协作式药物发现公司获得SBIR第二阶段资助,开发跨分布式私有数据集的生物计算工具,以增强药物发现能力。

2013年11月19日

滞销品

2013年11月19日,加州伯林根--基于网络的药物发现信息学平台供应商合作药物发现公司(CDD)宣布,他们获得了一个专注于计算模型和数据共享的软件开发项目的资助。

国家推进转化科学中心的第二阶段小企业创新研究(SBIR)资助是实现生物数据共享计划的一部分。

"在第一阶段,我们证明了结核病的计算机器学习模型可以在实验室之间共享,并用于进行预测和选择化合物进行测试,"CDD首席科学官Sean Ekins博士说。与Joel Freundlich(罗格斯-新泽西医学院)、Robert Reynolds(南方研究所)和Allan Casey(传染病研究所)合作,在体外发现了针对全细胞结核杆菌的新活性化合物(1-5)。Ekins补充说:"这项工作是在2010年我们与辉瑞公司进行有价值的合作之后进行的,该合作还发表了一篇论文,描述了使用开源工具计算ADME模型的情况(6)。我们当时就意识到,有一个重要的机会可以利用CDD来托管和选择性地共享计算模型。"

这笔赠款将建立在CDD安全选择性共享托管数据的开创性工作基础上,并将用于开发CDD的新产品。

所述项目得到了美国国家推进转化科学中心的奖号9R44TR000942-02的支持。内容完全由作者负责,不一定代表国家推进转化科学中心或国家卫生研究院的官方观点。

关于Collaborative Drug Discovery, Inc.
CDD(www.collaborativedrug.com) 提供了市场上应用最广泛的基于网络的药物发现信息平台。CDD Vault®是一个安全、私密的工业级数据库,将传统的药物发现信息学(注册和SAR)与社交网络功能相结合。CDD Vault的免费版本使研究人员能够从各种科学数据提供者那里挖掘出独特的公共信息汇总。

媒体联系人。巴里-布宁博士,药物发现合作组织,(650) 204-3084,[email protected]

参考文献:

1.Ekins S, Casey A.C, Roberts D, Parish T. and Bunin BA, Bayesian Models for Screening and TB Mobile for Target Inference with Mycobacterium tuberculosis, Submitted 2013.

2.Ekins S, Freundlich JS and Reynolds RC, Fusing dual-event datasets for Mycobacterium Tuberculosis machine learning models and their evaluation, J Chem Inf Model, In Press 2013.

Ekins S, Freundlich JS, Hobrath JV, White EL, Reynolds RC, Combining computational methods for hit to lead optimization in Mycobacterium tuberculosis drug discovery, Pharm Res, In Press 2013.

4.Ekins S、Reynolds RC、Franzblau SG、Wan B、Freundlich JS和Bunin BA。Enhancing hit identification in Mycobacterium tuberculosis drug discovery using validated dual-event Bayesian models, PLOS ONE, 8(5): e63240, 2013.

Ekins S、Reynolds RC、Kim H、Koo M-S、Ekonomidis M、Talaue M、Paget SD、Woolhiser LK Lenaerts AJ、Bunin BA、Connell N和Freundlich JS。Bayesian models leveraging bioactivity and cytotoxicity information for drug discovery, Chem Biol, 20: 370-378, 2013.

6.Rishi R. Gupta, Gifford, EM, Liston T, Waller CL, Hohman M, Bunin BA and Ekins S, Using open source computational tools for predicting human metabolic stability and additional ADME/Tox properties, Drug Metab Dispos, 38: 2083-2090, 2010.