Michael Pollastri博士,东北大学

2012年2月15日

Mike Pollastri,PhD, 东北大学化学和化学生物学系副教授。 之前他是辉瑞公司的药物化学家。

"......基本上能够有一个一站式的商店,让我的小组的人去寻找他们在多个项目中的数据,也让我的合作者能够以一种简单的方式访问与他们的项目有关的数据,而不需要做一个真正有点艰巨的搜索。 我的意思是,基本上它几乎就像项目的概念是为项目设计的--为像我这样的实验室。

接受采访的是Barry Bunin,PhD, 协作药物发现公司CEO。

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编辑过的采访记录

巴里-布宁
我们做CDS聚焦是为了给各种有趣的合作者所做的研究提供更多色彩。 我也认为你会很有趣,因为你在工业界和学术界都有工作。 所以,也许可以从广义上开始,告诉我你现在和过去的研究情况。

迈克尔-波拉斯特里
当然,我在辉瑞公司工作了大约9年,从事药物化学、命题到线索和线索优化方面的工作,我在2007年离开,开始我的学术生涯。 基本上当我在辉瑞公司时,我在诸如激酶药物化学、G-蛋白偶联受体药物化学和磷酸二酯酶等领域工作,以及一些化学技术项目。 然后当我离开的时候,我想把这些工业化的药物化学方法应用到行业中不经常应用的疾病上,所以我从事被忽视的疾病的研究。 我从事药物化学工作,研究对非洲昏睡病、南美锥虫病和利什曼病等疾病很重要的目标。 这些基本上是由寄生虫引起的传染病,它们几乎影响到世界上最贫穷的地区,因此,向患有这些疾病的人出售药物是没有钱可赚的,所以工业界一般不会在这方面投入任何资金,因为他们永远无法收回研发成本。 因此,我觉得去一个非营利性的环境,如学术界,将是我们真正做这种工作的一个好地方,在那里没有收回成本和赚取利润的压力。 因此,我们的研究集中在我们所谓的目标再利用上。 我们所做的是将寄生虫中存在的酶与已经在人类中被用于其他适应症的目标相匹配。 因此,例如,我们在美国国立卫生研究院的资助下做了一个项目,我们寻找寄生虫中磷酸二酯酶的抑制剂,如导致昏睡病的布氏锥虫,这些酶与人类中的 磷酸二酯酶非常相似,这些药物如伟哥利维拉是人类PDE5抑制剂。 因此,我们正在做的是,我们正在利用历史上的药物化学知识,重新利用它,并引导它寻找新的药物,以抑制寄生虫的酶,这些酶已被证明与寄生虫有关或对其至关重要。 因此,如果你阻断这些酶,就能杀死它们。 因此,这就是我们的想法:基本上是把所有这些历史上的药物化学知识,重新定向到针对寄生虫的优化项目上。

巴里-布宁
你的研究的最终目标是什么,包括短期的、比较温和的目标和长期的、比较大胆的目标,你打算如何最快捷地达到这个目标?

迈克尔-波拉斯特里
我们最长远的目标是开发一种治疗昏睡病或恰加斯病或利什曼病的药物。 当然,我并不天真地认为这将是一件容易的事。 事实上,我在辉瑞公司认识很多人,他们在整个职业生涯中都在工作,却没有真正将任何东西投入临床。 这是一个困难的过程,但尽管如此,这当然是我们的目标。 至少,近期的目标是生产出对寄生虫靶点比人类靶点更有选择性的强效化合物,以便开发组织,如被忽视疾病药物计划,可能有兴趣将它们作为后期优化项目或早期开发项目,因为像DNDi这样的组织有资金和授权,基本上可以将化合物或药物--潜在的药物从发现方面拿出来,在可能开发新的治疗方法之间搭建桥梁。 因此,我们的目标是开发能够被带入的化学物质--对其他人有吸引力的化学物质,以带入开发。 我们的目标不是自己要经历完整的开发过程。 我们的目标是做发现方面的工作,然后与人合作,希望能把东西推向临床。

巴里-布宁
很好。 那么,你是如何使用CDD ,为什么?

迈克尔-波拉斯特里
对。 所以我是一个合成化学家,而我不是一个生物学家。 而我所有的合作,所有这些项目都是在寄生虫学的各个方面,而我对寄生虫学一无所知。 我与世界各地的寄生虫学家合作,欧洲、美国,希望还有一些海外的寄生虫学家,还有中国和印度,基本上是想去专业的地方。 因此,我们称之为分布式药物发现模式,与专家合作,利用寄生虫学的各个领域,或者,我不知道,计算化学或我们的差距恰好在哪里。 就我而言,有两个选择来分享数据。 一个是通过电子邮件发送电子表格,这显然是站不住脚的,另一个是CDD 。 因此,这就是我们使用它的原因。 我们使用它的目的是注册我们在实验室制造的化合物,然后将合作者的数据映射到这些化合物(在我们的私人CDD Vault )。我们的最终目标是,每当我们发表一篇含有针对这些寄生虫疾病的化合物数据的论文时,都要通过CDD 公开这些结构和数据。 因为CDD 有这种做法的记录(处理私人、合作和公共数据),如诺华和葛兰素等公司的结核病和疟疾数据集,似乎被忽视的疾病社区正在寻找CDD ,所以我们认为将我们的数据放在那里是非常有意义的。 这也是我们的最终目标,即尽可能多地分享数据。

巴里-布宁
因此,我们在CDD ,考虑的事情之一是如何使我们所做的事情同样适用于被忽视的疾病以及商业研发,因此也许只是谈谈这两方面,无论是CDD ,还是其他技术,甚至只是过程,对于被忽视的疾病和商业领域,有多少或哪些方面是相同的,如果有的话,在科学方面有什么不同,以及你将如何与这些工作。

迈克尔-波拉斯特里
我们正在努力使它没有任何区别。 我认为,这些寄生虫的目标并不比人类的目标更具挑战性,因此,虽然问题略有不同,但我们如何将药物送到它们在宿主体内需要去的地方,或穿过寄生虫细胞膜,或进入寄生虫生活的宿主体内的各种组织。 就我而言,从药物化学的角度来看,我们如何优化这些药物并没有很大的区别,所以我们会定期收集各种数据,例如在辉瑞公司的项目中,我们也会在这里收集这种数据。 所以我不认为这两者之间有很大的区别。 事实上,我们正试图确保我们不是在试图剥离药物发现过程。 我们试图获得我们需要获得的所有数据,以做出良好的药物化学决策,因此,除了(选择性的)数据共享外,我不认为我们在工业化、盈利性适应症方面的需求与此有任何区别。 数据共享是一个关键的方面,对吧,因为必须有许多团体在各地工作,而不仅仅是我们的团体,试图为这些虫子找到药物。 我们越能交叉分享数据,就越有可能获得成功。

巴里-布宁
谈谈你在科学生涯中的一个 "灵光一现 "的时刻,这个时刻有点耐人寻味,也许对其他人来说也很有趣,但至少对你来说是一个 "灵光一现 "或有趣的事情。

迈克尔-波拉斯特里
对我来说,有一件事对我来说是一个时刻,当我第一次决定要离开辉瑞公司时。 我开始考虑这些其他类型的项目,我只是惊讶于被忽视的疾病或寄生虫病药物发现领域是多么的开放,因为我遇到了潜在的目标和潜在的项目,似乎真的很容易解决。 由于根本没有人真正关注这个领域,这个领域是开放的,没有那么多的人关注这个领域,对我来说,这对我来说意味着这不是一个科学的 "阿哈 "时刻,而更像是一个个人关注的时刻,即我把我们正在做的事情看作是一种,我不知道,一种道德的指令。 我觉得我们正在研究影响世界上最贫穷的人的各种疾病,没有人为他们而战,而我们在这里有所有这些目标,似乎是非常明显的药物发现方法,但没有人,或很少有人,正在研究。 因此,对我来说,这似乎是一种道义上的要求,这也是让我开始关注这个问题的真正原因,并让我对它充满热情,因为正如我所说的,它基本上是利用我们已经知道如何使用的工具,并将它们重新集中到一个它们没有--以前没有被集中的方向。 那是一个非常令人兴奋的时刻。 我记得那一刻,坐在我的餐桌前,意识到我不能相信没有人做这个。 这实在是太清楚了。

巴里-布宁
我的意思是这是推动人们在自己的研究中的情感。 然后想一想......显然,人们最关注的是自己的研究,这也是应该的,但就在你自己的研究之外,你是否看到过任何其他迷人的发展或研究,可能会引起研究界其他人的广泛兴趣?

Michael Pollastri
我刚刚在《科学》或《自然》杂志上读到一篇文章,是关于药物发现的不同方法的优点和缺点。 有面向多样性的合成方法和基于片段的方法。 这几乎是一种观点/反驳式的讨论。 以多样性为导向的合成方法更符合历史上那种传统的药物发现的高通量筛选和跟踪,与片段筛选进行比较和对比,以及哪一种是最好的新方法。我觉得高通量筛选的范式已经到来,它已经向前发展,而且肯定已经有了相当大的发展。 而片段筛查范式现在正走向成熟,现在我们能够开始比较这两种技术作为开始新项目的方法。 我真的很感兴趣,想知道这个方向的思考将走向何方。 我认为那篇论文将开始讨论......每个人都把片段筛选看成是一种利基,就像它是一种专门的技能,它并不真正适用于所有人,但我不确定情况是否如此。 所以我对这篇文章感兴趣。

巴里-布宁
我们在CDD 所做的事情之一是用户测试,以确保投资和技术满足研究人员的需求,至少是尽可能地满足他们的需求,我记得我们最近正与你一起做这件事,围绕新的协作能力。 我们把它称为CDD Vaults内的项目,我们问了你一个问题。 "你会如何使用项目?" 我记得那句话,因为我们后来把它写在了白板上,那就是:"我怎么会不 使用项目"。 也许你可以谈一谈你如何设想新的协作能力随着时间的推移被用于你在世界各地的合作。

迈克尔-波拉斯特里
对我来说,非常清楚的是,虽然最初的Vault 概念确实是一个良好的开端,但我有多个合作者,针对多个寄生虫的合作。 我当然没有准备好在他们之间分享我所有的数据。 因此,在移动数据和获取资料方面真的很笨拙。 因此,为了让化合物注册,然后让数据上传,这样那样,我们不得不在多个Vaults中进行搜索,这完全是一种痛苦。 所以我的意思是,就我如何不使用它而言,我的想法是能够基本上有一个一站式的商店,让我的小组的人去寻找他们在多个项目中的数据,也让我的合作者能够以一种简单的方式访问与他们的项目有关的数据,而不是让它成为一种真正的艰巨的搜索工作。 我的意思是,基本上它几乎是为项目设计的--为像我这样的实验室设计的,它有点像枢纽和辐条的那种模式的中心,这就是我们真正的情况,对吗? 我们有一个合成中心或医药化学中心,我们通过轮子上的辐条连接到不同的寄生虫和不同的目标,而这正是这个项目的目的。 当这一消息出来时,我真的很兴奋。

巴里-布宁
很好。 在你使用CDD ,你是如何管理你的数据或合作的,无论是内部还是外部的?

迈克尔-波拉斯特里
我很惭愧地说,那是通过电子表格和PowerPoint幻灯片的组合。 我们会有常青的文件,我们基本上会通过电子邮件来回发送,所以我会发送有筛选数据的Excel文件的最新版本,而生物学家会将数据添加到该文件中,并通过电子邮件发送回来,我们都会有一份副本。 这完全是笨拙的,最糟糕的是很难将结构与数据联系起来。 ChemDraw for Excel有时并不是最可靠的,这就是我们要做的。 这让我很难受,因为我来自辉瑞公司,那里有令人难以置信的数据库基础设施,我很难再回到这种通过文件迭代来回分享东西的想法。 这让我很疲惫。 在以前的生活中,我曾使用过IDBS系统,偶尔我也会访问一下数据,但它真的非常笨重,我没有任何兴趣在一个大而笨重的东西上工作,我也不想建立一个数据库,我必须在基础设施方面管理我的数据库。 我不想有一个我必须维护的服务器,因此,基本上我在实验室的每一个IT解决方案,我的电子笔记本,我的化学库存系统和我的化学结构和数据数据库,它们都是基于云的。 所以我对这种软件即服务的模式非常感兴趣,因为这也符合我的整个心态:让专家做他们擅长的事,这样我就可以专注于我擅长的事。 因此,不管是生物学还是化学,对我来说,不必考虑管理数据库,也不必知道关于甲骨文的任何事情,除了如何拼写它,这正是我所需要的。

巴里-布宁
我想这是一个完美的结束语,所以我们将结束它,并感谢你的简介。

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本博客由CDD Vault 社区成员撰写。CDD Vault 是一个托管的药物发现信息学平台,可以安全地管理私人和外部生物和化学数据。它提供的核心功能包括化学注册结构活性关系它提供的核心功能包括化学品注册、结构活性关系、化学品库存电子实验室笔记本功能

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