-hämmare av proliferation av P. falciparum i humana erytrocyter. Arbetet utfördes på Tres Cantos Medicine Development Campus, GlaxoSmithKline, Severa Ochoa 2, 28760 Tres Cantos, Spanien.

TB: Sacchettini et. al. granskning - ytterligare antituberkulosmedel

Publicerad av: PK Molecules: 18

Publicerad: 2 / 5 / 2010

Icke-godkända antituberkulosmedel från figur 1 i Sacchettini JC, Rubin EJ och Freundlich JS Drugs versus buggar: i jakten på den ihållande rovdjuret Mycobacterium tuberculosis, Nature Reviews Microbiology, 6, 41-52, (2008).


TB: Tuberkulos Patentdata för små molekyler

Publicerad av: TB Patent Data Molecules: 20775

PI: Collaborative Drug Discovery

Publicerad: 1 / 27 / 2010

Strukturer och patentinformation angående tuberkulosforskning från US Patent and Trademark Office, European Patent Office och World Intellectual Property Organization.


TB: Makarov et al., NM4TB-konsortier

Publicerad av: CDD - Sean Ekins Molecules: 32

PI: Sean Ekins

Publicerad: 1 / 21 / 2010

Strukturaktivitetsrelationsdata för 1,3-bensotiazin-4-on (BTZ). Data erhållna från tidningen "Benzothiazinones Kill Mycobacterium tuberculosis by Blocking Arabinan Synthesis" publicerad i Science av Makarov et al., 2009 och kollegor vid NM4TB-konsortierna (PMID: 19299584).


VENDOR: TimTec Diversity Set

Publicerad av: TimTec Molecules: 9998

PI: Leverantör

Publicerad: 1 / 5 / 2010

Screening-bibliotek för 10,000 olika läkemedelsliknande föreningar


SÄNDARE: TimTec OGT-Inhibitors Analogs SET

Publicerad av: TimTec Molecules: 334

PI: Leverantör

Publicerad: 1 / 5 / 2010

O-GlcNAc Transferase Inhibitors Analogs SET


SÄNDARE: TimTec ActiTarg-K, Kinase Modulatorer

Publicerad av: TimTec Molecules: 6212

PI: Leverantör

Publicerad: 1 / 5 / 2010

ActiTarg-K, räknar över 6,000-föreningar som tillhandahåller ett screeningsbibliotek med högt värde av läkemedelsliknande molekyler för att identifiera syntesriktningen för nya proteinkinasinhibitorer

LEVERANTÖR: TimTec Natural Product Derivatives Library

Publicerad av: TimTec Molecules: 3001

PI: Leverantör

Publicerad: 1 / 5 / 2010

NDL-3000 naturliga derivat från TimTec


SÄNDARE: TimTec Natural Product Library

Publicerad av: TimTec Molecules: 479

PI: Leverantör

Publicerad: 1 / 5 / 2010

NPL Pure Natural Products från TimTec


VENDOR: Screening Library

Publicerad av: AsisChem Molecules: 43121

Publicerad: 10 / 26 / 2009

En samling över 40,000 läkemedelsliknande, små molekylföreningar tillgängliga för ditt anpassade urval. Alla föreningar finns i lager upp till 25mg.


SÄNDARE: Byggstenar

Publicerad av: AsisChem Molecules: 176

Publicerad: 10 / 26 / 2009

En samling av föreningar som är användbara vid läkemedelsupptäckt. Alla föreningar om de inte finns i lager finns tillgängliga inom några veckor för mängder upp till 10 gram.


TB: TAACF - NIAID CB2-bibliotek

Publicerad av: Southern Research Institute Molecules: 102634

PI: Robert Goldman

Publicerad: 9 / 30 / 2009

Resultat av screening av ett kommersiellt (ChemBridge) föreningsbibliotek för förmågan att hämma tillväxten av M. tuberculosis-stam H37Rv. Se PMID: 19758845


TB: EthR-hämmare (Willand et al.)

Publicerad av: CDD - Sean Ekins Molecules: 5

PI: Sean Ekins

Publicerad: 9 / 28 / 2009

Läkemedelsliknande hämmare av den transkriptionella repressorn EthR. Molekyler och data från Willand et al Nature Medicine 15: 537-544 (2009) PMID: 19412174


VENDOR, ADME: benchmarkdata från en uppsättning av strukturellt olika kommersiella droger.

Publicerad av: NM4TB: Karlen Group Site Molecules: 24

PI: Anders Karlen

Publicerad: 6 / 11 / 2009

En multivariat analys av läkemedel på den svenska marknaden var grunden för valet av en liten, fysisk-kemiskt mångfaldig uppsättning 24 läkemedelsföreningar. Faktorer som strukturell mångfald, kommersiell tillgänglighet, pris och en lämplig analysteknik för kvantifiering beaktades i urvalet. Lipofilicitet, pKa, löslighet och permeabilitet över humana Caco-2-cell-monolager mättes för den sammanställda datamängden. Vi räknar med att denna datamängd kan fungera som ett riktmärke för validering av nya experimentella tekniker eller i silikomodeller. Det kan också användas som en mångfaldig startdata för utveckling av nya beräkningsmodeller.

Uppgifter hämtade från:

Presentation av en strukturellt mångfaldig och kommersiellt tillgänglig läkemedelsdata för korrelations- och benchmarkingstudier.

Sköld C, Winiwarter S, Wernevik J, Bergström F, Engström L, Allen R, Box K, Comer J, Mole J, Hallberg A, Lennernäs H, Lundstedt T, Ungell AL, Karlén A.

J Med Chem. 2006 Nov 16; 49 (23): 6660-71.


TB: Absorptionsdata från publicerad litteratur

Publicerad av: CDD: TB Curated Literature Molecules: 24

Publicerad: 5 / 28 / 2009

TB Absorptionsdata från referensartikel

Inhibering av sideroforbiosyntes med 2-triazolsubstituerade analoger av 5'-O- [N- (salicyl) sulfamoyl] adenosin: antibakteriella nukleosider som är effektiva mot Mycobacterium tuberculosis.

Gupte, A .; Boshoff, HI; Wilson, DJ; Neres, J .; Labello, NP; Somu, RV; Xing, C .; Barry, CE; Aldrich, CC

J Med Chem (2008) Vol 51, No 23, pp 7495-7507Permeability data.


TB: Farmakokinetiska data från publicerad litteratur

Publicerad av: CDD: TB Curated Literature Molecules: 28

Publicerad: 5 / 28 / 2009

TB farmakokinetiska data från publicerade litteraturkällor. SAR-data för 28 unika såväl som vanliga föreningar.

Data inkluderar PubMed-citeringar, mål, celler och organismer som testats, biotillgänglighet, Vm, Vd, Cmax, etc.


TB: Toxicitetsdata från publicerad litteratur

Publicerad av: CDD: TB Curated Literature Molecules: 638

Publicerad: 5 / 28 / 2009

TB-toxicitet Data från publicerade litteraturkällor. SAR-data för 638 unika såväl som vanliga föreningar från PubMed-referenser.

Uppgifterna inkluderar PubMed-citat, mål, celler och organismer testiklar, cellviabilitet, LD50, CC50, MNTD, etc.


TB: Effektivitetsdata från publicerad litteratur

Publicerad av: CDD: TB Curated Literature Molecules: 6768

Publicerad: 5 / 28 / 2009

TB-effektdata från publicerade litteraturkällor. SAR-data för 6771 unika såväl som vanliga föreningar från över 300 PubMed-referenser.

Data inkluderar PubMed-citat, mål, celler och organismer testiklar, MIC,% Inhibition, EC50-EC100, IC50, etc.


TB: MLSMR

Publicerad av: Southern Research Institute Molecules: 214507

PI: Robert Goldman

Publicerad: 5 / 8 / 2009

En mångfaldig samling av över 200,000-föreningar samlade av Molecular Libraries Small Molecule Repository (MLSMR) gjordes tillgängliga för Southern Research Molecular Libraries Screening Center under våren 2008 för primär testning mot Mtb H37Rv. De mest aktiva föreningarna från denna primära screening selekterades och testades vid 10-koncentrationer i både en dosresponsanalys mot H37Rv såväl som en cytotoxicitetsräkneskärm med vero-celler.


MALARIEN: Johns Hopkins Clinical Compound Library

Publicerad av: Johns Hopkins - Sullivan (2008) Molekyler: 1878

Publicerad: 4 / 28 / 2009

Läkemedel screenades vid en koncentration av 10 mikrometer. Synkroniserade ringstegsparasiter från klorkokin-känslig 3D7 eller multidrug-resistent Dd2 odlades i RPMI 1640-medium med 10% humant serum och inkuberades för antingen 48 eller 96 h i närvaro av läkemedel och [3H] -hypoxantin. En 96-brunnsplatta med 0.2 ml odlingsmaterial per brunn vid 0.2% parasitemi och 2-4% hematokrit ger en radioaktiv inkorporeringssignal på ungefär 10,000 cpm vid 48 h och 20,000 cpm vid 96 h med bakgrundstal mindre än 500 cpm. Screeningsexperiment utfördes i duplikat och procentuell hämning rapporteras som medelvärdet av två experiment.


TB: litteraturöversikt

Publicerad av: TB Literature Data Molecules: 49

PI: Ballel et al.

Publicerad: 4 / 17 / 2009

Tuberkulos SAR-data sammanställd i en undersökning av medel som är aktiva mot M. tuberculosis, inklusive de med både kända och okända verkningsmetoder (Ballel, et al. "Nya småmolekylsyntetiska antimykobakterier" i antimikrobiella medel och kemoterapi, juni 2005). Uppdaterad 4 / 17 med TubercuList / TBDB / andra mållänkar och förbättrade referenser.


TB: Sacchettini et al., Recension

Publicerad av: CDD - Sean Ekins Molecules: 14

PI: Sean Ekins

Publicerad: 2 / 18 / 2009

Första och andra linjen antituberkulosmedel från tabellerna 1 och 2 i Sacchettini JC, Rubin EJ och Freundlich JS Drugs versus buggar: i strävan efter den ihållande rovdjuret Mycobacterium tuberculosis, Nature Reviews Microbiology, 6, 41-52, (2008).


SÄNDARE: IUPUI - Distribution Drug Discovery (D3) Public Data

Publicerad av: IUPUI - D3 Enum 73K N-AcylAA-OH, -OMe, -NH2 Molekyler: 48818

PI: MJ O'Donnell och WL Scott

Publicerad: 1 / 1 / 2009

En virtuell katalog med acylerade onaturliga aminosyror och deras metylestrar. Vi uppmuntrar våra kollegor att kommunicera med oss ​​om intresse för projektet Distribuerad läkemedelsupptäckt och syntetisk metodik, som beskrivs i en serie av tre artiklar i Journal of Combinatorial Chemistry (i pressen).


Säljare: ASINEX byggstenar

Publicerad av: ASINEX Molecules: 6745

PI: Mark Parisi

Publicerad: 12 / 23 / 2008

Läkemedel som byggstenar, om du överväger ett optimeringsprogram för bly, kan våra byggstenar visa sig vara exakt det du letar efter.


PARASITER: dofter

Publicerad av: CDD - Sean Ekins Molecules: 228

PI: Sean Ekins

Publicerad: 12 / 21 / 2008

Molekyl- och strukturnamndata för dofter från en bok av Roman Kaiser, "meningsfulla dofter runt om i världen", publicerad av Wiley-VCH i 2006. Molekylnummer hänför sig till deras nummer i boken.


TOX: toxcast

Publicerad av: CDD - Sean Ekins Molecules: 306

PI: Sean Ekins

Publicerad: 12 / 18 / 2008

EPA-toxcast-bibliotek med föreningar (mestadels bekämpningsmedel) tillgängliga på http://www.epa.gov/ncct/dsstox/DataFiles.html

http://www.epa.gov/ncct/toxcast/


FDA-godkänd, TOX: Maximal rekommenderad daglig dos

Publicerad av: CDD - Sean Ekins Molecules: 1215

PI: Sean Ekins

Publicerad: 12 / 10 / 2008

En FDA-databas som innehåller maximalt rekommenderade dagliga dosvärden för läkemedel över 1200. Datasättet representerar några av molekylerna som används i följande publikation Matthews, EJ, et al., Current Drug Discovery Technologies, 1 (1): 61-76. (2004)


VENDOR: Ayurvediska traditioner gentemot aktuella hälso- och välbefinnande

Publicerad av: Falguni Dasgupta: Molekyler för personuppgifter: 37

PI: Falguni Dasgupta

Publicerad: 10 / 30 / 2008

Traditionell användning av indiska medicinalväxter och extrakt av dessa diskuteras med hänvisning till moderna perspektiv med syftet att hitta gemensamma skäl, utvärdera påståenden och skapa möjligheter inom hälso- och sjukvård i enlighet med lagkrav och hitta nya läkemedel. "


PARASITER: Sandler-UCSF Celera Cysteine ​​Protease Inhibitor Library

Publicerad av: McKerrow Group Molecules: 1860

PI: Jim McKerrow

Publicerad: 10 / 23 / 2008

In vitro parasit av T. cruzi och T. brucei och specifika enzymskärmar.


FDA godkänd: godkända läkemedel

Publicerad av: Johns Hopkins Clinical Compound Library Molecules: 2815

PI: David Sullivan

Publicerad: 10 / 16 / 2008

FDA-godkända läkemedel med definierad molekylstruktur inklusive 763-molekyler från Physicians 'Desk Reference, 780 från DrugBank, 1151 i Orange Book 2007 och 1007 från Dr. Chris Lipinskis FDA-lista


SÄNDARE: ASINEX GPCR-fokuserat bibliotek

Publicerad av: ASINEX Molecules: 3502

PI: Mark Parisi

Publicerad: 10 / 2 / 2008

Högkvalitativt läkemedelsliknande GPCR-orienterad uppsättning tillgänglig till rabatterad hastighet för CDD-gemenskapen. Detta bibliotek innehåller vår läkemedelskemiskompetens och vår förmåga att identifiera privilegierade fragment från litteratur och samla dem på ett aldrig tidigare skådat sätt.


GPCR: PDSP Ki-databas

Publicerad av: PDSP Ki Database Molecules: 20026

PI: Bryan Roth

Publicerad: 9 / 16 / 2008

Över 47,000 Ki-värden mot 699 GPCR-mål från databasen NIMH Psychoactive Drug Screening Program (PDSP)


VENDOR: ASINEX Synergy Libraries

Publicerad av: ASINEX Molecules: 25008

PI: Mark Parisi

Publicerad: 4 / 26 / 2008

ASINEX har utvecklat ett nytt bibliotek med hög mångfald som är rik på läkemedel som farmakofore fragment. Bibliotekets design bygger på två former av Synergy. Den första är förhållandet mellan olika och målinriktade tekniker, och den andra innebär konvergens av flerstegs viktiga mellanprodukter (6-9-steg) för att skapa sofistikerade föreningar. Se PDF nedan för mer information.


TOX: Strukturer med kända Toxicity Profiles offentliga data

Publicerad av: Strukturer med kända toxicitetsprofiler Molekyler: 135

PI: Sean Ekins, PhD

Publicerad: 3 / 28 / 2008

Vävnadsspecifika toxicitetsprofiler för kända föreningar med referenser


PROMISCUOUS INHIBITORS: Shoichet publicerade promiskuösa hämmare

Publicerad av: Shoichet publicerade promiskuösa hämmare Molekyler: 111

PI: Brian Shoichet

Publicerad: 3 / 26 / 2008

Sammantaget skapar "falska positiver" genom självförening av organiska molekyler i vattenhaltiga lösningar


TOX: UC Davis - Hammocks offentliga data

Publicerad av: UC Davis - Hammock Molecules: 714

PI: Bruce Hammock

Publicerad: 3 / 17 / 2008

Hämmare av lösliga epoxidhydrolaser (sEH) - dessa enzymer har 3 huvudfunktioner: avgiftning, katabolism och reglering av signalmolekyler.


MALARIEN, TRYPANOSOME: St. Jude Public Data

Publicerad av: St. Jude - Malaria / Trypanosome Bioactives Molecules: 2426

PI: Kip Guy

Publicerad: 3 / 5 / 2008

Resultat med öppen åtkomst från Kip Guy's laboratorium vid St. Jude Children's Research Hospital inklusive HTS av bioaktiva medel mot malaria och T. brucei


MALARIEN: Drexel Public Data

Publicerad av: Drexel University Molecules: 195

PI: Jean-Claude Bradley

Publicerad: 3 / 2 / 2008

Resultat från ett pågående öppet datasamarbete mellan

Drexel (Ugi-4CC-produkter) och UCSF (antimalarial screening). Denna datauppsättning representerar ett exempel på hur forskare kan välja att publicera utvalda resultat öppet. (Som standard är alla grupper däremot privata.)


MALARIEN: US Army Survey

Publicerad av: US Army Malaria Literature Survey Molecules: 12318

Publicerad: 2 / 29 / 2008

En omfattande samling av SAR-data från djur mot djur, inklusive kemiska strukturer, bioaktivitetsdata, farmakologiska data och toxicitetsdata (Publicerad ursprungligen av US Army i 1946 som "A Survey of Malaria Drugs")


MALARIEN: PlasmoDB

Publicerad av: UPenn - Malaria Literature Data Molecules: 120

PI: David Roos

Publicerad: 2 / 19 / 2008

PlasmoDB av malariahämmare sammanställda från litteraturen, inklusive kemisk struktur, PlasmoDB-genidentifierare, målgenamn, och referenser mot P. falciparum, P. vivax, P. berghei, P. yoelii, P. chabaudi, P. vinckei petteri


MALARIEN: Naturprodukter (NPPDB)

Publicerad av: National Center for Natural Products Research Molecules: 426

PI: Babu Tekwani

Publicerad: 2 / 15 / 2008

Antimalariadatabas över naturliga flavonprodukter, inklusive antimalariala och cytotoxiska uppgifter (University of Mississippi, National Center for Natural Products Research)


TB: TAACF-analysresultat

Publicerad av: TB Early Phase Drug Discovery Program Molecules: 812

PI: Bernard Munos

Publicerad: 2 / 12 / 2008

Antibakteriell aktivitet i ett allmänt tillgängligt bibliotek av 812-föreningar mot Mycobacterium tuberculosis (H37Rv) i Alamar Blue-helcellsanalys


FDA godkänd: Orphan Drugs

Publicerad av: Kända droger Molekyler: 1721

PI: Christopher Lipinski

Publicerad: 10 / 26 / 2007

FDA-godkända läkemedel med angivna indikationer, sponsornamn och kemiska strukturer (när tillgängligt)