聚焦採訪里克·基南博士

10月11日, 2016

“另一件事是,我們大多數科學家對計算機有一定的了解,我們一直在使用它們,我們擁有智能手機,但我們不想知道計算背後的幕後情況。 我們只想使用它。 因此,它必須是用戶友好和直觀的。 這就是讓Apple如此成功的原因-他們沒有發明任何東西,只是讓它變得用戶友好。 這是哪裡 CDD Vault 在我進行評估時脫穎而出–它易於使用,直觀,易於使用。 因此,我認為這將是該行業前進的關鍵。”


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里克·基南
OptiKira項目負責人
RMK藥物發現諮詢總裁

里克·基南 是一位高級藥物發現科學家,為製藥和生物技術公司,風險投資機構,慈善基金會和學術研究實驗室提供廣泛的全球經驗。 里克(Rick)曾在葛蘭素史克(GlaxoSmithKline)任職,並且是GSK(外部藥物發現卓越中心)CEEDD的創始成員。 在葛蘭素史克微生物學,肌肉骨骼和增生性疾病藥物發現卓越中心(MMPD CEDD),他與一組藥物化學家的合作確定了TPO受體激動劑 Eltrombopag (目前以Promacta的形式銷售)。 Rick建議以現任職務(管理BioMotiv的研究合作並擔任OptiKira的新型眼科激酶抑製劑發現活動的項目負責人)。 CDD Vault 用於管理虛擬藥物發現公司中發生的多個CRO項目。 瑞克意識到優點 CDD Vault 向不斷發展的數據密集型製藥行業提供商業模式,這些商業模式得益於開放科學實踐並正在加速發現。


CDD倡導者 雪莉·路易斯·梅博士 與里克(Rick)談了他在許多行業職位上長期致力於開源數據政策的推廣以及他對 CDD Vault 尤其適用於虛擬藥品數據管理。

SLM:Rick,在您的漫長職業生涯和在藥物發現中的許多角色中,並且目前是虛擬公司OptiKira的項目負責人,您一直是開放式創新,新穎的數據共享計劃和開源藥物發現的擁護者。 您能告訴我一些有關當前藥物開發工作的戰略構想以及如何 CDD Vault 符合那個願景?

RMK:好的。 當我為BioMotiv進行各種項目領導工作時,對我來說很明顯。 您提到了虛擬公司,這是虛擬公司的典型示例。 我是賓夕法尼亞州的項目負責人,項目經理位於克利夫蘭,主要科學家來自加利福尼亞大學舊金山分校和西雅圖的華盛頓大學。 我們必須協作,一起工作,而且我們必須有一種共享數據的方式。 在我看來,這是一個很大的差距,即數據共享,因為我們正試圖將研究團隊和研究計劃整合在一起。

BioMotiv要求我研究各種計算平台。 幾年前,我與Barry Bunin,Kellan Gregory和CDD團隊的其他成員緊密合作,共同開展了瘧疾數據項目(位於GSK),因此我立即想到了CDD。 我測試了其他一些數據託管平台,但沒有一個能與之相比的功能強大。 CDD Vault 有。 所以,我建議BioMotiv使用 CDD Vault 作為他們成立的所有虛擬公司的平台。 我認為BioMotiv產品組合中至少還有一家公司正在使用 CDD Vault 當前,隨著越來越多的公司開始使用BioMotiv,我相信我們將會看到更多的用戶 CDD Vault.

SLM:當您評估許多計算數據託管平台時,您正在尋找什麼特定屬性?

RMK:它必須易於使用,易於使用。 它必須在Macintosh和Windows計算機上均可工作。 結構圖必須簡單明了,具有進行子結構搜索的能力,不僅可以搜索關鍵字和短語,還可以搜索結構信息,這是至關重要的。 做出決定的一個巧合是,來自研究生院的Barry Bunin的實驗室夥伴Bradley Backes是OptiKira的聯合創始人之一。 他之前也曾與CDD一起工作過並且喜歡CDD,所以在科學團隊中有幾個人熟悉 CDD Vault,並且讚賞它的屬性,因此很容易出售。 我也非常感謝Charlie Weatherall和他的團隊一開始就給予我們的支持,例如引導我們完成各種輸入數據,取回數據,進行搜索的方法–在一開始的那種握持對於許多團隊成員。 因為我很熟悉 CDD Vault,對我來說直截了當,但對其他一些人則不然。 目前,大多數數據輸入是由程序管理小組中的人員完成的,他們可能不是經驗豐富的化學家,但仍可以輕鬆使用該系統並生成必要的信息。

SLM:您正在使用標準類型的數據還是正在輸入其他更高級的數據,例如需要進行曲線計算或可量化圖像?

RMK:我們還沒有進行這項研究,但是隨著我們開始進行動物研究,我們將朝著這個方向努力。 具體來說,我們將需要能夠將光學相干斷層掃描數據輸入到 CDD Vault。 我認為另一種方式 CDD Vault 事實證明,當我們進行外部調查時,它非常有用。 我們在色素性視網膜炎方面的努力吸引了一些潛在許可方的關注。 有一些大型公司正在研究這一領域,因為我們的數據組織得非常好, CDD Vault,作為一家小公司來進行這些盡職調查相對容易。 我們不必花費大量時間來組織文件和將所有數據放在一起。 沒關係 CDD Vault。 當您經過多個此類盡職調查時,如果沒有在諸如以下這樣的計算平台中數據的現成可用性,這可能會成為非常耗時的練習 CDD Vault。 因此,這不僅使我們在管理研究方面變得更加輕鬆,而且使我們必須在團隊內部以及與潛在許可方共享數據。

SLM:由於您已經對多家公司的諮詢能力進行了盡職調查,因此 CDD Vault 滿足公司在存儲數據時需要考慮的信息要求,例如協議文檔和文檔化合物或測定新想法的創建?

RMK:盡職調查是一個過程,在這個過程中,另一家公司的科學家必須對您提交給他們的科學結果充滿信心。 因此,您可以向他們展示PowerPoint幻燈片和圖形,但是沒有像向他們展示原始數據那樣的東西。 那真的有幫助。 那是科學家與科學家交談。 他們想看看您如何計算數據,數據來自何處,並且想讓您確信自己已正確完成了實驗。 這是什麼 CDD Vault 可以讓你做。 您可以根據需要顯示盡可能多的詳細信息,因為您可以不斷單擊,直到獲得原始數據為止。 雖然有些人在此過程中更早就滿意,而有些人則更詳盡,但從我們的角度來看,工作量沒有什麼不同。 這一切都是為了使他們能夠訪問數據。 在接下來的幾個月中,我們將再進行兩次此操作,因此我們將在累積更多數據時看到它的運行方式,但是老實說,這比實際情況要費力得多。 具有諷刺意味的是,共享數據現在很容易。 困難的部分是安排與這些公司的所有相關成員的會議,基本上是在每個人的日曆上協調時間!

SLM:為此,我知道 CDD Vault 您可以生成有關保管庫數據的報告。 我已經交談過的其他一些CDD客戶使用報告生成工具在聯席會議之前提供了很多信息。 他們還使用數據通知系統,以便在輸入新數據時,該信息會自動發送給團隊成員,以便在兩次會議之間可以找到有關該項目的信息。 請您曾與之合作的公司使用以下任何一種方法 CDD Vault 特徵?

RMK:目前,我們的公司很小,所以我們不需要它。 我在Atlas Ventures投資組合中熟悉的公司–我曾為Quartet Medicine做過一些諮詢工作,而Mark Tebbe和他的團隊– Quartet Medicine是一家小公司。 我認為他們只有四個人,因此名不虛傳。 在四個人之間共享數據並不是那麼困難。 在OptiKira,我是項目負責人,而Glen Gaughan是項目經理。 我們只有兩個人,我們每兩週與學術原理調查員開會一次。 他們兩個有化學背景,喜歡涉足 CDD Vault 並查看原始數據。 另外兩個人只是想听聽更新,而不想過多地進入Vault,所以我每兩週整理一次更新,這對他們來說足夠好。 我認為我們將在明年一年半的時間內擴大我們的小團隊,並且可能在不久的將來開始使用更高級的功能 CDD Vault.

SLM:恩,我可以想像,在公司成立之初,您想查看所有輸入的數據,因為您想確保一切都按預期進行記錄,並且任何可能導致格式化的問題在開始自動執行任何過程之前,將檢查數據錯誤。 因此,當它較小且可以手動管理時,可能還不錯。 但是,我知道CDD支持會提供有關如何在吞吐量超過手動舒適程度之後如何自動化和驗證流程的建議。 我認為這絕對是CDD團隊提供的優勢之一。

RMK:這是個好主意,因為不同的CRO都有自己的計算平台。 許多中國公司使用的軟件會更直接地將化學數據以這種方式輸入到系統中。 但是我們發現它不如 CDD Vault。 這有點笨拙。 我不知道該怎麼說些技術性的話。

SLM:我認為其中一件真正的好事 CDD Vault 就是說,儘管它起源於以化學為中心的格式,但它確實擴展了描述生物學數據的方式。 化學數據並不會發生太大變化,但是生物數據會不斷變化,從簡單的數字到繪圖到可量化的圖像以及其中的所有相關數據。 因此,生物數據功能的開發一直是CDD的真正優勢之一。

RMK:是的,我們渴望在前進中充分利用所有這些優勢。 我們從去年4月開始進行化學操作,直到7月或8月下旬才對我們的第一個分子進行測試,所以我們現在只輸入了不到一年的數據。 但這對我們來說確實很好。

SLM:在這些虛擬公司項目之前,您是否曾與CDD合作過? 除了最初託管GSK瘧疾數據的保管庫之外,您是否曾使用CDD公共數據集或在CDD專用保管庫數據集上進行諮詢,以擔任GSK之前的角色進行外部協作?

RMK:不,GSK並未將CDD用於這些目的。 由於CDD由蓋茨基金會(Gates Foundation)資助,Barry在此基礎上使用了一些共享的結核病數據,GSK在結核病方面正在進行一些工作。 GSK中的大多數項目都是獨立的,沒有太多的數據共享。 我認為在過去,人們對防火牆和安全性的擔憂更多。 我認為CDD和其他供應商已經很好地解決了這些問題,並且我認為世界的發展方式也是如此。 您現在必須分享。 過去,您可以完全在公司內部做更多的事情,而我不認為這是製藥行業如今的生活。 您必須走到那裡,找到將數據放置在不同位置的人們可以訪問它的地方的方法。 六年前,當我最後一次訪問GSK時,內部數據庫就可以使每個人都可以看到數據,並且不需要外部訪問,但是我認為GSK內的生活也可能已經改變了。

SLM:作為與一些較小公司合作並與較大製藥公司合作的顧問,您是否遇到過其他任何使用託管數據庫解決方案或任何數據共享技術的製藥公司?

RMK:我提到了我正在諮詢的Atlas Venture公司Quartet,他們最近完成了一項交易,為其Sepaapterin還原酶計劃提供資金。 我知道這對Mark和他的小團隊將數據託管在其中非常有幫助 CDD Vault。 我作為三個化學顧問之一參與了一個季度化學諮詢安排。 馬克總是把所有數據放在他的指尖。 他只是主持我們下午的發布會 CDD Vault,我們可以問他想到的任何問題。 他只是在那里為我們提供了快速搜索的數據結果。 那幫我賣了。 我認為BioMotiv投資組合與Atlas投資組合非常相似,而且隨著新投資組合公司的出現,這些公司將由管理方面很小的團隊(主要是虛擬的)來運營, CDD Vault 將是實現此數據共享的理想工具。

SLM:您是否看過其中提供的可視化工具 CDD Vault 在所有?

RMK:我有。 我在以前的項目中已經看過了。 我覺得使用它的需要時有發生。 我了解這是一個數據分析工具,您可以在其中二維地繪製兩個化驗或特性之間的關係,並且可供我使用幾個月。 我創建了兩個圖表,並突出顯示了一些離群值,這些異常值使我們能夠確定數據輸入錯誤,因為微摩爾應該是納摩爾。 所以這些 CDD Vault 可視化工具有助於識別這些實例。 但是,在我當前的項目中,我無權訪問 CDD Vault 可視化工具。

SLM:再說一次,雖然您正處於生成數據的早期階段,但是您可能還沒有投入大量的數據分析,但是目前,您的團隊是否在使用任何獨立的軟件進行統計分析和可視化?

RKM:不,我們現在不使用任何東西。

SLM:我想知道,因為以我的經驗,任何外部數據分析包都需要通過導入文件,解析格式,定義變量和數據類型等方式將數據以某種方式連接到分析。去。 作為其他幾個數據分析平台的前用戶,始終存在連續性問題。 較大的平台有更多的花哨功能,在實踐中並不經常使用,但是卻推高了價格,因此與我們合作的較小的公司買不起它們。 因此我們的分析是不同的,比較也很難進行。 同樣,隨著幾個流行應用程序的每次新版本升級,我的數據也被以不同的方式識別,我花了很多時間將較舊版本的數據文件導出和導入到較新版本中,以便能夠繼續進行長期分析。
我相信其中的可視化工具的一大優勢 CDD Vault 是它已經知道您的數據了。 您無需定義任何內容或將數據轉換為新應用程序。 這些的另一個巨大優勢 可視化工具是分析之間的無縫連接 應用程序和 CDD Vaults。 通過此連接,您可以分析數據的任何部分以及來自任何協作者的數據 CDD Vault您有權訪問的數據以及 CDD Vault。 您可以使用非常先進的搜索工具輕鬆地同時搜索所有這些可用數據集,然後對作為自己的數據集返回的數據進行子集化,以備將來參考或分析。

RMK:是的。 我喜歡,這只是單擊按鈕即可從查看數據到可視化數據。 我記得這不是很貴,所以我必須為添加 CDD Vault 可視化工具到我們的程序包。

SLM:我認為查理將是一個很好的資料來源,向您展示您可以用 CDD Vault 除XY圖外的可視化工具。 它直觀地允許您使用顏色和大小作為數據的附加維度來瀏覽X和Y中的多參數數據,以幫助發現趨勢,識別感興趣的子集或標記異常值。

在我看來,可視化工具的真正作用並不在於生成2D圖上,而是(在同一屏幕上)您可以對所顯示數據的所有各種屬性進行面板直方圖分析。 因此,當您在繪圖中以2-4維度顯示數據時,右側面板會顯示您可能正在探索的數據的所有可能維度。 此外,曲線圖和直方圖是動態的並且是交互式的。 如果選擇繪圖區域,則子集的屬性會在直方圖中突出顯示,反之亦然。 另外,直方圖允許您將繪圖中看到的內容過濾到所選的屬性範圍。 因此,您具有控制權,可以更豐富地可視化和選擇感興趣的數據子集或允許您制定和探索假設的子集。 例如,如果要在繪製其他兩個特性的同時查看特定pH範圍內的化合物,則可以在所有化合物的2D圖上對子集進行唯一著色,或者可以濾除選定pH範圍以外的所有化合物。 正是屬性面板和繪圖之間的交互作用才真正為分析帶來了力量。 那真的是 CDD Vault我所看到的可視化分析工具。

RMK:是的–我只是在玩更多遊戲 CDD Vault (實際上是現在),因為我正在為一個新的化學家團隊生成報告。 新的化學團隊想知道我們到目前為止所做的事情以及他們可以加入的地方,因此我將創建報告並將其發送給他們。 那我給他們看 CDD Vault 並進行良好的公開討論。 我認為這會很好。

SLM:正是這種情況,CDD的支持成員可以協助您召開會議,並根據藥物化學家可能存在的問題非常快速而全面地瀏覽和可視化數據。 CDD的Kellan Gregory一直是CDD發展的核心 CDD Vault的可視化分析工具,是一種數據嚮導。 我喜歡在CDDs展覽會的產品演示期間觀看他,因為人們提出了有關公共數據集的各種獨特問題 CDD Vault。 他可以毫不費力地將查詢結果彈出到電子表格中,也可以創建圖表以提供一種非常簡潔的回答他們的問題的方式。 您總是可以隨時向CDD團隊尋求此類支持。

SLM:從您在該領域的悠久歷史開始,關閉Rick,您在全球製藥公司中的職位,從指導藥物化學家團隊到更高水平的戰略決策,再到為學術界與私人機構之間更離散的合作提供諮詢服務之外,對於慈善組織,您能否評論一下您如何看待現場數據處理的發展,見證了數據共享的增長,以及您認為如何幫助推動這種向新的科學模式發展的趨勢,而這種模式可能會加速發現療法?

RMK:我認為總體上發生的事情是,被認為具有競爭優勢的是移動的標杆。 過去,人們對IP的擔憂是人們不想共享任何東西,而公司卻會為幾乎所有東西申請專利。 他們為不再被接受的基因序列申請了專利-沒有人再為該專利申請專利。 他們為X射線結構申請了專利,而X射線結構已不再獲得專利。 現在,很多東西都是共享的。 Brookhaven數據庫在發布大約一年後(有時更快)共享結構。 因此,現在感覺您仍然可以在這項業務中競爭,但是您在下游的競爭更加激烈,早期的東西也更加共享。

早期的工作非常耗費數據,您需要擁有能夠處理這些大數據文件的工具,這些文件不僅是文本字符串,而且還包括化學結構,二維和三維化學結構,基因註釋,並且您需要能夠搜索結構以及搜索文本字符串。 計算需求剛剛增加。 儘管在公共領域有越來越多的數據(例如,您擁有PubChem和ChemBL),但是這些都是公開可用的數據庫。 現在,科學家面臨的挑戰是如何瀏覽所有這些數據。 如何從其他價值較小的東西中取出金塊,那沒有什麼用處。 因此,如今必須擁有更好的計算工具。

另一件事是,我們大多數科學家對計算機有一定的了解,我們一直在使用它們,我們擁有智能手機,但我們不想知道計算背後的動態。 我們只想使用它。 (笑聲)因此,它必須易於使用且直觀。 這就是讓Apple如此成功的原因-他們沒有發明任何東西,只是讓它變得用戶友好。 這是哪裡 CDD Vault 在我進行評估時脫穎而出–它易於使用,直觀,易於使用。 因此,我認為這將是該行業前進的關鍵。

虛擬公司已經存在了大約五到十年,而我認為這種商業模式將繼續存在。 CRO行業已經發生了演變-當我幾年前剛開始30時,化學CRO很少,現在大多數公司完全或主要依賴於在四壁之外製造分子。 跟踪所有這些數據非常重要。 越來越多的生物學CRO即將加入,化學CRO進入全面服務的CRO,他們不僅進行化學合成,還將進行體外測定測試和DMPK研究。 所有這些現在只是司空見慣。 它極大地改變了領域。

所以我認為我們正在盤旋。 我認為,僅僅能夠共享數據,能夠跨界工作(無論公司結構如何),公司就在不斷發展。 您可以進行完全虛擬到完全內部的發現工作,但是仍然必須能夠共享數據。 因為最後,藥物發現過程中的交接越來越多。 以前從湯到堅果的全部都由一家公司完成,現在一個學術團體經常發現一個目標並將其交給一家小型生物技術公司,該公司會發現一個與目標結合的小分子並將其攜帶到目的地它將它交給大型公司進行小分子的臨床開發。 每次,您都必須共享數據並顯示所做的事情。 您必須將工作成果交給新的科學家團隊,並且能夠以簡單的方式做到這一點對於課程來說是很重要的。 這就是現在做生意的方式。


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