CDD Spotlight專訪James Moe – Oligomerix總裁,首席執行官兼聯合創始人

14年2016月XNUMX日

“我們正在使用 CDD Vault 作為存儲我們的化學結構的一種方法,一種搜索它們的方法,作為一種存儲我們所有測定數據的方法。 我們還將它用於進行計算,分析數據,創建報告並將數據與其他人進行交流,然後非常重要的是,它可以與協作者安全地工作。 因此,對於所有這些目的都是有幫助的。”


詹姆斯·莫

詹姆斯·莫
Oligomerix的總裁,首席執行官和聯合創始人

Moe博士具有20 +年的行業經驗,曾在早期和後期診斷,生物技術和生物製藥公司(包括Gene-Trak / Amoco Technology Ventures / Vysis,bioMerieux和Mosaic Technologies)的國際團隊中擔任產品開發的高級管理職務。 在創立Oligomerix之前,他是焦磷酸測序產品開發總監,Spire Biomedical的高級分子生物學家以及Q-RNA,Inc.的產品開發總監。

Moe博士獲得博士學位。 擁有衛斯理大學(University of Wesleyan University)的分子生物學/分子生物物理學學位,並在范德比爾特大學(Vanderbilt University)的分子毒理學中心進行了博士後研究,並被共同任命為醫學院的生物化學系和藝術與科學學院的化學系,並擁有波士頓大學的工商管理碩士學位。


面試者 雪莉·路易斯·梅(Shirley Louise-May),協作藥物發現公司

我和Oligomerix的總裁兼首席執行官James Moe在一起。 Oligomerix是一家小型生物技術公司,主要對解決tauopathies感興趣。 Tau是中樞神經系統(CNS)中的一種蛋白質,如果tau下游或上游的通路存在問題,則可能與神經變性有關。 詹姆斯,您能向我們介紹Oligomerix研究的性質嗎?

當然,我是Oligomerix總裁兼首席執行官James Moe。 我們是一家專注於tau作為阿爾茨海默氏病(AD)神經退行性疾​​病治療目標的公司,但我們所做的工作也適用於許多其他疾病。 實際上,迄今為止已知約有二十種不同的錯覺。 阿爾茨海默氏病(AD)是一種癡呆症,其特徵是病理特徵,斑塊和纏結分別主要由聚集的澱粉樣β或tau蛋白組​​成。

當我們著手這個項目時,我們基於tau病理學在AD期間可再現的模式選擇了tau作為靶標,因為它是與其他大多數針對澱粉樣蛋白的程序不同的方法途徑。 我們還決定通過針對tau的寡聚聚集體而不是更大和更惰性的tau原纖維聚集體來進一步區分自己。 現在,大約十一年前開始走這條道路之後,針對澱粉樣蛋白靶標開發的大多數候選藥物在後期臨床試驗中均告失敗。 因此,越來越多的人將Tau當作目標,因此我們在這個方面有了不錯的開端。 我們一直認為這是AD的重要靶標,因此我們試圖尋找阻止Tau聚集和發展其神經毒性功能的藥物。

非常好。 現在,您已經告訴我您研究的性質,我想听聽您的方法的更多細節,例如最終目標是什麼,以及程序的謙虛目標還是更大膽的目標是什麼?

在Oligomerix,我們正在開發基於鄰近度的篩選測定法,以鑑定在聚集過程開始時防止tau自締合的抑製劑。 我們的最終目標將是鑑定可用於臨床研究的化合物-這是最終的最終目標-這將要求我們聘請合作夥伴加入IND支持性研究。 目前,我們處於該項目的潛在客戶優化階段。

那麼,您是如何想出到目前為止所發現的活性化合物的呢? 到目前為止,您是否僅以生物學為指導? 您是否一直在沒有藥物化學支持的情況下篩選文庫化合物?

不,我們已經使用了兩種支撐。 在生物學方面,最初,當我們決定著手針對tau進行篩選時,我們希望為該研究打下堅實的基礎。 因此,我們決定不使用人們使用的原纖化類型的檢測,因為它們不是生理性的,這是我們偏離常規的檢測。 其次,由於技術原因,該領域的大多數其他研究人員沒有使用全長tau。 第三,其他大多數人都在使用tau序列,而tau序列具有AD中不存在的突變。 最後,他們在測定中使用聚集增強劑或促進劑。 由於我們試圖通過開發鄰近分析來防止tau-tau相互作用,因此我們決定需要使用全長tau。 因為–重要的是–如果我們防止tau聚集,我們希望擁有正常的tau,而tau仍然可以起作用或可以進行正常清除。 在選擇此路徑時,我們首次發現tau一旦形成這些類型的聚集體,便能夠自我截斷。 其他人則錯過了這一點,因為他們正在使用已經被截斷的tau。

最初,我們的藥物化學是內部的和基礎的–仔細閱讀熱門文章,然後設計新的結構。 當我們的藥用化學家離開時,當時我們認為這是一個非常臨時的解決方案,我們決定通過CRO進行化學研究。 我們仍然與負責所有藥物化學工作的第三方合作,但現在已經聘請了一名藥物化學顧問,並打算內部使用此功能。

最終,我們的最終目標是使大型製藥公司能夠更快地將候選人帶入診所。 作為一個小實體,我們將無法獨自或及時地做到這一點,無法籌集資金來做到這一點,或者無法獲得全面的專業知識。 但是,我們希望使我們的戰略合作夥伴能夠這樣做,以實現我們為AD尋找有效療法的全球共同的大膽目標。

好。 在Oligomerix,達到目的的手段是什麼(無論您如何解釋這個問題)?

因此,根據我的解釋,您將如何到達目的地? 這就是金錢問題,這就是我的解釋方式。 好吧,我們由兩名科學家和我本人啟動了這個項目,並通過撰寫NIH贈款– SBIR使Oligomerix開始。 這就是我們使公司起步的方式。 NIH一直是很好的合作夥伴。 我們也籌集了自己的錢。 實際上,我們籌集的資金中有一半來自NIH贈款,另一半來自投資者。 儘管我們現在只有一個機構投資者,Wheatley Partners,但我們的大多數投資者都是個人投資者。 最終,使該計劃得以實現的是投入的資金。 這就是我要解釋的手段。 而且,要從事這個行業,您需要擁有新穎的技術。 就Oligomerix而言,我們正在使用的大多數技術都是在公司內部開發的。 因此,換句話說,我們創建了它,而不是向學術機構授予我們新穎方法的許可。 我認為這使我們成為該領域的一家小公司。

在恐怖症領域,您發現什麼新技術或信息特別有趣?

好吧,作為其中一件有趣的事情的例子,因為我們正在使用全長tau,所以我們發現tau會自我截斷,問題是“該功能的目的是什麼?” 具體地說,tau具有內在的蛋白水解功能,因此當tau形成某些類型的聚集體時,它會自行截短。 那麼,真正的問題是功能是病理性的還是保護性的? 在試圖理解為什麼這種功能可能在tau中發展的過程中,我們注意到tau是一種穩定微管的蛋白質。 那麼為什麼它具有內在的蛋白水解功能呢? 好吧,事實也證明,tau參與了壓力反應系統。 其他實驗室的工作表明,如果在氧化條件下處理培養的細胞,tau會進入細胞核,從而以某種方式減少DNA中雙鏈斷裂的次數。 我推測此新功能可能與該過程有關,並且該功能可能在AD的其餘神經元中出錯了。 這與我們的發現一致,即tau的這些截短片段中的某些表達有毒。 從純科學的角度來看,tau是一種令人著迷的蛋白質,因為它的正常功能和與疾病相關的功能仍在神經元內外被闡明。

因此,我能否請您澄清一下?您認為tau蛋白水解功能是否應該僅在細胞核中起作用,而在疾病狀態下它就發生在細胞核之外?

是。 但是,tau蛋白水解活性可能還有其他正常功能,以及我們尚未考慮的細胞內部和外部。

好了,那麼Oligomerix如何使用 CDD Vault? 你為什麼選擇 CDD Vault?

我們選擇的原因之一 CDD Vault 相對於我們正在考慮的其他軟件包,我們認為CDD非常適合,因為我們是一個較小的實體,我們不想選擇那些我們認為大型製藥公司將能夠擺脫困境的軟件包。提供者的注意。 因此,我們認為它們非常適合我們的尺寸,並且具有我們需要的所有功能。 確實,他們的客戶服務堪稱典範!

我們如何使用它? 好吧,我們正在使用 CDD Vault 作為存儲我們的化學結構的一種方法,一種搜索它們的方法,作為一種存儲我們所有測定數據的方法。 我們還將它用於進行計算,分析數據,創建報告並將數據與其他人進行交流,然後非常重要的是,它可以與協作者安全地工作。 因此,對於所有這些目的都是有幫助的。 當我們建立合作夥伴關係時,我們期待著我們自己和我們的合作夥伴公司能夠訪問某些相同的數據並將數據貢獻到相同的數據庫中, CDD Vault 為此非常有用。 另一個主要問題是擁有一個數據庫,在該數據庫中我們可以更好地保護分子。

而且您相信,借助雲託管解決方案(例如, CDD Vault 比您內部擁有的還多?

我想是的,是的。

並與合作夥伴安全地交換數據嗎?

是的。

因此,我必須問您是否曾經使用過DropBox選項?

我們不僅需要文件交換文件夾,還需要更強大的藥物發現功能。 但是,我們現在也將DropBox用於標准文檔。

但是它沒有功能嗎?

是的,基本上。 我們還將Merrill數據庫用於數據共享,並且將許多其他類型的數據放入了Merrill數據庫中。 我們一直保持開放狀態,因為考慮到相對於一家大公司而言我們擁有的數據量,它具有很高的成本效益。 您知道,這是我們在Oligomerix使用的兩種基於雲的託管解決方案。 CDD Vault 和美林。 然後,我們在內部還有很多工作要做。 我們正在尋找更多利用雲的方式,但與此同時,我們希望做到這一點很聰明,因此我們在實施它時要格外小心,只使用CDD,長期以來一直安全地託管敏感數據。

所以,您使用了多長時間 CDD Vault? 如果願意,可以列舉一些您喜歡的東西,以及您希望將來進行升級的一些東西,或者如果解決了這些問題,則認為可以使產品更好的東西。

是的,我很容易想到我們喜歡的兩三件事。 我認為搜索功能非常有用。 我們對這些以及我們創建的報告感到滿意。 而且,能夠輕鬆更新協議。 在我們開發新的檢測方法時也非常好,然後設計它們,以便我們可以使用它們來計算 IC50和類似的派生參數。 我也真的很喜歡它的物理化學性質,因此,如果您要進行報告,則可以檢查想要的和類似的東西。

您使用多長時間了 CDD Vault?

讓我們來看一下,我正在嘗試思考。 我們在第三年使用 CDD Vault.

是的,您主要進行以化合物為中心的搜索或以分析為中心的搜索? 我的意思是,您最常使用哪種搜索?

我們有許多以化合物為中心和以測定為中心的搜索。 我們還沒有做的一件事是,將大量映像數據放入CDD保管庫中,但這是我將來想要做的事情。 您知道我們確實有這種數據,但是現在人們分別進行維護。 我已經與Charlie Weatherall討論過的一個問題是曲線的繪製。 當繪圖上有異常值時,可以隔離異常值,但不會自動更改繪圖軸。 我們還沒有找到如何自動更改軸的方法,但是似乎必須有一種方法。 因此,我認為這是一個可以改進的小區域,但是好消息是您可以手動刪除異常值。 但是這些都是可以解決的小問題,因為我們沒有那麼多異常值。 我告訴我的一位技術人員,“只是沒有異常值,我們將不必擔心!”

當然,我敢打賭他喜歡那個。 好的,您還可以描述所生成的報告嗎? 它們主要供內部使用嗎?

是的,在內部或與我們的首席風險官一起,我們有選擇地安全地共享我們的 CDD Vault 也與我們的首席風險官一起。 但是我們使用密碼保護來創建報告,因此,與其他人有所不同的是,好消息是 CDD Vault 您可以為不同的項目提供不同級別的訪問權限。 因此,當我們創建一個Excel文件時,如果它具有結構,我們會將其另存為受密碼保護的文件,然後以這種方式發送給CRO。 然後,在另一封電子郵件中,我們將密碼發送給他們。 我們認為,這為我們提供了一定程度的安全性,使得有人不會截獲這兩種消息並獲得敏感信息。 我們只是想意識到我們在保護結構信息方面比什麼都重要。

好吧。 那麼,為什麼不描述您最近與另一位傑出的科學家之間令人難忘的互動呢?

好吧,當我今年參加阿爾茨海默氏症國際會議時,關於Tau PET配體的討論很多。 正如一些在該領域工作的人所知道的,由於澱粉樣蛋白的成像能力,在過去的幾年中,澱粉樣蛋白的研究取得了很大的進步。 現在,終於有了tau PET配體並正在驗證中。 令人著迷的是,當您查看同一大腦中的澱粉樣蛋白和tau成像模式時,您可能同時患有澱粉樣蛋白病理和tau病理。 而且,如果您查看兩種病理重疊的位置,則會看到連通性低下的區域。 因此,換句話說,由於這種低連通性或集中的蛋白質聚集,在那些區域中有可能喪失功能。 沒有人真正證明這一點,但是當我與Advent首席科學家交談時,他向我指出了這些區域時,我認為這非常令人著迷,因為這意味著在這兩種病理情況下會發生很多神經元丟失在同一地區發生。 我認為這是關於疾病機制的某種說法,也許這兩種病理對於突觸喪失都是必需的。 我認為這很有趣,因為多年來,研究人員一直在努力了解這兩種病理之間的關係。 因此,我認為我們終於可以通過這些新的成像數據使這一點變得更加清晰。 我發現令人驚訝的是,那天坐在那個大廳裡,看到了很多很好的tau影像數據演示,這是全新的-這對房間裡的每個人都是新的。 他們是世界上tau成像的專家,並與其他人一起坐在那裡,欣賞它們,就像在看著路一樣,哇,您知道這些都是工具對我們有幫助。 他們將幫助我們找到可以治愈或減慢或停止或阻止神經退行性變的療法,這確實令人興奮。 作為科學家,坐在房間裡真是一種享受。

您使用什麼技術進行研究? 又為什麼呢?

當我們著手這個項目時,我們開發了一種新穎的鄰近篩選分析方法,可以篩選大型化學文庫,然後將細胞分析方法用作輔助篩選方法。 然後,為了證明我們的篩選試驗正在選擇在體內起作用的化合物,我們進行了小鼠研究。 但是,進行小鼠研究的問題在於,沒有任何小鼠模型能夠真正概括出阿爾茨海默氏病,因此您只看該病的機理部分。 在我們的案例中,因為tau是我們的目標,所以我們正在研究tauopathy模型。 現在,這些模型中有十分之九具有額葉性癡呆突變,這些突變與阿爾茨海默氏病完全不相關,這就是缺點之一。 作為疾病的機械部分而不是整個疾病,這是另一個缺點。 但是同時,如果您可以在其中一個模型中表明您正在實現目標,那麼它也可以說服其他利益相關者,您已經為可用於臨床的潛在療法開發了一些有價值的起點發展。 因此,體內研究確實是一種建立對潛在合作夥伴的信心的方法,一種機制的證明,一種驗證的證據,證明您的篩選測定具有參考價值。

那麼,您如何在小組內進行協作,並且可以告訴我與他人的任何協作,什麼有效,哪些更好?

嗯,AD項目太複雜了,您必須協同工作,因為沒有人能勝任這項工作的所有不同方面。 我們已經進行了許多學術合作,儘管我們已經開始限制這些合作,現在我們主要與CRO合作。 與學術組織合作的一個問題是,他們不想為服務付費而工作,而我們的投資者也不想為我們正在開發的所有產品談判許可。 這就是為什麼我們開始與CRO合作的原因。 我們期望與合作夥伴進行非常努力的合作,並且我們打算從事大部分生物學和某些化學工作。 希望合適的合作夥伴將完成大部分化學工作,或者通過他們的CRO網絡完成化學工作。 如果我們正在與一家主要的製藥公司合作,並且他們正在進行ADME,PK和長期毒性研究,這將非常具有吸引力,因為我們能夠圍繞任何共同開發的IP搜索彼此的數據庫。 所以我設想這樣做的方式是我們倆都使用 CDD Vault 更大的項目。 所以這絕對是我要賣的東西,我們期待著將來。

您是否有合作的任何方面 CDD Vault 為或您希望他們投入 CDD Vault 在將來?

我現在沒有什麼可以想到的。 但是我當然可以請我的小組看看是否有人對我們的工作有任何想法 CDD Vault 因為他們可能有建議,或者當我們參與更大的製藥合作時,一些建議可能會變得明顯。 例如,他們可能已經習慣了一些我們甚至不知道存在於自己數據庫中的功能。 但是現在什麼都沒有想到。 因此,它很好地滿足了我們現階段的需求。

我可以問一下,您到目前為止有定制的東西嗎? 您是否曾說過“如果我們能做到這一點”,並且 CDD Vault 已經升值之際?

我認為我們不一定要定製商品,但我認為Charlie(Weatherall)在確定如何最好地設置我們的商品方面給了我們很大幫助 CDD Vault,如何根據實驗的運行方式自動從原始數據中導入數據並進行計算。 這需要一定的來回調整才能正確完成。 因此,我認為他非常樂於接受我們需要做的任何事情,這很好。 目前,我們並不十分重視計算建模方法,但是將來我們可能會更加強調這一點。 我們已經達到了標準化許多方法的地步,現在我們正在執行最佳實踐,這樣人們就不會更改方法,換句話說,我們已經簽署了SOP,您必須使用當您運行測定法時,它們對查看許多不同化合物的這些參數有幫助。 因此,一旦您開發並完全驗證了一種測定方法,就不必擔心它會隨著時間變化。 這只是一個問題,但是對於像我們這樣不需要Merrill數據庫的公司會有價值嗎,因為他們可以使用 CDD Vault 通過版本控制和審核跟踪,我的意思是要為將來的升級而考慮。

還有更多類似IP的模塊嗎?

是的,您可以在其中放入所有文檔,所有SOP,所有報告,所有協作者報告之類的模塊。 我的意思是,在Merrill數據庫中,我們圍繞我們的實驗撰寫了一篇文章,並提供了筆記本參考資料,並且得出了一些結論,您知道的,因此它們不會佔用大量的物理空間,就這些而言, t非常大的文件。 一些映像文件可能很大,但是通常它們不是很大的文件。 因此,如果 CDD Vault 如果要構建該功能,那麼像我們這樣的公司就不需要擁有Merrill數據庫。

電子實驗室筆記本將朝多遠方向發展?

是的,這就是我認為的解決方案。 現在,我們的筆記本電腦是物理筆記本電腦,但例如,它們都已被掃描。 因此,我們正在評估 電子實驗室筆記本 目前,我們還沒有決定採用哪一種。

您知道CDD在2016中正在開發功能齊全的電子筆記本嗎?

是的,我們想認為我們一定會對其進行評估。 我認為我們知道我們必須遷移到電子格式,因為在某些時候,當我們開始與大型製藥公司合作時,它們將更容易與我們聯繫。 當我們試圖比較事物並僅僅依靠它們的狀態或我們正在處理信息時,我們不希望遇到蘋果和橙子的情況,這很重要。 我還看到,即使是掃描過的筆記本也非常有用,因為,您知道,通過電子方式訪問信息比前往文件抽屜,拉出筆記本並查找頁面要容易得多。 因此,我們正在以這些方式進行現代化,並希望看到 CDD Vault ELN,當它推出時。

行。 因此,我對公司中誰使用CDD的過程,誰登錄以及他們登錄的頻率有幾個疑問? 搜索誰? 你有使用不同功能的人嗎 CDD Vault 以不同的方式? 例如,您的生物學家正在計算曲線,您的藥物化學家在進行SAR挖掘……您公司中的人們在使用CDD時會扮演什麼不同的角色或方式?

我們的生物學家進行篩選測定並將數據導入 CDD Vault 我們的藥物化學家和科學家會搜索和分析數據。 我們還召開例行會議,遍歷所有職能領域。 當我們擁有這些時,我們使用 CDD Vault 生成用於將項目狀態傳達給整個團隊的報告。 因此,我們既將其用於內部報告,又將其用於外部報告。

然後他們如何安全地將信息提供給您?

他們向我們發送帶有SMILES代碼的加密文件,然後我們將其合併到我們的 CDD Vault。 效果很好。 我們正在與Fox-Chase化學多樣性中心的Allen Reitz合作,他是一位備受尊敬的藥物化學家。

您是否在使用新的可視化模塊 CDD Vault (CDD視覺)?

是。 我們已經開始使用它來繪製這四個三維圖,它們實際上對於交流我們的化學空間非常有用。 實際上,我們在阿爾茨海默氏病協會國際會議上有一張海報,我們在海報中直接從 CDD Vault。 我認為這是一個非常不錯的交流工具,一些即將加入的人都是大型藥劑師化學家式的傢伙,他們對這些圖非常感興趣。 因此,這是一種向他們傳達與毒品相關的多參數情況的有效方法。 我們希望擴展這些早期分析的範圍,因為,當然,我們是使用它的新手。 今天,我在Charlie的演示中看到,鑑於新的Visualization模塊的強大功能,我們可以通過多種方式來增強對它的使用。 現在,建模功能非常有趣。 我們確實經歷了這一過程,並做了一個模型只是為了看看它是如何工作的。 關於它是否具有預測性,我無法給您答案。 我無法告訴您該模型是否可以有效地找到匹配數據,因為我認為我們是首次構建瞭如此有限的模型以進行嘗試,因此該模型是否起作用並不那麼重要。 它更像是模型構建經驗的概念證明。 但是我想做的是嘗試建立一個模型,以將實際趨勢與異常單例分開。 我們的檢測中有許多有趣的單例,並且我們圍繞其中三個進行了研究。 我們主要關註一個系列,因為當您擁有一個系列時,您會對基本信號更有信心。 當我們對十萬種化合物進行大屏幕篩選時,我們的某些系列中有很多命中。 因此,如果您獲得三十或四十個命中率,且都具有相同的結構化學型,則更容易集中於此。 但是,從我們在單例上所做的有限工作中,我們也發現了一些成功。 因此,問題是,我們可以嘗試使用CDD構建的模型進行虛擬篩選,而不是嘗試圍繞多個單例進行綜合,並且這些單例中的某些會比其他單例更有趣,並可能幫助我們確定優先級。 所以我想看看是否可行。

另一件事是,既然我們有一個主要係列,我們正在與一些製藥公司討論是否可以進入他們的數據庫並提取出類似的結構,然後進行測試。 因此,我想做的第一件事就是在這些結構上運行經過驗證的CDD模型,以查看是否有任何命中。 那麼,正如您所知,布丁中的真正證據是它們中的任何一種都有效嗎? 因此,您可以在這裡真正看到模型的潛在用途。 使模型有效的是其預測能力。 但這並不意味著它必須預測所有事情。 如果它正在預測一個子集,並且將您指向一個方向,那麼即使它不能完美地預測所有內容,也將使它有用。 因為我們在尋找阿爾茨海默氏病的類藥物化學系列中使用多種方法來解決這些難題。 再說一次,我認為單身人士無論如何都傾向於被忽略,這是我想嘗試更多使用建模的領域。 當然,您知道我的背景是分子生物物理學,這使我不懼怕或猶豫使用建模功能。

使您的研究工作從中受益 CDD Vault?

絕對,我們的研究工作受益於 CDD Vault。 這一直是非常有用和有益的體驗,我強烈建議潛在用戶使用。 另外,我期待看到您計劃推出的其他一些模塊,包括電子實驗室筆記本。 另外,我想藉此時間感謝您和Barry給我和Oligomerix參加聚光燈的機會!


這個網誌是由 CDD Vault 社區。 CDD Vault 是託管的 藥物發現信息學 安全管理私人和外部生化數據的平台。 它提供了核心功能,包括 化學註冊, 結構活動關係, 化學品清單電子實驗室筆記本 能力!

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