协作药物发现者的基因组SAR

2013年4月4日

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许多CDD 用户熟悉ChEMBL,这是一个不朽的生物活性药物小分子数据库,包含了从各种来源(文献、存放的数据集、其他生物测定数据库)整合的药物化学、生物信息学和生物测定数据。该数据库由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护,基于威康信托基金的奖励,在EBI成立了ChEMBL化学基因组学小组,由John Overington领导。

在ChEMBL提供的许多宝贵资源中,有一个是Kinase SARfari子集。正如ChEMBL网站上所说,Kinase SARfari是"一个专注于激酶的综合化学基因组学工作台。该系统整合并链接了激酶序列、结构、化合物和筛选数据"。 这个数据库是一个非常有用的资源,它提供了大量的激酶活性化合物的SAR数据,这些数据针对的是一系列广泛的检测方法,其中大部分是从文献中手工挖掘和整理出来的。

虽然这个数据库和相关的界面对激酶生物化学家非常有用,但它并不像激酶药物化学家所希望的那样有利于SAR评估。为了使这些数据在CDD ,我们采用了Kinase SARfari的核心表,并将其与ChEMBL数据库的另一个关键表合并,提供了一个描述每个记录中所使用的检测方法的字段,比原生SARfari更详细。我们现在已经通过CDD 界面提供了这个合并的数据集。

在这个新的数据集中,我们已经创建了400个协议,其中每个协议代表了SARfari数据库中400个激酶中的一个。这种组织允许用户通过分子,子结构,激酶目标,或检测结果进行搜索。这使得人们可以研究各种分子对单一目标的SAR,或一系列化合物对多个激酶的交叉反应性。

除了这些激酶生物活性数据外,SARfari还提供了另外两个重要的数据集。第一个被称为 "Starlite ADMET "数据集。这些数据是特定的分子,但与目标无关。相反,它们通常代表激酶抑制剂的体外或体内PK或毒性数据。这些数据已被提取到一个名为ADMET数据的单一CDD 协议中。第二个数据集被称为 "Starlite功能 "数据。这些数据也是针对分子(而不是目标)的,通常代表各种体内或体外实验的结果。这些数据已被提取到CDD 协议中的功能数据


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