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佩拉拉方舟基地

发布者:Perlstein实验室分子:56756

PI:Ethan Perlstein

发布:10 / 27 / 2019

一个完全开放源代码的基于模型生物的表型筛选数据集,包括针对酵母,蠕虫,果蝇和人类细胞模型中的先天性代谢错误(如溶酶体疾病和先天性糖基化疾病)的药物重新定位和先导发现筛选。 这些数据已在G3杂志上的三个案例研究中发表(Lao等,2019 https://www.g3journal.org/内容/9/2/413.long)和疾病模型与机制(Iyer等,2019a https://dmm.biologists.org/内容/早期/ 2019 / 09 / 18 / dmm。040576.long; Iyer等,2019b https://dmm.biologists.org/内容/早期/ 2019 / 10 / 19 / dmm。040584.long).


血清素受体的体外和体内活性

发布者:Nichols分子:84

PI:Dave Nichols

发布:10 / 14 / 2019

数据集集中在利用多巴胺或5-羟色胺作为神经递质的大脑系统上。 这包括仅对五种通用类型的多巴胺受体(D1-D5)具有特异性的分子探针,以及血清素5-HT1A,5-HT2A和5-HT2C受体上的数据集。 这些项目包括系统的结构修饰和药理学测定,目的是鉴定这些受体中配体结合域的结构决定簇。 这项工作的主题之一是确定如何将不同化学类别的分子全部容纳在同一受体结合位点内。


多发性硬化症:OL分化

发布者:髓磷脂修复基金会分子:710

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发布:10 / 21 / 2016

急性少突胶质细胞分化测定将O4免疫纯化的OPC铺板于5k /孔。 铺板后1小时,添加测试物品并将细胞温育四天,随后固定细胞并对MBP和总核(DAPI)进行免疫染色。 通过对MBP染色/细胞数量(通过DAPI核染色确定)进行定量,可以确定OPC分化为OL的能力。 以2浓度(10和2 uM; 2和0.4 uM; 0.4和0.08 uM)一式四份进行化合物筛选。 将数据标准化为DMSO(差异为0)和40 ng / ml T3(差异为100)。 确定EC50相对于测试商品的EMax。 有关技术细节,请参见Lariosa-Willingham等。 等BMC Res Notes。 2016 Sep 5; 9(1):419或联系 [EMAIL PROTECTED] 有关详细的协议。


多发性硬化症:OL保护

发布者:髓磷脂修复基金会分子:723

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发布:10 / 21 / 2016

少突胶质细胞保护测定-生存力(TNF + IFNg)将扩增的OPC铺板于10K /孔。 铺板后24小时,添加测试物品,添加测试物品1hr,添加10U / mlIFN​​-γ/ 1ng / mlTNF-α。 孵育2天,添加AlamarBlue并孵育4小时。 定量AlamarBlue荧光以读取细胞活力。 将数据缩放为DMSO(0%活性)和1.1 uM喹硫平(100%活性)。 有关技术细节,请参阅Rosler等。 等BMC Res Notes。 2016 Sep 5; 9(1):444联系人 [EMAIL PROTECTED] 有关详细的协议。


多发性硬化症:髓鞘形成测定

发布者:髓磷脂修复基金会分子:715

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发布:10 / 21 / 2016

皮质髓鞘化测定制备来自E18脑皮质的细胞,并将其铺板在神经基底培养基中。 四天后,媒体切换到MyM媒体。 在第5天,添加测试文章,并使髓鞘化进行八天。 在体外第13天,固定细胞并对其进行MBP和Olig2免疫染色。 通过定量MBP / Olig2 +细胞核染色和MBP形态变化(连续MBP染色的排列-纤维长度)来确定髓鞘形成。 通过对MBP密度x面积/ Olig2 +核的定量来确定OL分化。 用4图像/孔以2浓度(5和1 uM)一式两份筛选化合物。 将数据标准化为DMSO(0%分化/髓鞘)和DAPT(100%分化/髓鞘)。 确定相对于对50 uM DAPT的响应的EC1。 有关技术细节,请参见Lariosa-Willingham等。 等,BMC Neurosci。 2016 4月22; 17:16或联系 [EMAIL PROTECTED] 有关详细的协议。


多发性硬化:HEK293衣霉素保护试验

发布者:髓磷脂修复基金会分子:740

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发布:10 / 7 / 2016

HEK-293保护测定

将HEK-293细胞(10K /孔)孵育24小时,然后添加测试物品。 1小时后,添加100 ng / ml衣霉素。 再孵育48小时后,添加AlamarBlue,并在4小时后对荧光进行定量。 将数据归一化为DMSO(0%活性)和5 uM guanabenz(100%活性)。 确定EC50相对于测试商品的EMax。 联系 [EMAIL PROTECTED] 有关详细的协议。


多发性硬化症:OL毒性筛查

发布者:髓磷脂修复基金会分子:709

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

发布:10 / 7 / 2016

少突胶质细胞毒性测定(TNF + IFNg)

对传代的大鼠OPC进行毒性测定,以10k /孔与药物孵育2天。 4小时孵育后,读数为AlamarBlue荧光。 数据显示为相对于DMSO的存活百分比(100%)。 使用5 ng / ml衣霉素进行最大杀伤,可使约15%的细胞存活。 有关技术细节,请参见Lariosa-Willingham等人的BMC Res Notes。 2016 Sep 5; 9(1):419或联系 [EMAIL PROTECTED] 有关详细的协议。


绿色溶剂

发布者:Alex Clark Sandbox分子:117

发布:9 / 20 / 2016

由同名移动应用程序(http://molmatinf.com/greensolvents.html)使用的Green Solvents数据。 根据ACS绿色化学研究所和GSK溶剂指南发布的信息进行编译。 发布在http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/sc3000509中。


寄生虫:GSK Kineto Box搭配pIC50

发布者:GSK Kineto Box Project(TCAKS)分子:592

PI:皮拉尔·曼萨诺(Pilar Manzano)

发布:6 / 16 / 2016

使用全细胞表型分析,针对与人类疾病最相关的三种动质体,即利什曼原虫,诺氏锥虫和布鲁氏锥虫,筛选了1.8百万种化合物的GlaxoSmithKline高通量筛选(HTS)多样性组。 进行了二次确证和正交的细胞内抗寄生虫测定,并确定了非特异性细胞毒性的潜力。 对命中的化合物进行化学聚类并对其进行分类,以获得所需的理化性质。 通过生物信息学方法研究了这些多样性集所涵盖的假设生物学目标空间。 因此,组装了三个大约每个200化合物的抗动塑料化学盒。 该数据集包括命中化合物和所有相关的筛选结果。 http://www.nature.com/articles/srep08771


供应商:ASINEX PPI库

发布者:ASINEX分子:8400

PI:Mark Parisi

发布:3 / 3 / 2016

自2008以来,ASINEX一直在设计和合成蛋白质间相互作用(PPI)库。 最新一代的ASINEX PPI库包含各种大小,构架和形状的分子,范围从片段状实体到被设计为二级结构模拟物或表位模拟物的大环衍生物。


供应商:ASINEX Elite库

发布者:ASINEX分子:12960

PI:Mark Parisi

发布:3 / 3 / 2016

最初的“打击”之后有哪些问题?Ainex通过广泛的ADME分析,易于药物化学修饰的最佳设计以及确保新颖性的IP评估解决了这些问题。


供应商:ASINEX表型库

发布者:ASINEX分子:9840

PI:Mark Parisi

发布:3 / 3 / 2016

Asinex在内部运行基于靶标和表型的检测,并利用收集到的实验信息创建基于靶标的筛查集和多种筛查集。 通过这种经验,Ainex创建了一个表型筛选集。 此集合的过滤器如下:

MW:200-450,clogP:-1.0–7.0,clogD(pH 7.4):-5.0–4.0,Rot.Bond:0-10,HA:1-10,HD:1-5,TPSA:15-135 A ,N + O:2-10,HAC:19-34,偶极子:0.3–3.30,SHP2:0.240–0.450。


供应商:ASINEX多样性库

发布者:ASINEX分子:9968

PI:Mark Parisi

发布:3 / 3 / 2016

多样性仍然是一种强大的筛选工具,尤其是在药物发现的早期“探针”阶段。 在创建此集合时,Ainex应用了计算工具以确保正确表示化学空间,同时还结合了其“精英”和“生物设计”概念的元素。


供应商:ASINEX BioDesign

发布者:ASINEX分子:8041

PI:Mark Parisi

发布:3 / 3 / 2016

ASINEX的BioDesign方法将已知药理相关天然产物(例如生物碱和其他次级代谢产物)的关键结构特征整合到可合成的药用化学支架中。


产品目录:分布式药物发现(D3)-IUPUI

发布者:IUPUI-D3枚举73K N-AcylAA-OH,-OMe,-NH2分子:73234

PI:MJ O'Donnell和WL Scott

发布:2 / 24 / 2016

> 73,000分子的免费开放式虚拟目录/图书馆:(a)N-酰基非天然α-氨基酸,(b)N-酰基非天然α-氨基酸的甲基酯,和(c)N的伯酰胺-酰基非天然α-氨基酸。 目录中的分子是通过基于与100 R1X等效的甘氨酸阴离子的固相组合烷基化,然后由100 R2CO2H进行N-酰化和树脂裂解(分别为TFA,MeOH / Et3N或TFA)获得的。 48,818分子的旧数据集(在a和b集之上以及R1X和R2CO2H输入)已发布在1 / 1 / 2009上。 我们鼓励同事就D3项目的兴趣与我们进行沟通(电子邮件: [EMAIL PROTECTED]<至mailto:[EMAIL PROTECTED]>或 [EMAIL PROTECTED]<至mailto:[EMAIL PROTECTED]>)。 参考文献:J. Comb。 化学 2009,11,3-13,14-33,34-43; J.组织 化学 2014,79,3140-51; J.化学 教育。 2015,92,819-26。


疟疾:5恶性疟原虫激酶与GSK TCAMS的生化筛选

发布者:Gregory J. Crowther分子:13451

PI:Gregory J. Crowther

发布:2 / 3 / 2016

筛选了〜13,500种细胞活性化合物对五种不同蛋白激酶的活性。 在恶性疟原虫钙依赖性蛋白激酶1和4(CDPK1 / PF3D7_0217500和CDPK4 / PF3D7_NUMX NUMX_NUMX NUMX_NUMX_NUMXMAP0717500_NUMXMAP2蛋白酶2) 2(PK3 / PF7D1113900_6)和蛋白激酶6(PK3 / PF7D1337100_7)。 发现了针对三种激酶的新型有效抑制剂(IC7 <3 µM):CDPK7,CDPK0213400和PK50。 PK1抑制剂是迄今为止针对该酶发现的最有效的抑制剂,值得进一步研究。


公共暗物质化合物

发布者:暗物质化合物分子:139352

PI:吉列尔莫·莫拉莱斯(Guillermo Morales)

发布:12 / 7 / 2015

诺华发现至少在诺华803,990分析中已经测试了其化合物的100,并且112,872化合物没有活性(14.0%)。 对NIH数据的分析表明,至少在363,598种化合物没有活性(100%)的131,726分析中,已经对36.2种化合物进行了测试。

安妮·迈·沃瑟曼(Anne Mai Wassermann),尤金·伦肯(Eugen Lounkine),多米尼克·霍普夫纳(Dominic Hoepfner),盖勒·勒高夫(Gaelle Le Goff),弗雷德里克·金(Frederick J King),克里斯蒂安·斯图德尔(Christian Studer),约翰·佩尔帖(John M Peltier),梅利莎·L·格里波(Mirissa L Grippo),薇薇安·普林德尔(Vivian Prindle),简剑涛(Tianshi Tao),安斯加·舒芬豪(Ansgar Schuffenhauer),伊恩·华莱士(Iain M Wallace),陈妮(Shanni Chen),菲利普·克拉斯特(Philipp Krastel),阿曼达·科沃斯(Amanda Cobos) -Correa,Christian N Parker,John W Davies和Meir Glick。 暗化学物质是发现药物线索的有前途的起点。 自然化学生物学2015,第 11,第958–966页(doi:10.1038 / nchembio.1936)


ADME:AZ公开ChEMBL数据

发布者:AZ Public ChEMBL数据分子:5799

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发布:10 / 5 / 2015

在阿斯利康测定的一组公开披露的化合物的体外DMPK实验和理化数据。 为测定提供的参考举例说明了用于产生数据的实验程序。

https://www.ebi.ac.uk/chembl/doc/inspect/CHEMBL3301361% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole guinea pig plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole dog plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole rat plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole mouse plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.Intrinsic clearance measured in human hepatocytes following incubation at 37C. Experimental range <3 to >150 microL/min/1E6 cells. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 1730-1736.Most basic pKa value (pKa B1) determined by absorption and potentiometric titration using standard methodology from Sirius Analytical. Experimental range Bases: >= 2.Second most acidic pKa value (pKa A2) determined by absorption and potentiometric titration using standard methodology from Sirius Analytical. Experimental range Acids: <= 11.

使用Sirius Analytical的标准方法通过吸收和电位滴定法确定的第三最基本pKa值(pKa B3)。 实验范围基数:> = 2。

第二最基本的pKa值(pKa B2)是使用Sirius Analytical的标准方法通过吸收和电位滴定法确定的。 实验范围基数:> = 2。

使用Sirius Analytical的标准方法,通过吸收和电位滴定确定最酸性的pKa值(pKa A1)。 实验范围酸:<= 11。


PDB配体

发布者:Protein Data Bank(PDB)分子:16826

PI:Dale R. Cameron博士,MCIC,P.Chem。

发布:8 / 3 / 2015

从PDB中提取配体信息,过滤以除去“聚合物”和其他相关的“非游离”配体以及金属或金属结合配体。 可能会在没有警告的情况下更新过滤过程。 数据按原样提供,没有其他管理或纠错。 到PDB的链接由RCSB PBD提供,可以引用为

HM Berman,J.Westbrook,Z.Feng,G.Gilliland,TN Bhat,H.Weissig,IN Shindyalov,PE Bourne(2000)蛋白质数据库核酸研究,28:235-242。

请向保管库管理员报告断开的链接,对其他数据的请求等。


EBOLA:埃博拉病毒的小分子抑制剂

发布者:纳迪亚的沙盒分子:55

PI:Nadia Litterman博士

发布:2 / 2 / 2015

这个共享的数据集包含来自文献的55小分子(至1月2015年为止),这些小分子具有针对埃博拉病毒和各种疾病模型的体外和/或体内活性。 我们包括了经验丰富的药物化学家的评估以及PAINS过滤的结果。 (这项工作已由纳迪亚·利特曼,克里斯托弗·利宾斯基和肖恩·埃金斯提交给F1000Research出版)。


供应商:Synthonix-建立更好的债券

发布者:http://www.synthonix.com分子:10286

发布:1 / 2 / 2015

Synthonix通过提供10286构件目录来帮助药用化学家突破药物发现的界限,使他们能够探索更具挑战性的化学空间,并扩大治疗潜在的重要治疗靶标的范围,以治疗世界上慢性病和可治愈的疾病。 Synthonix,Inc:919-875-9277; 普通电子邮件: [EMAIL PROTECTED]; Synthonix Ltd(欧洲办事处):办公室:+ 44 1223 597934; 电子邮件: [EMAIL PROTECTED]


问题:NIH化学探针

发布者:Probes Vault分子:319

PI:Christopher Lipinski

发布:11 / 12 / 2014

美国国立卫生研究院(NIH)已在壁画内和学术中心资助了HTS广泛的工作,估计超过576百万美元,以通过分子库筛选中心网络(MLSCN)和分子库筛选中心识别小分子化学探针或工具化合物。分子图书馆探针生产中心网络(MLPCN)。 对于要被选作探针的化合物,已经使用了基于效价,选择性,溶解性和可利用性的各种定义。 迄今为止,由美国国立卫生研究院(NIH)资助的学术筛选中心已经发现了超过300种化学探针。 该集合包括探针结构,靶标,反靶标,IC50值和其他参考。 它还包括各种药物相似性度量,包括由Chris Lipinski博士分配的“理想分数”,如“化学探针专家评估的计算预测和验证”所述。Litterman NK,Lipinski CA,Bunin BA,Ekins S J Chem Inf模型 (2014)


供应商:Azepine Ltd.积木收藏

发布者:Azepine Ltd.分子:600

PI:朱莉娅

发布:10 / 8 / 2014

600构建块,有现货供应,价格具有竞争力。 联系 [EMAIL PROTECTED]


NEU-CSIC-GSK激酶靶向的HTS

发布者:Pollastri Lab-东北大学分子:78

PI:Michael Pollastri

发布:9 / 25 / 2014

该数据集包含通过东北大学(Pollastri实验室),CSIC(Navarro实验室)和葛兰素史克·特雷斯·坎托斯实验室(发展中国家DPU疾病)之间的协作进行的高通量筛选的公开结果。 本文是Diaz等人的PLoS-NTD:

DOI:10.1371 / journal.pntd.0003253

欢迎联系 [EMAIL PROTECTED] 有问题


供应商:Vitas-M实验室库存HTS系列

发布者:Vitas-M实验室分子:388375

发布:7 / 11 / 2014

维塔斯M实验室有限公司 HTS化合物的库存量约为400 000个单个分子。 它们都可以以各种形式快速交付,包括毫克,微摩尔,干粉,DMSO溶液和干膜。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [EMAIL PROTECTED]


供应商:Vitas-M实验室构建基块

发布者:Vitas-M实验室分子:33297

发布:7 / 10 / 2014

维塔斯M实验室有限公司 有机构造块的集合包含超过33个000标识和测试的项目。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [EMAIL PROTECTED]


供应商:Vitas-M实验室支架

发布者:Vitas-M实验室分子:2898

发布:7 / 8 / 2014

维塔斯M实验室有限公司 脚手架的收藏(杜鹃花项目)。 合成类似毒品的小型图书馆的先进想法。 获得没有其他供应商提供的绝对新颖的化合物是最好的选择。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [EMAIL PROTECTED]


供应商:Vitas-M实验室碎片

发布者:Vitas-M实验室分子:18631

发布:7 / 8 / 2014

维塔斯M实验室有限公司 碎片收集(通过“ 3规则”的化学物质和其他特殊过滤器),用于基于碎片的药物发现。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [EMAIL PROTECTED]


供应商:Life Chemicals- GPCR库

发布者:生命化学分子:15948

PI:Alexandr Kucherak

发布:6 / 20 / 2014

相似性/药效基团搜索基于Sybyl-X提供的拓扑搜索。 第一步-相似性搜索假设将整个储备化合物与衍生自BindingeDB和ChemblDB的已知抑制剂进行比较。 第二步-已知抑制剂的3D结构的产生及其共比对。 该化学空间空间用作拟合其余“相似”化合物的模板。 但是,该方法是为“樱桃采摘”设计的,可以使用针对此类受体的虚拟筛选方法(腺苷,趋化因子,多巴胺,加巴胺,组胺,毒蕈碱,阿片类药物,鞘氨醇。 http://www.lifechemicals.com/


供应商:生命化学-相似激酶

发布者:生命化学分子:62467

PI:Alexandr Kucherak

发布:6 / 20 / 2014

使用MDL公钥和Tanimoto相似性截止值90%进行相似性搜索。 几乎所有在25生物学分析中测试过活性的168K参考化合物(超过100个不同的激酶靶标)都用于相似性搜索。 所有这些化合物都可以针对更具体的目标进行筛选,直至达到客户订单为止。 http://www.lifechemicals.com/


供应商:Life Chemicals-激酶对接

发布者:生命化学分子:15174

PI:Alexandr Kucherak

发布:6 / 20 / 2014

在Sybyl环境中基于虚拟对接准备了Kinase库。 为此目的,对一组激酶结构的结合位点(约20)进行了比对和分析。 这些重叠的位点通过Sybyl-X的Unity模块用于基于结构的药效团建模。 在所有准备工作之后,针对该多药效团模型筛选了整个3D储备液,最后进行了排名第一。 http://www.lifechemicals.com/


供应商:生命化学-核受体

发布者:生命化学分子:9896

PI:Alexandr Kucherak

发布:6 / 20 / 2014

生命化学品。 虚拟对接和相似性/药效团搜索。 http://www.lifechemicals.com/


供应商:生命化学-CNS库

发布者:生命化学分子:16535

PI:Alexandr Kucherak

发布:6 / 20 / 2014

文献中描述的CNS过滤器被用作我们整个库存的筛子。 如图所示,只有具有此类参数的化合物才能具有神经组织通透性的适当特征。 所有描述符都是从Sybyl的Spreadsheets和Volsurf模块获得的。 (MW 200 = 350 cLogP = <3.6 H键受体= <8 H键供体= <5 tPSA = <120可旋转键= <5 LogBB1 = -3.0至1.0)http://www.lifechemicals.com/


供应商:生命化学产品-类似于天然产物的图书馆

发布者:生命化学分子:7808

PI:Alexandr Kucherak

发布:6 / 20 / 2014

第一种方法是基于对描述符的统计分析。 以前,已经分析了一个大型的NP数据库,通过以树的形式排列它们来研究NP支架。 因此,进行了超过130 000 NP结构的特性分布分析,并确定了特定类别的天然化合物典型的亚结构,以生成通常存在于天然化合物中的一组片段。 此方法在CRC天然产物(DNP)和合成分子(SM)词典中进行了测试。 另一种方法是基于支架相似性评估。 为一个分子生成的原子签名(来自fragmnet)的数量等于组成该分子的原子数量。 每个原子签名独立地代表分子的结构特征/片段,并为其计算单个分数。 得分越高,原子数越多。 为了重现这种实验,我们使用了CDK-Taverna 2.0中已实现的模块化学开发套件。 它包含一个NP-likeness评分器v1.4.1,用于计算分子的天然产物(NP)相似度,即分子与已知天然产物所覆盖的结构空间的相似性。 对所有结果进行评分,范围从-3到+ 3。 http://www.lifechemicals.com/


供应商:生命化学品-筛选产品

发布者:生命化学分子:371998

PI:Alexandr Kucherak

发布:6 / 20 / 2014

精心设计的,新颖的,类似药物的小分子,具有5的Lipinski规则,并且偏离此参数集的唯一原因是独特的支架或非标准化学。 准备使用诸如PAIN的药用化学过滤器或任何以目标为重点的过滤器(溶解度,渗透性,BBB)。 http://www.lifechemicals.com/


供应商:生命化学产品-具有保证溶解度的碎片

发布者:生命化学分子:8241

PI:Alexandr Kucherak

发布:6 / 20 / 2014

通过用改良的“三元规则”过滤整个LC储备液来选择片段化合物。 片段已在分析实验室中进行了溶解度测试。 在DMSO中浓度为200mM时,可确保溶解度,并且75%的片段在7.5mM浓度下可溶于pH1缓冲液。 http://www.lifechemicals.com/


TB:文献中的体内小鼠功效

发布者:TB体内数据2分子:778

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

发布:4 / 10 / 2014

展望未来:预测小分子与结核分枝杆菌的体内功效。 在疾病的动物模型中,将疾病的体外选择和翻译转化为具有体内活性的分子是一项挑战,需要花费大量时间和金钱。 我们演示了使用由773化合物组成的机器学习分类模型(贝叶斯,支持向量机和递归分区)从体内有活性和无活性的化合物中学习。 贝叶斯模型预测了8之外的其他体内活性物质中不包含11的情况,该活性物质未包含在模型中作为外部测试集。 因此,治疗70年的Mtb数据可以提供统计上可靠的计算模型,以将资源集中在体内活性小分子抗结核药上。 这突显了在其他疾病中进行体内测试的经济有效的预测因子。 PMID:24665947


TB:TB Mobile 2的数据

发布者:TB Mobile 2.0更新分子:79

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发布:3 / 19 / 2014

从最新论文中选择的79化合物在TB Mobile中已针对该应用程序的2版本添加了一个或多个TB目标。 20个其他分子用作测试集。 论文已提交。


寄生虫:曼氏血吸虫的MMV疟疾框屏

发布者:CDIPD保险柜分子:400

发布:11 / 6 / 2013

曼氏血吸虫(感染后的幼虫)和成年人的全生物体筛查物,包括组成MMV疟疾框的400化合物(http://www.mmv.org/malariabox)。 仅针对成年人,测试了那些产生最严重表型与疟疾的疟疾“药物样”化合物。 数据也上传到ChEMBL。 请与UCSF寄生虫病发现和创新中心(www.cdipd.org/)联系Conor Caffrey([EMAIL PROTECTED]).


激酶:激酶催化活性(Theonie Anastassiadis在《自然生物技术》中的出版物)

发布者:激酶催化活性分子:178

PI:Theonie Anastassiadis

发布:8 / 30 / 2013

激酶催化活性

自然生物技术2011,十月30; 29(11):1039–1045。测试的库包含已知抑制所有主要蛋白激酶亚家族激酶的178化合物。为简单起见,在0.5 µM ATP存在下,所有化合物均以10 µM的浓度进行了测试。 尽管报导了这些化合物向其主要目标0.5 nM的平均IC50值,但仍选择了66 µM,以便捕获较弱的脱靶抑制活性。每个激酶抑制剂对均进行了重复测试,结果表示为平均底物磷酸化百分比溶剂控制反应(以下称为“剩余激酶活性”)。给出了每个激酶抑制剂对的平均剩余激酶活性。 激酶活性数据表示为与媒介物(二甲亚砜)反应相比,测试样品中剩余激酶活性的百分比。


结核病:更新药物和潜在客户的目标

发布者:结核病:具有靶点的药物和铅-更新分子:38

发布:6 / 14 / 2013

TB的最新文献中具有已知目标的已发表化合物已被用作TB Mobile App的更新

激酶:GSK发表的激酶抑制剂套装(PKIS)

发布者:Kinome2分子:364

发布:6 / 6 / 2013

GSK已发布的激酶抑制剂套装(PKIS)是一组367蛋白激酶抑制剂,已针对蛋白激酶家族活性进行了注释,可用于公共筛选工作。 可以在下面显示的链接中找到有关筛选集的详细信息。 ChEMBL数据库一直是该组生物测定数据的“理想去处”站点。 本着改善对重要数据的访问的精神,我们收集了ChEMBL善意提供的PKIS数据,并对其进行了处理,以便可以在此处通过协作药物发现(CDD)站点进行访问(就像我们之前为Kinase SARfari数据库)。

转移到CDD可以使数据更加“医学化学家”友好。 我们还整理了数据集。 例如,实际上只有364种化合物(某些重复是由于盐的形式或同一分子的替代名称)。 我们还尝试在可能的情况下对目标名称进行标准化(例如,对于来自UNC的数据集,激酶IKKA,IKKB和IKKE被称为IKK-alpha,IKK-beta,IKK-epsilon)。 并不是说我们是完美的……我们也感谢对数据集的任何更正!

总而言之,有些364化合物已针对225和0.1 uM的1目标进行了测试。 在此数据集中,只有一个协议,但是225目标在一个读数中列出。 浓度也是一种读数,因此很容易将搜索限制在以1和/或0.1 uM运行的屏幕上。

友情链接:

1)有关GSK PKIS的更多信息

http://www.maggichurchouseevents.co.uk/bmcs/Downloads/CBDD%20-%20Zuercher%20Bill.pdf

http://www.chordomafoundation.org/wp-content/uploads/2013/04/2013-Flanagan-Drewry.pdf

http://chembl.blogspot.co.uk/2013/05/pkis-data-in-chembl.html

2)CDD上的先前ChEMBL激酶数据

https://www.collaborativedrug.com/buzz/2013/04/04/kinome-sar-for-collaborative-drug-discoverers/

激酶:ChEMBL激酶SARfari化合物和生物测定数据


由...出版: CDD Vault 分子:54211

PI:CDD

发布:3 / 27 / 2013

ChEMBL上有价值的资源是Kinase SARfari,“一种专注于激酶的综合化学基因组学工作台。 该系统整合并链接了激酶序列,结构,化合物和筛选数据。 该数据库是非常有用的资源,可在广泛的测定方法中针对各种激酶提供大量的激酶活性化合物的SAR数据,其中许多是从文献中手动提取和整理的。 为了使该数据在CDD界面中可用,我们采用了Kinase SARfari的核心表,并将其与ChEMBL数据库中的另一个关键表合并,从而提供了一个字段,该字段描述了每个记录中使用的测定法,其细节比本地SARfari中的信息更为详尽。 。 现在,我们可以通过CDD接口使用此合并的数据集。 400激酶具有详细的体外数据。 此外,还发布了体内功能以及ADMET数据。


TB:ARRA

发布者:TB ARRA分子:1924

PI:鲍勃·雷诺兹

发布:3 / 15 / 2013

来自SRI(Bob Reynolds)和Scott Franzblau小组的数据-Ekins等人提交的论文。

以前的SRI筛选中的命中被用来在供应商库中寻找相似的化合物,并在一系列接受筛选的新药物发现候选品筛选中进行了聚类和体外测试。 这些化合物还用作先前生成的具有生物活性和细胞毒性信息的贝叶斯模型的测试集。


TB:GSK

发布者:TB GSK分子:177

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

发布:2 / 8 / 2013

来自Ballell等人的论文ChemMedChem 2013的补充数据,“正在推动开源药物的发现:177小分子抗结核”

原始数据集托管在https://www.ebi.ac.uk/chemblntd上,仅显示M.tb数据,但ChEMBL上提供了更多的BCG数据


三角锥:南美锥虫病文献化合物

发布者:查加斯公共数据分子:531

发布:12 / 21 / 2012

针对已发表的文献中体外或体内针对克鲁氏锥虫测试的531分子,设计了化合物结构和文献参考。


TRYPANOSOME:针对人类非洲锥虫病(HAT)的特定化学系列的优化

发布者:查加斯公共数据分子:5559

发布:12 / 12 / 2012

SCYNEXIS Inc作为DNDi HAT Lead Optimization Consortium的成员,开发并筛选了具有抗布鲁氏杆菌活性的4926化合物。 包括针对布鲁氏布鲁氏菌的化合物结构和体外活性数据。 对于一部分34化合物,针对相关的真核寄生虫T. brucei rhodesiense,L。donavani和P. falciparum的细胞毒性数据和活性。 所有已报道的化合物系列都不再开发HAT,因为发现它们的选择性差或与体内活性不兼容的特性。 http://www.dndi.org/diseases-projects/open-innovation/1011-hat-001


TRYPANOSOME:DNDi-芬那莫尔系列的优化治疗南美锥虫病

发布者:查加斯公共数据分子:743

发布:12 / 9 / 2012

包括Epichem,默多克大学和CDCO在内的DNDi主管优化协会开发并筛选了基于植物杀菌剂芬那莫尔的SAR系列。 DNDi在ChEMBL-NTD中公开了该系列6化合物的公开化合物结构,克鲁氏梭菌活性数据和L-743细胞毒性数据。 化合物和生物学测定数据包括在CDD Public中。 http://www.dndi.org/diseases-projects/open-innovation/1012-chagas-001


TRYPANOSOME:广泛的主要HTS来识别T.Cruzi复制的抑制剂

发布者:查加斯公共数据分子:303230

发布:12 / 6 / 2012

Broad Institute在稳定表达与宿主细胞小鼠成纤维细胞NIH303,224T3共培养的稳定表达β-半乳糖苷酶报告基因的克氏锥虫重组图拉胡恩菌株中,一式两份地对3化合物进行了高通量筛选。 在4,394命中中,进一步评估了4,063的抑制活性和宿主细胞毒性。 最后,选择27化合物作为潜在的探针化合物并进行进一步验证。 来自初步筛选和随后的次要分析的数据已保存在PubChem中。 CDD Public中包含了来自PubChem的初次筛选和六个次要分析的化合物和生物学分析数据。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21634083


TB:Guzman等,M.tb。 MurE连接酶抑制剂

发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:8

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发布:12 / 6 / 2012

来自以下结核病出版物的基于全细胞和靶标的筛选数据:Guzman JD,Gupta A,Evangelopoulos D,Basavannacharya C,Pabon LC,Plazas EA,MuñozDR,Delgado WA,Cuca LE,Ribon W,Gibbons S,Bhakta S. J抗微生物化学试剂。 2010十月; 65(10):2101-7。 哥伦比亚植物天然产物的抗结核病筛查:3-甲氧基正氨苯丁胺,结核分枝杆菌MurE连接酶的抑制剂。


供应商:NIH Clinical Collection 2阵列(281个分子)

发布者:NIH Clinical Collections分子:281

PI:项目经理:Mei Steele

发布:11 / 21 / 2012

NIH Clinical Collection 2是具有在人类临床试验中使用的历史的281小分子镀膜阵列。 该馆藏是由美国国立卫生研究院(NIH)通过分子图书馆路线图倡议组织的,是其使命的一部分,以使化合物筛选能够在生物医学研究中使用。


供应商:NIH Clinical Collection阵列(446个分子)

发布者:NIH Clinical Collections分子:446

PI:项目经理:Mei Steele

发布:11 / 21 / 2012

NIH Clinical Collection是446小分子的镀膜阵列,具有在人类临床试验中使用的历史。 该馆藏是由美国国立卫生研究院(NIH)通过分子图书馆路线图倡议组织的,作为其使命的一部分,以使复合筛选能够在生物医学研究中使用。


TB:具有目标的药物和潜在客户-移动应用中使用的数据

发布者:移动应用程序的SRI分子和目标分子:707

发布:10 / 23 / 2012

精选了具有体内必需性的结核病靶点的更新数据

来自TBDB,Biocyc,Metacyc,PDB和Pubmed的信息以及

斯坦福研究所的Malabika Sarker的其他参考。

约翰·霍普金斯大学的Gyanu Lamichhane提供了必要条件

information.ref.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22477069

在移动设备上浏览此数据集:https://itunes.apple.com/app/tb-mobile/id567461644


毒物:按肝毒性分类的药物和化学药品

由...出版: CDD Vault 分子:83072

PI:CDD

发布:7 / 16 / 2012

辉瑞公司(Hu 2008)以前已经根据肝毒性的临床数据分类了一系列药物和化学药品,以评估体外人肝细胞成像测定技术(HIAT),从而使75%与临床肝毒性。 通过贝叶斯模型在计算机模拟预测中使用了不会或不会引起药物诱发的肝损伤(DILI)的相同化合物数据集以及分子描述符。


TB:具有针对TB的全细胞活性的SRI分子

发布者:SRI Group Vault分子:23

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

发布:4 / 24 / 2012

在Pharm Res中评估分子。 2012 4月4。 PMID:22477069

结合化学信息学方法和途径分析,鉴定具有抗结核分枝杆菌全细胞活性的分子。

Sarker M,Talcott C,Madrid P,Chopra S,Buinin BA,Lamichhane G,Freundlich JS,Ekins S.


疟疾:MMV疟疾框

发布者:公众:疟疾框分子:400

发布:3 / 29 / 2012

来自MMV疟疾箱的分子,ChEMBL-NTD(https://www.ebi.ac.uk/chemblntd):MMV疟疾箱,Simon Macdonald,Paul Willis,Paul Kowalczyk,Thomas Spangenberg,Jeremy Burrows和Tim Wells。 疟疾风险药物(MMV),PO Box 1826,20,rédePré-Bois,1215 Geneva 15,瑞士和SCYNEXIS Inc.的药品。PO Box 12878研究三角公园,北卡罗莱纳州27709-2878美国。

已针对3D7(对氯喹(CQ)敏感,但对恶性疟原虫耐磺胺多辛的菌株)体外筛选了疟疾盒中的所有化合物,并在人胚胎肾细胞系(HEK-293)上进行了细胞毒性试验。 对于恶性疟疾数据,数据以nM表示为EC50。


ADME:ADMEdata.com-高质量ADME数据的商业存储库

发布者:G2 Research ADMEdata.com分子:1760

PI:乔治·格拉斯

发布:1 / 13 / 2012

例如:Caco-2渗透性,5pH值的平衡溶解度,蛋白质结合人,蛋白质结合大鼠,兔肠渗透性,人血浆分配和血细胞比容。 有关完整的数据集和模型,请直接联系Pharm.D。的George Glass。 博士 [EMAIL PROTECTED] (通过CDD分发)


供应商:孔砌块集合

由...出版: CDD Vault 分子:29241

PI:CDD

发布:1 / 13 / 2012

Porse File Chemical Co.致力于开发用于药物发现的定制新型化合物合成,并提供具有竞争力的价格和优良品质的广泛产品系列。 当前的化合物是吗啉,哌啶,哌嗪,嘧啶,氨基酸和API家族中1554新的各种化合物和结构单元的选定子集。 www.porsefinechemical.com, [EMAIL PROTECTED] +86-20-28069055


寄生虫:曼氏血吸虫血吸虫病:微源光谱和杀手级收藏

发布者:Brian Suzuki的Sandbox分子:119

发布:10 / 5 / 2011


曼氏血吸虫血吸虫:微源谱和杀手集合的表型筛选。

PI:Conor R. Caffrey

发布:10 / 5 / 2011

CDD:公共数据119点击

作为在UCSF桑德勒药物发现中心发现新的抗寄生虫药物的重新定位(重新定位)策略的一部分,我们针对引起传染性热带病的血吸虫病开发了部分自动化的全生物(表型)筛选,血吸虫病。 我们筛选了上述集合中的1,260种化合物,其中包括药物,类药物化合物,天然产物和其他化合物。 我们报告使用简单的描述符表达曼氏血吸虫的幼虫阶段(血吸虫)的表型改变,以传达寄生虫对复合污染的多重和动态响应。 表型反应的完全量化正在进行中。 给出的数据仅与“命中”化合物有关; 可以从Microsource Discovery Systems Inc.获得相应集合中化合物的完整列表。 [EMAIL PROTECTED] 更多细节。 血吸虫病的药物发现:通过中通量表型筛选在已知药物库中鉴定出命中和先导化合物。 阿卜杜拉MH,鲁埃拉斯DS,沃尔夫B,Snedecor J,林KC,徐F,伦斯洛AR,威廉姆斯J,麦考罗JH,卡弗里CR。 PLoS Negl Trop Dis。 2009 7月14; 3(7):e478.PMID:19597541


TB:SRI激酶库表型筛选

由...出版: CDD Vault 分子:23823

PI:CDD

发布:8 / 29 / 2011

激酶靶点正在超越多种疾病的追求

癌症,包括免疫和代谢以及病毒,寄生虫,

真菌和细菌。 特别是最近

对分枝杆菌中激酶和ATP结合靶标的兴趣

结核病以鉴定抑制剂和潜在药物

当前药物方案未靶向的必需蛋白。

在此,我们报告了针对目标人群的高通量筛选结果

基于当前激酶抑制剂支架和已知激酶结合位点设计的大约26,000化合物文库。 本文提供的表型数据可以构成基础,用于选择支架/化合物以进一步针对结核分枝杆菌中的特定激酶或其他ATP结合靶标进行酶促筛选,基于对整个细菌的体外表观活性.PMID:21708485

结核病(爱丁堡)。 2011 Jun 25。 [Epub提前发布]

版权所有©2011 Elsevier公司保留所有权利。

有关更多详细信息,请联系Melinda Sosa: [EMAIL PROTECTED]

高通量筛选基于激酶抑制剂的文库

抗结核分枝杆菌H37Rv的支架。

雷诺(Reynolds)RC,安南斯坦(Ananthan S),法莱欧拉(Faaleolea)E,霍布拉斯(Hobrath)合资公司,w CD,马多克斯(Maddox)C,拉斯穆森(Rasmussen)L,索萨(Sosa)密西西比(Thammasuvimol E),白EL,张W,西克莉斯JA 3rd。

资料来源:南方科学研究所,2000第九大道南,

美国,AL 35205,伯明翰。


FDA批准:NCGC药品收藏(NPC)V1.1.0

发布者:NCGC Pharmaceutical Collection NPC V1.1.0分子:14579

PI:Noel Southall

发布:8 / 8 / 2011

NCGC药品收藏:全面的临床批准药物资源,可实现再利用和化学基因组学。 Huang,R.,Southall,N.,Wang,Y.,Yasgar,A.,Shinn,P.,Jadhav,A.,Nguyen,D.,Austin,C.Sci Transl Med 27 April 2011:Vol。 3,第80期,p。 80ps16。

http://stm.sciencemag.org/content/3/80/80ps16.abstract


供应商:带有定价信息的BioBlocks目录

发布者:BioBlocks分子:2971

PI:道格·墨菲

发布:8 / 3 / 2011

2989种化合物。

BioBlocks提供了超过2200个支架,构建基块和片段的重点收藏,这些支架已被预先鉴定为药物成分。 这些化合物中的大多数是由BioBlocks独特提供的,已发现其应用范围从药物开发的中间体到肽化学中的氨基酸替代物。

有关BioBlocks构建块的最新详细信息,请访问www.bioblocks.com。


TOX:药物性肝损伤数据(DILI)

发布者:BBB分子:519

发布:4 / 29 / 2011

药物性肝损伤数据-训练集是Jim Xu的实验数据,测试集代表文献数据。

发表在《药物代谢研究》上。 2010 Dec; 38(12):2302-8。 Epub 2010 Sep 15。 基于预测性配体的贝叶斯模型,用于人类药物诱发的肝损伤。

埃金斯S,威廉姆斯AJ,徐继杰。

TB:体内必需基因的目标数据库


发布者:SRI TB目标数据库分子:314

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发布:4 / 21 / 2011

针对结核病靶标的数据具有来自TBDB,Biocyc,Metacyc,PDB和Pubmed的体内必需性信息,以及斯坦福研究院的Malabika Sarker博士整理的其他参考资料。 约翰·霍普金斯大学的Gyanu Lamichhane博士因提供必要性信息而受到公认。

**请注意,没有与该数据集相关的小分子**


供应商:Enamine代表性多元筛选库

发布者:Enamine分子:200000

PI:Dmytro Mykytenko

发布:4 / 12 / 2011

原始200K多样化筛选库是专门为协作药物生成的

全球最大的商业筛选化合物库存中的发现用户

(超过1.7 M种)。 该库具有独家的类药物化合物和精致的ADME

属性。 我们的高品质复合材料可以精心挑选并立即提供

不同的格式。


FDA批准重新定位:使用HTS方法重新定位的药物

发布者:体外重用分子:109

发布:3 / 18 / 2011

使用HTS方法鉴定出新用途的药物。 该表大大扩展了先前发布的版本:“ Ekins S,Williams AJ,Krasowski MD,Freundlich JS。对已批准的罕见病和被忽视疾病的药物进行计算机重新定位。今天2011,三月1。PMID:21376136 doi:10.1016 / j.drudis .2011.02.016该表列出了分子,旧用途/目标,新用途/目标,如何发现和引用。

缩写:CCR5,趋化因子受体5; DHFR,二氢叶酸还原酶; DOA,滥用药物,FDA,食品和药物管理局; GLT1,谷氨酸转运蛋白1; HSP-90,热激蛋白90; JHCCL,约翰·霍普金斯临床化合物图书馆; Mtb,结核分枝杆菌; NK-1,神经激肽-1受体; OCTN2。


FDA批准重新分配:孤儿指定的产品

发布者:罕见疾病重用分子:76

发布:3 / 18 / 2011

FDA表2-来自FDA资源,罕见病研究数据库(RDRD),其中列出了具有至少一个市场营销的孤儿指定产品(http://www.fda.gov/ForIndustry/DevelopingProductsforRareDiseasesConditions/HowtoapplyforOrphanProductDesignation/ucm216147.htm)批准用于罕见疾病的适应症。 埃金斯和威廉姆斯(提交的论文)对该数据进行了分析。


FDA批准重新分配:孤儿指定的产品

发布者:罕见疾病重用分子:105

发布:3 / 18 / 2011

FDA表1-来自FDA资源,罕见病研究数据库(RDRD),其中列出了具有至少一个市场营销的孤儿指定产品(http://www.fda.gov/ForIndustry/DevelopingProductsforRareDiseasesConditions/HowtoapplyforOrphanProductDesignation/ucm216147.htm)批准常见疾病适应症。

FDA没有将数据与分子结构相关联。


供应商:科罗拉多州药物发现中心试点图书馆

发布者:C2D2公共分子:2240

PI:Greg Miknis,副总监

发布:3 / 7 / 2011

该文库包含结构多样的小分子,它们符合类似药物的标准。 代表了几种化学型,并且该文库旨在适用于多种潜在靶标。

要请求有关收藏的信息,请发送请求至 [EMAIL PROTECTED]


LIPID:脂质映射结构数据库

发布者:Lipid Maps数据库分子:22215

PI:Lipidomics网关

发布:2 / 11 / 2011

脂质图(http://www.lipidmaps.org/)结构用5常见离子(H +,2H ++,K +,Na +,NH4 +)注释,包括哺乳动物脂肪酰基,甘油脂,甘油磷脂,鞘脂,固醇脂和烯醇脂。 可通过结构和分子量搜索结构和离子,以帮助鉴定新型脂质。


结核分枝杆菌

发布者:虚拟代谢物分子:274

发布:11 / 5 / 2010

274药物的数据集(已在美国和欧洲批准用于人类使用),由Kinnings等人的出版物《 PLoS计算生物学》第6卷:e1000976(2010)

药物与PDB中的至少一种结构共结晶,该数据集可与CDD中的其他TB筛查数据集一起使用,以确定哪些批准的药物对Mtb具有活性(来自文献。

TB:文献中非复制型Mtb的抑制剂


发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:26

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发布:10 / 28 / 2010

来自已发表论文的结构和数据:

Darby and Nathan J Antimicrob Chemother 2010:65:1424-1427

Bryk等人,Cell Host and Microbe 2008:3:137-145

Lin等,Arch Biochem Biophys。 2010 501:214-220

Lin et al。,J Biol Chem 2008:283:34423-34431

de Cavalho等人:J Med Chem 2009:52:5789-5792

Lin等人,《自然》 2009:461:621-626


供应商:Astatech,Inc.积木收藏

发布者:Astatech,Inc.分子:6140

发布:10 / 15 / 2010

AstaTech,Inc.提供先进和新颖的中间体,以促进药物发现过程。 我们的广泛选择包括结构单元,新型胺,受保护的胺,非天然氨基酸,酮,醛,杂环,等角酸酐,硼酸和手性中间体。 联系 [EMAIL PROTECTED] 用于订购信息。


供应商:Chemik 2010目录

由...出版: CDD Vault 分子:3889

PI:CDD

发布:10 / 5 / 2010

Chemik已成功帮助惠氏(Wyeth)等药物发现公司开展了早期项目。 我们提供从克到数吨的原料和关键中间体。 凭借10在这一领域的多年经验,我们可以帮助客户在4-6周内开发出具有竞争力的价格,优质的产品和持续的服务的新中间体。


疟疾:菲和蒽氨基醇

由...出版: CDD Vault 分子:35

PI:CDD

发布:9 / 21 / 2010

卤素取代的蒽和菲N-二烷基和单烷基取代的氨基醇盐酸盐在小鼠中的抗疟数据与伯氏疟原虫的关系。 二十七种化合物显示出活性(平均生存时间增加> 6天); 八个化合物可治愈(IMST> 60天)。 该表包括PubMed ID,以获取详细信息和综合信息。


TB:BCG / MTB活动

发布者:诺华公司:TB数据分子:283

PI:Srinivasa Rao

发布:9 / 15 / 2010

有氧BCG活性(MIC50)-274化合物

有氧MTB活性(MIC50)-283化合物

无氧BCG ATP活性(IC50)-283化合物

厌氧MTB ATP活性(IC50)-283化合物

细胞毒性(CC50)-223化合物关键词:结核分枝杆菌,牛分枝杆菌,结核


疟疾:JHU JHCCL恶性疟原虫抑制

发布者:Johns Hopkins-Sullivan(2008)分子:2693

发布:6 / 4 / 2010

2663 microM对10批准药物的抑制百分比

TB,疟疾:GSK疟疾流行的贝叶斯预测


发布者:GSK数据贝叶斯模型(Ekins等)分子:13355

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发布:5 / 28 / 2010

使用贝叶斯模型(由Ekins等人,Mol BioSyst 465:305-310(2010))对GSK疟疾发病率的预测(由Gamo等人,Nature 6:840-851(2010))。

活动的截止点(220,000模型> 0.31,2,200模型> -1.37在整个单元格屏幕中被分类为活动对象)。

疟疾:圣裘德儿童研究医院全细胞疟疾数据集


发布者:圣裘德-疟疾/锥虫生物活性分子:1524

PI:基普·盖伊

发布:5 / 26 / 2010

由St. Jude CRH(Guiguemde,W等人,《恶性疟原虫的化学遗传学》,自然465,311-315(20 5月2010))出版的《自然》杂志的补充数据,包括在主屏幕中测试的1524结构,以及其他数据共有八种方案:Bland-Altman分析,计算出的ADMET属性,光化学生成筛选,灵敏度,协同作用和酶含量测定,以及热熔体分析。


疟疾:诺华GNF-Pf数据集

发布者:诺华疟疾分子:5695

发布:5 / 21 / 2010

在基于红细胞的感染试验中测试了从MR3获得的恶性疟原虫菌株7d2(药物敏感)和W4(耐氯喹,奎宁,乙胺嘧啶,环鸟嘌呤和磺胺多辛),对通过抑制红细胞增殖的敏感性进行了测试。选择的化合物。


供应商:ASINEX新型抗疟疾筛查套装

发布者:ASINEX分子:1

PI:Mark Parisi

发布:5 / 20 / 2010

机密数据集:594 ASINEX的新型化合物。 请参阅详细说明ASINEX设计的附件。

访问:新的CDD用户-您的注册将在批准访问数据集之前通过批准过程。 现有CDD用户-请联系 [EMAIL PROTECTED]


供应商:ASINEX Tres Cantos(GSK)抗疟亚种

发布者:ASINEX分子:278

PI:Mark Parisi

发布:5 / 20 / 2010

278 ASINEX主动抗疟疾数据与GSK数据匹配。

可供立即筛选。相应的数据集是ASINEX专有和拥有的。有关更多信息,请联系Mark Parisi:电子邮件: [EMAIL PROTECTED]

电话:1-877-ASINEX1

传真:1-336-721 1618-


疟疾:Tres Cantos抗疟疾套装(TCAMS)

发布者:GSK反疟疾数据分子:13471

PI:哈维尔·加莫

发布:5 / 19 / 2010

在GlaxoSmithKline筛选库中筛选了大约2百万种化合物,鉴定出超过了13,500恶性疟原虫在人红细胞中增殖的2抑制剂。 该工作是在西班牙Xevera 28760,Severa Ochoa XNUMX,GlaxoSmithKline的Tres Cantos医学开发园区进行的。

TB:Sacchettini等。 等 评论-其他抗结核药

发布者:PK分子:18

发布:2 / 5 / 2010

来自Sacchettini JC,Rubin EJ和Freundlich JS药物中图1的未经批准的抗结核药与臭虫的关系:追求持久的捕食者结核分枝杆菌,《自然评论微生物学》,6,41-52(2008)。


TB:结核小分子专利数据

发布者:TB专利数据分子:20775

PI:协作药物发现

发布:1 / 27 / 2010

美国专利商标局,欧洲专利局和世界知识产权组织提供的有关结核病研究的结构和专利信息。


TB:Makarov等,NM4TB联盟

发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:32

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发布:1 / 21 / 2010

1,3-苯并噻嗪-4-ones(BTZ)的结构活性关系数据。 由Makarov等人,2009及其同事在NM4TB联盟(PMID:19299584)的《科学》杂志上发表的论文“通过阻断阿拉伯合成来杀死苯并噻嗪酮杀死结核分枝杆菌”获得的数据。


供应商:TimTec分集

发布者:TimTec分子:9998

PI:供应商

发布:1 / 5 / 2010

10,000多种药物样化合物的筛选库


供应商:TimTec OGT抑制剂类似物SET

发布者:TimTec分子:334

PI:供应商

发布:1 / 5 / 2010

O-GlcNAc转移酶抑制剂类似物SET


供应商:TimTec ActiTarg-K,激酶调制器

发布者:TimTec分子:6212

PI:供应商

发布:1 / 5 / 2010

ActiTarg-K可对6,000化合物进行计数,从而提供了高价值的药物样分子筛选库,可用于识别新型蛋白激酶抑制剂的合成方向

供应商:TimTec天然产物衍生物库

发布者:TimTec分子:3001

PI:供应商

发布:1 / 5 / 2010

TimTec的NDL-3000天然衍生物


供应商:TimTec天然产品库

发布者:TimTec分子:479

PI:供应商

发布:1 / 5 / 2010

TimTec的NPL纯天然产品


供应商:筛选库

发布者:AsisChem分子:43121

发布:10 / 26 / 2009

超过40,000种类似药物的小分子化合物的集合可用于您的自定义选择。 所有化合物的库存量最高为25mg。


供应商:构建基块

发布者:AsisChem分子:176

发布:10 / 26 / 2009

可用于药物发现的化合物的集合。 如果没有库存,则所有化合物都将在几周内上市,其数量最多为10克。


TB:TAACF-NIAID CB2库

发布者:南方研究院分子:102634

PI:Robert Goldman

发布:9 / 30 / 2009

筛选具有抑制结核分枝杆菌菌株H37Rv生长能力的商业(ChemBridge)化合物库的结果。 参见PMID:19758845


TB:EthR抑制剂(Willand等)

发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:5

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发布:9 / 28 / 2009

转录抑制因子EthR的药物样抑制剂。 Willand等人的分子和数据Nature Medicine 15:537-544(2009)PMID:19412174


VENDOR,ADME:来自一组结构多样的商业药物的基准数据。

发布者:NM4TB:Karlen Group网站分子:24

PI:安德斯·卡伦(Anders Karlen)

发布:6 / 11 / 2009

在瑞典市场上对药物进行多变量分析是选择少量物理化学上不同的24药物化合物的基础。 选择时考虑了诸如结构多样性,商业可用性,价格以及合适的定量分析技术等因素。 对于编译的数据集,测量了跨人Caco-2细胞单层的亲脂性,pKa,溶解度和通透性。 我们期望该数据集可以用作验证新实验技术或计算机模型的基准集。 它也可以用作开发新计算模型的各种初始数据集。

数据取自:

介绍结构上多样且可商购的药物数据集,以进行相关性和基准研究。

SköldC,Winiwarter S,Wernevik J,BergströmF,EngströmL,Allen R,Box K,Comer J,Mole J,Hallberg A,LennernäsH,Lundstedt T,Ungell AL,KarlénA.

J Med化学 2006十一月16; 49(23):6660-71。


TB:已发表文献的吸收数据

发布者:CDD:TB精选文学分子:24

发布:5 / 28 / 2009

参考文章中的TB吸收数据

2'-O- [N-(水杨酰基)氨磺酰基]腺苷的5-三唑取代的类似物对铁载体生物合成的抑制:对结核分枝杆菌有效的抗菌核苷。

古普特(A.) 夏威夷州,博肖夫; DJ威尔逊; Neres,J .; Labello,NP; RV索姆; 邢丙; CE,Barry; CC,奥尔德里奇

J Med Chem(2008)卷51,否23,pp 7495-7507渗透率数据。


TB:公开文献中的药代动力学数据

发布者:CDD:TB精选文学分子:28

发布:5 / 28 / 2009

TB药代动力学数据来自已发表的文献资料。 28以及常见化合物的SAR数据。

数据包括PubMed引文,靶标,测试的细胞和生物,生物利用度,Vm,Vd,Cmax等。


TB:已发表文献的毒性数据

发布者:CDD:TB精选文学分子:638

发布:5 / 28 / 2009

TB毒性数据来自已发表的文献资料。 638的SAR数据以及PubMed参考文献中的常见化合物。

数据包括PubMed引文,靶标,细胞和生物的睾丸,细胞活力,LD50,CC50,MNTD等。


TB:已发表文献的疗效数据

发布者:CDD:TB精选文学分子:6768

发布:5 / 28 / 2009

TB功效数据来自已发表的文献资料。 6771的SAR数据以及300 PubMed参考文献中的常见化合物。

数据包括PubMed引文,靶标,细胞和生物的睾丸,MIC,抑制百分数,EC50-EC100,IC50等。


TB:MLSMR

发布者:南方研究院分子:214507

PI:Robert Goldman

发布:5 / 8 / 2009

由分子库小分子储存库(MLSMR)收集的超过200,000种化合物的多样化集合已提供给2008春季的Southern Research分子库筛选中心,用于针对Mtb H37Rv的初步测试。 从该初次筛选中选择最具活性的化合物,并在针对H10Rv的剂量反应测定以及使用Vero细胞的细胞毒性反筛选中以37浓度进行测试。


疟疾:约翰霍普金斯大学临床化合物图书馆

发布者:Johns Hopkins-Sullivan(2008)分子:1878

发布:4 / 28 / 2009

以10μM的浓度筛选药物。 将对氯喹敏感的3D7或多药耐药Dd2的同步环阶段寄生虫培养在含有1640%人血清的RPMI 10培养基中,并在存在药物和[48H]-次黄嘌呤的情况下孵育96或3 h。 96孔板在0.2%的寄生虫血症和0.2-2%的血细胞比容下每孔有4 mL的培养物,在10,000 h处产生大约48 cpm的放射性掺入信号,在20,000 h处产生96 cpm的放射性掺入信号,背景计数小于500 cpm。 筛选实验一式两份进行,抑制百分比报告为两次实验的平均值。


TB:文献评论

发布者:结核病文献数据分子:49

PI:Ballel等。

发布:4 / 17 / 2009

结核SAR数据汇总在对结核分枝杆菌有活性的药物的调查中,包括具有已知和未知作用方式的药物(Ballel等人,“新型小分子合成抗分枝杆菌药物”,载于抗菌剂和化学疗法,六月2005)。 使用TubercuList / TBDB /其他目标链接和改进的参考更新了4 / 17。


TB:Sacchettini等,评论

发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:14

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发布:2 / 18 / 2009

来自Sacchettini JC,Rubin EJ和Freundlich JS的表1和2的一线和二线抗结核药药物与bug:追求持久的捕食者结核分枝杆菌,《自然评论微生物学》,6,41-52(2008)。


供应商:IUPUI-分布式药物发现(D3)公共数据

发布者:IUPUI-D3枚举73K N-AcylAA-OH,-OMe,-NH2分子:48818

PI:MJ O'Donnell和WL Scott

发布:1 / 1 / 2009

酰化非天然氨基酸及其甲酯的开放式虚拟目录。 我们鼓励我们的同事就分布式药物发现项目和合成方法的兴趣与我们进行交流,这在《组合化学杂志》(印刷中)中的三篇论文中进行了介绍。


供应商:ASINEX构建基块

发布者:ASINEX分子:6745

PI:Mark Parisi

发布:12 / 23 / 2008

像Building Blocks之类的药物,如果您正在考虑潜在顾客优化计划,那么我们的Building Blocks可能恰恰是您所要的。


寄生虫:气味

发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:228

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发布:12 / 21 / 2008

气味的分子和结构名称数据摘自Roman Kaiser所著的一本书,这是Wiley-VCH在2006中出版的“世界各地有意义的气味”。 分子编号与其在书中的编号有关。


TOX:toxcast

发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:306

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发布:12 / 18 / 2008

可从http://www.epa.gov/ncct/dsstox/DataFiles.html获得EPA化合物(主要是杀虫剂)的Toxcast库

http://www.epa.gov/ncct/toxcast/


FDA批准的TOX:建议的最大每日剂量

发布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:1215

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

发布:12 / 10 / 2008

FDA数据库,其中包含超过1200种药物的建议最大每日剂量值。 该数据集表示在以下出版物Matthews,EJ等人,Current Drug Discovery Technologies,1(1):61-76中使用的一些分子。 (2004)


供应商:针对当前医疗保健需求的印度草药传统

发布者:Falguni Dasgupta:个人数据编译分子:37

PI:Falguni Dasgupta

发布:10 / 30 / 2008

参照现代观点讨论了印度药用植物及其提取物的传统用法,目的是找到共同点,重新评估权利要求并根据法规要求在医疗保健领域创造机会,并寻找“新药”的领导者。 ”


寄生虫:Sandler-UCSF Celera半胱氨酸蛋白酶抑制剂文库

发布者:McKerrow集团分子:1860

PI:Jim McKerrow

发布:10 / 23 / 2008

体外克氏锥虫和布氏锥虫寄生虫和特定的酶筛选。


FDA批准:批准药品

发布者:约翰霍普金斯大学临床化合物库分子:2815

PI:David Sullivan

发布:10 / 16 / 2008

FDA批准了具有明确分子结构的药物,包括Physicians'Desk Desk Reference中的763分子,DrugBank中的780,Orange Book 1151中的2007和Chris Lipinski博士的FDA名单中的1007


供应商:ASINEX GPCR重点库

发布者:ASINEX分子:3502

PI:Mark Parisi

发布:10 / 2 / 2008

高品质的例外药物,例如面向GPCR的药物,以折扣价出售给CDD社区。 该库结合了我们的药物化学专业知识和我们从文献中鉴定特权片段并以前所未有的方式组装它们的能力。


GPCR:PDSP Ki数据库

发布者:PDSP Ki Ki数据库分子:20026

PI:布莱恩·罗斯(Bryan Roth)

发布:9 / 16 / 2008

来自NIMH精神药物筛查程序(PDSP)数据库的针对47,000 GPCR目标的超过699 Ki值


供应商:ASINEX Synergy库

发布者:ASINEX分子:25008

PI:Mark Parisi

发布:4 / 26 / 2008

ASINEX开发了一个新的高多样性文库,其中包含类似药效团片段的药物。 库的设计基于两种形式的Synergy。 第一个是各种定向技术之间的相互关系,第二个涉及多步关键中间体(6-9步骤)的融合,以创建复杂的化合物。 有关更多详细信息,请参见下面的PDF。


TOX:具有已知毒性概况的公共数据的结构

发布者:具有已知毒性分布的结构分子:135

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

发布:3 / 28 / 2008

已知化合物的组织特异性毒性概况与参考文献


混杂抑制剂:Shoichet发表了混杂抑制剂

发布者:Shoichet发表了混杂抑制剂分子:111

PI:Brian Shoichet

发布:3 / 26 / 2008

聚集体通过水溶液中有机分子的自缔合产生“假阳性”


TOX:加州大学戴维斯分校-Hammock的公共数据

发布者:UC Davis-吊床分子:714

PI:布鲁斯·汉莫克

发布:3 / 17 / 2008

可溶性环氧化物水解酶(sEH)的抑制剂-这些酶具有3的主要功能:解毒,分解代谢和调节信号分子。


疟疾,TRYPANOSOME:圣裘德公共数据

发布者:圣裘德-疟疾/锥虫生物活性分子:2426

PI:基普·盖伊

发布:3 / 5 / 2008

来自圣裘德儿童研究医院Kip Guy实验室的开放获取结果,其中包括针对疟疾和布鲁氏杆菌的生物活性物质的HTS


疟疾:Drexel公共数据

发布者:Drexel大学分子:195

PI:让-克洛德·布拉德利

发布:3 / 2 / 2008

双方之间正在进行的开放数据协作的结果

Drexel(Ugi-4CC产品)和UCSF(动物筛查)。 该数据集代表研究人员如何选择公开发表选定结果的一个示例。 (相反,默认情况下,所有组都是私有的。)


疟疾:美国陆军调查

发布者:美国陆军疟疾文献调查分子:12318

发布:2 / 29 / 2008

广泛收集了抗疟药动物SAR数据,包括化学结构,生物活性数据,药理学数据和毒性数据(最初由美国陆军在1946中以“疟疾药物调查”发布)


疟疾:PlasmoDB

发布者:UPenn-疟疾文献数据分子:120

PI:David Roos

发布:2 / 19 / 2008

从文献中汇编的疟疾抑制剂的PlasmoDB包括化学结构,PlasmoDB基因标识符,目标基因名称以及针对恶性疟原虫,间日疟原虫,伯氏疟原虫,约氏疟原虫,查巴迪疟原虫,vinckei petteri的参考文献


疟疾:天然产物(NPPDB)

发布者:国家天然产物研究中心分子:426

PI:Babu Tekwani

发布:2 / 15 / 2008

黄酮天然产物的抗疟疾数据库,包括抗疟疾和细胞毒性数据(密西西比大学,国家天然产物研究中心)


TB:TAACF分析结果

发布者:TB早期药物发现计划分子:812

PI:Bernard Munos

发布:2 / 12 / 2008

公开的812化合物文库在Alamar Blue全细胞分析中对结核分枝杆菌(H37Rv)的抗菌活性


FDA批准:孤儿药

发布者:已知药物分子:1721

PI:Christopher Lipinski

发布:10 / 26 / 2007

FDA批准的具有指定适应症,赞助商名称和化学结构的药物(如果有)