Jim Wikel,前伊利-礼来公司,Apex Therapeutics公司

2011年5月19日

吉姆-维基尔的头像

Jim Wikel是Apex Therapeutics公司的首席化学家。1971年至2004年,吉姆在礼来公司担任过各种职务,包括结构和计算科学、发现化学研究和技术的负责人以及高级研究科学家。从2005年起,吉姆担任Coalesix公司的首席技术官,这是一家位于马萨诸塞州剑桥市的新兴公司,直到2006年12月成为Icosystem公司的一个部门。他的经验使他能够理解和翻译化学、生物学和统计学等学科,使药物化学家能够使用预测模型和经验方法来优化药物开发的分子。他拥有马歇尔大学的化学学士学位和有机化学的理科硕士学位。

"我来自西弗吉尼亚州南部,西弗吉尼亚州南部的煤田,人们上大学并不那么普遍......当我退休时,我是礼来公司计算化学和结构生物学的主管。"

接受采访的是Barry Bunin,PhD, 协作药物发现公司CEO。

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编辑过的采访记录

巴里-布宁
第一个问题,一个简单的问题,就是告诉我你目前参与的研究。

吉姆-维基尔
与医学院(印第安纳大学医学院)的合作主要集中在治疗儿童癌症的新化学疗法上,因此我们与那里的生物学家分享一些数据。 历史上,他们对化学或化学结构不感兴趣。 他们一直在追求基于生物驱动力和理解机制的化合物,而不太关注如何优化这些结构或以任何方式调整它们,使它们更适合于他们的目的。 我们正在与他们合作,试图分享这些信息,在化学方面对他们进行教育,同时我也在这个特定领域的生物学方面接受教育。 因此,从这个角度来看,它的效果很好。 由于我们没有内部化学,我们通过合同研究组织做所有的事情,所以它帮助我们跟踪化合物,并在内部分享数据,包括我们正在制造的化合物,它们在哪里被制造,以及生物测定结果。

巴里-布宁
也许也可以谈一谈学术-产业方面的合作,因为一些研究人员将从产业的角度考虑这个问题,也有一些人从学术的角度考虑合作。

吉姆-维基尔
当然,基础科学是在医学院的学术环境中产生的,而我们是在大学环境之外将其用于药物发现和药物优化过程。 因此,我们创建了一个小公司,围绕该技术,将大学拥有的知识产权剥离出来。 这家小公司(Apex Therapeutics)由来自大药厂的一些经验丰富的老员工组成,他们习惯于在这个过程中进行这种挑战,了解从A步骤到B步骤所需要的东西。 我们正在与我们的学术同行紧密合作,开发这些化合物,使它们在外观和行为上更像药物。 来自制药公司人才的经验被直接应用于即将出现的学术发现,并在开发新的物质组成方面提高了这些资产的价值,使化合物更有效,我们希望更有选择性,并使它们更适合成为制药候选物。

巴里-布宁
如果工作进展如你所想象的那样顺利,会产生什么结果--也许还有什么更温和的目标,考虑一下这两方面总是好的。 如果一切顺利,你曾提到这是一个针对儿童癌症的项目,谈谈从这项研究中分离出一个公司的灵感吧。

吉姆-维基尔
我们想,当然他们也想把他们在实验室里的发现,直接应用到他们每天都看到的病人身上,他们与病人关系密切,但他们不知道如何把化合物从实验室带到人身上,看看他们的想法是否有效。 我们想做的是,在大学以外的环境中,能够应用额外的资源,但也能够充分开发,以使其回到大学环境或回到临床环境中,我们可以让这个想法和化合物在人类身上进行测试,看看事实上它是否对目标疾病有效。 我认为把它拿出来的好处是,我们可以用更广泛的画笔来解决这个问题,因此,带来更多的人才和技能来解决这个问题。 我们希望为这些一直没有反应的孩子,以及后来的成年人提供一种额外的治疗形式。 当然,我们的最终目标是让这种药物被贴上有用的标签,所以这就是我们的重点所在。 我认为,在近期内,我们的重点是确定一些候选药物,我们希望获得更多的数量,然后在体内进行测试。我们希望得到一些初步的PK数据,以便为我们与美国食品和药物管理局的IND前会议做准备,讨论如何进入这个特定的病人群体,也就是说,得到他们的建议,了解他们希望看到什么样的数据。 我认为我们正在按计划做这件事。

巴里-布宁
在你使用CDD ,你是如何协作或管理你的数据的,当时为什么选择CDD ?

Jim Wikel
他们传阅Excel电子表格和/或PowerPoint幻灯片。 我认为,只要你在学术界内,这样做的效果是相当好的。 每个人都有Excel版本,因为他们都是生物学家,一个简单的标识符或通用名称或某种结构上的指定对他们来说是完全没有问题的。 但是,当我们参与到化学方面,并且我们也想走出围墙,在一个地理上不同的小组中分享它,那么我们就必须做一些其他的事情。 传递Excel电子表格给我们的数据,但它有一定的挑战,主要是你有什么版本的修订记录....,你有数据表被传递,人们增加、减少的东西,做他们自己的评论和笔记,所以它得到了一个真正扭曲的数据束。 作为一个化学家,我发现另一个真正的问题,就是把结构输入Excel。 把结构转换成一种格式,使我能够看到结构,但又不会给生物学家带来过多的负担,因为他们并不关心那张图是什么。 起初,我们把带有图片文件的Excel电子表格传给他们。在试图对数据进行分类时,出现了一些小问题。图片总是不能被分类。 因此,我们在Excel中尝试了一些嵌入式插件,取得了一些成功,但仍然不理想。 当然,即使有了这些插件,你也没有结构搜索功能,除非你能在SMART或SMILES字符串中进行搜索。 我们可以在一些商业数据库中进行搜索,如Oracle数据库、SQL类型的数据库,但这又增加了一层复杂性,因为生物学家和许多化学家都没有这方面的专业知识,也不太愿意去做。 我们必须在中间找到一些东西,给化学家提供图形图片和结构搜索能力,但也不给药理学家和生物学家带来图像上的负担。 而CDD ,并满足了这一目标。 它非常简单。 我们发现它相当容易使用,而且事实上,我们的地理位置不同,但可以访问所有这些,使我们有能力或多或少地实时看到数据,因为它被放入了数据库,只需很少的培训。 因此,它很容易和直观地做。

巴里-布宁
我想在这里的采访中转入一点更个人的东西,我想这将是有趣的。 你可以把时间花在和孙子玩耍上,可能不需要做科学只是为了养活自己等等,所以就谈谈你在职业生涯的这个阶段在做什么,灵感是什么? 考虑到你一生中在科学领域所做的一切,是什么让你感到引人注目和有趣?

Jim Wikel
是的,我从2004年起就从大药厂退休了,我可以诚实地说,我的退休没有成功,或者说没有像我想象的那样成功,因为,像我的大多数同事一样,在我看了他们所做的事情之后,断定我将离开科学。 尽管我很喜欢我在研究和大药厂的工作,但我的想法是,事情就是这样的,这没什么。 所以我离开了,转身离开,以为就这样了。 事实证明并非如此,因为尽管我有其他的兴趣,但我发现我被拉回了科学界,通过联系和网络。 我有其他的爱好。 我有孙子,我每天都很忙,但我总是回到很大一部分是科学,在一天的不同时间和不同程度的努力中完成,因为我发现它很愉快,很有趣。 当我与人们谈论参与他们的项目时,底线是对我来说,它必须是有趣的,否则我不会做。 在我生命中的这一点上,我对从事另一份工作不感兴趣,所以我做它是因为我想做,而不是因为我必须做。 我认为,这使得你看待任务的方式完全不同,而且一般来说,你会接受它。我发现我确实在这方面花了相当多的时间,但如果我出去做别的事情,或者不在某个研究课题上每天投入8个小时,我也不会感到内疚。 基本上,如果你不必把肉放在桌子上,并把它变成一种爱好,那就非常愉快了。 我不知道我什么时候会放下它。

巴里-布宁
有些人可能不了解你,你在礼来公司的职业生涯中扮演了不同的角色,你在没有PhD ,就升到了一些责任点,很多人认为有玻璃天花板,而你是活生生的证明,不需要,事情可以是任人唯贤。 因此,也许你可以谈一谈你是如何做到这一点的,以及从一开始到最后在礼来公司的过程,因为我认为这是一个鼓舞人心的故事。

Jim Wikel
我不知道你想要多少内容。 我给你整个事情,你可以编辑掉你显然不想要的东西,因为即使从我的角度来看,我是如何到达那里的,这是一条有趣的道路。 我来自西弗吉尼亚州南部,西弗吉尼亚州南部的煤田,人们上大学的情况并不普遍。 我所在的小煤镇的主要雇主是煤矿和铁路,所以你要么在矿上工作,把煤从山上挖出来,要么在铁路上工作,把煤拉走。 所以这就是我的生活。 当我去上大学的时候,我在那个时候是少数,主修所有的东西,包括化学,在这个小城没有人听说过。 每个人都认为你去上大学,然后回来当商人或教师。 我拿到了化学学士学位,却找不到工作。在1969年,唯一真正在招聘的人是军队。 他们试图让我入伍,但我没有成功。 因此,我就被困住了。 没有工作。 我做了什么? 我继续前进,在研究生院读了几年,以为1971年情况会好一些。 他们有一点好转。 我申请了,似乎有数百家制药公司。当我在研究生院做论文研究时,一位教授给我指出了这个特定行业的方向。 因此,当我申请时,我收到了数百份拒绝。 只有一个面试机会,在礼来公司,我前往这里,做了面试,并得到了一个offer。 所以我说那很好,我要去工作了。 如果我没有找到工作,我的后备计划是再去读一些研究生。 我去的地方有一个最终的硕士学位,所以我也申请了其他的化学研究生院,作为B计划。在礼来公司,我做实验室的老鼠,做化学,学习药物化学。 我在那里有一个很好的老师,他允许我有一些灵活性和自由来学习和成长,这并不总是发生。 我回过头来看,我非常幸运地与这个人发生了联系。 随着时间的推移,我慢慢地成长起来,最终有了自己的实验室,承担了高级职责。 我在礼来公司的35年中,大约有一半的时间是在实验室作为药物化学家度过的。在80年代的某个时候,MDL出现了,计算机的力量也随之而来,我开始对计算机感兴趣。 当然,作为我们这一代人,我们从未接触过计算机技术。 但我开始对计算机的力量以及它如何应用于化学感兴趣。 我一直在开发一个有趣的QSAR,当时有点定性的感觉,因为你没有做任何可怕的数学计算或计算任何属性或我们今天认为理所当然的东西。 它基本上是Dreiding模型和一张纸和一支铅笔。 因此,我对MDL软件感兴趣,并开始涉猎,并实际编写小程序。在那些日子里,我黑了一点Fortran和DCL,DEC命令语言,并开始从MACCS中取出东西,重新洗牌,把它们放回MACCS软件中,并显示它们。 我学会了这样的技巧,并开始使用这个工具,使它对实验室科学更加有用。 这最终导致了礼来公司收购Cray超级计算机的机会,大约在1989年,创建了一个计算化学小组。 我离开了实验室,加入了那个小组,当时,我想大概有三个物理化学家,一个晶体学家和我。 这个小组经过一段时间的发展,最终发展到在我职业生涯结束时,我是计算化学小组的负责人。 当时大约有20名计算化学家,还有10名晶体学家,我对这些人负责,对他们负责,其中大部分是博士。 所以当我离开时,当我退休时,我是礼来公司计算化学和结构生物学的负责人,对我来说,这是一个伟大的职业生涯。 我回顾了一下,这一路走来有很多乐趣。 我学到了很多,并继续学到很多,我不认为我会改变任何事情。

巴里-布宁
好的。 这真是太好了。

吉姆-维基尔
这是你听到的故事吗?

巴里-布宁
这是......嗯,这是我第一次听到这么详细、这么漂亮的故事。 我认为这是个伟大的故事。 我有一个相关的问题要问科学界的听众,显然,在不透露任何机密的情况下,但也许你可以分享药物发现或科学中的 "阿哈 "时刻,在那里发生的事情是超越了日常类型的实验,是一种令人兴奋的时刻。 这可能是在研究生院或在工业界或任何地方--如果你有什么要分享的。 这是我的最后一个问题。

Jim Wikel
我认为研究工作充满了那些 "哈 "的时刻,我当然也有过这样的时刻。作为一名化学家,我曾有机会从事一些早期的工艺工作,为一种化合物提出制造工艺,这种化合物最终成为礼来公司农业部门的一种上市药物。 在这方面,化学工作提供了许多 "惊喜 "的时刻。 我还参与了一个项目,其规模和持续时间在今天是闻所未闻的,但我们有一个抗病毒的研究项目,在大约十年的大部分时间里,我是这个项目的唯一化学家。 在这十年中,随着强度的增加和发现的增加,一些人来了又走,但那都是在分子生物学之前,所以事情进展得很慢,当然,化学是从空气、火和水开始的,一切都需要很长时间来做。 但最后,我们最终将两个化合物投入到临床中,投入到人类中,这是很有意义的。 在人体方面,我们有一次通过礼来公司的申请人,他作为化学家进行面试,结果,他......好吧,让我倒退一下。 临床试验,人体试验,在这种情况下,普通感冒,鼻病毒,是给受感染的病人的。你可以把这种疾病给人类。 因此,通常情况下,一些中心会,至少在那个时候,在春假期间让学生离开校园,让他们中的一些人感染鼻病毒,另一些人得到安慰剂,然后我们会对两组人进行几周的治疗,并只是测量流鼻涕和出现的病毒滴度。 其中一个来面试的人原来在一所大学,并自愿参加这些研究。 我们有一个很好的故事,并就我们认为他是接受了药物还是安慰剂交换了意见。 我到现在还不知道答案。 但对我来说,那是对我职业生涯的一个很好的个人评论,因为我与那件事有关。 我想从计算的意义上讲,在那些早期的日子里与Cray-2一起工作,有所有的 "啊哈 "时刻,在Cray之前,花12到24小时做一个MOPAC计算,然后突然有一个Cray-2,在几分钟内做同样的计算,从技术的角度看是一个真正的 "啊哈 "时刻。 我只是认为,在这40年里,我已经看到了很多。 我已经看到了很多技术和业务上的很多变化。 我认为我最近见证的一个 "哈 "的时刻是,我回顾我作为一个药物化学家的职业生涯,在那不到20年的时间里,也许做了1000个化合物,而今天,这对于某人在实验室里能做的事情来说只是杯水车薪。 因此,我告诉人们的区别是,在那时--在那些日子里,我们最终会制造半克到一克的化合物,那只是进行许多体内检测和广泛筛选的最低数量,所以那是一个不同的球赛。

巴里-布宁
我认为这是一个美丽的结束语,感谢你在采访中给予的时间。

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本博客由CDD Vault 社区成员撰写。CDD Vault 是一个托管的药物发现信息学平台,可以安全地管理私人和外部生物和化学数据。它提供的核心功能包括化学注册结构活性关系它提供的核心功能包括化学品注册、结构活性关系、化学品库存电子实验室笔记本功能

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