焦點訪談AgriMetis化學副總裁Andrew Calabrese博士

9月6日,2016

“從學術研究到工業研究,都意識到了大數據驅動著工業研究,無論是藥物還是農用化學品。 在學術界,您可能會專注於一個非常具體的問題,並非常謹慎地跟踪各個數據點上的數據。 在工業中,這全都與批量數據有關,與繪製多個化合物與多個數據點的圖有關,並試圖找到相關性並找到異常值,並找出化合物執行其工作的原因。 CDD Vault 是進行批量數據分析的好工具。”


Andrew Calabrese博士-AgriMetis化學副總裁

安德魯·卡拉布雷斯
AgriMetis化學副總裁

安德魯·卡拉布雷斯(Andrew Calabrese)在2014成立時加入了AgriMetis。 自2002以來,他在輝瑞和Celgene的廣泛治療領域擔任過多個項目和管理職務。 他從事並領導了一些項目,這些項目已將9小分子新型化學實體(NCE)應用於臨床開發,其中一項目前處於2階段。 在牛津大學化學系本科學習之後,他獲得了倫敦大學學院化學博士學位,重點是天然產物全合成。 他的博士後研究是樺木還原在雜環化合物上的新應用。


面試者 惠特尼·史密斯,協作藥物發現公司

今天的焦點訪談是AgriMetis,LLC化學副總裁Andrew Calabrese博士。 農業農業 是CDD的客戶,其簡介與許多生物技術和學術合作夥伴略有不同,因為AgriMetis專注於創新性作物保護產品的開發。 令人著迷的科學和信息學需求(這些發現對於藥物發現者來說是耳熟能詳的),我們認為,對我們這個不斷發展的CDD社區來說,對安德魯的採訪會很有趣。 安德魯,謝謝您今天加入我們。

ANDREW CALABRESE:很高興來到這裡。

您能告訴我們公司的背景嗎?

AC:AgriMetis大約在2 1 / 2之前成立,是兩家公司的合資企業。 一家公司是總部位於巴爾的摩的種子創新公司,名為 嗜酸性。 合資公司中的另一家公司是 先正達創投,位於北卡羅來納州羅利市。 建立AgriMetis的目的是採用在Acidophil中發現的某些技術並將其應用於作物保護-尋找新的發現方式,以發現農民可在田間使用的增產劑,以增加產量並保護作物免受各種有害生物的侵害。 。

你的背景是什麼?

AC:我是受過訓練的有機化學家。 我在英國牛津大學獲得了本科學位,然後在倫敦大學獲得了天然產物全合成博士學位。 [和卡爾·黑爾教授一起],然後回到牛津大學 [與蒂姆·多諾霍] 做一個博士後。 在此期間,我被英國輝瑞公司聘用。 我在那里工作了大約6年,擔任過各種角色,最初是一名台式化學家,後來成為化學領域的領導者,最終成為項目領導者。 在英國關閉該網站之前,我剛從聖地亞哥的Celgene過渡到他們的化學管理團隊,在那裡我擔任5大約幾年了。 然後在大約2 1 / 2年前,我加入了馬里蘭州巴爾的摩市的Acidophil公司,進入了小型生物技術領域。

在短期內和在更大膽的長期內,AgriMetis的工作的最終目標是什麼?

AC:AgriMetis正在努力尋找一種可以進行現場試驗的化合物。 與藥物不同,您可能要在生物學中追踪一個主要終點,然後再追踪許多主要與藥代動力學有關的輔助終點,因此在作物保護中您正在尋找廣泛的活性。 這有點像從事抗感染程序的工作,您可能會關注幾種不同類型的真菌或害蟲。 因此,每個化合物都有為其生成的多個數據點,直到…我認為我們目前正在針對某些更高級的化合物運行12。 因此,在短期內,我們希望在今年年底前找到一種可以進行田間試驗的化合物,尤其是殺蟲劑。

既然您擁有如此廣泛的經驗,那麼在工作和管理每種類型的環境方面,小型生物技術,製藥和農作物保護之間的區別是什麼? 在那種環境下進行研究的要求是什麼,您希望在每個組織的每個階段完成什麼?

AC:大型製藥公司和大型生物技術公司往往很相似。 主要差異往往是為給定化合物生成的數據量。 較小的生物技術公司無力生成大量輔助數據,因為它們沒有自動化系統。 因此,數據量較少,但數據值高得多。

您是否想進一步擴展與合作夥伴關係和CRO生態系統相關的工作,以及如何使用它們?

AC:AgriMetis本質上是一個產生知識產權的虛擬公司。 在那工作的人們產生了開創性的想法,這些想法使公司成為新型的農作物保護劑。 這項工作幾乎完全外包了。 我們在馬里蘭州的蓋瑟斯堡確實有一個小型實驗室,有幾位替補科學家在做一些工作,但是我們的絕大多數科學工作都是在外部完成的。 我們還與美國和南半球的定制團隊簽訂了其他各種較小的合同,因為例如,當我們進入現場試驗並進入對蜜蜂等化合物的化合物測試時,我們可以利用在不同半球的不同季節嘗試加速我們的計劃。

在此,我想跟您談談您為AgriMetis尋找信息系統的過程。 您是否正在使用其他系統在AgriMetis上管理所有這些外部和內部數據,是否正在尋找啟動系統?

AC:AgriMetis剛開始時,我們基本上使用的是Excel電子表格,當時還不錯。 當我們只有少量化合物時,使用Excel電子表格管理數據和管理運輸是相當簡單的。 AgriMetis現在最多可以使用600-700種化合物。 在那種情況下,Excel電子表格是不可能的。

我不得不承認,我們並沒有環顧四周。 在以前的公司中,我對現有工具進行了評估, CDD Vault 是我的建議。 因此,我們繼續購買產品。

引進的主要目標是什麼 CDD Vault 在AgriMetis嗎?

AC:所以我們希望達到的目標 CDD Vault以這種用法形式,是三件事。 第一件事是它將成為我們所有數據的存儲庫,這將是我們與CRO通信並從中收集數據的方式。 其次,它將以您在研究中使用它的方式被使用和正在使用–數據挖掘,挖掘數據等。我們可以在某個時候設想第三種用法,將其用作盡職調查的資源和合作。

您之前提到了不同協作者之間的安全性或控制這些協作者所看到的內容的能力。 那是您選擇產品的重要組成部分嗎?

AC:絕對。 那是必不可少的部分。 我們有四個基本組成部分。 首先,考慮到合作者,尤其是海外合作者,他們必須基於Web。 如果產品是基於Web的,那麼會更容易。 其次,必須適當調整安全性。 第三,它必須是一種我們可以用作存儲庫但可以用作安全存儲庫的產品,它與安全修整有些不同。 一個安全的存儲庫更像是“我們將所有信息都放在這裡,我們希望它是安全的”。 第四個標準是它必須由可靠的第三方託管–我們不想在內部放置服務器,因為我們沒有準備這樣做。 CDD Vault 符合所有這些標準。

現在,你有 CDD Vault 除了已經列出的那些要求之外,您喜歡它的前兩三件事是什麼?

AC:當然,正如我所提到的,我們在處理數據生成方面有點不同尋常,就 CDD Vault 通常用於製藥公司。 每個化合物的數據量略高,但是數據生成的方式是百萬分之幾的活性,而不是濃度梯度。 查理·韋瑟爾(Charlie Weatherall)和他的團隊反應迅速,幫助我們找到了一種將數據放入 CDD Vault 以正確且有用的方式顯示它。 客戶服務元素給我留下了深刻的印象–你們在這方面提供了很大的幫助。

在實際使用方面,如果您查看登錄統計信息,則AgriMetis可能會成為輕量級用戶。 第一年我們並沒有使用太多。 這不是對產品的反映,而是對我做出決定要早點而不是晚點決定的事實的反映。 我不希望我們四處亂跑。 因此,今年我們將更多地使用它,尤其是在盡職調查中。 但是到目前為止,可用性還不錯。 客戶服務一直很棒。 我們都是最新的。

您是否因為早日採用這項技術而避免了在其他組織中已經看到或聽到的一些常見陷阱?

AC:是的,完全正確。

CDD可以做得更好的前兩三件事是什麼? 您希望我們在路線圖上放些什麼?

AC:那是一個困難的過程。 我沒有任何東西,因為我喜歡該產品。 這個對我有用。 我真的沒有什麼可以想到的。

好吧,如果您有任何想法,請隨時發送給我們。 我們一直在努力改進產品。

您還想在面試中傳達其他信息嗎?

AC:我希望會遇到的主要問題是,當我們交談時 CDD Vault,我們談論的是IT系統,我們談論的是坐在電腦旁的人們,實際上與CDD員工之間的互動非常出色。 非常有幫助,反應迅速,不僅說“哦,這樣做”,而且很有教育意義。 因此,我在CDD的人員方面排名很高。

這是很棒的反饋。 非常感謝你


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