Joel Freundlich博士，UMDNJ
2012年6月12日
CDD 聚光灯下的亮点
"当你看到你设计和制造的化合物在小鼠模型中的活性，并通过这些早期阶段迎来了这种活性，这真的非常非常令人兴奋......我们一直在使用CDD Vault ，用于我们正在发展结构活性关系的项目，了解一个小分子如何调节目标。我们能够以图形和数字的方式跟踪这些变化，看到结构如何影响对目标的抑制。这对我们来说是非常有价值的，再加上能够在许多不同的合作者之间分享信息，我真的很荣幸能够拥有这些合作者。以一种无缝的方式交换数据是极其重要的。还有就是在CDD Vault 上存档的大量公共数据"。
乔尔-弗伦利希在麻省理工学院获得有机化学的Ph.D. ，之后在制药业工作了8年，然后转入学术界。他目前是罗格斯大学的副教授（药理学、生理学和神经科学--NJMS），领导弗伦德利希实验室。
接受采访的是Barry Bunin,PhD, 协作药物发现公司CEO。
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编辑过的采访记录
巴里-布宁
我想我应该先让你介绍一下自己，谈谈你过去的研究和未来的研究。
乔尔-弗伦德利希
我是Joel Freundlich，是UMDNJ-新泽西医学院药理学和生理学系、医学系以及新兴和再发病原体中心的助理教授。
我在生物技术制药行业工作了10年。 在麻省理工学院的PhD ，我从工业角度被灌输到药物化学的世界。大概八年后，我被引入疟疾领域，并在德克萨斯A&M大学的生物化学和生物物理学系找到了我的学术道路，成为一名高级科学家。我真正参与到使用化学工具来探究疟疾的寄生虫--恶性疟原虫，以及与结核病感染有关的病原体--结核杆菌的基本生物学。这确实是我学术工作的开始，因为我试图利用化学方法来了解如何在这些病原体中验证药物干预的目标，同时也只是为了增加我们对这些病原体生物学的基本了解。
巴里-布宁
您目前研究的最终目标是什么，以及在短期和长期实现这些目标的一些手段？
Joel Freundlich
我们试图研究病原体如何适应宿主的生活，然后反过来，看宿主如何适应感染。我们的最终目标是在靶点的层面上了解这些适应性，并对该靶点进行药理验证。
例如，人们可以尝试研究一个目标是否是感染的必要条件，特别是在体内模型感染的水平，例如小鼠模型。验证这些目标是非常重要的，然后在制药定义中提供将成为药物线索的分子。这确实为与制药公司一起工作奠定了基础，他们将大量的药物化学努力投入到优化我们所创造的分子中，并尝试在工业规模上推进真正的药物发现工作。
巴里-布宁
那么，为什么以及如何使用CDD ？
Joel Freundlich
我们与CDD ，我想至少可以追溯到五年前。 很多年前，巴里，当你第一次给我发电子邮件，让我看一下这个软件时，我真的很激动。它是以相当简单的方式跟踪结构活动数据的一种出色的方式。我们一直在使用CDD ，用于我们正在发展结构活性关系的项目，了解一个小分子如何调节目标。我们能够以图形和数字的方式跟踪这些变化，看到结构如何影响对目标的抑制。这对我们来说是非常有价值的，再加上能够在许多不同的合作者之间分享信息，我真的很荣幸能够拥有这些合作者。以一种无缝的方式交换数据是极其重要的。此外，还有大量的公共数据被归档在CDD 。拥有像SRI这样以全细胞方式对结核病进行筛选的数据集是非常有价值的，能够通过这些结构来查询一个子结构，看看你得到多少命中率，看看这些分子是什么样子的。我知道，CDD 是数据共享的巨大支持者，这对社区来说非常有价值。如果我们想利用每个人所做的工作来推进这些疾病的治疗，尽可能有效地分享数据对被忽视的疾病领域将是至关重要的。
巴里-布宁
你提到了合作。你是如何在你所参加的小组内部和外部与其他小组进行合作的？ 请谈谈你们的一些合作，哪些事情已经成功了，哪些事情你可以看到也许在未来会有更好的效果？
Joel Freundlich
我绝对认为平等的合作是非常重要的，每个人都意识到每个团队成员的宝贵贡献。我真的要赞扬结核病和疟疾领域的每个人，因为我认为他们已经真正了解到合作的重要性，以及最终产品是如何依赖于团队中每个人的贡献。对于这些具有重大意义的医疗问题，你不可能独自完成，而合作只是以更快的速度推动事情的发展。
巴里-布宁
你在许多领域工作并发表了文章，你刚才提到了这一点，但只是想更深入地介绍一下CDD 如何对结核病研究有用或有用，但也对另一个领域如药物再利用/再定位有用，只是为了对比你是专家的这两个不同领域。
Joel Freundlich
CDD 提供了一个非常有价值的结构活性关系的资源，这些资源是其他人贡献的：有没有人做了这个分子并对结核病进行了测试，知道这一点非常重要。 你可以搜索文献，我们现在拥有的其他工具比十年前或二十年前的功能更强大，但CDD ，在结核病领域的数据存档方面已经相当全面，所以它非常有价值。
在再利用方面，肖恩-艾金斯和我以前曾发表过文章，肖恩和你肯定也在这方面发表过大量文章。CDD ，其中许多数据已经存档，人们只需画出结构并按下一个按钮，它就真的在你指尖。 在这个阶段，我们不想重新发明车轮。我认为，我们意识到小分子是工具。它们本身就有价值，但我认为它们在化学探针方面最有价值，并希望成为最终治疗方法的种子。 因此，获得已知的药物、已批准的药物和检测数据，以了解人们是否对感兴趣的疾病进行了筛选，并了解实际数据的情况，这一点非常重要。这真的很重要，因为它只是看到是否真的有很好的活性，所以即使是已批准的药物也可以以某种方式立即被重新利用为抗疟疾药物，这将是很好的。否则，它们仍然有作为化学探针的价值。 这与柯林斯和沃克曼的定义不同，我相信他们将化学探针定义为在生物活性方面非常、非常具体的东西。我建议可能扩大这个定义，只要其活性不是猖獗的杂乱无章的，击中许多目标，但我认为重新利用也可以使人获得非常有价值的化学探针。
巴里-布宁
你能否谈谈别人的研究，你认为它很有趣或很了不起，值得分享。
Joel Freundlich
最近想到的一篇论文来自Eric Rubin、Chris Sassetti、Kyu Rhee和Dirk Schnappinger等人（Wei JR, Krishnamoorthy V, Murphy K, Kim JH, Schnappinger D, Alber T, Sassetti CM, Rhee KY, Rubin EJ.抗生素目标的耗尽对生长有广泛不同的影响。Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 Mar 8; 108(10):4176-81.)这是一篇非常好的论文，因为它研究了非常有趣的目标脆弱性问题。 他们研究了为了在全细胞试验中看到生长缺陷而必须敲除蛋白水平的程度。它建立在Eric Rubin实验室和Chris Sassetti（PMID: 11606763, PMID: 12657046, PMID: 14569030）的工作以及Bill Bishai和Gyanu Lamichhane（PMID: 12775759, PMID: 15784600）的工作之上，他们通过转座子位点诱变数据来确定在特定的体外或体内生长条件下TB中哪些基因是至关重要的。埃里克-鲁宾和其他人的工作是耐人寻味和发人深省的，即哪些目标似乎是最脆弱的，并使我们能够在结核病药物发现领域确定我们工作的优先次序。而且我认为在什么因素导致这种脆弱性方面，这是一个根本性的有趣问题，所以我对该出版物表示赞赏。
巴里-布宁
你能谈谈你在这个行业的十年中，有什么有趣的结果或经历，对你有所启发。
Joel Freundlich
我认为，工业界非常善于做出艰难的决定，划出一条尽可能节约时间和成本的关键路径。他们会问哪些里程碑是关键的，哪些活动是关键的，以推动新的治疗方法，这是非常重要的，也是学术界容易忘记的东西，在宠物项目上坚持太久。人们也可以反过来说，把事情抓得久一点有时会有回报，但工业界必须做出 "去与不去 "的决定，以便尽可能做到时间和成本效益。
巴里-布宁
你提到了反面，在你的学术生涯中，有什么有趣的个人经历或 "啊哈 "时刻，其结果对你来说特别有趣或令人兴奋？
Joel Freundlich
我尽量不透露太多与出版物有关的信息，但我认为当你看到一种化合物在动物模型中的体内活性时，我认为这真的非常令人兴奋。就结核病领域而言，人们总是可以提出非常好的论据，即小鼠感染模型如何很好地反映人类实际的结核分枝杆菌感染。同时，在小鼠模型和人类身上显示出疗效的化合物之间存在着非常好的相关性。我认为这是迈向真正在某一领域产生效果并显示体内活性的第一步。 当你在小鼠模型中看到你设计、制造并通过这些早期阶段迎来的化合物的活性时，这真的非常、非常令人兴奋。
巴里-布宁
所以，这是一个很好的结束语。因此，感谢你的时间，乔尔，以及一个精彩的CDD Spotlight。
本博客由CDD Vault 社区成员撰写。CDD Vault 是一个托管的药物发现信息学平台，可以安全地管理私人和外部生物和化学数据。它提供的核心功能包括化学注册、结构活性关系它提供的核心功能包括化学品注册、结构活性关系、化学品库存和电子实验室笔记本功能
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