葛兰素史克公司发布的激酶抑制剂组(PKIS)现在可以在CDD Vault

2013年7月8日

围绕葛兰素史克蛋白激酶抑制剂套装(PKIS)已经有了很多讨论。

Kinome博客图片

经许可使用http://kinase.com/human/kinome/

正如Derek Lowe的In the Pipeline博客所指出的,"该公司向任何在激酶领域工作的学术研究者提供了367个化合物,只要他们公开他们的结果......所以如果你在学术界,并且对激酶途径感兴趣,你绝对需要看一下这个化合物集。"正如Lowe所指出的,该数据集已通过ChEMBL网站提供。博客上的一些评论指出,鉴于Kinase SARfari数据库和新的ChEMBL数据库不同步,从ChEMBL获得他们想要的数据很棘手。

本着改善对重要数据的访问的精神,我们收集了ChEMBL善意提供PKIS数据,并对其进行了处理,使其可以在合作药物发现(CDD )网站上访问(就像我们之前为激酶SARfari数据库所做的一样)。同样,本着GSK和NCATS的努力(doi:10.1371/journal.pone.0057888)和CDD的公共数据政策,CDD 免费向公众提供研究人员希望分享的任何SAR数据,甚至帮助格式化数据,使之尽可能地有用。

转移到CDD ,使数据以更加 "医学-化学家 "友好的方式提供。我们还对数据集进行了一些整理。例如,实际上只有364个化合物(一些重复的化合物是由于盐的形式或同一分子的替代名称)。我们还尽可能地将目标名称规范化(例如,在UNC的数据集中,激酶IKKA、IKKB和IKKE被称为IKK-α、IKK-β、IKK-epsilon)。并不是说我们很完美......我们也很感谢对我们的数据集的任何修正!

总的来说,有364个化合物在0.1和1mM的条件下针对225个目标进行了测试。对于那些熟悉CDD ,这些数据已经通过两个项目提供。在第一个项目(MultiProtocol)中,每个目标都作为单独的协议发布。因此,你可以通过化合物结构(或子结构)以及目标名称进行搜索。在正交项目(OneProtocol)中,只有一个协议,但226个目标被列在一个读出量中(为我们喜欢这种格式的客户)。

无论如何,这个伟大的数据集现在以另一种形式提供给公众。我们希望你能找到它的帮助。


本博客由CDD Vault 社区成员撰写。CDD Vault 是一个托管的药物发现信息学平台,可以安全地管理私人和外部生物和化学数据。它提供的核心功能包括化学注册结构活性关系它提供的核心功能包括化学品注册、结构活性关系、化学品库存电子实验室笔记本功能

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