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EDASA COVID-19複合存儲庫可用於協作

發行人:Andrea Altieri博士分子:2733

發布:5 / 12 / 2020

EDASA Scientific,小型MedChem組織(http://www.edasascientific.COM)正在COVID-19區域尋找生物夥伴。 EDASA擁有大約2700種化合物,願意免費提供這些化合物(裝運是接收者的責任),如果有任何陽性結果,則準備派遣化學家以優化活性化合物並進一步發展。 EDASA願意探索對這些化合物中的任何一種進行計算機內修飾,並合成(不收費)有限數量的修飾化合物作為概念證明。 所有接收到的數據或其部分數據將以聯合提交的方式發布給IF> 3的科學期刊。 請注意,所有這些化合物都是EDASA Scientific專有的內部專利,我們已經為所有這些化合物開發了經過驗證的合成方案。


COVID-19 Mpro活性片段

發布者:亞歷克斯·克拉克分子:1003

發布:3 / 28 / 2020

由英國國家同步加速器科學機構Diamond Light Source與Dectris合作提供的晶體結構,發現對Mpro / COVID19具有活性的片段(Diatris的所有MX實驗均使用了其檢測器)。 有關原始數據,請參見: https://www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem/Downloads.html


佩拉拉方舟基地

發布者:Perlstein實驗室分子:56756

PI:Ethan Perlstein

發布:10 / 27 / 2019

一個完全開放源代碼的基於模型生物的表型篩選數據語料庫,包括針對酵母,蠕蟲,果蠅和先天性代謝錯誤(如溶酶體疾病和先天性糖基化疾病)的人細胞模型中的藥物重新定位和先導發現篩選。 這些數據已在G3雜誌上的三個案例研究中發表(Lao等,2019 https://www.g3journal.org/內容/9/2/413.long)和疾病模型與機制(Iyer等,2019a https://dmm.biologists.org/內容/早期/ 2019 / 09 / 18 / dmm。040576.long; Iyer等,2019b https://dmm.biologists.org/內容/早期/ 2019 / 10 / 19 / dmm。040584.long).


血清素受體的體外和體內活性

發布者:Nichols分子:84

PI:Dave Nichols

發布:10 / 14 / 2019

數據集集中在利用多巴胺或5-羥色胺作為神經遞質的大腦系統上。 這包括僅對五種通用類型的多巴胺受體(D1-D5)具有特異性的分子探針,以及血清素5-HT1A,5-HT2A和5-HT2C受體上的數據集。 這些項目包括系統的結構修飾以及藥理學測定,目的是鑑定這些受體中配體結合結構域的結構決定簇。 這項工作的主題之一是確定如何將來自不同化學類別的分子全部容納在同一受體結合位點內。


多發性硬化症:OL分化

發布者:髓磷脂修復基金會分子:710

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

發布:10 / 21 / 2016

急性少突膠質細胞分化測定將O4免疫純化的OPC鋪板於5k /孔。 鋪板後1小時,添加測試物品並將細胞溫育四天,隨後固定細胞並對MBP和總核(DAPI)進行免疫染色。 通過對MBP染色/細胞數量(通過DAPI核染色確定)進行定量,可以確定OPC分化為OL的能力。 以2濃度(10和2 uM; 2和0.4 uM; 0.4和0.08 uM)一式四份進行化合物篩選。 將數據標準化為DMSO(差異為0)和40 ng / ml T3(差異為100)。 確定EC50相對於測試商品的EMax。 有關技術細節,請參見Lariosa-Willingham等。 等BMC Res Notes。 2016 Sep 5; 9(1):419或聯繫 [電子郵件保護] 有關詳細的協議。


多發性硬化症:OL保護

發布者:髓磷脂修復基金會分子:723

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

發布:10 / 21 / 2016

少突膠質細胞保護測定-生存力(TNF + IFNg)將擴增的OPC鋪板於10K /孔。 鋪板後24小時,添加測試物品,添加測試物品1hr,添加10U / mlIFN​​-γ/ 1ng / mlTNF-α。 孵育2天,添加AlamarBlue並孵育4小時。 定量AlamarBlue熒光以讀取細胞活力。 將數據縮放為DMSO(0%活性)和1.1 uM喹硫平(100%活性)。 有關技術細節,請參閱Rosler等。 等BMC Res Notes。 2016 Sep 5; 9(1):444聯繫人 [電子郵件保護] 有關詳細的協議。


多發性硬化症:髓鞘形成測定

發布者:髓磷脂修復基金會分子:715

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

發布:10 / 21 / 2016

皮質髓鞘化測定製備來自E18腦皮質的細胞,並將其鋪板在神經基底培養基中。 四天后,媒體切換到MyM媒體。 在第5天,添加測試文章,並使髓鞘化進行八天。 在體外第13天,固定細胞並對其進行MBP和Olig2免疫染色。 通過定量MBP / Olig2 +細胞核染色和MBP形態變化(連續MBP染色的排列-纖維長度)來確定髓鞘形成。 通過對MBP密度x面積/ Olig2 +核的定量來確定OL分化。 用4圖像/孔以2濃度(5和1 uM)一式兩份篩選化合物。 將數據標準化為DMSO(0%分化/髓鞘)和DAPT(100%分化/髓鞘)。 確定相對於對50 uM DAPT的響應的EC1。 有關技術細節,請參見Lariosa-Willingham等。 等,BMC Neurosci。 2016 4月22; 17:16或聯繫 [電子郵件保護] 有關詳細的協議。


多發性硬化:HEK293衣黴素保護試驗

發布者:髓磷脂修復基金會分子:740

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

發布:10 / 7 / 2016

HEK-293保護測定

將HEK-293細胞(10K /孔)孵育24小時,然後添加測試物品。 1小時後,添加100 ng / ml衣黴素。 再孵育48小時後,添加AlamarBlue,並在4小時後對熒光進行定量。 將數據歸一化為DMSO(0%活性)和5 uM guanabenz(100%活性)。 確定EC50相對於測試商品的EMax。 聯繫 [電子郵件保護] 有關詳細的協議。


多發性硬化症:OL毒性篩查

發布者:髓磷脂修復基金會分子:709

PI:塔西·柯林斯(Tassie Collins)

發布:10 / 7 / 2016

少突膠質細胞毒性測定(TNF + IFNg)

對傳代的大鼠OPC進行毒性測定,以10k /孔與藥物孵育2天。 4小時孵育後,讀數為AlamarBlue熒光。 數據顯示為相對於DMSO的存活百分比(100%)。 使用5 ng / ml衣黴素進行最大殺傷,可使約15%的細胞存活。 有關技術細節,請參見Lariosa-Willingham等人的BMC Res Notes。 2016 Sep 5; 9(1):419或聯繫 [電子郵件保護] 有關詳細的協議。


綠色溶劑

發布者:Alex Clark Sandbox分子:117

發布:9 / 20 / 2016

由同名移動應用程序(http://molmatinf.com/greensolvents.html)使用的Green Solvents數據。 根據ACS綠色化學研究所和GSK溶劑指南發布的信息進行編譯。 發佈在http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/sc3000509中。


寄生蟲:GSK Kineto Box搭配pIC50

發布者:GSK Kineto Box Project(TCAKS)分子:592

PI:皮拉爾·曼薩諾(Pilar Manzano)

發布:6 / 16 / 2016

使用全細胞表型分析,針對與人類疾病最相關的三種動質體,即利甚曼原蟲,諾氏錐蟲和布魯氏錐蟲,篩選了1.8百萬種化合物的GlaxoSmithKline高通量篩選(HTS)多樣性組。 進行了二次確證和正交的細胞內抗寄生蟲測定,並確定了非特異性細胞毒性的潛力。 對命中的化合物進行化學聚類並對其進行分類,以獲得所需的理化性質。 通過生物信息學方法研究了這些多樣性集所涵蓋的假設生物學目標空間。 因此,組裝了三個大約每個200化合物的抗動塑料化學盒。 該數據集包括命中化合物和所有相關的篩選結果。 http://www.nature.com/articles/srep08771


供應商:ASINEX PPI庫

發布者:ASINEX分子:8400

PI:Mark Parisi

發布:3 / 3 / 2016

自2008以來,ASINEX一直在設計和合成蛋白質間相互作用(PPI)庫。 最新一代的ASINEX PPI庫包含各種大小,框架和形狀的分子,範圍從片段狀實體到被設計為二級結構模擬物或表位模擬物的大環衍生物。


供應商:ASINEX Elite庫

發布者:ASINEX分子:12960

PI:Mark Parisi

發布:3 / 3 / 2016

最初的“打擊”之後有哪些問題?Ainex通過廣泛的ADME分析,易於藥物化學修飾的最佳設計以及確保新穎性的IP評估解決了這些問題。


供應商:ASINEX表型庫

發布者:ASINEX分子:9840

PI:Mark Parisi

發布:3 / 3 / 2016

Asinex在內部運行基於靶標和表型的檢測,並利用收集到的實驗信息創建基於靶標的篩查集和多種篩查集。 通過這種經驗,Ainex創建了一個表型篩選集。 此集合的過濾器如下:

MW:200-450,clogP:-1.0–7.0,clogD(pH 7.4):-5.0–4.0,Rot.Bond:0-10,HA:1-10,HD:1-5,TPSA:15-135 A ,N + O:2-10,HAC:19-34,偶極子:0.3–3.30,SHP2:0.240–0.450。


供應商:ASINEX多樣性庫

發布者:ASINEX分子:9968

PI:Mark Parisi

發布:3 / 3 / 2016

多樣性仍然是一種強大的篩選工具,尤其是在藥物發現的早期“探針”階段。 在創建此集合時,Ainex應用了計算工具以確保正確表示化學空間,同時還結合了其“精英”和“生物設計”概念的元素。


供應商:ASINEX BioDesign

發布者:ASINEX分子:8041

PI:Mark Parisi

發布:3 / 3 / 2016

ASINEX的BioDesign方法將已知藥理相關天然產物(例如生物鹼和其他次級代謝產物)的關鍵結構特徵整合到可合成的藥用化學支架中。


產品目錄:分佈式藥物發現(D3)-IUPUI

發布者:IUPUI-D3枚舉73K N-AcylAA-OH,-OMe,-NH2分子:73234

PI:MJ O'Donnell和WL Scott

發布:2 / 24 / 2016

> 73,000分子的免費開放虛擬目錄/圖書館:(a)N-酰基非天然α-氨基酸,(b)N-酰基非天然α-氨基酸的甲基酯,和(c)N的伯酰胺-酰基非天然α-氨基酸。 目錄中的分子是通過基於與100 R1X等效的甘氨酸陰離子的固相組合烷基化,然後由100 R2CO2H進行N-酰化和樹脂裂解(分別為TFA,MeOH / Et3N或TFA)獲得的。 48,818分子的舊數據集(在a和b集之上以及R1X和R2CO2H輸入)已發佈在1 / 1 / 2009上。 我們鼓勵同事就D3項目的興趣與我們進行溝通(電子郵件: [電子郵件保護]<至mailto:[電子郵件保護]>或 [電子郵件保護]<至mailto:[電子郵件保護]>)。 參考文獻:J. Comb。 化學 2009,11,3-13,14-33,34-43; J.組織 化學 2014,79,3140-51; J.化學 教育。 2015,92,819-26。


瘧疾:5惡性瘧原蟲激酶與GSK TCAMS的生化篩選

發布者:Gregory J. Crowther分子:13451

PI:Gregory J. Crowther

發布:2 / 3 / 2016

篩選了〜13,500種細胞活性化合物對五種不同蛋白激酶的活性。 在惡性瘧原蟲鈣依賴性蛋白激酶1和4(CDPK1 / PF3D7_0217500和CDPK4 / PF3D7_NUMX NUMX_NUMX NUMX_NUMX_NUMXMAP0717500_NUMXMAP2蛋白酶2) 2(PK3 / PF7D1113900_6)和蛋白激酶6(PK3 / PF7D1337100_7)。 發現了針對三種激酶的新型有效抑製劑(IC7 <3 µM):CDPK7,CDPK0213400和PK50。 PK1抑製劑是迄今為止針對該酶發現的最有效的抑製劑,值得進一步研究。


公共暗物質化合物

發布者:暗物質化合物分子:139352

PI:吉列爾莫·莫拉萊斯(Guillermo Morales)

發布:12 / 7 / 2015

諾華髮現至少在諾華803,990分析中已經測試了其化合物的100,並且112,872化合物沒有活性(14.0%)。 對NIH數據的分析表明,至少在363,598種化合物沒有活性(100%)的131,726分析中,已經對36.2種化合物進行了測試。

安妮·邁·瓦瑟曼(Anne Mai Wassermann),尤金·倫肯(Eugen Lounkine),多米尼克·霍普夫納(Dominic Hoepfner),蓋勒·勒高夫(Gaelle Le Goff),弗雷德里克·金(Frederick J King),克里斯蒂安·斯圖德(Christian Studer),約翰·佩爾帖(John M Peltier),梅利莎·L·格里波(Virgin Prindle),簡劍濤(Tianshi Tao),安斯加·舒芬豪(Ansgar Schuffenhauer),伊恩·華萊士(Iain M Wallace),陳妮(Shanni Chen),菲利普·克拉斯特(Philipp Krastel),阿曼達·科沃斯(Amanda Cobos) -Correa,Christian N Parker,John W Davies和Meir Glick。 暗化學物質是發現藥物線索的有前途的起點。 自然化學生物學2015,第 11,第958–966頁(doi:10.1038 / nchembio.1936)


ADME:AZ公開ChEMBL數據

發布者:AZ Public ChEMBL數據分子:5799

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

發布:10 / 5 / 2015

在阿斯利康測定的一組公開披露的化合物的體外DMPK實驗和理化數據。 為測定提供的參考舉例說明了用於產生數據的實驗程序。

https://www.ebi.ac.uk/chembl/doc/inspect/CHEMBL3301361% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole guinea pig plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole dog plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole rat plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.% bound to plasma by equilibrium dialysis. Compound is incubated with whole mouse plasma at 37C for >5hrs. Method described in B. Testa et al (Eds.), Pharmacokinetic Profiling in Drug Research: Biological, Physicochemical, and Computational Strategies, Wiley-VCH, Weinheim, 2006, pp.119-141. Experimental range 10% to 99.95% bound.Intrinsic clearance measured in human hepatocytes following incubation at 37C. Experimental range <3 to >150 microL/min/1E6 cells. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 1730-1736.Most basic pKa value (pKa B1) determined by absorption and potentiometric titration using standard methodology from Sirius Analytical. Experimental range Bases: >= 2.Second most acidic pKa value (pKa A2) determined by absorption and potentiometric titration using standard methodology from Sirius Analytical. Experimental range Acids: <= 11.

使用Sirius Analytical的標準方法通過吸收和電位滴定法確定的第三最基本pKa值(pKa B3)。 實驗範圍基數:> = 2。

第二最基本的pKa值(pKa B2)是使用Sirius Analytical的標準方法通過吸收和電位滴定法確定的。 實驗範圍基數:> = 2。

使用Sirius Analytical的標準方法,通過吸收和電位滴定確定最酸性的pKa值(pKa A1)。 實驗範圍酸:<= 11。


PDB配體

發布者:Protein Data Bank(PDB)分子:16826

PI:Dale R. Cameron博士,MCIC,P.Chem。

發布:8 / 3 / 2015

從PDB中提取配體信息,過濾以除去“聚合物”和其他相關的“非游離”配體以及金屬或金屬結合配體。 可能會在沒有警告的情況下更新過濾過程。 數據按原樣提供,沒有其他管理或糾錯。 到PDB的鏈接由RCSB PBD提供,可以引用為

HM Berman,J.Westbrook,Z.Feng,G.Gilliland,TN Bhat,H.Weissig,IN Shindyalov,PE Bourne(2000)蛋白質數據庫核酸研究,28:235-242。

請向保管庫管理員報告斷開的鏈接,對其他數據的請求等。


EBOLA:埃博拉病毒的小分子抑製劑

發布者:納迪亞的沙盒分子:55

PI:Nadia Litterman博士

發布:2 / 2 / 2015

這個共享的數據集包含來自文獻的55小分子(至1月2015年為止),這些小分子具有針對埃博拉病毒和各種疾病模型的體外和/或體內活性。 我們包括了經驗豐富的藥物化學家的評估以及PAINS過濾的結果。 (這項工作已由納迪亞·利特曼,克里斯托弗·利賓斯基和肖恩·埃金斯提交給F1000Research出版)。


供應商:Synthonix-建立更好的債券

發布者:http://www.synthonix.com分子:10286

發布:1 / 2 / 2015

Synthonix通過提供一系列10286構建基塊來幫助藥物化學家突破藥物發現的界限,使他們能夠探索更具挑戰性的化學空間,並擴大治療世界範圍內慢性病和可治癒疾病的潛在重要治療靶點的範圍。 Synthonix,Inc:919-875-9277; 普通電子郵件: [電子郵件保護]; Synthonix Ltd(歐洲辦事處):辦公室:+ 44 1223 597934; 電子郵件: [電子郵件保護]


問題:NIH化學探針

發布者:Probes Vault分子:319

PI:Christopher Lipinski

發布:11 / 12 / 2014

美國國立衛生研究院(NIH)已在壁畫內和學術中心資助了HTS廣泛的工作,估計超過576百萬美元,以通過分子庫篩選中心網絡(MLSCN)和分子庫篩選中心識別小分子化學探針或工具化合物。分子圖書館探針生產中心網絡(MLPCN)。 對於要被選作探針的化合物,已經使用了基於效價,選擇性,溶解性和可利用性的各種定義。 迄今為止,由美國國立衛生研究院(NIH)資助的學術篩選中心已經發現了超過300種化學探針。 該集合包括探針結構,靶標,反靶標,IC50值和其他參考。 它還包括各種藥物相似性度量,包括由Chris Lipinski博士分配的“理想分數”,如“化學探針專家評估的計算預測和驗證”所述。Litterman NK,Lipinski CA,Bunin BA,Ekins S J Chem Inf模型 (2014)


供應商:Azepine Ltd.積木收藏

發布者:Azepine Ltd.分子:600

PI:朱莉婭

發布:10 / 8 / 2014

600構建塊,有現貨供應,價格具有競爭力。 聯繫 [電子郵件保護]


NEU-CSIC-GSK激酶靶向的HTS

發布者:Pollastri Lab-東北大學分子:78

PI:Michael Pollastri

發布:9 / 25 / 2014

該數據集包含通過東北大學(Pollastri實驗室),CSIC(Navarro實驗室)和葛蘭素史克·特雷斯·坎托斯實驗室(發展中國家DPU疾病)之間的協作進行的高通量篩選的公開結果。 本文是Diaz等人的PLoS-NTD:

DOI:10.1371 / journal.pntd.0003253

請聯繫 [電子郵件保護] 有問題


供應商:Vitas-M實驗室庫存HTS系列

發布者:Vitas-M實驗室分子:388375

發布:7 / 11 / 2014

維塔斯M實驗室有限公司 HTS化合物的庫存量約為400 000個單個分子。 它們都可以以各種形式快速交付,包括毫克,微摩爾,乾粉,DMSO溶液和乾膜。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [電子郵件保護]


供應商:Vitas-M實驗室構建基塊

發布者:Vitas-M實驗室分子:33297

發布:7 / 10 / 2014

維塔斯M實驗室有限公司 有機構造塊的集合包含超過33個000標識和測試的項目。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [電子郵件保護]


供應商:Vitas-M實驗室支架

發布者:Vitas-M實驗室分子:2898

發布:7 / 8 / 2014

維塔斯M實驗室有限公司 腳手架的收藏(杜鵑花項目)。 合成類似毒品的小型圖書館的先進想法。 獲得沒有其他供應商提供的絕對新穎的化合物是最好的選擇。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [電子郵件保護]


供應商:Vitas-M實驗室碎片

發布者:Vitas-M實驗室分子:18631

發布:7 / 8 / 2014

維塔斯M實驗室有限公司 碎片收集(通過“ 3規則”的化學物質和其他特殊過濾器),用於基於碎片的藥物發現。 www.vitasmlab.com Irina Ryabushenko: [電子郵件保護]


供應商:Life Chemicals- GPCR庫

發布者:生命化學分子:15948

PI:Alexandr Kucherak

發布:6 / 20 / 2014

相似性/藥效基團搜索基於Sybyl-X提供的拓撲搜索。 第一步-相似性搜索假設將整個儲備化合物與衍生自BindingeDB和ChemblDB的已知抑製劑進行比較。 第二步-已知抑製劑的3D結構的產生及其共比對。 該化學空間空間用作擬合其餘“相似”化合物的模板。 但是,該方法是為“櫻桃採摘”設計的,可以使用針對此類受體的虛擬篩選方法(腺苷,趨化因子,多巴胺,加巴胺,組胺,毒蕈鹼,阿片類藥物,鞘氨醇。 http://www.lifechemicals.com/


供應商:生命化學-相似激酶

發布者:生命化學分子:62467

PI:Alexandr Kucherak

發布:6 / 20 / 2014

使用MDL公鑰和Tanimoto相似性截止值90%進行相似性搜索。 幾乎所有在25生物學分析中測試過活性的168K參考化合物(超過100個不同的激酶靶標)都用於相似性搜索。 所有這些化合物都可以針對更具體的目標進行篩選,直至達到客戶訂單為止。 http://www.lifechemicals.com/


供應商:Life Chemicals-激酶對接

發布者:生命化學分子:15174

PI:Alexandr Kucherak

發布:6 / 20 / 2014

在Sybyl環境中基於虛擬對接準備了Kinase庫。 為此目的,對一組激酶結構的結合位點(約20)進行了比對和分析。 這些重疊的位點通過Sybyl-X的Unity模塊用於基於結構的藥效團建模。 在所有準備工作之後,針對該多藥效團模型篩選了整個3D儲備液,最後進行了排名第一。 http://www.lifechemicals.com/


供應商:生命化學-核受體

發布者:生命化學分子:9896

PI:Alexandr Kucherak

發布:6 / 20 / 2014

生命化學品。 虛擬對接和相似性/藥效團搜索。 http://www.lifechemicals.com/


供應商:生命化學-CNS庫

發布者:生命化學分子:16535

PI:Alexandr Kucherak

發布:6 / 20 / 2014

文獻中描述的CNS過濾器被用作我們整個庫存的篩子。 如圖所示,只有具有此類參數的化合物才能具有神經組織通透性的適當特徵。 所有描述符都是從Sybyl的Spreadsheets和Volsurf模塊獲得的。 (MW 200 = 350 cLogP = <3.6 H鍵受體= <8 H鍵供體= <5 tPSA = <120可旋轉鍵= <5 LogBB1 = -3.0至1.0)http://www.lifechemicals.com/


供應商:生命化學產品-類似於天然產物的圖書館

發布者:生命化學分子:7808

PI:Alexandr Kucherak

發布:6 / 20 / 2014

第一種方法是基於對描述符的統計分析。 以前,已經分析了一個大型的NP數據庫,通過以樹的形式排列它們來研究NP支架。 因此,進行了超過130 000 NP結構的特性分佈分析,並確定了特定類別的天然化合物典型的亞結構,以生成通常存在於天然化合物中的一組片段。 此方法在CRC天然產物(DNP)和合成分子(SM)詞典中進行了測試。 另一種方法是基於支架相似性評估。 為一個分子生成的原子簽名(來自fragmnet)的數量等於組成該分子的原子數量。 每個原子簽名獨立地代表分子的結構特徵/片段,並為其計算單個分數。 得分越高,原子數越多。 為了重現這種實驗,我們使用了CDK-Taverna 2.0中已實現的模塊化學開發套件。 它包含一個NP-likeness評分器v1.4.1,用於計算分子的天然產物(NP)相似度,即分子與已知天然產物所覆蓋的結構空間的相似性。 對所有結果進行評分,範圍從-3到+ 3。 http://www.lifechemicals.com/


供應商:生命化學品-篩選產品

發布者:生命化學分子:371998

PI:Alexandr Kucherak

發布:6 / 20 / 2014

精心設計的,新穎的,類似藥物的小分子,具有5的Lipinski規則,並且偏離此參數集的唯一原因是獨特的支架或非標準化學。 準備使用諸如PAIN的藥用化學過濾器或任何以目標為重點的過濾器(溶解度,滲透性,BBB)。 http://www.lifechemicals.com/


供應商:生命化學產品-具有保證溶解度的碎片

發布者:生命化學分子:8241

PI:Alexandr Kucherak

發布:6 / 20 / 2014

通過用改良的“三元規則”過濾整個LC儲備液來選擇片段化合物。 片段已在分析實驗室中進行了溶解度測試。 在DMSO中濃度為200mM時,可確保溶解度,並且75%的片段在7.5mM濃度下可溶於pH1緩衝液。 http://www.lifechemicals.com/


TB:文獻中的體內小鼠功效

發布者:TB體內數據2分子:778

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

發布:4 / 10 / 2014

展望未來:預測小分子與結核分枝桿菌的體內功效。 在疾病的動物模型中,將疾病的體外選擇和翻譯轉化為具有體內活性的分子是一項挑戰,需要花費大量時間和金錢。 我們演示了使用由773化合物組成的機器學習分類模型(貝葉斯,支持向量機和遞歸分區)從體內有活性和無活性的化合物中學習。 貝葉斯模型預測了8之外的其他體內活性物質中不包含11的情況,該活性物質未包含在模型中作為外部測試集。 因此,治療70年的Mtb數據可以提供統計上可靠的計算模型,以將資源集中在體內活性小分子抗結核藥上。 這突顯了在其他疾病中進行體內測試的經濟有效的預測因子。 PMID:24665947


TB:TB Mobile 2的數據

發布者:TB Mobile 2.0更新分子:79

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

發布:3 / 19 / 2014

從最新論文中選擇的79化合物在TB Mobile中已針對該應用程序的2版本添加了一個或多個TB目標。 20個其他分子用作測試集。 論文已提交。


寄生蟲:曼氏血吸蟲的MMV瘧疾框屏

發布者:CDIPD保險櫃分子:400

發布:11 / 6 / 2013

曼氏血吸蟲(感染後的幼蟲)和成年人的全生物體篩查物,包括組成MMV瘧疾框的400化合物(http://www.mmv.org/malariabox)。 僅針對成年人,測試了那些產生最嚴重表型與瘧疾的瘧疾“藥物樣”化合物。 數據也上傳到ChEMBL。 請與UCSF寄生蟲病發現和創新中心(www.cdipd.org/)聯繫Conor Caffrey([電子郵件保護]).


激酶:激酶催化活性(Theonie Anastassiadis在《自然生物技術》中的出版物)

發布者:激酶催化活性分子:178

PI:Theonie Anastassiadis

發布:8 / 30 / 2013

激酶催化活性

自然生物技術2011,十月30; 29(11):1039–1045。測試的庫包含已知抑制所有主要蛋白激酶亞家族激酶的178化合物。為簡單起見,在0.5 µM ATP存在下,所有化合物均以10 µM的濃度進行了測試。 儘管報導了這些化合物向其主要目標0.5 nM的平均IC50值,但仍選擇了66 µM,以便捕獲較弱的脫靶抑制活性。每個激酶抑製劑對均進行了重複測試,結果表示為平均底物磷酸化百分比溶劑控制反應(以下稱為“剩餘激酶活性”)。給出了每個激酶抑製劑對的平均剩餘激酶活性。 激酶活性數據表示為與媒介物(二甲亞砜)反應相比,測試樣品中剩餘激酶活性的百分比。


結核病:更新藥物和潛在客戶的目標

發布者:結核病:具有靶點的藥物和鉛-更新分子:38

發布:6 / 14 / 2013

TB的最新文獻中具有已知目標的已發表化合物已被用作TB Mobile App的更新

激酶:GSK發表的激酶抑製劑套裝(PKIS)

發布者:Kinome2分子:364

發布:6 / 6 / 2013

GSK已發布的激酶抑製劑套裝(PKIS)是一組367蛋白激酶抑製劑,已針對蛋白激酶家族活性進行了註釋,可用於公共篩選工作。 可以在下面顯示的鏈接中找到有關篩選集的詳細信息。 ChEMBL數據庫一直是該組生物測定數據的“理想去處”站點。 本著改善對重要數據的訪問的精神,我們收集了ChEMBL善意提供的PKIS數據,並對其進行了處理,以便可以在此處通過協作藥物發現(CDD)站點進行訪問(就像我們之前為Kinase SARfari數據庫)。

轉移到CDD可以使數據更加“醫學化學家”友好。 我們還整理了數據集。 例如,實際上只有364種化合物(某些重複是由於鹽的形式或同一分子的替代名稱)。 我們還嘗試在可能的情況下對目標名稱進行標準化(例如,對於來自UNC的數據集,激酶IKKA,IKKB和IKKE被稱為IKK-alpha,IKK-beta,IKK-epsilon)。 並不是說我們是完美的……我們也感謝對數據集的任何更正!

總而言之,有些364化合物已針對225和0.1 uM的1目標進行了測試。 在此數據集中,只有一個協議,但是225目標在一個讀數中列出。 濃度也是一種讀數,因此很容易將搜索限制在以1和/或0.1 uM運行的屏幕上。

友情鏈接:

1)有關GSK PKIS的更多信息

http://www.maggichurchouseevents.co.uk/bmcs/Downloads/CBDD%20-%20Zuercher%20Bill.pdf

http://www.chordomafoundation.org/wp-content/uploads/2013/04/2013-Flanagan-Drewry.pdf

http://chembl.blogspot.co.uk/2013/05/pkis-data-in-chembl.html

2)CDD上的先前ChEMBL激酶數據

https://www.collaborativedrug.com/buzz/2013/04/04/kinome-sar-for-collaborative-drug-discoverers/

激酶:ChEMBL激酶SARfari化合物和生物測定數據


由...出版: CDD Vault 分子:54211

PI:CDD

發布:3 / 27 / 2013

ChEMBL上有價值的資源是Kinase SARfari,“一種專注於激酶的綜合化學基因組學工作台。 該系統整合併鏈接了激酶序列,結構,化合物和篩選數據。 該數據庫是非常有用的資源,可在廣泛的測定方法中針對各種激酶提供大量的激酶活性化合物的SAR數據,其中許多是從文獻中手動提取和整理的。 為了使該數據在CDD界面中可用,我們採用了Kinase SARfari的核心表,並將其與ChEMBL數據庫中的另一個關鍵表合併,從而提供了一個字段,該字段描述了每個記錄中使用的測定法,其細節比本地SARfari中的信息更為詳盡。 。 現在,我們可以通過CDD接口使用此合併的數據集。 400激酶具有詳細的體外數據。 此外,還發布了體內功能以及ADMET數據。


TB:ARRA

發布者:TB ARRA分子:1924

PI:鮑勃·雷諾茲

發布:3 / 15 / 2013

來自SRI(Bob Reynolds)和Scott Franzblau小組的數據-Ekins等人提交的論文。

以前的SRI篩選中的命中被用來在供應商庫中尋找相似的化合物,並在一系列接受篩選的新藥物發現候選品篩選中進行了聚類和體外測試。 這些化合物還用作先前生成的具有生物活性和細胞毒性信息的貝葉斯模型的測試集。


TB:GSK

發布者:TB GSK分子:177

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

發布:2 / 8 / 2013

來自Ballell等人的論文ChemMedChem 2013的補充數據,“正在推動開源藥物的發現:177小分子抗結核”

原始數據集託管在https://www.ebi.ac.uk/chemblntd上,僅顯示M.tb數據,但ChEMBL上提供了更多的BCG數據


三角錐:南美錐蟲病文獻化合物

發布者:查加斯公共數據分子:531

發布:12 / 21 / 2012

針對已發表的文獻中體外或體內針對克魯氏錐蟲測試的531分子,設計了化合物結構和文獻參考。


TRYPANOSOME:針對人類非洲錐蟲病(HAT)的特定化學系列的優化

發布者:查加斯公共數據分子:5559

發布:12 / 12 / 2012

SCYNEXIS Inc作為DNDi HAT Lead Optimization Consortium的成員,開發並篩選了具有抗布魯氏桿菌活性的4926化合物。 包括針對布魯氏布魯氏菌的化合物結構和體外活性數據。 對於一部分34化合物,針對相關的真核寄生蟲T. brucei rhodesiense,L。donavani和P. falciparum的細胞毒性數據和活性。 所有已報導的化合物系列都不再開發HAT,因為發現它們的選擇性差或與體內活性不兼容的特性。 http://www.dndi.org/diseases-projects/open-innovation/1011-hat-001


TRYPANOSOME:DNDi-芬那莫爾系列的優化治療南美錐蟲病

發布者:查加斯公共數據分子:743

發布:12 / 9 / 2012

包括Epichem,默多克大學和CDCO在內的DNDi主管優化協會開發並篩選了基於植物殺菌劑芬那莫爾的SAR系列。 DNDi在ChEMBL-NTD中公開了該系列6化合物的公開化合物結構,克魯氏梭菌活性數據和L-743細胞毒性數據。 化合物和生物學測定數據包括在CDD Public中。 http://www.dndi.org/diseases-projects/open-innovation/1012-chagas-001


TRYPANOSOME:廣泛的主要HTS來識別T.Cruzi複製的抑製劑

發布者:查加斯公共數據分子:303230

發布:12 / 6 / 2012

Broad Institute在穩定表達與宿主細胞小鼠成纖維細胞NIH303,224T3共培養的穩定表達β-半乳糖苷酶報告基因的克氏錐蟲重組圖拉胡恩菌株中,一式兩份地對3化合物進行了高通量篩選。 在4,394命中中,進一步評估了4,063的抑制活性和宿主細胞毒性。 最後,選​​擇27化合物作為潛在的探針化合物並進行進一步驗證。 來自初步篩选和隨後的次要分析的數據已保存在PubChem中。 CDD Public中包含了來自PubChem的初次篩选和六個次要分析的化合物和生物學分析數據。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21634083


TB:Guzman等,M.tb。 MurE連接酶抑製劑

發布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:8

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

發布:12 / 6 / 2012

來自以下結核病出版物的基於全細胞和靶標的篩選數據:Guzman JD,Gupta A,Evangelopoulos D,Basavannacharya C,Pabon LC,Plazas EA,MuñozDR,Delgado WA,Cuca LE,Ribon W,Gibbons S,Bhakta S. J抗微生物化學試劑。 2010十月; 65(10):2101-7。 哥倫比亞植物天然產物的抗結核病篩查:3-甲氧基正氨苯丁胺,結核分枝桿菌的MurE連接酶抑製劑。


供應商:NIH Clinical Collection 2陣列(281個分子)

發布者:NIH Clinical Collections分子:281

PI:項目經理:Mei Steele

發布:11 / 21 / 2012

NIH Clinical Collection 2是具有在人類臨床試驗中使用的歷史的281小分子平板陣列。 該館藏是由美國國立衛生研究院(NIH)通過分子圖書館路線圖倡議組織的,作為其使命的一部分,以使復合篩選能夠在生物醫學研究中使用。


供應商:NIH Clinical Collection陣列(446個分子)

發布者:NIH Clinical Collections分子:446

PI:項目經理:Mei Steele

發布:11 / 21 / 2012

NIH Clinical Collection是446小分子的鍍膜陣列,具有在人類臨床試驗中使用的歷史。 該館藏是由美國國立衛生研究院(NIH)通過分子圖書館路線圖倡議組織的,作為其使命的一部分,以使復合篩選能夠在生物醫學研究中使用。


TB:具有目標的藥物和潛在客戶-移動應用中使用的數據

發布者:移動應用程序的SRI分子和目標分子:707

發布:10 / 23 / 2012

精選了具有體內必需性的結核病靶點的更新數據

來自TBDB,Biocyc,Metacyc,PDB和Pubmed的信息以及

斯坦福研究所的Malabika Sarker的其他參考。

約翰·霍普金斯大學的Gyanu Lamichhane提供了必要條件

information.ref.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22477069

在移動設備上瀏覽此數據集:https://itunes.apple.com/app/tb-mobile/id567461644


毒物:按肝毒性分類的藥物和化學藥品

由...出版: CDD Vault 分子:83072

PI:CDD

發布:7 / 16 / 2012

輝瑞公司(Hu 2008)以前已經根據肝毒性的臨床數據分類了一系列藥物和化學藥品,以評估體外人肝細胞成像測定技術(HIAT),從而使75%與臨床肝毒性。 通過貝葉斯模型在計算機模擬預測中使用了不會或不會引起藥物誘發的肝損傷(DILI)的相同化合物數據集以及分子描述符。


TB:具有針對TB的全細胞活性的SRI分子

發布者:SRI Group Vault分子:23

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

發布:4 / 24 / 2012

在Pharm Res中評估分子。 2012 4月4。 PMID:22477069

結合化學信息學方法和途徑分析,鑑定具有抗結核分枝桿菌全細胞活性的分子。

Sarker M,Talcott C,Madrid P,Chopra S,Buinin BA,Lamichhane G,Freundlich JS,Ekins S.


瘧疾:MMV瘧疾框

發布者:公眾:瘧疾框分子:400

發布:3 / 29 / 2012

來自MMV瘧疾盒(ChEMBL-NTD)的分子(https://www.ebi.ac.uk/chemblntd):MMV瘧疾盒,Simon Macdonald,Paul Willis,Paul Kowalczyk,Thomas Spangenberg,Jeremy Burrows和Tim Wells。 用於瘧疾風險投資(MMV),PO Box 1826,20,rte dePré-Bois,1215 Geneva 15,瑞士和SCYNEXIS Inc.的藥品。PO Box 12878研究三角公園,北卡羅萊納州27709-2878美國。

已針對3D7(對氯喹(CQ)敏感,但對惡性瘧原蟲耐磺胺多辛的菌株)體外篩選了瘧疾盒中的所有化合物,並在人胚胎腎細胞系(HEK-293)上進行了細胞毒性試驗。 對於惡性瘧疾數據,數據以nM表示為EC50。


ADME:ADMEdata.com-高質量ADME數據的商業存儲庫

發布者:G2 Research ADMEdata.com分子:1760

PI:喬治·格拉斯

發布:1 / 13 / 2012

例如:Caco-2滲透性,5pH值的平衡溶解度,蛋白質結合人,蛋白質結合大鼠,兔腸滲透性,人血漿分配和血細胞比容。 有關完整的數據集和模型,請直接聯繫Pharm.D的George Glass。 博士 [電子郵件保護] (通過CDD分發)


供應商:孔砌塊集合

由...出版: CDD Vault 分子:29241

PI:CDD

發布:1 / 13 / 2012

Porse File Chemical Co.致力於開髮用於藥物發現的定制新型化合物合成,並提供具有競爭力的價格和優良品質的廣泛產品系列。 當前的化合物是嗎啉,哌啶,哌嗪,嘧啶,氨基酸和API家族中1554新的各種化合物和結構單元的選定子集。 www.porsefinechemical.com, [電子郵件保護] + 86-20-28069055


寄生蟲:曼氏血吸蟲血吸蟲病:微源光譜和殺手級收藏

發布者:Brian Suzuki的Sandbox分子:119

發布:10 / 5 / 2011


曼氏血吸蟲血吸蟲:微源譜和殺手集合的表型篩選。

PI:Conor R. Caffrey

發布:10 / 5 / 2011

CDD:公共數據119點擊

作為在UCSF桑德勒藥物發現中心發現新的抗寄生蟲藥物的重新定位(重新定位)策略的一部分,我們針對引起傳染性熱帶病的血吸蟲病開發了部分自動化的全生物(表型)篩選,血吸蟲病。 我們篩選了上述集合中的1,260種化合物,其中包括藥物,類藥物化合物,天然產物和其他化合物。 我們報告使用簡單的描述符表達曼氏血吸蟲的幼蟲階段(血吸蟲)的表型改變,以傳達寄生蟲對複合污染的多重和動態響應。 表型反應的完全量化正在進行中。 給出的數據僅與“命中”化合物有關; 可以從Microsource Discovery Systems Inc.獲得相應集合中化合物的完整列表。 [電子郵件保護] 更多細節。 血吸蟲病的藥物發現:通過中通量表型篩選在已知藥物庫中鑑定出命中和先導化合物。 阿卜杜拉MH,魯埃拉斯DS,沃爾夫B,Snedecor J,林KC,徐F,倫斯洛AR,威廉姆斯J,麥考羅JH,卡弗里CR。 PLoS Negl Trop Dis。 2009 7月14; 3(7):e478.PMID:19597541


TB:SRI激酶庫表型篩選

由...出版: CDD Vault 分子:23823

PI:CDD

發布:8 / 29 / 2011

激酶靶點正在超越多種疾病的追求

癌症,包括免疫和代謝以及病毒,寄生蟲,

真菌和細菌。 特別是最近

對分枝桿菌中激酶和ATP結合靶標的興趣

結核病以鑑定抑製劑和潛在藥物

當前藥物方案未靶向的必需蛋白。

在此,我們報告了針對目標人群的高通量篩選結果

基於當前激酶抑製劑支架和已知激酶結合位點設計的大約26,000化合物文庫。 本文提供的表型數據可以構成基礎,用於選擇支架/化合物以進一步針對結核分枝桿菌中的特異性激酶或其他ATP結合靶標進行酶促篩選,基於對整個細菌的體外表觀活性.PMID:21708485

結核病(愛丁堡)。 2011 Jun 25。 [Epub提前發布]

版權所有©2011 Elsevier Ltd.保留所有權利。

有關更多詳細信息,請聯繫Melinda Sosa: [電子郵件保護]

高通量篩選基於激酶抑製劑的文庫

抗結核分枝桿菌H37Rv的支架。

雷諾(Reynolds)RC,安南斯坦(Ananthan S),法萊奧萊(Ea Faaleolea E),霍布拉斯(Hobrath)合資,K CD,馬多克斯(Maddox)C,拉斯穆森(Rasmussen)L,索薩(Sosa)密西西比(Thammasuvimol E),白EL(El),張(W),西克莉(Secrist)JA 3rd。

資料來源:南方科學研究所,2000第九大道南,

美國,AL 35205,伯明翰。


FDA批准:NCGC藥品收藏(NPC)V1.1.0

發布者:NCGC Pharmaceutical Collection NPC V1.1.0分子:14579

PI:Noel Southall

發布:8 / 8 / 2011

NCGC藥品收藏:全面的臨床批准藥物資源,可實現再利用和化學基因組學。 Huang,R.,Southall,N.,Wang,Y.,Yasgar,A.,Shinn,P.,Jadhav,A.,Nguyen,D.,Austin,C.Sci Transl Med 27 April 2011:Vol。 3,第80期,p。 80ps16。

http://stm.sciencemag.org/content/3/80/80ps16.abstract


供應商:帶有定價信息的BioBlocks目錄

發布者:BioBlocks分子:2971

PI:道格·墨菲

發布:8 / 3 / 2011

2989種化合物。

BioBlocks提供了超過2200個支架,構建基塊和片段的重點收藏,這些支架已被預先鑑定為藥物成分。 這些化合物中的大多數是由BioBlocks獨特提供的,已發現其應用範圍從藥物開發的中間體到肽化學中的氨基酸替代物。

有關BioBlocks構建塊的最新詳細信息,請訪問www.bioblocks.com。


TOX:藥物性肝損傷數據(DILI)

發布者:BBB分子:519

發布:4 / 29 / 2011

藥物性肝損傷數據-訓練集是Jim Xu的實驗數據,測試集代表文獻數據。

發表在《藥物代謝研究》上。 2010 Dec; 38(12):2302-8。 Epub 2010 Sep 15。 基於預測性配體的貝葉斯模型,用於人類藥物誘發的肝損傷。

埃金斯S,威廉姆斯AJ,徐繼傑。

TB:體內必需基因的目標數據庫


發布者:SRI TB目標數據庫分子:314

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

發布:4 / 21 / 2011

針對結核病靶標的數據具有來自TBDB,Biocyc,Metacyc,PDB和Pubmed的體內必需性信息,以及斯坦福研究院的Malabika Sarker博士整理的其他參考資料。 約翰·霍普金斯大學的Gyanu Lamichhane博士因提供必要性信息而受到公認。

**請注意,沒有與該數據集相關的小分子**


供應商:Enamine代表性多元篩選庫

發布者:Enamine分子:200000

PI:Dmytro Mykytenko

發布:4 / 12 / 2011

原始200K多樣化篩選庫是專門為協作藥物生成的

全球最大的商業篩選化合物庫存中的發現用戶

(超過1.7 M種)。 該庫具有獨家的類藥物化合物和精緻的ADME

屬性。 我們的高品質複合材料可以精心挑選並立即提供

不同的格式。


FDA批准重新定位:使用HTS方法重新定位的藥物

發布者:體外重用分子:109

發布:3 / 18 / 2011

使用HTS方法鑑定出新用途的藥物。 該表大大擴展了先前發布的版本:“ Ekins S,Williams AJ,Krasowski MD,Freundlich JS。對已批准的罕見病和被忽視疾病的藥物進行計算機重新定位。今天2011,三月1。PMID:21376136 doi:10.1016 / j.drudis .2011.02.016該表列出了分子,舊用途/目標,新用途/目標,如何發現和引用。

縮寫:CCR5,趨化因子受體5; DHFR,二氫葉酸還原酶; DOA,濫用藥物,FDA,食品和藥物管理局; GLT1,谷氨酸轉運蛋白1; HSP-90,熱激蛋白90; JHCCL,約翰·霍普金斯臨床化合物圖書館; Mtb,結核分枝桿菌; NK-1,神經激肽-1受體; OCTN2。


FDA批准重新分配:孤兒指定的產品

發布者:罕見疾病重用分子:76

發布:3 / 18 / 2011

FDA表2-來自FDA資源,罕見病研究數據庫(RDRD),其中列出了具有至少一個市場營銷的孤兒指定產品(http://www.fda.gov/ForIndustry/DevelopingProductsforRareDiseasesConditions/HowtoapplyforOrphanProductDesignation/ucm216147.htm)批准用於罕見疾病的適應症。 埃金斯和威廉姆斯(提交的論文)對該數據進行了分析。


FDA批准重新分配:孤兒指定的產品

發布者:罕見疾病重用分子:105

發布:3 / 18 / 2011

FDA表1-來自FDA資源,罕見病研究數據庫(RDRD),其中列出了具有至少一個市場營銷的孤兒指定產品(http://www.fda.gov/ForIndustry/DevelopingProductsforRareDiseasesConditions/HowtoapplyforOrphanProductDesignation/ucm216147.htm)批准常見疾病適應症。

FDA沒有將數據與分子結構相關聯。


供應商:科羅拉多州藥物發現中心試點圖書館

發布者:C2D2公共分子:2240

PI:Greg Miknis,副總監

發布:3 / 7 / 2011

該文庫包含結構多樣的小分子,它們符合類似藥物的標準。 代表了幾種化學型,並且該文庫旨在適用於多種潛在靶標。

要請求有關收藏的信息,請發送請求至 [電子郵件保護]


LIPID:脂質映射結構數據庫

發布者:Lipid Maps數據庫分子:22215

PI:Lipidomics網關

發布:2 / 11 / 2011

脂質圖(http://www.lipidmaps.org/)結構用5常見離子(H +,2H ++,K +,Na +,NH4 +)註釋,包括哺乳動物脂肪酰基,甘油脂,甘油磷脂,鞘脂,固醇脂和烯醇脂。 可通過結構和分子量搜索結構和離子,以幫助鑑定新型脂質。


結核分枝桿菌

發布者:虛擬代謝物分子:274

發布:11 / 5 / 2010

274藥物的數據集(已在美國和歐洲批准用於人類使用),由Kinnings等人的出版物《 PLoS計算生物學》第6卷:e1000976(2010)

藥物與PDB中的至少一種結構共結晶,該數據集可與CDD中的其他TB篩查數據集一起使用,以確定哪些批准的藥物對Mtb具有活性(來自文獻。

TB:文獻中非複制型Mtb的抑製劑


發布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:26

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

發布:10 / 28 / 2010

來自已發表論文的結構和數據:

Darby and Nathan J Antimicrob Chemother 2010:65:1424-1427

Bryk等人,Cell Host and Microbe 2008:3:137-145

Lin等,Arch Biochem Biophys。 2010 501:214-220

Lin et al。,J Biol Chem 2008:283:34423-34431

de Cavalho等人:J Med Chem 2009:52:5789-5792

Lin等人,《自然》 2009:461:621-626


供應商:Astatech,Inc.積木收藏

發布者:Astatech,Inc.分子:6140

發布:10 / 15 / 2010

AstaTech,Inc.提供先進和新穎的中間體,以促進藥物發現過程。 我們的廣泛選擇包括結構單元,新型胺,受保護的胺,非天然氨基酸,酮,醛,雜環,等角酸酐,硼酸和手性中間體。 聯繫 [電子郵件保護] 用於訂購信息。


供應商:Chemik 2010目錄

由...出版: CDD Vault 分子:3889

PI:CDD

發布:10 / 5 / 2010

Chemik已成功幫助惠氏(Wyeth)等藥物發現公司開展了早期項目。 我們提供從克到數噸的原料和關鍵中間體。 憑藉10在該領域多年的經驗,我們可以幫助客戶在4-6週內開發出具有競爭力的價格,優質的產品和持續的服務的新中間體。


瘧疾:菲和蒽氨基醇

由...出版: CDD Vault 分子:35

PI:CDD

發布:9 / 21 / 2010

鹵素取代的蒽和菲N-二烷基和單烷基取代的氨基醇鹽酸鹽在小鼠中的抗瘧數據與伯氏瘧原蟲的關係。 二十七種化合物顯示出活性(平均生存時間增加> 6天); 八個化合物可治愈(IMST> 60天)。 該表包括PubMed ID,以獲取詳細信息和綜合信息。


TB:BCG / MTB活動

發布者:諾華公司:TB數據分子:283

PI:Srinivasa Rao

發布:9 / 15 / 2010

有氧BCG活性(MIC50)-274化合物

有氧MTB活性(MIC50)-283化合物

無氧BCG ATP活性(IC50)-283化合物

厭氧MTB ATP活性(IC50)-283化合物

細胞毒性(CC50)-223化合物關鍵詞:結核分枝桿菌,牛分枝桿菌,結核


瘧疾:JHU JHCCL惡性瘧原蟲抑制

發布者:Johns Hopkins-Sullivan(2008)分子:2693

發布:6 / 4 / 2010

2663 microM對10批准藥物的抑制百分比

TB,瘧疾:GSK瘧疾流行的貝葉斯預測


發布者:GSK數據貝葉斯模型(Ekins等)分子:13355

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

發布:5 / 28 / 2010

使用貝葉斯模型(由Ekins等人,Mol BioSyst 465:305-310(2010))對GSK瘧疾發病率進行預測(由Gamo等人,Nature 6:840-851(2010))。

活動的截止點(220,000模型> 0.31,2,200模型> -1.37在整個單元格屏幕中被分類為活動對象)。

瘧疾:聖裘德兒童研究醫院全細胞瘧疾數據集


發布者:聖裘德-瘧疾/錐蟲生物活性分子:1524

PI:基普·蓋伊

發布:5 / 26 / 2010

由St. Jude CRH(Guiguemde,W等人,《惡性瘧原蟲的化學遺傳學》,自然465,311-315(20 5月2010))發布的《自然》雜誌的補充數據,包括在主屏幕中測試的1524結構,以及其他數據共有八種方案:Bland-Altman分析,計算出的ADMET屬性,光化學生成篩選,靈敏度,協同作用和酶含量分析以及熱熔體分析。


瘧疾:諾華GNF-Pf數據集

發布者:諾華瘧疾分子:5695

發布:5 / 21 / 2010

在基於紅細胞的感染試驗中測試了從MR3獲得的惡性瘧原蟲菌株7d2(對藥物敏感)和W4(對氯喹,奎寧,乙胺嘧啶,環鳥嘌呤和磺胺多辛具有抗藥性)抑制增殖的敏感性選擇的化合物。


供應商:ASINEX新型抗瘧疾篩查套裝

發布者:ASINEX分子:1

PI:Mark Parisi

發布:5 / 20 / 2010

機密數據集:594 ASINEX的新型化合物。 請參閱詳細說明ASINEX設計的附件。

訪問:新的CDD用戶-您的註冊將在批准訪問數據集之前通過批准過程。 現有CDD用戶-請聯繫 [電子郵件保護]


供應商:ASINEX Tres Cantos(GSK)抗瘧亞種

發布者:ASINEX分子:278

PI:Mark Parisi

發布:5 / 20 / 2010

278 ASINEX主動抗瘧疾數據與GSK數據匹配。

可供立即篩選。相應的數據集是ASINEX專有和擁有的。有關更多信息,請聯繫Mark Parisi:電子郵件: [電子郵件保護]

電話:1-877-ASINEX1

傳真:1-336-721-1618


瘧疾:Tres Cantos抗瘧疾套裝(TCAMS)

發布者:GSK反瘧疾數據分子:13471

PI:哈維爾·加莫

發布:5 / 19 / 2010

在GlaxoSmithKline篩選庫中篩選了大約2百萬種化合物,鑑定出超過了13,500惡性瘧原蟲在人紅細胞中增殖的2抑製劑。 該工作是在西班牙Xevera 28760,Severa Ochoa XNUMX,GlaxoSmithKline的Tres Cantos醫學開發園區進行的。

TB:Sacchettini等。 等 評論-其他抗結核藥

發布者:PK分子:18

發布:2 / 5 / 2010

來自Sacchettini JC,Rubin EJ和Freundlich JS藥物中圖1的未經批准的抗結核藥與臭蟲的關係:追求持久的捕食者結核分枝桿菌,《自然評論微生物學》,6,41-52(2008)。


TB:結核小分子專利數據

發布者:TB專利數據分子:20775

PI:協作藥物發現

發布:1 / 27 / 2010

美國專利商標局,歐洲專利局和世界知識產權組織提供的有關結核病研究的結構和專利信息。


TB:Makarov等,NM4TB聯盟

發布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:32

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

發布:1 / 21 / 2010

1,3-苯並噻嗪-4-ones(BTZ)的結構活性關係數據。 由Makarov等人,2009及其同事在NM4TB聯盟(PMID:19299584)的《科學》雜誌上發表的論文“通過阻斷阿拉伯合成來殺死苯並噻嗪酮殺死結核分枝桿菌”獲得的數據。


供應商:TimTec分集

發布者:TimTec分子:9998

PI:供應商

發布:1 / 5 / 2010

10,000多種藥物樣化合物的篩選庫


供應商:TimTec OGT抑製劑類似物SET

發布者:TimTec分子:334

PI:供應商

發布:1 / 5 / 2010

O-GlcNAc轉移酶抑製劑類似物SET


供應商:TimTec ActiTarg-K,激酶調製器

發布者:TimTec分子:6212

PI:供應商

發布:1 / 5 / 2010

ActiTarg-K可對6,000化合物進行計數,從而提供了高價值的藥物樣分子篩選庫,可用於識別新型蛋白激酶抑製劑的合成方向

供應商:TimTec天然產物衍生物庫

發布者:TimTec分子:3001

PI:供應商

發布:1 / 5 / 2010

TimTec的NDL-3000天然衍生物


供應商:TimTec天然產品庫

發布者:TimTec分子:479

PI:供應商

發布:1 / 5 / 2010

TimTec的NPL純天然產品


供應商:篩選庫

發布者:AsisChem分子:43121

發布:10 / 26 / 2009

超過40,000種類似藥物的小分子化合物的集合可用於您的自定義選擇。 所有化合物的庫存量最高為25mg。


供應商:構建基塊

發布者:AsisChem分子:176

發布:10 / 26 / 2009

可用於藥物發現的化合物的集合。 如果沒有庫存,則所有化合物都將在幾週內上市,其數量最多為10克。


TB:TAACF-NIAID CB2庫

發布者:南方研究院分子:102634

PI:Robert Goldman

發布:9 / 30 / 2009

篩選具有抑制結核分枝桿菌菌株H37Rv生長能力的商業(ChemBridge)化合物庫的結果。 參見PMID:19758845


TB:EthR抑製劑(Willand等)

發布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:5

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

發布:9 / 28 / 2009

轉錄抑制因子EthR的藥物樣抑製劑。 Willand等人的自然醫學的分子和數據15:537-544(2009)PMID:19412174


VENDOR,ADME:來自一組結構多樣的商業藥物的基準數據。

發布者:NM4TB:Karlen Group網站分子:24

PI:安德斯·卡倫(Anders Karlen)

發布:6 / 11 / 2009

在瑞典市場上對藥物進行多變量分析是選擇少量理化不同的24藥物化合物的基礎。 選擇時要考慮諸如結構多樣性,商業可用性,價格以及合適的定量分析技術等因素。 測量彙編數據集的親脂性,pKa,溶解度和跨人Caco-2細胞單層的通透性。 我們期望該數據集可以用作驗證新實驗技術或計算機模型的基準集。 它也可以用作開發新計算模型的各種初始數據集。

數據取自:

介紹結構上多樣且可商購的藥物數據集,以進行相關性和基準研究。

SköldC,Winiwarter S,Wernevik J,BergströmF,EngströmL,Allen R,Box K,Comer J,Mole J,Hallberg A,LennernäsH,Lundstedt T,Ungell AL,KarlénA.

J Med化學 2006十一月16; 49(23):6660-71。


TB:已發表文獻的吸收數據

發布者:CDD:TB精選文學分子:24

發布:5 / 28 / 2009

參考文章中的TB吸收數據

2'-O- [N-(水楊酰基)氨磺酰基]腺苷的5-三唑取代的類似物對鐵載體生物合成的抑制:對結核分枝桿菌有效的抗菌核苷。

古普特(A.) 夏威夷州,博肖夫; DJ威爾遜; Neres,J .; Labello,NP; RV索姆; 邢丙; CE,Barry; CC,奧爾德里奇

J Med Chem(2008)卷51,否23,pp 7495-7507滲透率數據。


TB:公開文獻中的藥代動力學數據

發布者:CDD:TB精選文學分子:28

發布:5 / 28 / 2009

TB藥代動力學數據來自已發表的文獻資料。 28以及常見化合物的SAR數據。

數據包括PubMed引文,靶標,測試的細胞和生物,生物利用度,Vm,Vd,Cmax等。


TB:已發表文獻的毒性數據

發布者:CDD:TB精選文學分子:638

發布:5 / 28 / 2009

TB毒性數據來自已發表的文獻資料。 638的SAR數據以及PubMed參考文獻中的常見化合物。

數據包括PubMed引文,靶標,細胞和生物的睾丸,細胞活力,LD50,CC50,MNTD等。


TB:已發表文獻的療效數據

發布者:CDD:TB精選文學分子:6768

發布:5 / 28 / 2009

TB功效數據來自已發表的文獻資料。 6771的SAR數據以及300 PubMed參考文獻中的常見化合物。

數據包括PubMed引文,靶標,細胞和生物的睾丸,MIC,抑制百分數,EC50-EC100,IC50等。


TB:MLSMR

發布者:南方研究院分子:214507

PI:Robert Goldman

發布:5 / 8 / 2009

由分子庫小分子儲存庫(MLSMR)收集的200,000化合物的多樣化集合已提供給2008春季的Southern Research分子庫篩選中心,用於針對Mtb H37Rv的初步測試。 從該初次篩選中選擇最具活性的化合物,並在針對H10Rv的劑量反應測定以及使用Vero細胞的細胞毒性反篩選中以37濃度進行測試。


瘧疾:約翰霍普金斯大學臨床化合物圖書館

發布者:Johns Hopkins-Sullivan(2008)分子:1878

發布:4 / 28 / 2009

以10μM的濃度篩選藥物。 將對氯喹敏感的3D7或多藥耐藥Dd2的同步環階段寄生蟲培養在含有1640%人血清的RPMI 10培養基中,並在存在藥物和[48H]-次黃嘌呤的情況下孵育96或3 h。 96孔板在0.2%的寄生蟲血症和0.2-2%的血細胞比容下每孔有4 mL的培養物,在10,000 h處產生大約48 cpm的放射性摻入信號,在20,000 h處產生96 cpm的放射性摻入信號,背景計數小於500 cpm。 篩選實驗一式兩份進行,抑制百分比報告為兩次實驗的平均值。


TB:文獻評論

發布者:結核病文獻數據分子:49

PI:Ballel等。

發布:4 / 17 / 2009

結核SAR數據匯總在對結核分枝桿菌有活性的藥物的調查中,包括具有已知和未知作用方式的藥物(Ballel等人,“新型小分子合成抗分枝桿菌藥物”,載於抗菌劑和化學療法,六月2005)。 使用TubercuList / TBDB /其他目標鏈接和改進的參考更新了4 / 17。


TB:Sacchettini等,評論

發布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:14

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

發布:2 / 18 / 2009

來自Sacchettini JC,Rubin EJ和Freundlich JS的表1和2的一線和二線抗結核藥藥物與bug:追求持久的捕食者結核分枝桿菌,《自然評論微生物學》,6,41-52(2008)。


供應商:IUPUI-分佈式藥物發現(D3)公共數據

發布者:IUPUI-D3枚舉73K N-AcylAA-OH,-OMe,-NH2分子:48818

PI:MJ O'Donnell和WL Scott

發布:1 / 1 / 2009

酰化非天然氨基酸及其甲酯的開放式虛擬目錄。 我們鼓勵我們的同事就分佈式藥物發現項目和合成方法的興趣與我們進行溝通,這在《組合化學雜誌》(印刷中)的三篇論文中進行了介紹。


供應商:ASINEX構建基塊

發布者:ASINEX分子:6745

PI:Mark Parisi

發布:12 / 23 / 2008

像Building Blocks之類的藥物,如果您正在考慮潛在客戶優化計劃,那麼我們的Building Blocks可能恰恰是您所要的。


寄生蟲:氣味

發布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:228

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

發布:12 / 21 / 2008

氣味的分子和結構名稱數據摘自Roman Kaiser所著的一本書,這是Wiley-VCH在2006中出版的“世界各地有意義的氣味”。 分子編號與其在書中的編號有關。


TOX:toxcast

發布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:306

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

發布:12 / 18 / 2008

可在http://www.epa.gov/ncct/dsstox/DataFiles.html上獲得EPA化合物(主要是農藥)的Toxcast庫

http://www.epa.gov/ncct/toxcast/


FDA批准的TOX:建議的最大每日劑量

發布者:CDD-肖恩·埃金斯分子:1215

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins)

發布:12 / 10 / 2008

FDA數據庫,其中包含超過1200種藥物的建議最大每日劑量值。 該數據集表示在以下出版物Matthews,EJ等人,Current Drug Discovery Technologies,1(1):61-76中使用的一些分子。 (2004)


供應商:針對當前醫療保健需求的印度草藥傳統

發布者:Falguni Dasgupta:個人數據編譯分子:37

PI:Falguni Dasgupta

發布:10 / 30 / 2008

參照現代觀點討論了印度藥用植物及其提取物的傳統用法,目的是找到共同點,重新評估權利要求,並根據法規要求在醫療保健領域創造機會,並找到“新藥”鉛。 ”


寄生蟲:Sandler-UCSF Celera半胱氨酸蛋白酶抑製劑文庫

發布者:McKerrow集團分子:1860

PI:Jim McKerrow

發布:10 / 23 / 2008

體外克氏錐蟲和布氏錐蟲寄生蟲和特定的酶篩選。


FDA批准:批准藥品

發布者:約翰霍普金斯大學臨床化合物庫分子:2815

PI:David Sullivan

發布:10 / 16 / 2008

FDA批准了具有明確分子結構的藥物,包括Physicians'Desk Desk Reference中的763分子,DrugBank中的780,Orange Book 1151中的2007和Chris Lipinski博士的FDA清單中的1007


供應商:ASINEX GPCR重點庫

發布者:ASINEX分子:3502

PI:Mark Parisi

發布:10 / 2 / 2008

高品質的例外藥物,例如面向GPCR的藥物,以折扣價出售給CDD社區。 該庫結合了我們的藥物化學專業知識以及我們從文獻中鑑定特權片段並以前所未有的方式組裝它們的能力。


GPCR:PDSP Ki數據庫

發布者:PDSP Ki Ki數據庫分子:20026

PI:布萊恩·羅斯(Bryan Roth)

發布:9 / 16 / 2008

來自NIMH精神藥物篩查程序(PDSP)數據庫的針對47,000 GPCR目標的超過699 Ki值


供應商:ASINEX Synergy庫

發布者:ASINEX分子:25008

PI:Mark Parisi

發布:4 / 26 / 2008

ASINEX開發了一個新的高多樣性文庫,其中包含類似藥效團片段的藥物。 庫的設計基於兩種形式的Synergy。 第一個是各種定向技術之間的相互關係,第二個涉及多步關鍵中間體(6-9步驟)的融合,以創建複雜的化合物。 有關更多詳細信息,請參見下面的PDF。


TOX:具有已知毒性概況的公共數據的結構

發布者:具有已知毒性分佈的結構分子:135

PI:肖恩·埃金斯(Sean Ekins),博士

發布:3 / 28 / 2008

已知化合物的組織特異性毒性概況與參考文獻


混雜抑製劑:Shoichet發表了混雜抑製劑

發布者:Shoichet發表了混雜抑製劑分子:111

PI:Brian Shoichet

發布:3 / 26 / 2008

聚集體通過水溶液中有機分子的自締合產生“假陽性”


TOX:加州大學戴維斯分校-Hammock的公共數據

發布者:UC Davis-吊床分子:714

PI:布魯斯·漢莫克

發布:3 / 17 / 2008

可溶性環氧化物水解酶(sEH)的抑製劑-這些酶具有3的主要功能:解毒,分解代謝和調節信號分子。


瘧疾,TRYPANOSOME:聖裘德公共數據

發布者:聖裘德-瘧疾/錐蟲生物活性分子:2426

PI:基普·蓋伊

發布:3 / 5 / 2008

來自聖裘德兒童研究醫院Kip Guy實驗室的開放獲取結果,其中包括針對瘧疾和布魯氏桿菌的生物活性物質的HTS


瘧疾:Drexel公共數據

發布者:Drexel大學分子:195

PI:讓-克洛德·布拉德利

發布:3 / 2 / 2008

雙方之間正在進行的開放數據協作的結果

Drexel(Ugi-4CC產品)和UCSF(動物篩查)。 該數據集代表研究人員如何選擇公開發表選定結果的一個示例。 (相反,默認情況下,所有組都是私有的。)


瘧疾:美國陸軍調查

發布者:美國陸軍瘧疾文獻調查分子:12318

發布:2 / 29 / 2008

廣泛收集了抗瘧藥動物SAR數據,包括化學結構,生物活性數據,藥理學數據和毒性數據(最初由美國陸軍在1946中以“瘧疾藥物調查”的形式發布)


瘧疾:PlasmoDB

發布者:UPenn-瘧疾文獻數據分子:120

PI:David Roos

發布:2 / 19 / 2008

從文獻中彙編的瘧疾抑製劑的PlasmoDB包括化學結構,PlasmoDB基因標識符,目標基因名稱以及針對惡性瘧原蟲,間日瘧原蟲,伯氏瘧原蟲,約氏瘧原蟲,查巴迪瘧原蟲,vinckei petteri的參考文獻


瘧疾:天然產物(NPPDB)

發布者:國家天然產物研究中心分子:426

PI:Babu Tekwani

發布:2 / 15 / 2008

黃酮類天然產物的抗瘧疾數據庫,包括抗瘧疾和細胞毒性數據(密西西比大學,國家天然產物研究中心)


TB:TAACF分析結果

發布者:TB早期藥物發現計劃分子:812

PI:Bernard Munos

發布:2 / 12 / 2008

公開的812化合物文庫在Alamar Blue全細胞分析中對結核分枝桿菌(H37Rv)的抗菌活性


FDA批准:孤兒藥

發布者:已知藥物分子:1721

PI:Christopher Lipinski

發布:10 / 26 / 2007

FDA批准的具有指定適應症,贊助商名稱和化學結構的藥物(如果有)