冠状病毒(SARS-CoV-2):时间表和更新

更好地了解流行病的科学事实

最新动态

21月XNUMX日: COVID-19主要 通过呼吸道飞沫在人与人之间传播,并且没有明确的证据表明粪便或空气传播。


二月18th: 正在进行100多项临床试验 在中国,日本,泰国和英国分别接受了WHO监测的COVID-19(由SARS-CoV-2引起的疾病)的治疗。


二月14th: 生物学家John D. Loike对 科学家提供事实信息的道德义务 向公众宣传冠状病毒。


二月11th: Janssen宣布与美国卫生与公共服务部合作, 加速疫苗的开发 用于新病毒,现已更名为SAR-CoV-2。


二月5th: JAMA发表了一篇文章, 给临床医生的重要信息 包括指导评估美国受调查患者(PUI)的标准。


3月XNUMX日: 泰国的医生报告说,在治疗感染的患者中,有希望的结果 流感和艾滋病药物的组合.


1月31st: 新英格兰医学杂志(New England Journal of Medicine)发表了一份报告,详细介绍了该病的鉴定,诊断,临床过程和管理 美国首例2019-nCoV病例.


1月30th: 世卫组织宣布2019-nCoV爆发为 国际关注的突发公共卫生事件(PHEIC),同时指出“中国迅速识别出该病毒并共享其序列...这导致诊断工具的迅速发展。”


1月29th: 武汉市首425例患者分析 结果表明,中位年龄为59岁,平均潜伏期为5.2天,R0估计为2.2。

NPR有一个 关键医学术语和定义列表 通常用于媒体对爆发的报道。

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作者: 巴里·布宁博士

首次发布于28年2020月XNUMX日

由于有关武汉冠状病毒的新闻占据了头条新闻,因此很容易引起感动并对新的发展做出反应。 但是,我们认为研究事实并对这一暴发采取更广泛的看法是有帮助的。 到目前为止,这是我们对新病毒的了解,以及科学界正在如何应对它。

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    什么是冠状病毒(2019-nCoV)?

    2019-nCoV是一种冠状病毒,通常与轻度感冒相关的病毒家族。 它在遗传上与严重急性呼吸系统综合症(SARS)和中东呼吸系统综合症(MERS)冠状病毒有最密切的关系。 流行病每天在眼前展现,我们正在学习:

    1月10th, 发布了2019-nCoV病毒的测序数据。 经中国至少5个独立实验室的深度测序和病因学调查,神秘性肺炎的病原被鉴定为新型冠状病毒。 武汉海鲜市场肺炎病毒分离株武汉-Hu-1完整基因组现已在线保存在 Genbank.

    1月12th, 世界卫生组织暂时将该新病毒命名为2019年新型冠状病毒(2019-nCoV)。 在标题为“冠状病毒:基因组结构,复制和发病机理遗传细节共享:

    “冠状病毒的基因组是具有30'-帽结构和5'-poly-A尾巴的单链正链RNA(+ ssRNA)(〜3kb)。”在所有RNA病毒中最大,大约是第二大RNA病毒的两倍。 CoV的巨大基因组大小的维持可能与CoV RTC的特殊功能有关,RTV包含几种RNA处理酶,例如nsp30的3'-5'外切核糖核酸酶。 14'-3'外切核糖核酸酶在所有RNA病毒中都是CoV特有的,并被证明是RTC的校对部分[5-12]。 序列分析表明,14-nCoV具有典型的冠状病毒基因组结构,属于β冠状病毒群,其中包括Bat-SARS样(SL)-ZC2019,Bat-SL ZXC45,SARS-CoV和MERS-CoV。 基于冠状病毒的系统树,21-nCov与bat-SL-CoV ZC2019和bat-SL-CoV ZXC45密切相关,与SARS-CoV的关系更远。1

    1月16th, 实验室测定 由柏林Charité大学医院德国感染研究中心的研究人员开发。

    1月24th, 武汉市41例2019-nCoV感染ICU患者的临床特征 出版。 患者患有肺炎,胸部CT表现异常,出现“细胞因子风暴”,血浆中IL2,IL7,IL10,GSCF,IP10,MCP1,MP1A和TNFα含量更高。 这些数据仅来自ICU中的患者,显然大多数感染者不在ICU中。

    1月25th, 世界卫生组织(WHO)提供了五种用于诊断武汉市2019-nCoV株的PCR方案和引物。 实时附加信息 可从CDC在线获得用于实验室的RT-PCR方案.

    快速生成的2019-nCoV序列和诊断信息现在都在 在Virological.org上公开可用.

    遗传变异研究似乎暗示了主要 2019-nCoV的自然宿主寄主。 可能涉及重组和传播 基于遗传糖蛋白分析的蛇宿主.

    NIAID提供了有关2019-nCoV的当前状况的平衡摘要:

    病毒的病原体引起的人类疾病暴发的再次爆发,以前被认为是相对良性的,这突显了传染病不断挑战以及持续防备的重要性。2

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    它在哪里传播,如何传播?

    大部分人类病例都在中国中部湖北省武汉市附近, 首次确定2019-nCoV。 在泰国,日本,台湾,韩国,美国和欧洲也已经确认了少数病例。 尽管据信它最初是从动物传播给人类的(起源始于武汉市一个封闭的特定市场,通常在这里出售活体动物),但现在有多个人对人2019-nCoV传播的例子。

    1月24th, 报告了830例病例,XNUMX例确认死亡 从2019-nCoV开始,当然并非所有病例都需要报告,因此应将其视为最低数量。

    1月25th, 世界卫生组织在5-nCoV上发布了2019份情况报告,可在此处在线找到:

    https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports

    世卫组织第五次报告包括5-nCoV报告的1320例确诊病例。 人与人之间的传播已有报道,但是绝大多数病例都涉及到中国武汉市的旅行历史。

    尽管死亡对直接和间接牵涉的人而言显然是重要的,但爆发的新颖性和未知的轨迹使其具有新闻价值。 鉴于普通流感造成的死亡人数增加了几个数量级, 科学家们讨论了 也许更名为流感。 “我们应该重命名流感; 费城儿童医院疫苗教育中心主任保罗·奥菲特博士说。

    世界卫生组织说,初步的R0(繁殖数)估计是1.4到2.5,这意味着每个被感染的人都可以感染1.4到2.5人。 因此,它正在被发送,但是目前它的传播速度还不是很快。 当然,确切的繁殖数量是未知的,因为没有报告所有病例,并且在感染,发现和报告之间存在一定的滞后。 有些机型 建议30,000-nCoV可能有200,000-2019人。

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    有什么相似之处?

    2019-nCoV是冠状病毒家族的一部分,其中包括普通感冒,严重急性呼吸道综合症(SARS)和中东呼吸综合症(MERS)。 自2012年在沙特阿拉伯首次发现以来,约有34%的报告者被MERS感染死亡(858例中的2494例)。 MERS R0小于XNUMX。 SARS爆发导致8098例确诊病例和774例死亡(9.6%)。 SARS的R0为2-5。 SARS的消失与2002-03年一样迅速。 如果说实话,我们并不总是完全知道为什么传染性感染会增加或减少。 通常,我们更擅长确定相关性,而不是因果关系。 这并不奇怪,因为根据定义,传染性感染是不断发展的现象。

    研究人员正在使用SARS-CoV和MERS-CoV作为原型评估2019-nCoV的对策。 例如,平台诊断正在迅速调整为包括2019-nCoV,从而可以及早识别和隔离病例。 广谱抗病毒药,例如 瑞昔韦,RNA聚合酶抑制剂以及 洛匹那韦/ ritonavir和干扰素beta在动物模型中显示出抗MERS-CoV的前景,并且正在与2019-nCoV进行评估。 美国国家过敏和传染病研究所疫苗研究中心正在研究采用SARS-CoV或MERS-CoV核​​酸疫苗平台方法的疫苗。 “在SARS期间,研究人员从获得SARS-CoV的基因组序列转移到了1个月内的DNA疫苗的20期临床试验,此后将其他病毒性疾病的时间表缩短至3.25个月。 对于2019-nCoV,他们希望使用Messenger RNA(mRNA)疫苗技术更快地发展。 类似地,其他研究人员也准备构建病毒载体和亚单位疫苗。2

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    冠状病毒疫苗开发

    鉴于以下原因,疫苗(和抗体)的开发很有意义 可能比从头进行小分子药物发现更快的时间表,尽管在SARS和MERS中使用了其他抗病毒药物。 的 “华尔街日报”报道 几家制药商正在争相开发疫苗,以预防源自中国的新型呼吸道病毒。 Moderna Inc.,Inovio Pharmaceuticals Inc.和Novavax Inc.都计划开发针对新鉴定的病毒株的疫苗。 澳大利亚昆士兰大学的研究人员也在尝试开发一种针对该菌株的疫苗。

    最近, FierceBiotech报告 JNJ和Gilead都参加了加速的冠状病毒疫苗竞赛。

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    药物发现合作的经验教训?

    如及时分享 医学博士Catharine I. Paules的NIH JAMA观点; 希拉里·马斯顿(Hilary D. Anthony S.Fauci,医学博士 我们知道2019-nCoV得益于快速的数据共享和国际合作,与MERS和SARS类似:

    “尽管MERS并未引起SARS引起的国际恐慌,但第二种高致病性人畜共患病毒HCoV的出现说明了该病毒家族的威胁。 2017年,世卫组织将SARS-CoV和MERS-CoV列入其优先病原体名单,希望借此激发研究和制定针对CoV的对策。 世卫组织的行动证明是有先见之明的。 31年2019月10日,中国当局报告了中国武汉市发生的一系列肺炎病例,其中大多数病例报告有暴露于出售许多活体动物的大型海鲜市场的患者。 怀疑另一种致病性人畜共患病毒HCoV的出现,到2020年2019月XNUMX日,上海公共卫生临床中心和公共卫生学院的研究人员及其合作者向公共数据库发布了完整的XNUMX-nCoV基因组序列,证明了在爆发反应。”

    出版商喜欢 英国医学杂志 (在声援之际,其他出版商 威利爱思唯尔)与通常的付费内容商业模式相比,正在互联网上免费提供有关冠状病毒的信息,以刺激短期全球应对工作并支持长期研究。 《英国医学杂志》还免费提供了有关MERS和SARS的信息。

    我们与流行病抗争的独特方法之一是利用互联网对我们物种中每个人的免费,全球性,即时访问,这是前几代人无法获得的。 我们只是摸索了这种机制在响应和研究方面的全部潜力。

    合作的范围可以从两位科学家私下共享数据到与国际科学界公开共享数据。 数量本身具有质量。 在爆发的情况下,公开共享的信息可以使对话与许多大脑(和技术)快速并行地共同发展-当及时共享其他数据,分析和见解时。

    当需要及时响应时,协作共享数据可加快学习速度。

    在商业药物发现领域中,即时共享有两个平衡点。 首先,来自各种药物发现测定的数据是异类的,复杂的,可能需要过程中的元数据才能理解。 其次,由于这种异质性,数据共享需要复杂的工具(例如,从一系列主要和次要的高通量筛选屏幕中共享结构活性关系,这些筛选过程以成千上万的化合物在九种浓度下运行,一式三份,但并非一帆风顺说在Facebook上分享一个赞)。 尽管如此,合作可能是药物发现效率实现量子飞跃的关键。

    开放数据(和思想)共享是科学文献的目的。 随着印刷机的问世,科学文献已成为一种更加全球化的现象。

    今天,我们把互联网视为理所当然,但是,在全球范围内即时共享信息的能力可以说是我们物种最基本的范式转变。 我们不再是蚂蚁,而是一个蚁群。 我们可以从新兴的集体智慧艺术中学习。 我们的模因以www的速度旅行以协调我们的集体思维,这是我们相对于古老的无情突变,选择和水平基因转移机制的竞争优势。 我们口袋里的王牌是集体学习和即时分享集体学习的能力。 原核生物具有固定的学习和信息传递速度(在每种情况下都不同,但通常在隐喻上来说)。 将我们的情报与互联网相结合的人类具有无限的,加速的学习潜力。

    加速学习的下一个阶段是通过基于Web的平台将计算机和算法集成在一起。 不只是我们自己 CDD Vault 它平衡了通过安全的数据共享来保护知识产权,同时又促进了最大程度的协作……但所有基于网络的连接科学数据共享平台(其中大多数由我们的政府资助的公共资金共同赞助,例如 考研, 基因库, 脑电图, 凯格PubChem数据库,仅提及许多基于网络的影响力科学数据sharinig平台中的少数几个)。 而且,基于社区的工作非常有影响力,例如, 维基百科上的数据 (这是同等重要的表弟 DBpedia中)。 我们可以并且将会 更好地合作 随着时间的推移。

    需要加快对多种病毒性疾病的数据共享和发现,包括2019-nCoV:

    “由于没有有效的治疗方法或疫苗,应对严重的冠状病毒感染的最佳方法是控制感染源,及早诊断,报告,隔离,支持治疗以及及时发布流行病信息,以避免不必要的恐慌。 对于个人而言,良好的个人卫生习惯,佩戴口罩,通风并避免挤迫的地方将有助于防止CoV感染。1

    值得一提的是2019-nCoV诊断套件的快速发展,其中许多已经 现已.

    与对上一次埃博拉疫情以及此2019-nCoV疫情的应对措施一样,我们将需要考虑 监视和响应的一般解决方案。 我们唯一可以确定的是,下一次会有所不同。 作为响应,我们可以通过与网络进行更广泛的协作来使每次新流行病的战术和工具变得更好。

    在不久的将来,不难想象有一段时间会出现新兴的数据和协议。 公平 (可查找,可访问,可互操作,可重用)标准化格式,用于并行计算机分析。3 Bioportal已经标准化,精确地 新冠状病毒的定义术语。 子孙后代将能够更好,更快,更长期,更明智地协作。4 我们都在同一条船。

  • 参考文献

    1. 冠状病毒:基因组结构,复制和发病机理。 Chen Y,Liu Q,Guo D.J Med Virol。 2020年22月10.1002日。doi:25681 / jmv.31967327。 评论。 PMID:XNUMX
    2. 冠状病毒感染不仅仅是普通感冒。 Paules CI,Marston HD,Fauci AS。 贾玛 2020年23月10.1001日。doi:2020.0757 / jama.31971553。 PMID:XNUMX。
    3. 科学数据管理和管理的公平指导原则。 威尔金森,M.,杜梦铁,M.,阿尔伯斯贝格 等。 科学数据 3,160018(2016)。 https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18
    4. Long Now Foundation建议我们使用日期02020来考虑更长远的时间,而不是更传统的2020(http://longnow.org/).

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