CDD Spotlight專訪南非開普敦大學的Ronnett Seldon

9月15日,2015

“當然,生物學家和生物學團隊非常欣賞 CDD Vault。 我認為生物學小組的每個人都會發現 CDD Vault 我的意思是,我對我們非常有用。 如果我們可以在一個空間內完成所有工作,那麼它將對我們的整個團隊有所幫助。 進入生物學已經有18個月了,而且還在不斷增長, CDD Vault 提供一致,共享,安全的環境。 隨著我們生成更多數據,這真的很重要。 “


羅內特·塞爾登
羅內特·塞爾登
南非開普敦大學MMRU中H3-D的篩選技術員
多個結核病研究和藥物發現協會的貢獻者

週三,6月24th日,南非開普敦大學(UCT)傳染病與分子醫學研究所(IDM)的篩查技術員Ronnett Seldon與我們交談了她使用協作藥物的情況發現 CDD Vault 平台。

Ronnett受僱於H3-D藥物發現和開發中心(主任Kelly Chibale),但她與引起結核病(TB)的細菌結核分枝桿菌的工作意味著她將時間花在分子分枝桿菌病研究部門(MMRU) ),由Valerie Mizrahi教授執導。 MMRU的目標是通過應用綜合的遺傳,生物化學和生理學方法研究結核病的生理和代謝,從而解決結核病的耐藥性,持久性和代謝易感性。 作為首席篩查技術人員,Ronnett處於UCT結核病藥物發現的最前沿,促進了多個主要財團的研究,這些財團是由Bill&Melinda Gates基金會的TB藥物促進劑計劃(HIT-TB),美國第七框架計劃資助的。歐盟(MM4TB), TIA(技術創新局),以及南非醫學研究理事會(通過“戰略健康創新合作夥伴計劃”)。

H3D是非洲第一個綜合藥物發現和開發中心,總部位於開普敦大學。 H3D的使命是通過進行最先進的研究與開發並彌合基礎科學與臨床研究之間的差距,發現和開發滿足非洲大陸及其他地區未滿足的醫療需求的創新藥物。 我們與地方和國際政府,製藥公司,學術界和私營部門以及非營利和慈善組織建立夥伴關係,同時培訓科學家成為該領域的世界專家。

CDD支持開發健壯的,中通量的小分子傳染病生物學檢測篩選方法,用於發現結核病藥物。 Ronnett的工作以及與CDD的Anna Coulon Spektor的密切合作,以簡化數據上傳,開發和實現自定義的曲線計算宏,並為其他財團成員提供了一個模型“劇本”。 他們可以使用精心製作和保存的模板,不僅將其數據上載到財團數據庫,還可以使他們的協作體驗盡可能無縫。 可定制的宏和CDD技術支持在該方法的每個步驟都可用,以促進跨多個大洲的協作。


面試者 協作藥物發現公司
當您加入H3-D時,他們已經在使用 CDD Vault?

是的, CDD Vault 是一個中央數據庫,因此每個人都可以訪問數據。 我已經在18項目上工作了幾個月,並且我進行了劑量反應抑制分析,該分析產生了大量數據分析。 我曾打算使用GraphPad棱鏡或Stata進行分析,其中我必須定義控件並使用4參數對數回歸進行曲線生成。 對於大型數據集,這需要很多時間。 我具有臨床微生物學研究經驗,因此我對大型數據集有相當豐富的經驗。

在將數據上傳到CDD時,我注意到 CDD Vault 該平台具有自定義的4參數邏輯回歸,該回歸用於處理和分析數據。 這已經改變了很多,更好的是,我需要上傳和處理數據的時間。 CDD Vault 我不僅將數據庫批量上傳數據,而且實際上我使用它來分析和處理所有數據。

使用前 CDD Vault 分析數據,您使用的是GraphPad還是其他工具?

剛剛優化了測定,我們使用該分析來查看Excel中的數據,但我意識到所得的計算不准確,因為我們沒有考慮來自對照的數據,因此,這只是一個估計,實際上,只是繪製Excel曲線。 當時我的意圖是使用GraphPad,但我從未去過GraphPad,因為我發現 CDD Vault。 每次在GraphPad上進行分析可能要花費我一個小時,因為我必須自己做所有註釋,而CDD算法可以使所有註釋變得容易。

使用進行相同數量的分析需要多長時間 CDD Vault?

因為CDD通過宏簡化了整個上傳過程,所以以批處理模式運行分析都是自動化的。 目前,我確實花了很多時間來進行註冊,但這是因為我們尚未對註冊格式進行標準化,因此我們正在這樣做,一旦我們定義了它,它將也自動進行過程。 我們正在忙於創建一個Web界面,化學家將以可轉移到宏的格式將其藥物及其化合物詳細信息上傳到宏,但是一旦將其加載到宏中,它只需要2-3分鐘。 我的大部分時間都花在處理原始數據上,以使其可以在化合物註冊方面上傳到宏,但是從那時起,假設10分鐘是原始數據的微盤,則至少需要10x使用尚未為此數據輸出定制的應用程序。

您學習了多長時間使用曲線生成器? 您是否得到了 CDD Vault 技術人員學習如何使用它? 他們是否為您的數據製作了自定義腳本或宏?

是的,絕對可以,他們已經做好了充分的準備。 我通過電子郵件聯繫了Anna Coulon Spektor,最初給她寫了一些技術問題,以確保我對輸出的理解是正確的,並且根據在線說明,該內容對我的需求是有效的。 我們來回收發了幾封電子郵件,並確認它像我想像的那樣適用於我的數據,然後我們進行了一次在線會議,並且該宏已經就位,所以我認為在與Anna進行的1或2在線會議中,上傳和分析數據並生成報告。 她的支持一直很重要,而且仍然令人驚訝,複雜的批處理數據分析如此快速,輕鬆且例行高效,並且只需很少的,有重點的交互。 她編寫了在線幫助材料會有所幫助。

是否可以使用圖形鍵盤處理無法處理的數據,是否正在使用其他功能?

我尚未探索任何其他軟件,因為曲線生成算法已應用於 CDD Vault 從字面上給我我現在需要的一切。 但是,我們已經聯繫了安娜,尋求我們正在忙於優化的另一種分析方法,該方法將具有完全不同的數據格式。 我們基本上在等待樣本數據,以便我可以在網上與她見面並一起玩。 我不知道這可能導致什麼,因為它可能對我們不起作用,因為該測定是一種報告基因測定,但它也報告了在最終分析之前必須解開的基因表達和調控動力學。 但安娜表示,她當然熱衷於評估 CDD Vault 也可以為我們處理這些類型的數據,我們將對其進行探索。

還有誰看您生成的數據?

藥用化學家。 他們使用保管庫共享複合數據並蒐索數據庫。 我們即將與Anna舉行一次在線會議,以解決一些有關他們希望如何查看查詢返回的數據以使他們的使用更加令人滿意的請求。 關於化合物篩選運行日期存在挑戰,但是在與Anna的討論中,問題似乎在於我們對協議的定義,而不是平臺本身,因此我們將召開在線會議來解決我們定義協議的方式,本質上定義了一種具有許多不同條件的協議,而不是定義許多不同協議來簡化分析。

您有多久沒有通過曲線生成宏的數據?系統如何將可疑數據記錄通知您? 你在裡面意味著什麼 CDD Vault 分別註釋數據?

我們最近一次遇到的唯一呈現非典型曲線數據的時間是針對特定化學系列或化合物的。 我很少會標記異常值,因此我實際上並不需要進行此類故障排除。 對於我提到的最新化合物,我只是在評論部分的最終報告中標記這些化合物。 這非常簡單。

上傳數據時, CDD Vault 如果生成了異常曲線,會給您任何通知,還是只能通過目視檢查發現它?

由於數據是經過預處理的,因此在上傳之前,您通常可以確定是否出了什麼問題,什麼 CDD Vault 幸運的是,當點不允許生成曲線時,它會說類似“無法生成IC99曲線”或“數據不足,無法生成IC99值”之類的信息,但在幾乎所有情況下,它都不是數據有問題,但我在預處理數據時出現了錯誤。

你用 CDD Vault 每天還是每週?

這取決於實驗室工作的節奏。 在過去的兩個星期中,我每隔兩天就上網一次。 通常,我至少每隔一周有數據要處理和分析。 但是最近,我們篩選出的化合物數量有了相當快的增長……在過去的9個月中,我們從100%的增長變成了400%的增長。 在過去的9個月中,我們的工作量增加了400%。 這意味著我連續兩個星期運行該測定法,然後花了兩個星期分析數據。 在這段時間我 CDD Vault 至少每隔一天。

您是否有能力在分析的整個生命週期內生成報告?

我可以,但是我不需要。 這是14日分析,我在7日和14日閱讀,以便進行比較,但我只需要處理,分析和報告14日分析結果。

在項目的整個生命週期中,如何查看化驗的任何方面是否隨著時間而變化? 您能分析趨勢嗎?

我可以,是的,儘管不是必須的。 我可以輕鬆生成關於過去幾個月運行5次的化合物的報告,並確定是否存在任何趨勢。 我認為 CDD Vault 在這種報告生成方面做得很好。

您是否查看了CDD Vision的全部內容,以查看可以對數據進行哪些類型的分析?

是的,我們已安排與Anna開會以修訂報告處理過程,以獲得有關願景的教程,據我了解,此次通話將被記錄下來,以便我們為團隊中的其他成員播放。 我們很難同時聚集在一起,因為我們分佈在許多校園中,但是那很快就會發生。

您是否還參與了IC50曲線生成之外的數據分析? 您是否與藥物化學家一起參與了對生成數據的SAR的分析?

是的,但這不是我的主角。 我們一起查看所有數據 CDD Vault 並圍繞正式的命中評估和命中率評估進行討論。

您目前使用什麼來查看這些分析? 使用什麼可視化平台或應用程序?

我認為,該財團的某些成員擁有各自的數據庫和數據分析以及報告生成平台,因此他們可以分析使用其他平台所需的任何內容,此外,數據還加載到數據庫中。 CDD Vault。 他們目前正在尋求在其方法中創建某種形式的統一性。 看到他們在SAR上呈現的圖形方法類型後,令我感到非常激動的是CDD Vision可以做到這一點,並且我們可以在一處完成所有工作,因此我非常希望將它們引入CDD Vision。 將所有內容都放在一個地方將是很棒的。

對於您的目標和化驗類型,您是否查看了CDD中的公共數據集以查看潛在的公共數據集的相關性?

這種情況經常發生,但又是藥物化學小組的成果。 從小組會議的討論中,我知道他們確實在使用它們。

聯盟中的其他人如何使用 CDD Vault? 他們是否訪問 CDD Vault 團隊會議中存在數據庫?

我們見過 CDD Vault 當我們與Anna會面時,他們組成了一個整體,進行化合物註冊和化驗方案註冊的演示。

您在團隊會議中使用的關於化驗運行的報告是否被使用?

在分析並生成數據時,我經常在團隊成員之間分發數據 CDD Vault。 當要求我們提供反饋並提供有關特定化合物的報告時,我們會匯總另一個工作表,因此我很想向Anna學習如何生成報告,即使該報告不存在,我們也可以在會議中使用該報告。除了藥物化學家將來會產生的SAR以外,它還提供了我們所有的東西,但是對於該化合物,我們在生物學上擁有的一切都在那裡。 我希望能盡快分享。

財團中是否還有其他團體也使用 CDD Vault?

是的,最近有幾個小組。 我們在美國的合作者最近才開始將他們生成的生物學數據上傳到 CDD Vault。 用於生成該數據的測定不需要統計分析或公式,它是使用截止值的視覺測定。 但是,我們還有其他一些檢測方法,它們也可以生成大量數據集,並且將來需要類似的算法(如果不是更嚴格的話)。

他們是否與您進行了互動以了解如何上傳數據並生成曲線,還是直接與Anna進行了互動?

在我們上一次大型會議上,他們與Anna進行了互動。 安娜是我們團隊中大多數事情的“去”者。 與這項技術一樣,各組之間的一致性也很有幫助。
您可以搜索這些數據還是將其分開保存?

我可以搜索並查看該數據。

這是否有助於討論? 您是否談論正在生成的數據以及它們正在生成的數據?

這有點複雜。 這是一個相當大的聯盟,因此我們生成的數據不一定是同一組化合物。 當然,總的來說,正在對整體情況進行討論,但到目前為止,除了最近,還沒有藥物化學家會從報告中發現的任何差異。

我認為目前 CDD Vault 對於藥物化學家和生物學家而言,這是完全不同的,因此很高興能滿足他們的每一個補充需求。

財團多久聚會一次並討論數據?

整個財團,我們每年都有2次大型會議。 對於兩個不同的財團來說,這確實是一個巨大的努力。 大財團內部有財團。 如果要調出當前在我的儀表板上列出的項目,則其中一些是製藥後期藥物開發數據,有些是早期研究數據。

財團的所有成員都使用嗎 CDD Vault 並將他們的數據上傳到相同的 CDD Vault 以這種方式數據庫。

據我了解,是的。

你用過了嗎? CDD Vault 用於幾種不同的生物學檢測?

迄今為止,我們對檢測方法進行了分類,其中包括我上傳到數據庫的兩種主要數據類型。 我們有一組後續篩查,即具有比色讀數的已知TB突變的反向篩查,但我們也開始使用一種熒光分子,並且我有一個第一屏,其中有熒光讀數。 我設計的版面佈局與我的第一個屏幕相同,並且我已經比較了數據並且看起來不錯,看起來值相關,所以我將使用 CDD Vault 也可以處理這些數據。

您是否已將其用於各種類型的測定並 CDD Vault 在這些不同的數據類型之間無縫執行?

是的,暫時。 LUX檢測是熒光素酶報告基因,因為融合的方式與另一個基因的上調緊密相關,並且解開它的所有動力學可能比我們現在需要的算法更多,但我當然可以希望能在同一個地方完成所有操作。 我認為生物學小組的每個人都會發現 CDD Vault 我的意思是,我對我們非常有用。 如果我們可以在一個空間內完成所有工作,那麼它將對我們的整個團隊有所幫助。 進入生物學已經有18個月了,而且還在不斷增長, CDD Vault 提供一致,共享,安全的環境。 隨著我們生成更多數據,這真的很重要。

如果您能想到其中的一種功能 CDD Vault 那將使您的上傳,分析和報告生成工作變得更加輕鬆,那會是什麼?

現在,我將已分析的每個數據集導出為excel格式, CDD Vault 取出,然後我通過電子郵件發送並散發該文件,因此我積聚了大量的數據文件,由於所有數據都可以從數據庫中獲得,因此完全不需要。 所以什麼 CDD Vault 可以通過留言板來促進這一點。 那對人們來說繼續下去很容易 CDD Vault 在同一位置查找所有數據。 我認為這就是我們在將來與安娜的會議上將與安娜合作的內容。

有什麼方面 CDD Vault 您覺得對您的工作最有價值?

是的,在線定制分析對我來說最有用。 這並非罕見的分析,當然我可以在其他平台和應用程序中進行分析,但是為我的輸出輕鬆定制它是一個巨大的好處。 只要我們針對宏設計了檢測方法,實際上就沒有什麼可做的,與必須在另一個統計分析程序中執行此操作相比,我從字面上上傳並上傳從宏生成的CSV,對我來說是一個巨大的好處,我目前每週分析250種化合物,如果我不得不在一個不是為我量身定制的平台上單獨進行分析,那麼我將永遠不會回到實驗室。

您是否使用了以下任何通知功能 CDD Vault? 何時上傳數據時通知醫藥化學家?

不,目前不是,因為我沒有時間。 如果我正在與一個團隊一起工作,並且該團隊有10藥用化學家,而每個化學家給我一個要運行的化合物的數據表,那就是10項目,因此,現在將其僅包含其化合物的數據表發送回給他們就更容易在它上面,但是理想情況下,它們都可以在數據庫中高效地來回通信。 人們自然習慣於查看excel表。

當您多次運行某個化合物時,您是否很容易查看該化合物的所有先前運行值?

是的,當我搜索化合物時,我可以看到所有的運行日期。 對化學家而言,這比對我而言更有用,因為他們始終對將最新結果與以前的結果進行比較感興趣。
最後–如果獲得該模塊,您是否預見到將使用CDD Vision?

絕對。 我對Anna在報告生成功能方面的表現以及從化學家的演講中獲得的印象深刻,這對他們也同樣有用。

由於項目的增長方式,工作量的增加以及研究環境,多個供資者的關係,我們正在進入一個階段,在這個階段我們將被要求提供年度報告,並且這種類型的報告生成功能令人難以置信有價值,將節省大量時間。


這個網誌是由 CDD Vault 社區。 CDD Vault 是託管的 藥物發現信息學 安全管理私人和外部生化數據的平台。 它提供了核心功能,包括 化學註冊, 結構活動關係, 化學品清單電子實驗室筆記本 能力!

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